袁世凯对于“北洋三杰”的安排，一贯保持平衡发展，不让一人突出。王士珍发迹较早，退隐也较早，辛亥和议成立后，他即辞职回故乡正定县。于是冯、段二人成了袁在军事上的左辅右弼。国民党“二次革命”失败后，冯国璋外放江苏都督，段祺瑞留在北京任陆军部总长，主持全国军政。段在北洋派中的地位，就有仅居一人之下，而在众位将军之上的一种气势了。
段在清朝末年，担任过北洋武备学堂总办，北洋诸将多出其门。民国成立后，又久任陆军总长，与北洋军各级将领建立了长官与部属的关系。袁世凯猜疑成性，而段又是个自视甚高的人，按照这些情况，他在“三杰”中是最易招袁之忌的一人。但他深深懂得，袁对军权抓得极紧，从不放松一步，要在他的手下讨生活，就必须小心翼翼，奉命唯谨。他跟袁又有干丈人和干女婿的关系，内眷往来甚密。因此种种，他们二人始终能够保持良好的关系。
当然，一个自高自大的人，要他做一辈子的“小媳妇”是办不到的。自从帝制运动发生以来，袁的精力分散在外交、政治、财政等方面，无暇专管军事。段则随着职权的提高，对于用人行政，大事请命而行，小事不免自作主张。日子一久，袁就开始疑心他另搞一套。这种疑心一经有了萌芽，就很难不逐步扩大而形成两人之间的一道裂痕。于是袁段二人貌和心不和了。
陆军部次长徐树铮，江苏省萧县人，“其为人也小有才”，外间称为“段的灵魂”，是段最得意的门生和最信任的副手。袁则深恶其人，呼为“小扇子”而不名，经常想把他调开。一天又向段提及。段实在憋不住气了，他粗声粗气地回答说：“很好，请总统先免我的职，随后要怎么办就怎么办！”
1913年，袁克定到过德国，德皇威廉二世非常重视这位未来的中国皇太子，把他从前对清朝摄政王所讲的“强干弱枝”的理论向他重讲一遍。袁克定听得毛骨悚然。他回国后，向袁提出两项建议：一是迎接王士珍来京，代替段主持军事；二是在总统府内设立陆海军大元帅统率办事处，为全国最高军事机构，由总统亲自掌握。袁都同意了。
1914年春天，袁克定挂了专车，亲自到正定迎接王士珍进京。王表示安于山林生活，不愿再参加政治活动。袁克定说：“您不参加政治活动是可以的，难道不能到北京看看我的父亲吗？”这么一说，使王无法推辞，只得随同进京。
王士珍一到，袁立刻发表明令授为陆军上将，又下条子派为统率办事处坐办。统率办事处是同年5月9日成立的，由陆军、海军、参谋三部总长及大元帅所派军界元老组成之。陆军总长段祺瑞、海军总长刘冠雄、参谋总长黎元洪（次长陈宦代）均为当然办事员。袁所派的办事员为王士珍、廕昌、萨镇冰三人。办事员每日均须到府办公。办事处成立后，袁就把全国军政大权总揽在自己的手里，陆军部名存实亡，段退为办事员之一，王则官居坐办，外间便有段已失宠，袁将以王代段之谣。
袁在清朝末年下野回籍时，以价值三十万元的府学胡同私宅赠给段，段在该宅辟有侧门与陆军部军需司走廊相通，经常由此门出入。统率办事处成立后，段即不到部，一切部务均交徐树铮代拆代行。有一天，袁向段查问一件公事，段茫然不知所答，半晌才回答说：“容我到部查明。”袁大声发话说：“怎么还待查明，你的呈文不是早已送来了吗？”段受了这场抢白，气得一连好几天不肯出门。
同年6月，袁下令改各省都督之名为将军，这是他打算削弱各省军阀兵权的初步尝试，上文已有说明，这里不再重复。
袁早有改造北洋派，另造军事系统的打算，但一时找不到适当的人主持新的建军工作。他虽召回了王士珍，但王并无大刀阔斧之才，不能担此重任。一天，他向府中内史夏寿田谈到这个问题。夏与杨度有同学同乡之谊，与袁也有世交。他任内史又是出自杨的推荐。
廕昌在清朝末年即与袁接近，袁任他为公府侍从武官长及统率办事处办事中，有拉拢满清皇帝的一种作用。萨镇冰做过天津水师学堂监督，刘冠雄曾出其门。袁任刘为海军总长时，刘请改任萨为总长而本人愿居其次，袁未加采纳，因此任萨为统率办事处办事员以调剂之。
夏寿田字午诒，与杨度同为湖南湘潭县人，又同为王壬秋的门人。夏的父亲夏时曾任陕西巡抚。他每天按时到公，文思又很敏捷，深得袁氏倚重。
他每天下班后必到杨家吃晚饭，所以杨也知道了这件事情。于是杨入府见袁，推荐蔡锷主持建军工作。他说：“蔡松坡是当世不可多得的军事人才，叫他训练新军，必能胜任愉快。”袁诧异地问道：“你说的是蔡锷？他不是梁启超的得意门生吗？”杨解释说：“师生关系不是牢不可破的，梁是康有为的大弟子，而现在康梁分了家。蔡松坡是个有雄心大志的人，如果总统结之以恩，使他能够实现其军国主义的理想，必将永矢忠诚，不负所托。”这些话恰恰说在袁的心坎上。他也是军国主义者，而他正是以功名富贵来收买人的老手。蔡锷早年在江西、湖南、广西三省办理军事干校，在云南训练新军，办得很有成绩，袁也早有所闻。如果蔡拥兵在外，独霸一方，袁对他是很不放心的，而把他留在身边做自己的军事幕僚长，不给以直接兵权，就有利于己而没有什么可怕的了。
隔了几天，袁又向夏寿田透露口风说：“人家都说我重视北洋团体，其实，我何尝有南北之见？如果南方人不反对我，我又何尝不可以重用他们？”夏未及回答，袁又深有所感地往下说：“你看，小站旧人暮气沉沉，华甫（冯）要到十二点钟后才起床，芝泉（段）老不过问部务，咱们北洋团体成了个什么样的团体！我想换一套班底来振作一下。如果蔡松坡靠得住，午诒，你就做他的帮手，帮助他搭起这个新班底的架子吧！”
又隔了几天，袁下条子派蔡锷为统率办事处办事员。一个士官生出身的新式军人，一个与北洋派毫无渊源的南方人，一个为袁所深忌而被召进北京来施以软禁的异派人物，能够打进袁家王朝的最高军事机构，这在当时是一件引人注目的大事。不久就有消息传出，袁打算先任蔡为参谋总长，以代从不到部的黎元洪，然后调为陆军总长以代桀骜不驯的段祺瑞。计划已定，明令正待发表，就有策士前来谏阻说：“要完全改造北洋派，解除北洋旧将的兵权，是办不到的。只能逐步地削弱他们的兵权，使之不能威胁中央，就算目的已达。用南方人主持建军工作也是行不通的，北洋派已经成了具有浓厚地方色彩的北方团体，要在军事上有所改革，也只能用北方人而不宜用南方人。而且，改革军事是一件有关国家安危的问题，只能行之以渐，不宜操之过急。否则事变之来，可能不在将来而在目前。”袁从来就是个顾虑重重的胆小鬼，听了这种意见，觉得言之有理，从此他就绝口不谈用蔡锷主持建军工作的计划了。
但袁并未放弃其建军计划。在此以后，又是袁克定出主意，在统率办事处的直接领导下，成立一支模范军，由大元帅兼任模范军军长。将来把模范军的官兵逐步地分配到北洋各军去，就可以加强对北洋各军的控制，避免大权旁落。其实，这个办法并不新奇，就是清朝摄政王建立禁卫军而自为统帅，以便逐步地集中兵权于皇室中央的老一套。不过摄政王的目的，在于把这个皇族军逐步地发展起来，加强满族皇室对全国的统治力；而袁克定建议组织模范军的目的，在于削弱北洋旧将的兵权，实现中央军事集权，以利于袁世凯子孙世代相承的家天下。
袁虽赞成这个办法，但觉得模范军的目标太大，害怕引起反感，拟改军为师，随后又觉得模范师的目标也仍然太大，最后决定先成立模范团，然后逐步发展为模范师或模范军。他派王士珍为模范团筹备处长，直隶于统率办事处。1914年10月23日，模范团正式成立，在北海设立团本部，袁自兼团长，以曾任赤峰镇守使的陈光远为团副；又在西城旃檀寺设立模范团办公处，以王士珍、袁克定、陈光远、张敬尧四人为办事员。十分明显，这是用北方人和北洋派主持建军工作的一种做法。为了防止大野心家搞宗派活动，所以只用北洋派的二三流角色来主持实际工作。
以前北洋军的军官来源是天津北洋武备学堂，模范团的军官来源则是保定军官学校和陆军速成学校。北洋武备和保定军官都是廕昌在清朝末年创办的。模范团成立后的第四天，10月27日，保定军官学校第一期学生举行毕业典礼，袁派廕昌为代表，发给学生文凭，每人赐军刀一把。用大总统的名义发给文凭，目的在于建立大总统与毕业生的师生关系。赐军刀则是仿照日本天皇用军刀赐给士官毕业生的办法。随后廕昌在毕业生中挑选了直隶、河南、奉天、吉林等省籍贯的学生280人为模范团中下士，其余均派回本省见习，一律免其“觐见”。被挑选的一色都是北方人，可见袁的南北之见还是很深的。
模范团的下级军官由北洋军各师中级军官抽派，士兵则由各师下级军官抽派。袁决定模范团分作五期训练，每期训练半年，可以产生四个旅的模范军军官，五期合计可以产生二十个旅的军官。换言之，在两年半之内，他可以建成模范军十个师，而全国北洋军合起来还不到十个师，届时袁的新军事基础将大大超过北洋诸将的实力，改造北洋派的工作就可以基本告成。
袁对模范军非常重视，无论他怎样忙，每周一定要亲自骑马来观操一次，召集军官训话一次。各级军官升级时，一定要到总统府向他叩头谢恩。被挑选到模范团的官兵，一定要举行效忠宣誓。1915年1月13日，模范团第一期全体团员到关岳庙宣誓，袁派廕昌前往监誓。誓词八条由团副陈光远宣读，条文如下：“服从命令，尽忠报国，诚意卫民，尊敬长上，不惜性命，言行信实，习勤耐劳，不入党会。誓愿八条，甘心遵守，违反其一，天诛法谴。”每读一条，全体团员一定要高声和之。以前袁在小站练兵时，新建陆军各营都供奉他的长生禄位牌。袁在北洋总督任内建立北洋各镇时，军官下操前教导士兵说：“袁宫保是咱们的衣食父母，咱们必须对他尽忠出力。”事隔十多年，袁还是用老一套办法来训练新军，以培养他的私人武力。
模范团第一期结业后，袁即公开成立“新建陆军督练处”，并用拱卫军的名称代替了模范军，建成了拱卫军步兵四个旅，炮兵、骑兵各一团，机关枪营、辎重营各一营。全部军火都是事前由德国购来的。此时袁既忙于筹备帝制，又忙于应付外交，实在无法分身，所以模范团从第二期起改由袁克定任团长，陆锦任团副；并挑选了一批中等以上学校学生与各师下级军官配合训练。由于学生的军事基础较差，所以第二期结业后，只能成立拱卫军两个旅。第二期结业不久，袁即倒台身死，模范团停办了，拱卫军的名称也就随之而消灭。第一期成立的步兵四个旅，改编为北洋军第十一、十二两师，师长为李奎元、陈光远。第二期成立的两个旅，改编为北洋军第九师，师长为陆锦。这些都是后话。
袁世凯父子建立模范团和拱卫军，正跟清朝摄政王建立禁卫军一样，加深了反动统治集团的内部矛盾，并未取得加强中央集权的预期效果。
袁在建立模范军的同时，还加强了对全国各方面的特务控制。袁所用的各省民政长官，大多为高级政治特务，除用以镇压人民群众和国民党人而外，还用以监视各省将军和高级将领，遇有可疑的言论或行动，随时向袁密报。如用金永监视阎锡山，用屈映光监视朱瑞，用龙建章监视刘显世，用王祖同监视陆荣廷，用任可澄监视唐继尧等。这些监视别人的人，自己也是被人监视的人，如以乙监视甲，同时又以丙监视乙等等。此外还有利用两个人使之互相监视的另一套。北洋派相传一件故事：一天，张勋到南京与冯国璋相见。他多喝了几盅老酒，酒后吐露真言说：“老头子打了个密电来，叫我调查你的行动。”冯不慌不忙地说：“是吗？”他也从案卷中抽出一张电报来，递到张勋的手里，说道：“这就是老头子叫我注意你的行动的密电。”
北洋派还纷纷传说，自从赵秉钧被毒毙以来，引起冯、段离心，诸将解体，就是杀人不眨眼的大特务陆建章，也不免心惊肉跳，坐卧不宁。他私下对所亲说：“我们参与老头子的机密大事太多了。这些见不得人的事情，老头子总有一天要消灭痕迹。他做了皇帝，我们随时都有身首异处之危。”
袁对于既非北洋派又非国民党的各省杂牌军阀，往往叫他们把自己的儿子送到北京来，挂上个“公府武官”的头衔，表面叫他们学习武官仪节，扩大眼界，积累经验，以备将来继承父业之用，实际上这是自古以来所常见的“以子为质”的办法。
前面讲过，自1913年至1914年，段祺瑞是袁氏父子主要的怀疑对象。1915年春天，陆军部发生了一件茶役埋藏炸弹的疑案，日本报纸首先揭露，指为谋杀段氏的政治阴谋。此案虽无实证，但在袁、段两人的关系上，又投下了一道不可磨灭的阴影。
这一年5月间，正当日本提出二十一条交涉的时候，陆军部不先不后上了一道呈文，请求增加部员薪金。袁亲笔朱批八个大字：“稍有人心，当不出此！”
袁政府对日屈服后，袁克定公开向人表示：日本提出最后通牒时，老头子问过段总长，可否武力抵抗？段总长回答得很干脆，如果发生战事，三天之内可以亡国。袁克定感叹地说：“陆军如此无用，总长所司何事？这就是政府不得不接受日本条件的全部原因。”又把签订卖国条约的责任，轻轻推到段的肩上，真是一出狗咬狗的丑剧！
由于袁氏父子对段的压力一步紧似一步，段不得不以“养病”为名避居西山，不久提出辞呈。袁还假惺惺地予以慰留。到5月31日，才派王士珍署理陆军总长。袁用大总统名义发表命令，赐段人参四两，医药费五千元，说什么“遇有要政，仍须人府商议”。同时，却又指使肃政厅弹劾徐树铮购买外国军火浮报四十万元，6月26日免去其陆军次长的职务。
日本报纸继续揭露袁段两人的关系进一步恶化。段因身处笼中，不得不于8月3日通电辟谣。电报说：“二十年前，大总统在小站练兵时，祺瑞以武备学生充下级武秩，与大总统素无关系，乃承采及虚声，立委为炮兵统带，升任统制。及大总统还山再起，祺瑞复见任湖广总督、陆军总长等职。以大总统知祺瑞之深，信祺瑞之坚，遇祺瑞之厚，殆无可加，是以感恩知遇，数十年如一日。分虽部下，情逾骨肉。近数年来，祺瑞因吐血失眠，吁请息肩。乃包藏祸心之某国报纸，以挑拨离间之诡计，直欲诬祺瑞为忘恩负义之徒，甚至伪造被人行刺之谣，更属毫无影响。不得不略表心迹，以息讹言。”其实，段并无吐血失眠之症，这个电报正像“此处无银三十两”，更加证明谣言不为无因。8月29日，袁正式批准解除段的陆军总长，叫他留任统率办事处办事员及管理将军府事务两职。
袁在收拾北洋旧将的同时，对西南地方军阀也不轻轻放过。袁自打败国民党后，北洋军的势力伸入到长江流域，只有广东、广西、四川、云南、贵州五省还是地方军阀的势力范围，袁没有力量一口吞下。广东龙济光早已附庸于北洋派，而且镇压广东人民有功，袁对他比较放心，广西陆荣廷出身绿林，与龙有亲戚之谊，看来暂时也不会发生意外。袁最不放心的是川、滇、黔三省留下一个相当大的缺口。在他黄袍加身以前，必须填补这个缺口，以纾西顾之忧。
1915年2月20日，袁任命陈宦会办四川军务；并在北洋军中抽调李炳之、伍祯祥、冯玉祥三个混成旅随同陈宦入川。这是袁先取四川然后再取云贵的一个重要步骤。陈不是北洋派嫡系，袁为什么派他带兵去打头阵呢？原来，陈在清朝末年主持过四川和云南两省的军事教育，两省的高级军人大多出自其门，派他收拾西南，比较人地相宜。陈在名义上是参谋部次长，但因黎元洪是个挂名不到部的总长，一切部务都由他负责处理。袁对全国军事采取分区分组的办法，指定专人负责，陈分得的是西南组，凡与川、滇、黔三省有关的军事问题，都由他负责研究并提出意见，而他所提的意见，往往适合袁的胃口。陈虽不是北洋派嫡系，但对袁忠心耿耿，早已成为袁身边不可缺少的军事智囊。
当时袁家朝廷有一种特定仪式，凡高级军官受委或离京赴任前，都必须到总统府觐见、请训并磕头谢恩。陈宦带领三个旅长到府举行了这种仪式。陈在启程之前，又单独入府请袁面授入川机宜。袁想了一想说：“别的事情都用不着我再吩咐了，有一件小事你可注意一下。四川自古以来号称天府之国，明代藩王的殿址仍然存在，你此去很好地整修一下，也许将来我叫芸台到成都来。你去跟芸台一谈。你们当作自己的弟兄看待。也许将来我叫你负更大的责任。”
陈遵照袁的意旨，到卍字廊去看袁克定。哪里晓得，那位“皇太子”的眼睛生在额角上，区区一省军务会办，不在他的眼下。陈搭讪着谈了几句话，待要退出来，忽然看见袁的一个老苍头气喘吁吁地跑过来叫道：“大爷，总统传下话来，叫您跟陈大人换帖拜把子。”袁克定立即改容叫“二哥”，并且亲亲热热地请他坐下来畅谈。这本来是袁拉拢人的一种手腕，过去叫袁克定跟汪精卫拜把子，袁克定叫“四哥”也叫得非常亲热。陈问及袁克定的兄弟行，袁克定把眉头一皱，鄙夷地说：“甭提了，他们都不是成材的料子！”
一省军务会办，在偌大北京城里，不算威风神气的人物。但是，陈宦乘火车南下的一天，北京文武长官都到车站送行，汽车排成了一字长蛇阵，沿途军警林立，荷枪实弹，戒备森严，月台上和铁路旁都站满了密密麻麻的军警和欢送的人群。除了孙中山和黎元洪到京时而外，不曾见过这种热闹的场面。3月12日火车到汉口大智门站台时，湖北文武官吏排队热烈欢迎。18日彰武上将军、督理湖北军务段芝贵，会办湖北军务王占元，特备大红请帖，并派专轮到汉口，把陈宦和他的随员接过江来，款以极其丰盛的筵席。陈宦换乘轮船于24日过沙市，26日到宜昌。每过一个码头，岸上都放礼炮表示隆重欢迎。
船过巫峡时，陈不禁想起了20年前搭臭鱼干船到四川的往事。他出身于湖北安陆县的一个农家，家中有母亲和哥哥二人。哥哥嫌他读死书不肯参加劳动，曾用铁器打他的头，打得他晕厥过去。后来他离开故乡，在武昌住过自强学堂，在北京住过南学，会考中过拔贡，又改行进过武备学堂。他有一个叔祖父名叫陈学棻，曾经做过学部尚书，把他荐往河南林学政处，林叫他代阅考卷，每月给以膏火银十六两。1904年考期既过，他回故乡探望母亲，因为他曾发誓不吃哥哥的饭，只得在古庙安身。这时候，忽然有人汇来八百两银子，汇款人是他一面不相识的四川总督锡良。原来，林学政跟锡良很有交情，锡良正在从各方面物色军事人才，林就把他荐过去，事前并未告知他本人。他把七百两银子留给母亲和哥哥，自己携带一百两，搭了一条臭干鱼船到四川去。他到成都落栈后，即往总督衙门挂号。第二天晚上，有一个陌生人前来拜访，交谈之下，他才知道此人正是鼎鼎大名的锡制军。过了几天，锡良派他担任四川讲武堂总办。1909年，锡良调任东三省总督，陈宦又随同前往，主持训练新军工作。一天，他上总督衙门，门卫忽然打开中门迎接，吓得他战战兢兢，不敢举步而入。随后知道，锡良打算保举他为新军统制，因为资格不够，所以代他出资捐了个四品京堂，不久即保举他为新军第二十镇统制。锡良还怕他资历不够深，又派他出洋考察德国陆军，回国后任为奉天清乡督办。陈宦受到这种“特达之知”，真是出于意外，而锡良在每次提拔他之前，从不透露口风，这种作风在当时的官场中也是绝无仅有的。这些往事，历历浮上心头，而今天他又踏上了到四川的征途。他在船上写了一首感怀诗说道：“二十年前事，追思亦怆神。有门常闭雪，无甑可生尘。世难惊奇险，家贫累老亲。回首望乡国，嗟予又西征。”
那个时候，四川巡按使陈廷杰因“丁艰”请假，职务由财政厅长刘莹泽代行。陈宦到成都不久，5月1日袁即下令任为四川巡按使。6月22日，袁又调成武将军胡景伊“入觐”，派陈宦兼任成武将军，督理四川军务。不到半年功夫，给以三次提拔，袁对陈宦的恩情也不亚于锡良。从此四川纳入了袁的势力范围。
陈接事不久，即派大批员工修建皇城，自己经常亲自前去监工。幕僚们问他为何经营此种不急之务。他说：“我是替老大（袁克定）当差的，如果将来他被封为蜀王，不能没有一个气象雄伟的王府。”别人又问他：“太子要留在北京城，怎么会外封为藩王呢？”陈说：“我看老头子有立爱不立长之意，可能要把储位留给老五（袁克权）。”那人又问：“如果四川有一个蜀王，将军将往何处去？”陈沉思有顷说：“我从前由四川到云南，我的命运就像走马灯一样，将来还会走着那条老路。我的任务是做他们的开路先锋。”
袁派陈宦率领北洋军入川，不过是他填补空白点的第一步，下一步还将派兵占领滇、黔等省，驱逐地方军阀，以便造成清一色的袁家天下。这种情况不但陈宦已经一语道破，就是西南各省军阀也都一目了然。四川前任将军胡景伊并非国民党人，对袁也很恭顺，只因他是杂牌出身，也被一脚踢开。因此，西南各省地方军阀十分清楚地认识到，即使对袁百依百顺，也不能取得信任而终于不免有被逐下台的一天。