亚里士多德采取学院式的课程来教学生。这些年轻的学生对几何学和形而上学往往感到很乏味。而最能吸引他们的，要数植物学和动物学了。直到后来，亚历山大对医术和畜牧等领域仍有着很大的兴趣，也许就是从这个时候培养起来的。他不但深谙医学上的理论，并且具有实际操作的能力。在东征期间，他曾亲自为生病的战友开处方，并且写下了各项调养和饮食事项。
事后亚里士多德曾经提到过当时的教学情形。他认为这批处在少年期的孩子们对政治学无法产生浓厚的兴趣，也许是由于他们缺乏实际经验和对政治深层次的体会和认识不够。后来亚里士多德曾应亚历山大的要求写下了《王权论》和《殖民论》等政治著作，可这些政治学说似乎没有给亚历山大带来直接的影响。一位专门研究古代史的历史学家，曾经下过这样的结论：
亚里士多德在政治哲学上并没有给亚历山大带来很大的影响。天才与天才的交会却无法为对方留下任何痕迹。这两位不世出的天才却各自在学术上、武功上发展出他们伟大的成就，各自成就了在历史上的地位。
对亚历山大而言，父亲腓力给了他生命，而亚里士多德却让他认识了一种高尚的生活，为他开启了知识之门。亚里士多德给予亚历山大完整的口才和文学训练，并且激发了他对科学、医学和哲学的兴趣。亚历山大童年时期就显出了在音乐和马术上的才华。据记载，少年时代的亚历山大发现了一匹烈马，所有人都认为它是不可驯服的，而他只是柔和地对马说了几句话便成功地驯服了它。后来，他给还给马起名为“塞弗勒斯”。
在亚里士多德的影响之下，亚历山大对希腊文化充满了浪漫的热情，随着他日后的东征，小亚细亚一带纷纷希腊化了，这种文化余韵，历经300年而不衰！
锋芒初露
公元前346年以来，马其顿和希腊双方一直勉强维持着和平，但关系日渐紧张，至公元前340年，新的战争终于爆发了。腓力又要领军出战。
这一年，亚历山大刚好16岁。一天，腓力把亚历山大叫到宫廷中，并告诉儿子，自己将要带着军队出去作战，国家则由他来管理，希望他能为他分担国家大事，参与政治和军事事务。腓力同时安排了安提帕特将军留守。
留守期间，亚历山大和安提帕特曾一度击败前来进攻的密底人。亚历山大初次上阵就展现了他的军事天赋。他大败敌人，一直进军到他们的城市，驱散了当地人，重新组织移民，并且夺得了一个军事基地。亚历山大把这块地方命名为“亚历山大城”，用来纪念他的第一个战果。在两年以前，父亲腓力也曾经取得过类似的战果。亚历山大发动这次战争的动机，是不是出于和父亲互相竞争的心理呢？也许这就是亚历山大一生战功卓著的原动力吧。
亚历山大18岁的时候，就跟随父亲南征北战。这些战争教会了年轻的亚历山大如何部署军队，期间，他还断然地实行了许多改革。在一场决定了希腊命运的喀罗尼亚战役中，亚历山大发挥了极其重要的作用。
战争开始后，腓力二世率先率领骑兵向前逼近，随后的禁卫步兵方阵依斜型序列跟进，中央马其顿方阵紧跟着前方的斜型阵列前进，但左翼的亚历山大却按兵不动，当马其顿右翼接近时，雅典军向前冲锋，双方步兵短兵相接，骑兵相互厮杀。激战一段时间后，腓力开始撤回自己的右翼军队，而雅典重装步兵立即随后追杀，在不明马其顿军企图的情况下，雅典的盟军底比斯军选择按兵不动，静观其变，但这样的结果使雅典和底比斯两军间出现松动，雅典军的右翼被暴露出来。亚历山大见战机终于出现，立即率领骑兵组成菱形突入雅典军的右翼，并令游击步兵向前阻挡底比斯军对雅典军的救援，腓力也迅速朝雅典军正面猛攻，在两方攻击下，雅典军很快溃散。亚历山大随即率领骑兵绕至底比斯军后方，朝底比斯圣队发起冲锋，将其歼灭。雅典联军全线溃败，马其顿获得决定性的胜利。
喀罗尼亚战役惨败后，希腊城邦的自治和希腊的自由精神也从此断送了。雅典曾经严格地要求战败的将军重新检讨战局，并且追究失败的责任。此外他们动员了所有年轻力壮的男人，包括奴隶和外国人在内，全部武装起来，即使被希腊人认为最神圣的墓石，也被用来做防御工事。他们决心要抗战到底，他们认为，至少他们还有完整的舰队。虽失去了过去的光荣，但并未就此一蹶不振。腓力二世看到自己的族人是这样坚毅，觉得如果一直压迫雅典，会引起希腊人更强烈、更持久的反抗，还是应该采取宽容的态度，见好就收。他决定与雅典签订停战协议，将雅典阵亡将士的遗骨送还故土，同时恢复了俘虏们的自由，并且派遣亚历山大和安提帕特为使节去希腊诸国讲和。作为一个战胜国，腓力所提出的条件极其宽大，雅典感受到了腓力的诚意，因此正式成为马其顿的一个忠实盟国。当亚历山大正式访问希腊的时候，也被希腊臣服的诚意所感动。
腓力成了新的国际盟主，现在横在腓力眼前的是怎样处理战后的希腊。他令希腊诸城邦与马其顿签订军事同盟的协定，这个协定就是“哥林多同盟”。“哥林多同盟”是确保希腊和平的基础，为亚历山大日后的东征扫去了后顾之忧。
遭遇家变
青年时期的亚历山大遭遇了巨大家庭变故，父母感情疏离多年后最终分道扬镳，而他自己也因为不满父亲另娶新欢而愤然出走。这样一位离开了支离破碎的皇室家族的王子，日后又是如何坐上王位重拾江山的呢？这还要从亚历山大所遭遇的家庭变故说起。
马其顿的很多贵族对奥林匹亚斯出身蛮族这一事实一向不满，更重要的是，他们完全无法了解亚历山大的想法，不知该如何迎合这位准王位继承人，而喀罗尼亚战争中亚历山大表现出的军事才华和他在士兵们心中的威望也令他们十分忌惮。与此同时，由希腊凯旋的腓力想要迎娶阿塔鲁斯年轻美貌的外甥女克丽欧佩特拉，于是他和贵族们一样，将矛头指向了亚历山大的母亲，奥林匹亚斯的王妃地位已经摇摇欲坠。这一切令这对孤立无援的母子对马其顿的贵族阶级产生了强烈的反感。
在腓力和新王妃的婚礼上，阿塔鲁斯发言：“希望国王和新后能尽快产下一位马其顿的合法继承人。”
“那么我呢，你这卑鄙的人，你把我当成什么了？”亚历山大大声质问阿塔鲁斯，说完便将酒杯朝这个羞辱了母亲和他的人砸了过去。
当腓力站在椅子上向亚历山大抽剑时，气愤的他因为醉酒而站立不稳，竟然从椅子上摔倒了。亚历山大嘲笑道：“你们瞧啊！一位准备从欧洲横扫小亚细亚的国王，却连一张椅子都跳不过去。”
为了维护母亲和自己的尊严，亚历山大和父亲发生了激烈的争吵。最后，年轻的亚历山大愤然离开马其顿，和母亲一起回到了伊庇鲁斯。当时的大贵族们一直扬言，王位一定要传给嫡子才行。但是嫡子出生到长大，还需很长的一段时间，在这段时间里，亚历山大仍是理所当然的皇太子，但是他这个太子身份，却有着时间的限制，能继承王位的可能性并不大。最重要的是，亚历山大在贵族的眼中还有利用的价值。尤其是眼前，东征问题已经进入紧锣密鼓的阶段，势必要亚历山大参助才能成功。为了化解腓力和亚历山大父子之间的怨隙，腓力的一个老朋友笛玛拉塔斯特地出面来调解，希望亚历山大能够再度回到马其顿来。
亚历山大母子离开以后，腓力也一心想要和伊庇鲁斯维持友好的关系，因此他决定把自己的女儿嫁给伊庇鲁斯国王为妻。公元前336年的初夏，这场奢华的婚礼在马其顿的旧都举行，各国使节都赶来参加，婚礼现场宾客云集，并有竞技表演为婚礼助兴。当时的马其顿是希腊的霸主，腓力更要通过这场婚礼来显耀国威。婚礼现场腓力撤掉了所有的卫兵，以彰显亲民的作风。在这样一个热闹喜庆的场合里，谁也没有发现剧场门口有一个卫兵打扮的人，并没有遵照命令退出剧场，当腓力一行通过的时候，那个卫兵迅速地拔出短剑，朝腓力的胸前刺去，腓力还未来得及躲闪，便已中剑倒地。这突如其来的一幕使在场的人都惊呆了，过了好一会儿，众人如梦初醒，才想起来去追捕凶手。最后他们逮捕了一位名叫保萨尼阿斯的年轻贵族，并把他处死。
对于腓力被刺的内幕，后世一直众说纷纭，但在尚未出现新的继承人的情况下，腓力的突然离世无疑将亚历山大母子推到了舆论的风口浪尖。腓力死后，对谁最有利呢？这件事情无疑成为希腊的一大话题，最受瞩目的当然是奥林匹亚斯和亚历山大了。在亚历山大继位之后，奥林匹亚斯马上宣布这件谋杀案完全是出自波斯的阴谋，是波斯为了阻止马其顿东征而使出的手段。不过，这种冠冕堂皇的解释却不为人们所接受。奥林匹亚斯为了转移众人对亚历山大的怀疑，还在保萨尼阿斯的尸体上放置了一顶黄金冠冕，并且予以厚葬。可怜这位母亲的苦心。
新王即位
腓力的死，立即引起马其顿帝国的慌乱。元老安提帕特是个能够洞察时机的人，他立即召集马其顿的朝臣议会，提议立亚历山大为新王。
在过去的几次战争中，士兵们早已发现亚历山大具有比他父亲更卓越的军事才能，因此都热烈地拥护新王即位。而此时的亚历山大正在忙于清除那些反对自己的势力，重新组构属于自己的政权。得到受命之后，亚历山大完全没有显示出年轻人的幼稚，相反，他立即表现出更加强于父亲的统帅才能和征服欲望。
获得安提帕特的支持后，亚历山大的地位已经稳固。剩下的问题就是那些被腓力派往小亚细亚的远征军会不会揭竿起义。率领这支军队的是腓力最倚重的老将帕曼纽。当时的帕曼纽是军队中炙手可热的人物，马其顿的军队就是他和腓力两个人一手组建起来的。他在军队中拥有相当大的势力，进而影响到政治。而对于帕曼纽来说，一边是强势的亚历山大，一边是自己的女婿阿塔鲁斯。在这个时候，帕曼纽只有两条路：要么揭竿反叛，与亚历山大开战；要么割断亲情，效命于亚力山大。最终，他还是选择了后者。
帕曼纽的支持使亚历山大的地位更趋稳定，他的态度对于亚历山大的王权有决定性的影响。两年之后，马其顿正式向波斯进发，帕曼纽一族都被提拔为东征军的统帅。而亚历山大在隐忍和倚重帕曼纽势力的同时，在军事、行政上，都不得不与腓力时代的大将们互相协调，避免他们的专权而使自己今后无法驾驭。