袁宣布取消帝制后，四川前线的北洋军将领，纷纷向护国军要求停战议和。首先要求停战的是归陈宦指挥的第十六混成旅旅长冯玉祥。他派旅部参谋长蒋鸿遇到横江，向护国军梯团长刘云峰表示，他愿退出叙州，并联合在四川的北洋军将领起义讨袁；袁倒后他主张推举冯国璋继承总统。蔡锷叫他先劝陈宦独立，以为各军之倡。
蔡又直接打电话给陈宦，促其当机立断，宣布与袁政府脱离关系，切勿观望自误。陈仍以“四川军队庞杂，事权不一”为词，表示暂难宣布独立。
陈宦没有直接兵权，确实不愿再打下去，而分布在泸州、重庆等线的北洋军，也因皇帝已经泄了气，普遍存在厌战、畏战的心理，但非陈宦所能指挥。陈宦接到北京的电报，叫他先与蔡锷进行局部停战的谈判，因此他提议先停战一星期，议和问题留待以后商量。
3月29日，蔡锷由永宁回驻大洲驿，巡视了前线，亲眼看见部队久战疲劳，后方仍未按时增援，而战线太长，反攻也有困难，因此接受了停战一星期（自3月31日至4月6日）的建议。
停战期内，冯玉祥旅退往简阳，罗佩金率部回驻叙州。陈宦是个策士式的军人，此时很想联蔡以自保。他向蔡献策，袁与北洋派已经不成为一个整体，应当区别对待，袁早晚必倒，但北洋派则已形成一个强有力的大兵团，尚无一种势力堪与匹敌。他劝蔡目前不必坚持倒袁，否则“为丛驱爵”，将使北洋派团结起来拥袁自卫，对护国军不利。因此，他建议暂时保存袁的总统，以安北洋诸将之心，而北洋派与袁必将进一步分化，袁必将不打自倒；袁倒后，他主张采取联邦制，在冯、段、徐三人中推一人为总统。这个建议是全国各方面所不能接受的，当然蔡锷也不能接受。当时各方面的形势大致如下：
泸州方面，北洋主将张敬尧也直接写信给蔡锷，请其亲自到泸州面商停战议和，并表示他“决不为项城一人争总统”。蔡命刘云峰单骑到泸州，劝张宣布独立。张请曹锟、李长泰、齐燮元等派代表到泸州举行会议，讨论和战问题。会议结果，一致赞成停战，并决定推段祺瑞为总统以代袁。张敬尧甚至建议组织南北同盟军以促进倒袁拥段的主张。
事实上，自袁宣布取消帝制后，四川战事完全停止。第一次停战期满，展期一个月，即自4月7日至5月6日；第二次停战期满，又展期一个月，即自5月7日至6月6日。这种情况，也跟辛亥年南北两军屡次延长停战期相同。北京方面，袁自己不便出面与南方讲和。3月25日，他用黎、徐、段三人的名义致电陆荣廷、梁启超、唐继尧、蔡锷等称：“帝制取消，公等目的已达，务望先戢干戈，共图善后。”这个电报事前并未征求黎、段二人的同意，所以段大为生气说：“老头子一直到今天还要包办一切！”袁听了这种反映，却也不敢发作，他表示今后政治问题交徐负责，军事问题交段负责，他不再加以干涉。
4月1日，袁又用黎、徐、段三人的名义向护国军提出议和条件六项：一、滇、黔、桂三省取消独立；二、三省治安由三省军民长官负责维持；三、三省所招新兵一律解散；四、三省派往战地的兵士一律撤回；五、三省自即日起，不准与官军交战；六、三省各派代表一人来京筹商善后。这也同辛亥年北洋军第一次向革命军所提的条件一样，不是什么议和条件，而是以战胜者自居迫使对方投降的命令。这些条件由袁自行拟定，黎既没有过问，段也不置可否，由徐一人同意发出。
4月2日，蔡锷回答3月25日黎、徐、段三人的电报说：“默察全国形势，人民心理，尚未能为项城曲谅。凛已往之玄黄乍变，虑来日之覆雨翻云，已失之人心难复，既坠之威信难挽。若项城本悲天悯人之怀，为洁身引退之计，国人轸念前劳，感怀大德，馨香崇奉，岂有涯量。”这个电报如此温文尔雅，当时被认为失言。
由于袁用逼降口吻提出了六项议和条件，护国军针锋相对地另提六项议和条件如下：一、袁退位后贷其一死，但须逐出国外；二、诛帝制祸首杨度等十三人以谢天下；三、大典筹备费及用兵费六千万元，应查抄袁及帝制祸首的财产赔偿之；四、袁世凯子孙三世均应剥夺公权；五、依照民元约法，推黎副总统继任大总统；六、除国务员外，所有文武官吏一律照旧供职，但关于军队驻地，须受护国军的指令。
四川停战时期，袁仍自居为总统，坚决不肯退位，引起了全国人民的极大忿怒，各地民军纷纷揭竿而起，讨伐袁世凯的声势在短期内有了更大的发展。在大势所趋、人心所向的新形势下，有些地方军阀不得不见风使舵，由帝制派转为“反袁派”，以保全其地位。这些省区又像辛亥革命时期一样，产生了半独立、假独立的怪现象。
广东方面，产生了各种不同派别的反袁力量，包括孙中山系的中华革命军，国民党系的护国军和进步党系的护国军。
前面说过，自从孙中山改组国民党为中华革命党以来，大多数国民党军人均未参加。他们也想在北洋派势力所不及的云贵和两广地区建立反袁根据地，因此陈炯明、林虎等在广东组织民军，李烈钧、熊克武等则往云南参加了护国军。国民党军人因岑春煊在两广有一定的号召力，推他为名义上的领袖。进步党人梁启超等也想利用岑春煊去抓两广，利用国民党军人去抵制中华革命党，利用北洋派的分化去打击袁家王朝，因此他们与北洋派冯、段诸人以及国民党军人的合流是很自然的。
在讨袁战争中还有民主派反对帝制派，地方军阀反对“中央集权”，士官派反对北洋派等因素。此外，参加反袁阵线的各种势力又具有更多的复杂性和交叉关系，例如：国民党两派人物经常互相转化，北洋军阀也有因个人利害而徘徊于反袁、拥袁之间的。
在反袁战争中，进步党人企图取得更快和更廉价的胜利，竭力拉拢北洋大将冯、段诸人，压迫袁世凯退位，从而迅速结束战争。冯、段诸人也想拉拢进步党人，左手推翻袁政权，右手抵制新旧国民党，造成他们代袁而起的新政权。
在这时期，中华革命党着重进行政治暗杀与组织武装暴动。1915年7月，龙济光被中华革命党人钟明光投弹炸伤。同年9月，袁的御用报《亚细亚报》在当时所传“孙黄分家”，实际情况并非如此。两人书信往来始终不断。1916年5月，黄由美赴日，孙中山时已返沪，有信致黄，告以已派居正、吴大洲等赴鲁东组织讨袁军，请其在日本接洽军火。6月袁死后，黄由日返沪，先到环龙路（雁荡路）拜孙，孙也到圣母院路（石门二路）回拜。这年10月31日，黄在福开森路（武康路）病逝，孙亲临吊唁。黄死后，孙中山取消了中华革命党，恢复了国民党的名称，国民党军人复归于孙。
上海成立分社，党人接连投弹破坏。10月间，浪人蒋士立在东京筹设筹安分会，被党人吴先梅枪击，身受重伤。11月10日，上海镇守使郑汝成被党人王小峰、王铭山投弹炸死。12月5日，党人在上海策动肇和军舰起义失败。1916年2月21日，党人龚振鹏等围攻湖南将军署失败。此外，中华革命党人在江苏、安徽、江西、湖南、广东等省组织武装暴动，特别重视江苏、山东、广东三省。江苏由陈其美主持，山东由居正主持，广东由朱执信主持。
广东为袁与反袁势力双方必争之地。由于北洋军未入广东，袁恃地方军阀龙济光为“南天柱石”镇压革命党人。但是，广东革命并未熄灭，徐勤、魏邦平、林虎、朱执信、邓铿、叶夏声等先后在各县组织民军，提出讨袁、屠龙口号。3月30日，团长莫擎宇在潮汕宣布独立，镇守使隆世储在钦廉通电响应，广州大为震动。陆荣廷多次劝龙宣布独立，愿意保全他的地位，否则广西军就要开进广东来，莫谓言之不预。龙为势所迫，不得不召集广东各界人士开会，表示准备宣布独立，一面请求广东各路民军勿攻广州，一面电阻北洋军由海道开入广东。其实，这是缓兵之计，他暗中向袁告急，请其速派北洋军来援。袁派驻泸北洋军第十师由海军总长刘冠雄率领，乘军舰开往广东，而以驻南苑的北洋军第十二师接防上海。不料第十师尚未开动，4月4日停泊广州省河的宝壁、江大、江固等舰响应民军自由行动，次日徐勤部攻城司令魏邦平乘舰驰抵虎门，准备进攻广州。事机如此危迫，龙急电请袁指示对策。袁用六个字回示说：“独立，拥护中央。”这是叫他宣布独立以缓和民军的进攻，用假独立的手法来达到拥护中央的目的。
4月6日，龙济光遵照袁的指示宣布独立。这是继云南、贵州、广西之后宣布独立的第四个省。龙在独立布告中提到“广东绅商学界公呈：为保全人民生命财产，公议请龙上将军为广东都督，以原有职权维持秩序”。接下去就磨刀霍霍地说：“如有不逞之徒，假托民军，借端扰害治安，即为人民公敌，本都督定当严拿重办，以尽除莠安良之责。”这个布告没有半个字表示讨袁、反对帝制；相反，暗示民军如不停止进攻，他将继续加以镇压。
龙济光是地方军阀中拥袁最力和杀人最多的首恶分子，是广东人民的公敌。龙济光独立后，广东知名人士唐绍仪、伍廷芳等发出联名通电，认为去龙是广东省的首要问题。梁启超也认为“舍龙退职外，对粤无调停余地”。不料梁到南宁会见了陆荣廷，一夕之间，态度忽然大变。他打电报给他的老同学徐勤说：“龙、张为干公至诚所感，丝毫无可猜疑之处。今日之事，必须两粤完全安堵，乃可蓄精锐以歼狂寇。”因此，他叫徐勤停止进攻广州城，一切问题俟岑、陆二人到粤后解决。这封信写得迷离惝恍，不知所云。请问：陆荣廷其人，有什么“至诚”可以感人？龙济光其人，怎么会为别人的至诚所感而“丝毫无可猜疑之处”？龙济光用假独立来“拥护中央”，又怎么能够跟他团结起来，共同对敌？这些问题的答案，显然都是否定的。事情的真相是，陆荣廷之所以出兵广东，是为夺取地盘而来，而广西军进入广东后，陆看到广东军队庞杂，不易处理，又想利用龙的力量以抵制广东民军和中华革命党，这就是他由压迫龙转变为包庇龙的唯一原因。梁启超一贯崇拜实力，看见这种情况，也就跟在陆的屁股后面打转转了。
龙利用了民军停止攻城的机会，一面仍与袁世凯密通情报，一面训令各县防军拒绝民军入城。四月八日，他用广东各界代表的名义召开海珠会议，议决“各党停止争端，民军停止进攻，龙督暂维现状，一切问题应俟岑、陆二人到省后解决”。
4月12日，徐勤由香港到了海珠，当天就与先一日到广州的陆荣廷代表汤睿以及海军总司令谭学夔、警察厅长王广龄、警卫军统颜汉启等，民军李福林代表何某和广州商团代表等，在海珠举行联席会议，讨论民军与龙合作的问题。龙派代表贺文彪、潘斯凯等参加，提出了取消护国军的名义，将护国军并入警卫军的问题。那些参加会议的警卫军统领们都是龙的死党，他们暗藏兵器，携带大批卫士，压迫徐勤同意他们的意见。正在争论间，颜启汉突然行起凶来，一时枪声四起，子弹横飞，汤睿与龙的顾问谭学衡当场被击毙，王广龄和商会会长吕清也都伤重不救而死。
汤睿当时任中国银行总裁，是梁启超的好友，随梁到广西参加反袁活动。陆荣延派他为参加海珠会议的个人代表。他死于乱弹之下，对梁、陆两人都是很大的打击。
早在龙济光宣布假独立前，梁向陆建议在广州组织护国军的中央机构，定名为军务院，负责指挥独立各省军事，在军事未结束前代行国务院的职权，并提议推岑春煊为抚军长。军务院未成立前，先在两广成立都司令部，推岑为都司令以统一两广的军权。岑虽手无寸铁，但可利用他驾驭龙济光，又可利用他联系国民党军人。因此陆也表示同意，电请岑先由上海来香港，俟龙宣布独立后进驻广州。4月6日龙宣布独立，9日陆、梁二人由南宁启程赴广州。13日在梧州接到海珠事变的电报，即停止前进，打算以武力对付龙。
海珠事变后，龙也自知闯了大祸，急派张鸣岐到梧州，向陆解释事变与己无关，请陆、梁二人即日来粤，本人愿向有关方面尽力疏解。张是清朝末年最后一任两广总督，也是龙、陆二人的老上司，袁利用这种历史关系，先任他为广西巡按使，又调任广东巡按使，作为摆在两广的一着棋子。他到梧州后，竭力解释海珠事变的凶手是颜启汉，主使者是粤、闽、苏、赣四省禁烟督办蔡乃煌。他愿以身为质留在陆的身边，以待问题的解决。
陆本来没有讨龙的决心，梁虽有替友报仇的表示，但又不能不以实力派的意见为从违。陆、梁二人向龙提出了六个条件：一、交出蔡乃煌、颜启汉两凶犯；二、警卫军调出广州；三、整饬军纪，解散侦探；四、陆到广州后不到观音山拜会龙，先由龙到陆的行辕来拜会；五、济军一半留在广东，一半随护国军出发进攻江西；六、指定东园为广西军的驻所。龙对这些条件表示全部接受。
但是，广东人民一致反对龙留任广东都督，反对陆以个人意见处理广东问题，民情非常激昂；广东民军也不肯接受陆的约束，扬言仍将采取军事行动；而龙也无诚意履行条件，竟将凶手颜启汉放走。陆由梧州进驻肇庆后，为了欺骗广东人民，劝龙率部北伐，而将广东都督一席让予岑春煊。龙又派张鸣岐到肇庆乞情。4月19日，他亲自到肇庆见陆，改订五个条件如下：一、龙方承认在肇庆成立两广都司令部，推岑为都司令；二、龙仍暂任广东都督；三、龙方交出蔡乃煌处以死刑；四、龙方即日调兵北伐；五、广东民军交岑处理，岑未到前，暂从三水划分防区界线，由马口及其西南以上地区由民军魏邦平、李耀汉、陆兰清等部驻守，龙部济军则驻马口西南以下地区。次日龙回广州时，即着手组织广东护国军三个军，作出准备北伐的姿态，并于24日将袁世凯的特务蔡乃煌交出，由谭学夔解往长堤亲自枪决，以报乃弟之仇。
4月19日，岑春煊由香港启程赴肇庆。5月1日，两广护国军都司令部成立，岑以都司令名义任梁启超为都参谋，李根源为副都参谋。5月6日，梁应龙之邀，偕同张鸣岐、李根源到广州，调和龙与民军的争端。但住了三天，听到龙的部下又有不利于他的风传，即不告而去上海。
梁在离粤去沪前，劝告民军勿攻广州。理由是，龙把观音山建成一座坚强无比的堡垒，打下这座堡垒，需要很大的兵力和很长的时间，而使用这些兵力和时间，就可以打下湖南、江西和福建三省。他从主观愿望出发，赞成对龙妥协以稳定广东的局势，使广西护国军能够集中力量北伐，以解除四川护国军孤军作战的困难。其实，陆、梁二人只看见一个地方军阀的力量，而看不见广东全省人民的力量。对龙妥协不但不能稳定广东的局势，反而加深了广东局势的紧张，阻碍了护国军的北伐计划。
5月8日，军务院在肇庆成立，推举唐继尧为抚军长，岑春煊为副抚军长代行抚军长职权，并推刘显世、陆荣廷、龙济光、梁启超、蔡锷、李烈钧、陈炳焜等为抚军。根据军务院的组织条例，抚军由独立各省都督及军长以上人员担任，梁以军务院政务委员会委员长兼任抚军。抚军长原拟推岑，因唐继尧为首义省区都督，所以改推他而以岑代行其职权。军政府发表宣言，否认袁的总统资格，主张依约法由副总统黎元洪继任总统。宣言说：“黎公今方陷贼围，未克躬亲职务。查大总统选举法第五条第二项规定，大总统因故不能执行职务时，以副总统代理之。副总统同时缺席，由国务院摄行职权。今大总统（指黎）身犹蒙难，副总统职尚虚悬，国务院又非俟大总统任命，经国会同意后，不能组织，而军事正亟，应当求统一之方，且国运方新，尤宜作统筹之计。今由同志等往复电商，特暂设一军务院直隶大总统，指挥全国军政，筹办善后。军务院置抚军若干人，用合议制裁决庶政，其对外交涉，对内命令，均以本院名义行之。俟国务院成立时，本院即当裁撤。”
军务院是进步党、西南地方军阀和国民党军人的联合组织，而以进步党为主体。这是梁启超在南下途中早已制订的一个方案。军务院名为护国军的统一机构，将孙中山所领导的中华革命党排除在外，实际上它是广西军阀割据两广的工具，从未发生领导独立各省的作用。
在两广局势发生大动荡的时候，浙江、陕西先后宣布独立，中华革命党在鲁东建立了反袁根据地，其他各省也不断有反袁暴动发生。
4月12日，浙江继广东之后宣布独立。浙江是第五个宣布独立的省区，它和以前独立的云贵两广四省在地形上并不毗连。
浙江独立前，袁拟调北洋军第十师由沪入浙以镇压浙江人民的反袁运动，引起浙江人民反对帝制和反对北洋军入境的巨大浪潮。驻杭州浙军第二旅旅长童保暄、警察厅长夏超、驻宁波浙军独立旅旅长周凤岐、嘉湖镇守使吕公望、台州镇守使张载扬等酝酿联合反袁。浙江将军朱瑞畏袁如虎，但又不能不顾虑到北洋军一旦入浙，他的地位也难保全，于是他又采取了他在国民党“二次革命”时的老办法，在全国反袁浪潮中以中立姿态出现。
童保暄曾劝朱宣布独立，朱拟杀之以灭口，童便先下手于4月11日晚率部围攻军署，朱从后门逃走。12日，童召集各界人士推举浙江都督，由于浙军中找不出一个核心人物，就推巡按使屈映光兼任都督。屈本洪宪忠臣，因无法脱身，只得承认“以巡按使名义暂兼浙军总司令，以维地方秩序”。他在独立布告中只讲安民，而无一字涉及讨袁，而且所用名义也与独立各省不同，因此外间有“粤浙二光两面光”的冷评。
屈在宣布独立的同时，又与松沪护军使北洋军第四师师长杨善德成立了浙沪两不侵犯条约。他打密电给袁说：“四月十一日晚，突有军民拥至军署，将军失踪。次早，强迫映光为都督，映光誓死不从……往复再四，即请以巡按使名义兼浙江总司令，固辞不获，始行承诺。”这个密电被袁全文公布出来，并于14日下令嘉奖说：“该使识略冠时，才堪应变，功在国家，极堪嘉尚。着加将军衔，兼署督理浙江军务。”
屈映光假独立的把戏被戳穿。引起浙江人士的极大愤慨，纷纷电斥他以前向袁世凯劝进称臣，以及历年来在浙江搜括民脂民膏的滔天罪行，独立旅旅长周凤岐通电促其表明态度。屈见情形不妙，乃于17日改称都督，取消巡按使和总司令的名义。随后周凤岐、吕公望等到杭州，屈被迫辞职。5月6日，改推吕公望为都督。
浙江独立的前后，袁仍采取他在国民党“二次革命”时由海道运北洋军南下“平乱”的老办法，命海军总长刘冠雄运兵到广东援龙，因广东发生变化，又拟运兵到浙江援屈。4月15、16两日，由唐沽装载北洋军第十二师之一部，以新裕、新康、新铭、爱仁等轮运兵，海容、海圻等舰护航。21日行至温州洋面，时值大雾弥漫，新裕轮被海容舰撞沉，溺死官兵七百余人。23日，这批北洋军在福建登陆。
浙江独立的前后，中华革命党人陈其美在江苏策动反袁。4月l6日，江阴独立；18日，吴江独立；24日，金山独立；26日，太仓独立；但均被军警镇压失败。5月18日，陈其美在上海法租界萨坡赛路被袁的特务刺死。五月上旬，中华革命党人居正、吴大洲等在山东潍县、即墨、安丘、高密、周村一带组织武装暴动，居正称中华革命军东北总司令。鲁东民军迅速发展，曾进至济南附近，济南城内也有党人潜入活动。山东将军靳云鹏跟段祺瑞有密切关系，又是“五将军密电”中的一分子，即所谓北洋派中的消极反袁派。民军劝他与袁断绝关系，即日宣布独立。靳派人回答说：“倒袁目的相同，但是山东与南方独立各省地势隔绝，一旦宣布独立，必将引起战争。此时官军与民军应当各守原防，彼此互不侵犯。我们军政当局将采取先礼后兵的手段，劝袁自动下台。如果不被采纳，我们即提出总辞职以示对抗。希望民军体谅此旨，幸勿操之过激。”他又威吓地说：“如果民军继续入侵，官军被迫自卫，其责任应由民军负之。”
4月29日，靳在民军的强大压力下，发了一个电报，劝袁退位让贤。如无满意答复，他不得不采取权宜措施以支危局。4月29日，袁召他入京讨论退位问题，他走到半路上，袁突然下令免去其督理山东军务一职，派第五师师长张怀芝继任。山东局势浑沌不明之际，民军几度进攻济南均未攻下。
山东独立未成，陕西却于5月9日宣布独立。这是第六个宣布独立的省区，也是北方唯一的独立省区。陕西将军陆建章曾任北京军政执法处处长，是镇压革命党人血债累累的大刽子手。1914年，他率北洋军第七师追击白狼进入陕西，升任陕西将军。当白狼进攻西安的时候，他得陕军旅长陈树藩之助，坚守西安未退。事后陈以功升任陕南镇守使。云南独立后，陕北民军纷纷揭竿而起，陆又调陈旅前往镇压。陈与各路民军暗中联系，突于5月9日在蒲城宣布独立，自称陕西护国军总司令。陆的长子陕西第一旅旅长陆承武自告奋勇，率部前往截堵，被陈部营长胡景翼活捉，陈就留为人质，要挟陆建章宣布独立或自动离陕西。陆因爱子情殷，且知大势已去，愿意下台离陕。
5月15日，陈树藩率部和平开入西安城。18日，陆以咸武将军的名义，陈以陕西都督的名义，会衔发出通电称：“树藩因欲缩短中原战祸，减少陕西破坏区域，于9日以陕西护国军名义宣告独立，一面请求建章改称都督，与中央脱离关系。建章念项城二十年相知之雅，则断不敢赞成；念陕西八百万生灵所关，又不忍反对。拟即各行其是，由树藩以都督兼民政长名义，担任全省治安，建章当即遄返都门，束身待罪。”
陕西独立是反袁战争中的一幕滑稽戏。独立不是为了反袁反帝制，而是地方军阀争权夺利的一种手段。独立和讨袁成了两不相涉的事情。更可笑的是，陈就都督后，竟像做交易的一样，将原有陕西护国军总司令的名义让与陆承武，陆承武敬谢不敏。20日，陆建章离开西安时，把他三年来在陕西搜括到手的民脂民膏分装在几十口大箱内，行至城外，被陈部官兵拦路劫去，陆哭诉于陈，陈又假惺惺地追还了部分赃物，并且派兵护送出境。
在袁政权崩溃的前夕，各省军阀类似陕西的怪现象连续发生：张作霖以准备独立的姿态取得了盛武将军、督理奉天军务（4月22日），许兰洲以独立为要挟取得了黑龙江军务帮办（5月3日），甚至张勋要求地盘，袁也不得不任他督理安徽军务，而将倪嗣冲调为长江巡阅副使兼署安徽巡按使（4月10日、22日）。