龙眼树每年要施肥3～5次。第一次在采果后施肥，此次施肥非常重要，除了补充当年消耗的养分外，还对提高翌年果树产量有密切关系。此次施肥以优质农家肥为主，一般每株施土杂肥150～200千克、人粪尿50～100千克、硫酸铵1～2千克、过磷酸钙5～10千克、硫酸钾0.5千克。第二次施肥在花芽分化期，时间在2月上旬，主要是促进花穗发育，每株可施稀粪水15～20千克，此次施肥不可过多，以免引起枝条徒长。第三次施肥在3月中下旬，主要是增大花穗，促进夏梢抽生，每株可施硫酸铵1.0～1.5千克。第四次施肥在幼果形成期，每株施尿素1～1.5千克、硫酸钾0.3～0.5千克。第五次施肥在果实迅速膨大期，以速效氮和钾为主，每株可施人粪尿50～100千克和硫酸钾0.3～0.5千克。
施肥时各种肥料要施入到一定深度的土层内。