万历十四年二月，申时行上疏《恳乞宸断册立东宫以重国本事》：……自万历十年，元子诞生，诏告天下五年于兹矣，即今麟趾螽斯，方兴未艾，正名定分，宜在于兹。查得祖宗朝故事，宣宗以宣德三年立英宗为皇太子，时年二岁；宪宗以成化十一年立孝宗为皇太子，时年六岁；孝宗以弘治五年立武宗为皇太子，尚未周岁也。盖冢岁升储，所以明震器之重；冲年贻哲，所以端蒙养之功。成宪具存，昭然可考。今元子聪明克类，岐嶷夙成。中外臣民，属心已久。及兹睿龄渐长，阳德方亨，册立礼仪，允宜修举。伏望祗率祖宗之旧章，深惟国家之大计，以今春月吉旦，敕下礼官早建储位，以慰亿兆人之望，以固千万世之基……【1】
简单一点说，申时行这是请求立五岁的长子朱常洛为太子，并在奏疏中举了三个例子，都是年经很小就立为太子的。第一个是英宗朱祁镇，两岁就立为太子，他立太子的时候，那是原来的皇后胡善祥被废，他的亲生母亲贵妃孙氏被立为皇后，所以朱祁镇被立为太子时的身份是嫡长子。第二个是孝宗朱祐樘，他爹宪宗朱见深因为万贵妃的原因，很多年没有儿子，对自己能不能有后嗣都快绝望了，好容易发现了一个被窝藏起来的儿子，时年已经六岁了，当时就封为太子。朱祐樘虽然不是嫡子，但他是当时唯一的儿子，封为太子也毫无争议。第三个是武宗朱厚照，这更没问题了，因为孝宗一直都只有皇后一个女人给他生孩子，朱厚照是明明白白的嫡长子。也就是说，申时行所列举的这三个例子，有一个重大的漏洞，这三个之所以封为太子，是因为本身已经毫无争议的情况下，跟什么年纪立为太子其实没有任何关系。那现在把朱常洛立为太子有没有争议呢？有。因为朱常洛不是嫡子，而且出生的有些意外，朱翊钧并不见得很喜爱这个孩子。那是有一次朱翊钧去给他母亲李太后请安的时候，在宫门前洗手，顺便把一个姓王的宫女给洗了，结果这个王宫女一炮中彩，怀孕了。李太后问起的时候，朱翊钧起初还不承认。李太后把起居注都拿出来了，上面明明白白的写着皇帝什么时候干了什么事，证据确凿，朱翊钧这才认了。王宫女生下来的，就是这个长子朱常洛。而正宫皇后王氏，在万历九年十二月生了荣昌公主朱轩媖以后，到现在还没再生育，也就是说朱翊钧此时还没有嫡子(以后也一直没有)。明朝的传位的规则是，有嫡立嫡，无嫡才能立庶以长。此时王皇后虚岁二十三，帝后的感情也很融洽（以后的数十年来也都是相濡以沫），谁能保得定她不会生儿子？如果把朱常洛立为太子，那王皇后要是接下来生出嫡子怎么办？是保持朱常洛的太子之位，还是废了再立嫡子？所以申时行的主张看起来道理条条，其实根本就不能执行。
对于这个奏疏，朱翊钧还不拿这个很正当的理由挡事，而是采取了一个拖字诀，批复：“元子婴弱，稍俟二三年举行。”【2】先等两三年再说。
然而才过了三天，申时行又上了一本《为再乞宸断册立东宫以重国本事》的奏疏：“……本朝列圣建储，多以冲年，实取法成周遗意。今元子方及五龄，虽未甚壮然，比之宪孝两朝，实已过期矣。”【3】说的还是这件事，而且还是这个理由。
朱翊钧还是照原样批复。明旨：“少俟二三年举行，则贻燕之谋保爱之道两得之矣。”上仍命遵前旨行。【4】依然坚持拖字诀。
申时行可是状元及第，现在又是内阁首辅，他会不懂立太子这些规矩吗？为什么上这么一道明显有漏洞的奏疏，着急上火的要皇帝马上立太子呢？
这就关乎言路的问题了。张居正一死，朱翊钧亲自废除了他恩师的考成法，彻底把言路这个洪水猛兽放了出来。他本以为可以撇开张居正的主张，有自己的国策，跟着官员们把原来的政策改变了，言路就会消停。哪知言路的风向在改革的举措废止了以后，很快就把矛头转向到皇帝身上。为什么呢？因为，讲究皇上的过失很能表现自己的正直，敢于直谏嘛，海瑞就是因此出名的。海瑞那是嘉靖皇帝真有毛病的时候说，可现在这些官员不是这样，皇上就是没毛病，也都要找毛病说，反正是说错了也无罪，规矩就是这么定的。现在这个皇上还真有一个毛病，不太大，就是对一个妃子郑氏好象喜欢的太多了。
郑氏比朱翊钧小四岁，北京大兴县人，知书明理，能陪着朱翊钧读书。心直口快，也活泼开朗，跟性格刻板的朱翊钧恰恰能互补，偶尔还开开皇帝的玩笑，比如说“皇上，您可真象个老太婆。”张居正在的时候，朱翊钧就已经有了十几个有名份的女人，除了结婚时一后两贵人，万历十年三月还一下子晋封了九嫔。郑氏就是九嫔之一的淑嫔，十一年八月她怀孕要生了，晋为德妃，十一月生下了皇二女，这个女儿万历十三年长到三岁上就夭折了。万历十二年八月七日，又是因为怀孕要生，晋为贵妃，十二月生的是皇二子朱常溆，刚出生就死了【6】；到了万历十四年正月，又生了第三子朱常洵，这次这个孩子活下来了。朱翊钧起初的孩子中，王皇后最早生了大公主，荣妃（原九嫔中的安嫔）生了皇三女，德妃（原九嫔中的德嫔）生了皇五女，尤其是生了长子朱常洛的王恭妃也给朱翊钧生了第四个女儿【7】。从万历十三年以后两年多的时间里，只有一个朱常洵出生，可见这两三年中，他是独宠郑贵妃一人，以人之常情度之，自然是特别喜爱这个孩子。
朱翊钧跟郑贵妃两人，曾在北上西门以西的大高玄殿（这个地址今天仍在，在北京景山公园西侧）真武大帝像前密誓，并且朱翊钧将誓言御书一份，封在玉盒里存在郑贵妃处为信。誓言的内容是什么？不知道，不过我们可以猜。废了长子朱常洛立朱常洵为太子，这不可能，立太子这事情真武大帝是不管的，而且这事情朱翊钧也没那么傻，把这种违背祖制的东西写成白纸黑字，哪怕是秘密的。立郑贵妃为皇后也不太可能，因为那等于王皇后过世或者出了什么差错被废，在神明面前诅咒某人，尤其是皇后，那是要遭天谴的。那只剩下一个可能了，就是他俩纯洁的爱情誓言，恩恩爱爱，长长久久。这背后当然可能有不纯洁的想法，如果，只是如果，真等到皇后出了什么事，郑贵妃就有机会递补上来成了郑皇后，那朱常洵就是嫡子了，他继位的排序就在朱常洛前面了。以郑贵妃的性格，她并不是心机很深的女人，这种招数虽然有些绕弯，但在中国几千年来的宫斗的历史中，还是有很多可以借鉴的典故。郑贵妃后来宫斗的行事也是如此，手法简单粗犷，圈子倒是会兜了几个，可目的却让人一眼就看得出来。
他俩显然小看了官儿们的政治嗅觉，人家一早就闻出这里的味儿不对了。在他们的眼里，死了的儿子都不算，女儿也不算，算数的只有活着的儿子，同样都只有一个，人家王恭妃生的还是长子，才只是妃，恭妃。而郑氏却已经是贵妃了，差距咋那么大咧？这个不公平的待遇让人有理由怀疑，朱翊钧是不是有废长立幼之心？这要放在平常人家，老爷喜欢哪个小妾，家里人是不敢说的，也没什么好说。可天家无私事，皇帝的事情，大臣们就是会说，特别是关乎立嗣根本的时候。皇帝是没有爱女人的自由的，皇上您只有**女人的自由。
申时行没有张居正的魄力，官儿们讲究皇帝的时候，他总是忙着两头救火，一边在票拟替皇上圆场，一边劝皇上不要总跟大臣们计较，夹在中间做好人。官儿们是光棍眼里不揉沙子，岂容得你长期做墙头草，现在这苗头出来了，你内阁首辅就不能不表态了。因此申时行上疏请立太子，以此观察皇上的态度。朱翊钧当然不傻，他可是张居正的亲传弟子，官场这些套路，他懂。就在申时行上疏请立太子之后，马上就让礼部准备册封郑氏皇贵妃大礼。你要让我立太子，我就先册封一个皇贵妃玩玩，他的道理，朕就是喜欢郑贵妃，跟这些官儿们杠上了。
这下热闹了，正直的傻冒不断冒出来，首先是户科给事中姜应麟，上疏劝皇上不要册封皇贵妃了，按首辅的建议先立太子吧。朱翊钧当时就火了，“责其窥探，命降边极边杂职。”去山西边远的广昌县当个典史，最小最小的文职官员。
什么叫窥探？窥是偷看，探是侦查。偷看侦查皇上的心思，这就是罪名。申时行的试探当然不好处理，你个从七品的给事中还不好弄你？接下来就是吏部验封司员外郎沈璟、刑部山西司主事孙如法、御史孙维城、杨绍程等一堆人上疏，主要内容就是请封太子，请封王恭妃，或者同时请封太子恭妃，另外附带解救姜应麟等人。朱翊钧有一个算一个，都把他们或是降职，或是夺俸（扣工资）。这个过程中，朱翊钧一再重申，朕不是因为他们请封缘故处理他们，是因为朕没有废长立幼的意思，你们怀疑朕有这个意思，你们这是什么意思？
这第一个回合，双方各有所得。郑贵妃得封皇贵妃，万历十五年五月，郑皇贵妃又生第四子朱常治，早夭。一个虚数才二十五岁的母亲，生了四个孩子，硕果仅存一个皇三子朱常洵。朱翊钧似乎也不象以前那么宠她了，因为这之后，宫里又有别的女人开始替他生孩子。百官也得到皇帝不会废长立幼的许诺。这之后不久就是朱翊钧长太三十多年的厌政情绪，这恐怕就是此时的国本之争很有关系。在他的心里，是不是真有废长立幼的想法？开始那一下子，或者一阵子，可能会有，到了这时以后，那是真没有了。后来到了明朝即将灭亡的时候，有一个活了九十几岁的老太监，回忆起当年的事情说，大家都说皇上要换太子，真是好没天理。皇上当时曾非常喜欢一个玉杯，每喝酒必用它。有一天杯子突然不见了，找了很久没找着，最后郑贵妃才说，可能是孩子们拿去了吧。朱翊钧大怒，把玉杯要回来立刻摔碎，并说，我不会因为此杯给你们留下祸患【8】。朱翊钧对朱常洵是父子真爱，不会因为他拿走这个玉杯生气，他是想告诉朱常洵一个规则，生在帝王家，不该是你的东西，拿了不仅不是福，反而是祸事，朕另可把这惹祸的东西毁了，也不留给你们。
消停了几年，到了万历十七年，又有大理寺左评事雒于仁上了一份奏疏，没事找事的批评朱翊钧沉迷于“酒色财气”。平心而论，朱翊钧酒和色是都有，可那不过是正常的范围，他决不是因酒色误事的人。贪财倒是有，隔三差五的就从太仓弄点钱到宫里来花，张居正留下的底子不错，还经得起他花几个钱。如果真是有气，那就不会听申时行等人的劝告从轻发落，雒于仁是真不会有好下场。趁着万历十八年正月朝贺，朱翊钧向几个内阁大臣诉说这个委屈的时候，大臣们又提起关于国本的事情，因为时年朱常洛虚龄已经十岁，是可以读书的年纪了。朱翊钧心情好，本来诸臣已经退出宫去了，又叫回来，说你们来看看朕的儿子们吧，把俩两孩子带出来会见诸臣。是不是皇上的心里又有所活动了呢，于是大臣们请立太子的奏疏又来了。烦死了，朱翊钧又一次动怒把这些大臣都夺俸处理，而且定了一个规矩，明年再说，而且这一年之内，再有人提立储之事，那就等到长子十五岁的时候再立。本来应该平息下去了嘛，可到了年底，眼看时间要到了，工部主事张有德上疏请求准备东宫仪仗，次辅许国也跟着上疏。好，你们犯规了，这可不是朕说话不算数，于是次年封太子又作罢。大臣们只好再上心解释，继续请立太子。这时候连郑皇贵妃的哥哥郑国泰也坐不住了，也上疏请立朱常洛为太子。立不立太子，关你们郑家人什么事啊，还嫌事情不够乱哪？郑国泰也活得大小脑都不清楚了，这种事避嫌都来不及呢，凑什么热闹。曾有一个内臣叫史宾，善书能诗文，本来已经很受重用，朱翊钧是想把他召用文书房（负责奏疏的地方，很有可能就升司礼太监了），就因为郑贵妃极力支持，史宾不但没被录用，反而挨了一顿打以后逐去南京十几年。郑贵妃同时也吓得待罪了很久才获释。【9】连宫里的事情郑贵妃都插不上嘴，郑国泰无端生事，真是活该被贬为民。朱翊钧紧接就来了一招“三王并封”，而且这回终于抛出“有嫡立嫡，无嫡立长”的理由。时年皇第五子已经出生，朕先把三个儿子都封王，如果将来王皇后生了儿子，就封太子，如果没有嫡子，那再把长子立为太子，合情合理。
封什么封哪，当时的皇第五子才满周岁，会不会走路都是问题，需要这么早封王吗？这不过又是皇帝搪塞大臣们的一个做法。
【1】【3】【4】【5】《明祖宗实录》卷一七一，万历十四年二月。
【2】郑亲王迹儿哈朗等题本：……该礼部查得明朝旧案开载：“……万历五年八月初四日，会极图出揭帖中，王喜姐年十四岁，十月初四日子时生，父王伟系工部文思院副使，母赵氏长女。”
【6】《明神宗实录》与《明史》均不载朱常溆生母，但出自启祯两朝的内官刘若愚所著《酌中志》载：“皇贵妃郑娘娘生皇二子、皇三子即福王，又生皇四子，生皇二女、皇六女、皇七女即封寿阳公主驸马冉兴让所尚者也。”另有一种说法皇二子朱常溆生母为顺妃，因不载于正史，故不采纳。
【7】《明神宗实录》卷之一百五十一甲申万历十二年七月【初六日】“庚辰，皇第四女生，恭妃王氏出也。”
【8】史惇《恸余杂记》，立碎玉杯。
【9】明·沈德符《万历野获编》卷三○宫闱[今上家法]。