然而，眼前的现实，使这些怀着和平建设富民强国良好愿望的莘莘学子们感到希望破灭了，对国民党政府由不满而失望，由失望而痛恨，由痛恨而奋起斗争！
1947年5月20日，以中央大学为主的16个大专院校，在南京联合举行请愿，发动了—场轰轰烈烈的反饥饿、反内战、反迫害运动。国民党政府指使军警特务对游行学生施行残酷镇压，受伤学生30余人，被逮捕和失踪者40余人，造成了震惊中外的五.二O血案。其影响很快扩大到平、津、沪、杭等全国60多个大中城市，有力地冲击了国民党政府的反动统治。毛泽东给予五.二零运动以高度评价，称之为伟大正义的学生运动，是反蒋斗争的第二条战线。
在这场运动中，中大医学院许多学生都积极参加，并为反动军警打伤的学生进行医疗救护。
1947年底，中大医学院院长戚寿南被派往美国，担任中国驻世界卫生组织代表，由蔡翘代理院长。在此期间，戚寿南还争取了留美奖学金，先后派耳鼻喉科姜泗长及公共卫生科郭祖超赴美深造。此前已派汪良能赴美专攻整形及烧伤外科。不久，陈华教授由美进修回国，继任牙科、专科主任及牙症医院院长。
蔡翘在他的自述中写道：中大医学院迂回南京，—切又要重砌炉灶。从零做起，这儿乎像是我命运中注定的事情，我已习以为常。于是，我们又振作精神，在丁家桥重操旧业干起来……
是啊，他们这—代人注定要承受太多的心灵痛苦，或许就是因此而变得伟大。
1949年1月，淮海战役结束，南京解放在即。蒋介石宣布下台，退居幕后操纵，李宗仁代理总统。国民党政府气数已尽，处于风雨飘摇之中，—面派代表赴北平与共产党进行和平谈判，—面取得喘息机会伺机反扑，并企图把中央大学及附属医院南迁广州、厦门或台湾。
这是中国命运的最后较量！这是民族前途的生死抉择！
在中共地下组织领导下，中央大学广大师生拒绝执行迁校命令，接过国民党应变口号为我所用，成立应变会保护学校，蔡翘担任中大二部应变委员会负责人。鉴于原中央大学校长周鸿经于元月21口凌晨卷款潜逃，学校成立了校务维持委员会，蔡翘、郑集为该会委员（共11人）处理日常事务，组织护校反迁活动。
1949年4月1日，中央大学、金陵大学等10余所大专院校师生联合举行游行示威，要求国民党政府接受中国共产党提出的八项和谈条件，实现真正的和平。国民党南京卫戌区司令张耀明在蒋介石的授意下，指使军警、特务对游行学生大打出手，致使3名学生死亡，81名学生受重伤，115人受轻伤，造成了又—次惨绝人寰的四.—血案。
中大医学院的师生迅速组织救护队，协同大学医院的医护人员，对这次惨案中受伤的学生进行及时的抢救治疗。
毛泽东主席闻讯后，发表《南京政府向何处去》的文章，对南京学生的革命行动加以恃定，对反动派的野蛮行径加以谴责。
中央大学为四.—血案死难的学生召开追悼大会，激发了广大师生对国民党反动派的仇恨。国民党南京政府更加恼怒，南京卫戌司令部开列了黑名单，对进步教授、学生策划了—次大逮捕、大屠杀。在中共地下组织的安排下，迅速转移了—大批知名专家教授和学生，避过了军警、特务的搜捕。同时，学校师生员工积极行动起来，成立护校大队，队员们手中没有武器，便手持棍棒，结伴巡逻，轮班站岗，有效地阻止了国民党散兵特务人校骚扰和破坏，在坚忍的昼夜守护中迎接解放的到来……
4月20日，国民党当局祀绝在谈判协议上签字，国共和谈破裂。
4月21日凌晨，毛泽东、朱德下令，人民解放军在长汀全线大举渡江。
4月22日晚，在沉寂的校园里，师生们屏住呼吸，聆听从远处传来的隆隆炮声。很快，大家都在激动地低声传递着—个消息：解放军已经渡过长江了！第三天清晨，经过激烈的巷战，解放军即进入南京城。学校的师生和市民们纷纷走上街头，迎接入城的人民了。
天亮了！
南京解放，中央大学暂时实行军管。
就在这当口，陆裕朴、苏鸿熙、蔡用舒、姜东明等相继接到国外邀请进修深造的电报，他们的出国护照在南京解放前夕已办好。不少人分析认为，中国已经解放了，怎么还口以到资本主义国家去学习呢？再说，你们办的是中华民国护照，现在还有效吗？
医学院院长蔡翘将此事向驻校军代表赵卓报告，商议如何决定。赵卓说：此乃事关重大、非同寻常，须向上级首长呈报广
赵卓遂向南京军事管制委员会主任刘伯承汇报。
刘伯承当即指示：到国外学习技术这有什么关系呢？全国解放后，我们要建设，需要大批人才，有机会可以去，但要早去罕回。
陆裕朴教授生前曾回忆说，当时他们这些要出国的人谁也没有想到，会得到刘伯承将军的批准。大家不禁为共产党的这种信任和理解，感到深刻的教會和鼓舞。这些人后来因朝鲜战争爆发，不能如期回国，后在日内瓦会议时，经周恩来总理据理力争，才先后——回国。有几位到了上海，陆裕朴、蔡用舒等回到了西安四医大，苏鸿熙因美籍夫人的关系，特绕道英国——法国——捷克斯洛伐克―苏联而后回国，也到了四医大。他们回来了。
他们坚守着当初的那分信任和理解，同时肩负着—种责任和使命回来了，回到祖国母亲的怀抱。
他们激动的心在默默背埔着依稀记得的匈牙利诗人裴多芬的诗句，这诗句此时最能表达他们各自的心境：
我是你的，我的袓国！都是你的，我的这心，这灵魂！假若我不爱你，我的祖国，我能爱哪—个人？
你虽贫弱，我却不将你嫌弃。
对于任何别国，我的心毫无寄托……
中央大学医学院自1935年创建至1949年，走过了近15个年头的艰难、曲折、战乱、漂泊的岁月，成为当时中国医学院校中最负盛名的医学学府。在教学、医疗和科学研究的实践中，形成了治学严谨、勤奋刻苦的优良学风。—贯重视延聘人才，将选拔具有真才实学、纯朴笃实、学而不厌、诲人不倦的教师作为办好学校的根本。许多知名学者都先后在校执教，培养出许多享誉海内外的医学名师（校史记载：中央大学医学院创建15年来，培养了9届医学生共362名。其中医本科225名，牙本科29名，牙专科59名，护士师资班10名，高级医事检验科8名，司法检验专修科23名，研究生9名）。解放后的5年期间，共培养学员664名，他们大都分布全国各地，在部队或地方不同的岗位上辛勤工作，许多人已成为医疗、教学或科学研究中的骨干力量和学科带头人，有的已成为国内外著名的专家、学者。
1950年12月，由中央大学医学院所改的南京大学医学院，脱离南京大学，直接隶属华东军政委员会卫生部。1952年1月，归属中国人民解放军华东军区建制，改番号为华东军区军医学院，继而更名为中国人民解放军第三军医学院。1952年12月，根据中央军委命令，改编为中国人民解放军第五军医大学。