（二）司法保护知识产权的优势与问题
与行政保护相比，知识产权的司法保护具有不可替代的优势，这主要体现在：
1.司法保护的全面性
人民法院在民事诉讼、行政诉讼和刑事诉讼中行使审判职能，可以为知识产权提供全方位的保护，这是其他行政机关都不具备的优势。司法保护不仅可以充分保护知识产权这一主要是财产权利的民事权利，监督行政主管机关依法行政维护行政管理秩序，还可以对严重侵犯知识产权构成犯罪的当事人予以严厉的刑事制裁，具有权利保护的全面性。以幸发芬侵犯商业秘密案为例，江汉石油钻头股份有限公司核心技术人员幸发芬携带该公司的技术秘密资料跳槽到天津立林钻头有限公司，并使用此技术为后者研发生产出了具有市场竞争优势的三牙轮钻头产品。湖北省汉江中级人民法院终审判决幸发芬构成侵犯商业秘密罪，判处其有期徒刑6年，并处罚金5万元。此后，江汉石油钻头股份有限公司以天津立林钻头有限公司为被告提起民事诉讼要求赔偿经济损失，此案最终在湖北省高级人民法院的主持下达成调解协议，江汉石油钻头股份有限公司获得了1700万元的经济赔偿。这是一起典型的司法全面保护知识产权的案例，不仅在刑事诉讼中打击了侵权犯罪的行为，还在民事诉讼中补偿了当事人的经济损失。
2.司法保护的终局性
司法是社会公平正义的最后一道防线，司法保护也是知识产权保护的最终救济途径，具有权利救济的终局性效力。人民法院的生效判决既是终极的，又是“公正优先，兼顾效率”的，所以能够充分发挥定纷止争、维护正义的权利救济作用。人民法院终审判决的终局性，使司法保护较之于行政保护具有更加权威的法律效力。例如，湖北周黑鸭食品有限公司在维权过程中，先是诉诸行政保护，湖北省工商行政管理局开展专项行政执法活动，下达了《关于组织查处侵犯湖北周黑鸭食品有限公司合法权益等不正当竞争行为的通知》，在全省范围内部署打假。但是，侵权人采取“游击战术”逃避惩罚，侵权行为并未从根本上得到制止。为此，湖北周黑鸭食品有限公司向法院提起了民事诉讼，请求法院判令被控侵权人立即停止侵犯“周黑鸭”商标专用权、知名商品特有的名称、包装、装潢权的行为，停止虚假宣传行为、使用其企业名称并赔偿经济损失。
3.司法保护的规范引导作用
新型疑难案件所涉及的法律问题往往经由个案裁判的推动才达成共识和规则，此类案件的裁判会产生超过案件本身的影响，具有规范引导的重要功能，使知识产权的拥有者和参与科技创新、运用科技成果者通过已发生纠纷的裁判结果，预判司法对自己类似行为的评判。在知识创造日新月异、新型纠纷不断涌现的现代社会，司法保护具有明晰法律标准、规范社会生活和维护国家的法制统一的重大意义。最高人民法院自2008年起发布《最高人民法院知识产权案件年度报告》，通过公布具有普遍典型意义的知识产权案例，充分发挥司法案例的指导作用，统一全国法院的裁判尺度。可以说，知识产权审判的意义不仅是个案的纠纷解决，而且还具有规范引导市场交易和社会生活的重要作用。
4.司法保护的损害赔偿功能
知识产权首先是财产权，知识产权的私权属性决定了其保护方式应当主要是通过赔偿损失的方式实现，也就是说，知识产权的保护主要应当是民事保护。人民法院在民事审判中，不仅可以判令侵权人向权利人赔偿经济损失，支持权利人维权的合理支出，在法律规定的范围内甚至还可以处以惩罚性赔偿。这对于全面弥补知识产权权利人因侵权和维权遭受的损失，保护权利人继续创新的积极性具有重要的意义。加大知识产权的侵权赔偿力度，仍是立法的趋势和要求。以2008年修订的《中华人民共和国专利法》为例，此次修订将侵犯专利权的酌定赔偿金额由原先规定的5000元至50万元提高到了1万元至100万元，为充分赔偿被侵权人的经济损失提供了法律依据。
然而，由于我国司法保护知识产权的制度不够健全和完善，司法保护的作用还远远没有充分发挥，这直接影响到了权利人通过司法途径维权的积极性。目前，司法保护中存在的主要问题有以下几点：
1.立案门槛高
《中华人民共和国民事诉讼法》第一百零八条规定，起诉必须有明确的被告。在审判实践中，有的法院还要求原告提供被告的地址和联系方式。然而，知识产权侵权的隐蔽性较强，再加上网络信息容易造假的特点，权利人在起诉时有时甚至不知道侵权人的真实身份，无法确定明确的被告。既然法院不能帮原告查找被告，那么权利人就自然会倾向于到立案门槛更低的行政机关去寻求保护。
2.举证责任重
在行政查处程序中，实际上是行政机关在帮助投诉人搜集证据，而且投诉人不一定是知识产权的权利人，有的只要是利害关系人即可。但在民事诉讼程序中，法院对各方当事人的利益必须采取“平等保护”，处于中立裁判地位的法院不可能帮助一方当事人举证。因此，原告的举证责任较重，不仅要证明自己是享有涉案知识产权的权利人，还要举证证明被控侵权行为确实存在，一旦证据未形成完整的证据链或者证据本身存在瑕疵，就要承担败诉的风险。知识产权的维权普遍依赖于权利来源的公证和侵权行为的公证，而我国目前的公证——尤其是网络侵权公证并不规范，存在较大瑕疵的公证不一定会被法院采信，这也为权利人的诉讼维权带来了风险。
3.维权成本高
权利人通过诉讼方式维权，不仅要预缴诉讼费，还要承担调查取证的费用和出庭的差旅费，如果聘请律师要承担律师费，申请诉前禁令、证据保全和财产保全的一般还要提供财产担保。虽然法律规定了诉讼费由败诉方承担，赔偿范围包括了合理支出和律师费，但一旦遇上诉讼能力较强的被告，权利人败诉的诉讼风险也随之增高，维权成本也往往会随之提高。在举证不足的情况下，权利人甚至会出现“赢了官司输了钱”的极端情况，这都影响了权利人通过诉讼方式维权的积极性。
4.诉讼周期长
由于知识产权案件的专业性较强，为保证审判质量，最高人民法院以司法解释的形式将知识产权民事案件提级由中级人民法院集中管辖，全国大约只有一百家基层法院经最高人民法院批准具有一般知识产权民事案件的管辖权。按照民事诉讼法的规定，中级人民法院不能适用简易程序审理案件，因此，知识产权民事一审案件的审理期限为六个月，再加上送达时间、上诉期限、案件移送时间和二审三个月的审理期限，一个案件的审理周期往往会长达一年甚至更长，这还不包括因公告、鉴定、中止审理和其他情况延长审理期限所需的时间。部分诉讼经验丰富的被告，还会通过提出管辖权异议并上诉、躲避法院送达传票和文书、利用调解机会假意磋商等各种方式拖延诉讼、增加原告的诉讼成本和诉累。没有任何权利人愿意赢了官司却输了商机，因此，诉讼周期过长，必然会损害权利人寻求司法保护的积极性。
5.诉前保护弱
由于诉讼的周期较长，为及时制止侵权行为，防止被控侵权人毁灭证据、转移财产，我国的知识产权法律规定了诉前禁令、诉前证据保全和诉前财产保全制度，但是，我国诉前保护制度实施的情况并不理想。司法保护始终坚持的是一种对各方当事人的“平等保护”，为防止申请人滥用诉前保护的权利对被控侵权人造成难以弥补的损失，法院对于诉前保护持有慎重运用的态度，会严格审查申请人的主体资格、权利来源和侵权的证据以及提供担保的情况等是否符合条件。尤其是诉前禁令，法院一般只有在申请人的权利比较稳定且认定侵权的可能性较大的情况下才会准许。当被申请人不配合执行时，往往需要被控侵权产品的销售者、传播者、使用者以及海关、工商部门等单位或个人协助法院执行。然而，对于协助人的协助义务，法律并未作出明确规定，这无疑给诉前保护措施的执行留下了隐患，导致法院的执行力受到影响，尤其是异地执行的难度较大，执行效果不佳。
6.赔偿数额低
民事诉讼源于当事人的利益驱动。市场经济条件下社会利益的多元化，决定了知识产权权利人利益诉求的多样性。知识产权案件原告起诉的目的，有的是为了及时制止侵权，弥补经济损失；有的是为了通过诉讼牟利，获取惩罚性经济赔偿；还有的是将诉讼作为市场营销的手段，压迫对方与之签订许可使用协议。因此，对于法院而言，根据“利益平衡”的知识产权保护原则，一般不愿意支持通过诉讼方式获得经济利益的诉讼牟利行为，这样的直接后果是酌定经济赔偿数额的标准较低。其结果是，司法保护与行政保护相比并没有明显的优势，权利人在立案门槛高、举证责任重、维权成本高、诉讼周期长、诉前保护弱、败诉风险大而获得赔偿少的情况下，自然就会转而寻求更加便捷高效的行政保护。
三、弱势向强势转化的必由之路
英国之所以能够率先完成工业革命，步入世界现代化强国的行列，在相当程度上要归功于对知识产权的保护，正是有效的知识产权制度为创新的“天才之火浇上了利益之油”，而司法保护正是西方发达国家最主要和行之有效的知识产权保护方式。如今，我国在知识产权立法已经基本健全的情况下，及时调整知识产权执法的战略重点，是审时度势、加大保护力度、与世界接轨的重要举措。如何改进和完善人民法院的知识产权审判工作，充分发挥司法保护知识产权的主导作用，是当前知识产权保护有待研究和解决的首要问题。对此，本课题组经过调查研究，提出以下几点建议。
（一）设立审判机构，拉动司法需求
一个需要关注和研究的现象是，设立专门的审判机构对司法需求的增幅起到了明显的拉动作用，这被称为司法需求的“机构效应”。据统计，我国在设立专门的经济审判庭、行政审判庭和海事法院之后的十年内，受理的经济纠纷案件、行政案件和海事案件的数量分别增长了约十倍甚至更多。这一现象在知识产权审判领域同样存在。例如，湖北省武汉市江岸区人民法院自2008年4月成立知识产权庭受理知识产权案件以来，2008年受理案件19件，2009年受理案件66件，2010年受理案件100件，案件数量逐年大幅增长。该法院2008年受理案件19件，其中，民事案件16件，刑事案件3件，行政案件0件；2009年受理66件，其中，民事案件62件，刑事案件3件，行政案件1件；2010年受理100件，其中，民事案件92件，刑事案件7件，行政案件1件。由此可见，在全国各级人民法院设立专门的知识产权庭，集中审理知识产权民事、行政和刑事三种类型的案件，可以大幅拉动知识产权保护的司法需求，有效促进知识产权的司法保护。
（二）优化管辖格局，简化救济程序
在知识产权案件数量较少、人民法院缺乏此类案件审理经验的初级阶段，为积累审判经验，保证审判质量，最高人民法院将知识产权一审民事案件提级到了中级人民法院集中管辖。然而，经过这么多年的发展，网络科学技术已经普及，知识产权案件数量大幅增长，人民法院的审判力量也不断增强，大部分类型的知识产权案件已经不是那么神秘。早在2000年，北京高级人民法院就已经适用简易程序审理部分知识产权民事纠纷案件。见《北京市高级人民法院关于部分知识产权案件适用简易程序进行审理的通知》（京高法发[2000]201号）。可以说，现在已经完全有条件优化案件管辖的格局，将专利、集成电路布图设计、植物新品种之外的专业性并非很强的一般知识产权民事案件下放到更多的基层法院管辖，并在符合法律规定的情况下适用简易程序审理，以简化救济程序，缩短维权周期，降低维权成本，方便当事人诉讼，减轻当事人诉累，提高当事人需求司法保护的积极性。
（三）加强诉前保护，及时制止侵权
西方发达国家并未采取行政保护的模式，但对知识产权的保护仍然及时有效，其中一个重要的原因在于这些国家的法院充分发挥了诉前禁令、诉前证据保全、诉前财产保全等诉前保护措施的优势，及时制止了侵权行为，防止了被控侵权人毁灭证据或转移财产。在我国的司法保护实践中，利用诉前保护措施的数量不多，对权利人的保护显得比较有限。因此，完善诉前保护制度，加强诉前保护力度，可以大大减少权利人对行政保护的依赖，从而充分发挥司法保护知识产权的整体优势。当前，我国亟待以立法的形式加强知识产权的诉前保护，并着重在三个方面予以明确规定：一是诉前保护措施在执行中需要协助执行的情形；二是协助执行人协助法院执行的相关义务；三是有义务协助执行的单位或个人拒不协助执行的法律后果。