微量元素是指土壤中含量很低的化学元素，一般含量为百万分之几。植物所需要的微量元素有铁、锰、铜、锌、硼、氯和钼，与大量元素一样，这些元素也是植物必需的营养元素，是生物体中辅酶、酶的组成成分。供应不足时，植物就会出现缺乏症状。为了满足植物正常生长的需要，就需施含有微量元素的肥料。
我国目前常用的微量元素肥料主要有以下几种：
硼肥：最常用的有硼砂，含硼11％，硼酸，含硼17％。另外，还有含硼玻璃肥料、硼镁肥、硼泥等。
铁肥：一般为硫酸亚铁，含铁19％。另外，还有氧化亚铁、硫酸亚铁铵、螯合铁等。
锌肥：主要有七水硫酸锌，含锌23％，一水硫酸锌，含锌35％，氧化锌，含锌50％～78％，氯化锌，含锌46％。
锰肥：主要是含锰24％～31％的硫酸锰。另外还有碳酸锰、氯化锰、氧化锰等。
铜肥：常用五水硫酸铜，含铜25％。另外有碱性硫酸铜、氧化铜、氧化亚铜等。
钼肥：钼酸钠和钼酸铵是广泛应用的钼肥，它们分别含钼39％和54％。
这些肥料可根据本身的性质，结合土壤和植物情况，单独土施、叶面喷施、种子处理，用于苗床、蘸根等，或几种微量元素肥料混施，或与大量元素肥料、农药、生长调节剂等混施，以节约成本，方便施用，但要注意离子间的相互作用，防止失去有效性。