莫扎特以两首新的交响曲结束了这段时期。第三十三号交响曲（K.319）和第三十四号交响曲（K.338），前者听起来高贵而骄傲，后者则在结尾处加入了狂热活力的旋转舞蹈，似乎比喻扫开了前进路途中的每一个障碍，包括忧郁的心境。
对歌剧的执著
莫扎特对自己的作品感到满意，但却有一份不安和未尽责任的心情，他渴望着再写一部歌剧。他在给父亲的信中曾说：“我一听到有人谈起歌剧，或是哼着歌剧，甚至当我走过歌剧院时，就几乎要发狂。你知道我最大的渴望就是写歌剧。”
1780年秋天，一个德国剧团到萨尔斯堡演出，他们表演了莎士比亚及其同年代的戏剧。
莫扎特几乎一场不落地去观看了这些演出，他对歌剧如此热衷并不是想获得金钱和名声。歌剧综合着一支比其他乐团更大且更富有色彩的管弦乐队，它拥有一些舞蹈和壮观的景象，在创造角色方面也给作者提供了挑战，作曲家要透过音乐赋予这些角色一种有感情的生命。这样的艺术形式无疑可以让数以万计的人顷刻间为之感动。
另外，在莫扎特生活的年代，虽然有各种各样的音乐形式，但能够掌握大量听众的只有歌剧。当时的歌剧尽管有很多习惯和固定的形式，但仍旧是比较新颖且极为时髦的东西。
德国剧团的演出结束没多久，11月，慕尼黑传来消息：巴伐利亚选帝侯委托莫扎特写一部严肃歌剧，关于神话中的克利特国王依多曼尼奥的故事。虽然柯罗瑞多亲王主教极为讨厌他的仆人到萨尔斯堡以外的地方去扩展他的事业，但是他无法阻挡，因为选帝侯在阶级排行榜中比他高。
这部歌剧第二年1月在慕尼黑上演，取得了巨大的成功。而这时阿蕾西亚全家已经搬到了维也纳，并且在莫扎特接到这次歌剧委托的时候，她嫁给了一位宫廷演员兼画家。
歌剧《依多曼尼奥》
歌剧一直是莫扎特渴望得到的委托，所以他极为勤奋热心地工作着，但是在这个过程中不是没有问题产生的。首先，剧本太长而且缺乏戏剧性，原作者又不肯将它缩短。莫扎特只能将他希望留下的部分配乐，从整个剧本中挑出来印刷。其次，这部歌剧的男主角由欧洲最著名的男高音担任，但是那时他已经六十六岁了，莫扎特很怀疑他是否还能唱歌。另外，这位男主角还向莫扎特提出了很多自己的并不受欢迎的忠告，他反对使用四重唱。当时的歌剧在传统上只用独唱的抒情调和二重唱，即便是二重唱里，两个人也是用不同的音域唱相同的旋律。但是莫扎特写的四重唱是四个人同时唱不同的旋律，借此描绘每个角色的心境。这无疑给歌唱者和乐队带来了巨大的挑战。
这之后，四重唱、五重唱和六重唱很快发展为歌剧的主要部分，莫扎特是这一形式的开山鼻祖。
这部歌剧于1780年12月完成，莫扎特二十五岁生日的两天后，即1781年1月29日在慕尼黑上演。莫扎特的父亲和姐姐都去观看了这次演出。这是莫扎特的第九部歌剧，被称为《依多曼尼奥》（K.366），这也是他以这种形式写的第一部成熟作品的首次公演。
歌剧中讲述的是一个非常传统的故事，《圣经·旧约》中也有所记载。依多曼尼奥是克利特的国王，他在特洛伊之战后回国的途中，被狂风暴雨困在海上，情况十分危急。他为了脱离险境，乞求海神的帮助，并且答应会把他安全到达陆地后看到的第一件生物奉献给海神。可是他看到的第一个人是他最钟爱的独子依达曼提。依多曼尼奥满心惊骇和恐惧，他不愿意献出自己的儿子，并试图带着儿子离开克利特。这时的依达曼提与特洛伊公主真心相爱，不愿离开公主，从此流亡。最后海神被两个年轻人的爱情所感动，取消了与依多曼尼奥的协议，成全了他们。依多曼尼奥也将自己的王位禅让给儿子，结局皆大欢喜。
《依多曼尼奥》是莫扎特当时自认为最完美的作品，它符合莫扎特之前对歌剧的所有构想，规模宏大，使用华丽的管弦乐曲，每一幕都以合唱结束，节奏清晰分明，从头到尾始终保持一贯的高贵、强而有力，以及令人震颤的气势。
《依多曼尼奥》中有一些场景的配乐令莫扎特引以为荣，那些暴风雨、船只遇难、狂暴乱冲的海怪，以及一些令人难以理解的地下声音都被配上音乐，这样就从视觉和听觉两个方面让观众感受到一种怪异的状态。
莫扎特还特地从萨尔斯堡运来了小号和长号的弱音器，以供剧中严肃的场合使用。
剧中的抒情调也很了不起，而且莫扎特赋予了每一个角色一个特殊的音乐个性。特别令人印象深刻的是单恋王子依达曼提的伊莱特拉，她是愤怒和嫉妒的化身，在舞台上狂躁地四处走动，用尖叫声唱出她所受到的挫折和求不得的痛苦。
就像莫扎特这之前和这之后所有的伟大歌剧一样，《依多曼尼奥》的主题是爱，它是这世间最强大的力量，它可以给人活下去的希望，可以使人们有崇高的行为；缺少了爱的人会抑郁疯狂，甚至被毁灭。当然，这里的“爱”不是指狭义的男女之爱，它的范围和涵义更为广大和深远。《依多曼尼奥》中也叙述了父子之间的爱。当依达曼提知道他父亲曾经为什么执著地想要带他离开克利特，甚至不顾他与特洛伊公主的爱情时，他了解了父亲对他的爱有多深，因此他自愿完成父亲与海神的协议，献出自己的生命。公主出于对他的爱，准备代替他去死。这些广大而深远的爱终于得到了海神的同情，使得故事有了一个圆满的结局。
莫扎特用辉煌灿烂的音乐将一个相当空泛俗套的剧本提炼成一个有趣的故事。这是他特别喜欢的作品，其中有很多好的特色都重现在《唐·乔凡尼》和《魔笛》里。
《依多曼尼奥》在慕尼黑公演了两次。巴伐利亚选帝侯看了以后大为高兴，他惊叹于莫扎特的才华，但很奇怪的是，他既没有给予新的委托，也没有给予莫扎特一份工作。
莫扎特逗留在慕尼黑，参加了嘉年华会，并写了两首优美的室内音乐：双簧管、小提琴、中提琴和大提琴四重奏（K.370）以及第十号小夜曲（K.361）。后面这首小夜曲长达一小时，由十三支管乐器演奏，但是即便没有弦乐器的加入，它听起来仍然充实而丰富，一点都不单调。
莫扎特对每种乐器都有着极为准确且深刻的认识，他擅长在作曲中使用各种木管乐器，并使之相互衬托。这种能力很奇特，纯粹是一种感官的测量，在使用木管乐器的慢乐章里，旋律总是更为广阔而缓慢，木管乐器的持续音调也更接近人声。前面我们说过，莫扎特不喜欢横笛和竖琴，但他似乎对一种低音域竖笛有着很特别的感情。
莫扎特的假期在亲王主教柯罗瑞多召他返回维也纳时结束。这时，柯罗瑞多正在维也纳，因为玛丽亚·特蕾西亚女王的逝世，所有亲王聚集在维也纳举行大型的哀悼仪式。1781年3月初，莫扎特与父亲告别，前往维也纳。
开始的时候只是例行性的旅行，结果维也纳却成了莫扎特生命中的双重转折点，从这时起，他终于开始完全按照自己的想法生活和创作。他在这个城市里度过了他人生的最后十年，创作出他最伟大的作品。