五国大借款成立后，孙中山致电五国公使阻其付款，以免助长中国内乱。这个电报当然等于对牛弹琴。孙中山电令广东独立以为各省之倡。广东都督胡汉民回答说：“广东情况复杂，独立尚非其时。”孙中山又叫陈其美在上海响起第一炮。多数党人认为，上海有外国租界，如在上海用兵，必将引起外人干涉，而且无海军也守不住。孙中山气忿地说：“既然这也不好，那也不好，我就到日本去，重组革命力量，再与袁贼相见。”此言一出，大家更加反对，认为到日本组织讨袁力量，袁世凯一定会制造谣言，攻击我们引外援以启内争，此事万万使不得。
当时大多数国民党人认为，宋案与大借款问题尚属次要，当前最迫切的问题，莫过于阻止袁政府用兵南方，否则，强弱之势悬殊，南方五省必不能保。因此，应当不惜任何代价争取和平，千万不要以武力对抗武力。
上海国民党人议来议去，议不出一个所以然来。最后只能作出12个字的决策：“宋案责成法院，借款责成国会。”所谓“责成国会”，就是不以武力解决而以政治解决。他们所持的理由是：国会为国家的最高权力机关，国体既号共和，袁世凯纵然万分凶恶，总还不敢公然解散国会。国会行使权力，可以阻止袁政府用兵南方。在北京的国民党议员还精心设计了一个政治解决的方案，其内容是：国民党放弃其以多数党组织内阁的权力，建议由国会中的第二政党组阁，提名众议院议长、进步党首领汤化龙组织正式内阁。进步党组阁后，关于大借款的问题，可由新内阁补提一道咨文，由国会予以追认，以符法定手续。根据这个方案，袁与国民党之间的矛盾焦点消失了，袁应当心满意足了，南北战争也就可以避免了。
国民党人乞求和平的方案，根本没人理睬。袁世凯认为他的武力足以打垮国民党，怎肯再同国民党和平共处？至于进步党，也未尝不希望国民党被袁打垮，他们在国会中就可以上升为第一大政党。他们并无意于保障和平。
看来，政治解决前途渺茫。于是南方又有人幻想再举行一次南北和会，推岑春煊、王芝祥、汪精卫、章士钊四人为南方议和代表，到北京协商和平条件。此讯传出后，袁即一口拒绝说：“现在不是南北问题，而是地方反抗中央的问题。地方军人谋叛，中央只能下令讨伐，而绝无姑息养奸之余地。”
看来，除武力解决而外，条条路都走不通了。当时北京是国会的所在地，上海是国民党中枢的所在地。这两处的情形都很糟糕，那么号称国民党势力范围内的南方五省，其情形又是怎样的呢？
广东方面，自胡汉民回任广东都督后，副都督陈炯明跟他貌和心不和。袁政府又任命陈炯明为广东护军使，有意识地造成职权上的叠床架屋，以加深胡、陈二人的矛盾。广东军队有两师一旅，都掌握在个人野心家的手里，成了他们争权夺利的工具。广东护军副使龙济光驻梧州，是袁摆在广东内部的一支别动队。这些情况，说明胡汉民无力统驭广东全省，不敢贸然宣布独立。
湖南方面，谭延闿虽然加入了同盟会，但他与进步党人仍然保持历史上的密切联系。湖南既有国民党人与进步党人的政治斗争，又有中、西、南三路人士的区域性之争。湖南曾因军队过多而滥发纸币，造成了湖南银行银两券不断贬值，物价疯狂上涨，人民生活非常痛苦的局面。南北统一后，湘军先后被大量解散，正规军仅留下赵恒惕一旅及混成团两团，兵力非常单薄。加以谭延闿本来是个善观风色的投机家，正在勾结袁、黎二人，破坏二次革命，所以湖南的情形比广东更糟。
江苏方面，都督程德全也是个首鼠两端的老官僚。江苏共有三师军队。第一师师长章梓，第三师师长冷遹两部，在兵员和装备上都是残缺不全的。第八师是苏军的主力，师长陈之骥既是老同盟会员，又是冯国璋的女婿，在南北对峙中采取了“脚踏两边船”的态度。江北提督蒋雁行是袁的爪牙。扬州军长徐宝山也已被袁收买。
安徽方面，柏文蔚继任都督后，袁曾电召皖第一师长胡万泰进京，授以五狮军刀，以提高其地位，暗示可以取柏而代之。此外，倪嗣冲的淮军二十营盘据皖北阜阳一带，虎视眈眈，完全听命于袁。
江西方面，兵力共有两师两团，除林虎的一团较有战斗力而外，第一师长欧阳武，第二师长刘世均两部均非久经训练之师，欧阳武受袁勾引，态度非常暧昧。除以上南方五省而外，北方山西、陕西两省，南方浙江、福建、四川、云南、贵州、广西六省，都由地方军阀割据。袁与国民党都想把他们拉到自己的一边。山西都督阎锡山，陕西都督张凤翙，本来都是同盟会的会员，均已变节投袁，因此袁对南方用兵，在北方就无后顾之忧了。浙江朱瑞自代蒋尊簋为都督以来，通过段祺瑞的关系，暗中与袁勾搭。福建都督孙道仁也是个眼观四面的老官僚。四川、云南、贵州三省都属于进步党的势力范围。广西都督陆荣廷与国民党毫无好感，比较靠拢黎元洪。
由于以上情况，袁认为有可乘之机，所以国民党越是要避免战争，袁就越是要把战争强加在他们的头上。
1913年6月8日，袁政府突然发表一连串的命令：一、指责江西都督李烈钧调兵运械，进逼鄂边，予以免职处分，令其交卸来京，听候酌用；二、派黎元洪兼领江西都督；三、任命江西第一师师长欧阳武为江西护军使，节制江西全省陆军；四、任命金鸡坡炮台司令陈廷训为江西要塞司令，节制九江、湖口炮台。
袁之所以选择李烈钧开头刀，不但由于李烈钧在国民党五督中是态度最强硬的一个，而且还有其他的种种原因。此令所称运械调兵，并非毫无根据。李烈钧曾向日本购买步枪两千支，用以补充江西军队。其实袁政府借口统一军政，节约开支，只许各省都督裁兵，非经陆军部特别核准，不得增兵购械。因此，此项军火运抵九江时，袁命九江关监督予以扣留。袁政府所讲的裁兵，是大裁南方各省之兵，而大增北洋派之兵。李烈钧当然不服气，坚决要求发还此项军火，措辞非常激烈。袁遂勾结九江镇守使戈定远，叫他倒戈逐李，事为李烈钧所闻，即先下手解除了戈的职务。袁内定北洋军第六师师长李纯继任九江镇守使，这显然是对国民党势力下的江西采取蚕食政策的第一步。李烈钧又力争镇守使例由省辖，拒绝中央委任。到了这个时候，袁、李之间的矛盾已经发展到无可调和的地步，袁命李纯率部通过湖北进驻鄂东，打算强行上任。李烈钧不甘示弱，也调江西军增防赣鄂边境。这一针锋相对的局势，引起全国重视，经过王芝祥等人出面调停，袁才同意发还被扣军火，改派公府军事参议耿毅为九江镇守使，局势才又和缓下来。
但是，这是用假和缓来掩盖真紧张。袁又千方百计地勾引李烈钧的部将，首先勾引金鸡坡炮台司令陈廷训，约为内应，又通过众议院议员欧阳成，拉拢其弟欧阳武。这些阴谋诡计，都被李烈钧发觉了。
这一年，新任江西民政长汪瑞闿来南昌上任，被李烈钧挡回，这又引起了政治上的另一危机。先是，袁借口实行“军民分治”，规定各省民政长须由中央任命。李烈钧抢先一步，保荐自己的老师汪瑞闿为江西民政长。袁因政令不行于国民党势力下的南方五省，只得同意发表。不料这位经验丰富的老官僚，根据清朝二品以上大员上任前必须到北京陛见的先例，先到北京向大总统谢恩。随后到了南昌，照例先拜都督。这位都督既是他往日的学生，又是他今天的保荐人，理应分外亲热。谁想他一连去了几次，都被挡驾不见。李烈钧派人示意说：“你有总统照顾，何必又来找我！”汪瑞闿这才知道自己走了岔路，吓得溜回上海。这个笑话传到北京，袁也肝火上升，认为挡了汪瑞闿的驾，扫了他的脸。以上这些往事，说明袁、李二人互相敌对，已非一朝一夕之故了。
袁对南方用兵，黎元洪的态度是决定战争胜负的一个重要关键。前文表过，黎因种种关系，跟国民党日益疏远，于是逐步地卸下了中立的伪装，公开地倒向袁的一边。袁在此次用兵前，曾有密电向他缕述地方不服从中央以及国民党鼓动二次革命的种种事由，征求他的意见。黎在回电中赌咒发誓地说：“元洪惟知服从中央，长江下游，誓死搘柱，决无瞻顾！倘渝此盟，罪在不赦！”袁也再去一电，赌咒发誓地表达自己的心情说：“世凯若有欺天下之心，利一己之见，罪亦不赦！”
袁的用兵计划分为两路：以段芝贵统率毅军翼长赵倜、第二师长王占元、第六师长李纯各部为第一路，由河南通过湖北直趋九江；以冯国璋统率辫子军张勋、淮军雷震春及第五师之一部为第二路，由山东通过江苏北部进攻南京。
此外，命扬州第二军军长徐宝山出兵侧击津浦线中段。徐被炸身死后，此项任务即由其弟徐宝珍担任。命倪嗣冲率部由皖北阜阳进取安庆。这个计划针对长江三省，首先向江西进攻。黎元洪既然一心一意地倒向袁的一边，所以他就敞开大门，任凭北洋军越境而过。第六师早日通过武胜关开抵兴国，第二师也进驻汉口担任打接应。
袁派黎元洪兼领江西都督，还命开往湖北的北洋军一律受其指挥，这显然是借刀杀人之计。他还预留一手，打算将来命黎专任江西都督，而夺去其湖北地盘。黎对此有所警惕，所以他表示无力兼顾两省，竭力保举欧阳武继任江西都督。袁任欧阳武为江西护军使，并以陈廷训为江西要塞司令。这是他的老一套手法，用高官厚禄引诱敌人的部下倒戈，从敌人的内部瓦解敌人。江西易督令下，国民党仍是那种支离破碎之局，所谓五省攻守同盟，竟是一场春梦，大家你推我，我推你，谁也不肯出兵。有些国民党人甚至像鸵鸟把头埋在沙漠里一样，认为江西问题是局部问题，李烈钧久为袁所切齿，如果退职下台，就可以平袁之气，而国民党所控制的其他四省，就可以获得安全。由于攻守同盟不能实现，他们便决定采取不抵抗的政策。6月10日，李烈钧通电解除都督的职务，并将调往鄂边的军队撤回。他随即启程到上海去了。
6月14日，袁又下令调任胡汉民为西藏宣慰使，以陈炯明继任广东都督。西藏宣慰使也和新疆屯垦使、东北筹边使一样，是个空头名义，而以陈炯明代胡汉民，也正是袁利用敌人的内部矛盾分化敌人的一种策略。
16日，胡也通电遵令卸职，并请袁“授以赴藏方略”。他在电报中还竭力解释他们对于“宋案与借款之争，仅系建言作用，不敢越出法律范围”。
袁接连向国民党实力派开刀，柏文蔚深抱不安，自请解职让贤。6月30日，袁下令调柏为陕甘筹边使，派安徽民政长孙多森兼代安徽都督。
国民党这样让步不休，袁应当感到满足了吧。谁知事实上大谬不然。他不孙多森为“状元相国”孙家鼐的侄孙，与孙毓筠同族。袁任直隶总督时，他任直隶劝业道，辛亥年孙毓筠出狱后，经常受其接济。袁任总统后，任为中国银行总裁。孙毓筠任安徽都督时，保荐他为安徽民政长。孙毓筠变节附袁后，任总统府高等顾问。又力保孙多森兼任安徽都督。
但没有适可而止，相反地更加助长了他的得寸进尺的野心。他的目的不但要撤换南方五省的国民党的都督，更重要的是要彻底地消灭国民党的军事势力和其他一切力量。所以，尽管李烈钧等遵令下台，他仍然按照原定的军事计划进兵。
到了这个时候，上海国民党人的和平迷梦完全破灭了。他们又一次召开紧急会议，李烈钧、柏文蔚二人也都来沪参加。孙中山主张不计成败利钝，先据上海、南京宣布独立。此时上海、南京的形势对国民党也是不利的。上海方面，袁政府命海军中将郑汝成率领北洋军臧致平一团由海道运来，加强了南市制造局的保卫工作。南京方面，不但程德全的态度非常暧昧，就是作为国民党主力军的江苏第八师，其师旅长陈之骥、王孝缜、黄恺元等，也都认为敌强我弱，不宜孤注一掷。这些情况使得孙中山非常气忿。他派朱卓文携款到南京联系第八师的中下级军官，叫他们先把反对独立的上级军官杀掉，然后宣布独立。于是黄兴投袂而起，愿意到南京说服第八师军官，亲自主持独立。李烈钧也愿回江西重整旗鼓，迎击进犯江西的北洋军。
李烈钧星夜驰回江西，于7月7日在湖口组织讨袁军总司令部，并派林虎、方声涛分任左右两翼司令。12日，江西省议会宣布独立讨袁，选举欧阳武为江西都督。国民党人明知欧阳武不为所用，这是稳定他的一种办法，而欧阳武也因李烈钧已回江西，林虎等人又都意志坚决，他不得不勉从其后，表示服从。同一天，江西讨袁军通电宣布“讨袁自卫”，痛斥袁世凯“乘时窃柄，帝制自为，灭绝人道，暗杀元勋，弁髦约法，擅借外债，盛暑兴师”。
同一天，袁政府任命李纯为九江镇守使，命率所部由九江向沙河、十里铺前进。江西讨袁军林虎率部由德安进驻沙河，打了一次胜仗，从北洋军手中夺回了瓜子岭。
7月14日，黄兴微服到南京后，一脚走进第八师司令部，召开紧急军事会议。当场说明江西已起兵讨袁，江苏有立即响应的必要。次日，黄率领一批军官到都督府，请程德全即日宣布独立。程不敢公开反对，推说本人威信不高，军事非其所长，言下大有推位让贤之意。黄请其留任江苏都督，而自任江苏讨袁军总司令一职，即日通电宣布独立。黄在誓师讨袁的通电中慷慨激昂地说：“兴一无能力，尚有心肝。此行如得死所，乃所尸祝。若赖祖宗之灵，民贼一去，兴即解甲归农，国中政事，悉让贤者。如存权利之想，神明殛之！”江苏独立后的第三天，程德全偕民政长应德闳偷偷溜往上海。
7月18日，安徽第一师长胡万泰以代理都督的名义宣布独立，逮捕了袁政府所任命的安徽都督孙多森。
同一天，广东都督陈炯明宣布独立。事前他接到黄兴的电报，促其迅速采取一致行动。他顾左右说：“袁世凯派我做都督，不过是一种暂局，不出三个月，他会有命令调我到北京去的。”他宣布独立之日，距离接任都督只有十天。
7月19日，陈英士称上海讨袁军总司令，任黄郛为参谋长，宣布上海独立。23日拂晓，上海民军司令钮永建率部围攻制造局，郑汝成逃往海筹军舰，命警卫团臧致平部死守制造局。海军总司令李鼎新又叫停泊浦江的军舰发炮助战，民军未能攻入。
7月20日，福建都督孙道仁在第十四师师长许崇智的劫持下宣布独立，许称福建讨袁军总司令。
7月25日，湖南都督谭延闿宣布独立。早在7月7日，袁派特务放火爆炸了长沙荷花池军械局。谭假口湘军缺乏军火不能举兵讨袁，只能“保境息民”。黄兴打来十万火急电报，又派谭人凤回湘坐催独立，国民党军人跃跃试试。处此情势下，谭派高级参谋江隽（湖北人）携带密函到武昌，向黎元洪诉苦说：“事已至此，如无可挽救，拟即服毒自尽。”黎劝他仿照辛亥年山东巡抚孙宝琦假独立的老把戏，表面宣布独立，暗中拥护中央，谭即宣布独立。
话分两头。话说袁世凯在对南用兵的初期，想采取“不宣而战”的办法，避居戎首之名。等到江西宣布独立，7月16日他才公开地任命段芝贵为第一军军长兼江西宣抚使，统率第二、第六等师进攻江西。他又仿照辛亥年清朝皇帝对待他的一套办法，第一军所属部队，概归副总统黎元洪节制指挥。同一天他发表通电，痛斥国民党军人“推翻共和，破坏民国，全国公敌，万世罪人”。他说他的大总统的职务是由立法机关选举出来的，警告国民党暴徒“毋视中华民国为一人一家之事，毋视人民代表为可有可无之人”。电报又说：“此次派兵赴浔，迭经本大总统及黎副总统一再电商。”轻轻带上一笔，让黎分担对南用兵的责任。
同一天，他任赵秉钧为京师步军统领，兼管警察事务；21日又命其兼任北京警备司令，而以陆建章副之。在赵、陆二人的主持下，大肆搜捕国民党人和反袁人士，整个北京城立即笼罩着令人窒息的恐怖气氛。
袁在对南用兵的初期，集中火力打击黄兴，暂时把孙中山放在一边。他叫北京总检察厅票传北京国民党支部部长吴景濂到案，质问黄兴是否国民党的领袖？如果是的，黄兴谋叛是否与国民党有关？如果认为无关，国民党应该开除黄兴出党以明责任。以上一切，统限于三日内答复。不言而喻，这是一桩极其尴尬的任务：国有国法，党有党章。依据党章，开除领导党员出党应由全国代表大会决定，地方支部长无权处理。但是不处理不行。吴景濂想召开支部大会研究一下，怎奈在北京的国民党人，在军警的严密监视下，明哲保身之不暇，谁敢硬着头皮出席这样一个惹事生非的大会？支部大会召集不起来，而三天之期转眼即到，吴支部长只得登报声明说：“黄兴除名一案，非经大会不能决定，但限期甚迫，不及召开大会，因此遵令除名。”所谓遵令者，遵大总统之令也。当时的政论家调侃地说：如此谋叛重案，只要国民党表明与己无关，仍可维持其合法政党的地位，大总统之气量，可谓大矣。
7月23日，袁下令通缉黄兴、陈其美、柏文蔚三人，捉到黄兴者赏洋10万，捉到陈其美者赏洋5万。
战事发生后，孙中山有电劝袁退位。这个电报的措辞还是十分委婉的，首先谴责他“违法借款以作战费，无故调兵以速战祸。异已既去，兵衅仍挑，以致东南军民，荷戈而起”。最后劝告说：“昔日为任天下之重而来，今日为息天下之祸而去。”袁一看之下，不禁怒气冲天，三日下令解除孙中山的筹办全国铁路之全权。
袁又通过外交关系，请上海租界当局协缉黄兴、李烈钧、陈其美、柏文蔚、钮永建、刘福彪、白逾桓、居正八人到案。上海领事团公然剥去了所谓保护政治犯的面纱，而在来文上签字表示同意。香港殖民政府主动下令，永远禁止孙文、黄兴、胡汉民、岑春煊四人入境。回忆反清革命时期，同盟会人尚可在香港、上海等地设立机关，进行活动，此次竟然采取如上措施，可见帝国主义帮助袁政府大大超过了当年帮助清政府的程度。
当然，袁对帝国主义的摇尾献媚是无所不用其极的。他在用兵时期，除通电保护外侨生命财产而外，还不待外国人启齿，主动声明，倘因镇压变乱而使外人受有任何损失，民国政府概负赔偿责任。
以上为袁政府在对南用兵时期所采取的镇压国民党人的一切措施。至于对南方五省的军事攻势，其大概情形分别叙述如下：江西方面，讨袁军虽一战而捷，但由于湖南、广东等省按兵不动，颇有孤掌难鸣之势。7月25日，湖口被北洋海军占领。这也不是袁世凯用兵力打下来的，而是指使叛徒再一次出卖革命，使讨袁军措手不及，误中其计。事前，李烈钧接到孙中山的电报：“现有海军部次长汤芗铭，奉袁政府之命，统率楚字军舰四艘溯流而上。此人是同盟会的老同志，此行即将倒戈讨袁，慎勿发生误会。”因此，这批舰队经过马当要塞的时候，江防部队任其通过。马当号称“长江之腰”，如果严阵以待，军舰是难于飞越而过的。当这批舰队驶抵湖口附近时，湖口炮台还吹号表示欢迎。哪里晓得，号声未绝，舰队突然轰轰隆隆地向长江两岸及炮台中心开炮回答，掩护舰上所载北洋军一旅强行登陆，湖口即告失陷。
提起汤芗铭，此人不是无名之辈。他是进步党人汤化龙的亲兄弟。早年中过举人，后来到法国学习海军。1905年孙中山到法国发展同盟会会员时，他曾签名加入，随后又懊悔起来，偷偷到旅馆割破孙中山的皮包，盗出同盟会欧洲加盟人的名册，向清朝出使法国大臣孙宝琦自首。孙怕事件扩大，未予处理。汤因此被开除出盟。他毕业回国后，在北洋海军中服务。辛亥革命时，他随北洋舰队开往武汉助战，不久这批军舰在九江起义。南京临时政府成立时，孙中山以其参加起义有功，不念旧恶，任为海军部次长，并叫他兼任海军北伐司令，率领舰队开往烟台一带助战。袁世凯接收政权后，也因黎元洪和汤化龙的关系，叫他仍任海军部次长。在这次南北战争中，他又一次背叛革命，采取两面手法，为袁政府立下了征南第一功。
湖口失守大大挫伤了江西讨袁军的士气。右翼司令方声涛在八里坡作战失利，退往鄱阳湖畔沽塘，仍然站不住脚，又向吴城退却。随后左翼也被牵动，向建昌、乐化退走。
同一时期，江苏的局势也很不妙。先是，驻防徐州的江苏第三师冷遹的部队，没有等待友军配合，单独向山东进攻。7月16日占领韩庄。北洋军第五师（师长靳云鹏）向兖州退走。随后，驻防兖州的辫子军张勋会同兖州镇总兵田中玉增援反攻，20日冷师退出柳泉，22日继续放弃徐州。张勋在徐州发表演说，鼓励辫子军打下南京后，三天之内不封刀，任其奸淫抢劫。因此辫子军豕突狼奔地倾巢南犯。黄兴急派第八师骑兵团刘建藩部北上增援，形势才告稳定。不料又得密报，袁政府命徐宝珍师由运河以西侧击津浦线，讨袁军后路受到威胁，黄只得将刘团调回蚌埠，并派柏文蔚为临淮关防守司令。此后江西讨袁军失败的消息不断传来，士气日益不振，前言军队纷纷向浦口溃退。黄兴所面临的仍像上年在汉口、汉阳作战的局面一样，军队不听指挥，军饷无法供应。到了29日，南京风声益紧，他便以一走了之。第一师师长、代理江苏都督章梓也随同出走。
黄兴走后，第八师师长陈之骥即日宣布取消独立。程德全也在苏州成立江苏都督行署，并在上海设立临时办事处，通电表明心迹，说他本来是不赞成独立的，现在时过境迁，希望袁政府不咎既往。袁也“宽大为怀”，叫他严拿黄兴等暴乱分子到案，其他一切事情，似乎都好商量。
继南京失败之后，8月4日广东发生内讧。第二师师长苏慎初逐走陈炯明而自称代理都督。第二天，他也被人逐走，独立旅旅长张我权又以都督自居。11日，龙济光的军队从西江顺流而下，直奔广州，张我权也逃走了。
安徽的情形更糟。由于柏文蔚留在南京未归，第一师师长胡万泰做了几天的代理都督。7月22日徐州失守，这个胆小鬼又犯了老毛病，不知溜往何处。在那几天之内，宪兵营营长祁耿寰、参谋刘国栋先后代理都督。27日柏文蔚才由南京赶回来。此时讨袁军全局瓦解，这位都督终日愁眉不展，大有进退两难之势。8月6日胡万泰忽又出现，他通电列举柏文蔚的五大罪状，带兵进攻督府，把柏驱逐下台，即日宣布取消独立。但是这一叛卖行为并未使他得到什么报酬。8月28日，倪嗣冲由皖北引兵前来，占领安庆全城，从此安徽便成了反动军阀倪家的天下。
福建方面，独立后的第十天，许崇智接连接到江苏、江西两路兵败如山倒的消息，即于7月31日弃职出走。8月9日，都督孙道仁宣布取消独立。
湖南独立的时间较晚，而宣布独立不久，国民党的二次革命已有不祥之兆。谭延闿先后接到湖北都督黎元洪、四川都督胡景伊、云南都督蔡锷、贵州都督唐继尧、广西都督陆荣廷的电报，劝其明察事机，取消独立。谭见势头不对，即于8月13日宣布取消独立。他在取消独立的电报中大耍笔杆说道：“湖南宣布独立，水到渠成，延闿不任其咎。湖南取消独立，瓜熟蒂落，延闿不居其功。”这是替他自己打掩护的一段妙文，所谓水到渠成是说当时环境逼人，非一人之力所能挽回，不任其咎是真的；所谓瓜熟蒂落是说种田人煞费苦心，不居其功是假的。
上海方面，讨袁军进攻制造局失败后，即退往吴淞，改推居正为总司令，仍由钮永建负责指挥。袁政府命海军总长刘冠雄率领北洋军第四师李厚基旅由海道运抵上海，从8月2日起进攻吴淞，炮火极为猛烈，钮永建坚守不退。但是，由于讨袁军全局皆非，吴淞一隅之地，怎能挽回大局。经过红十字会外籍医师的调停，讨袁军于12日放下武器。
四川的情形更为特殊。都督胡景伊是进步党人，当然站在袁政府的一边。川军第五师师长熊克武则是国民党人。黄兴发动南方各省起兵讨袁时，四川因距离较远，得信较迟，8月4日熊克武才在重庆宣布独立。他认为讨袁必先驱胡，因此率部向成都进攻。他的部队开始颇有进展，由于各省讨袁军先后失败，士气受到影响，一直支持至9月12日，他才离职出走。
江西自讨袁军两路失败后，李烈钧由前方退回南昌，都督欧阳武已经弃职出走。南昌一片混乱，败军不能立足，李只得沿赣江向樟树、临江一带退走。8月18日，北洋军兵不血刃占领南昌。李在袁州接到谭延闿的电报，告以各省讨袁军均已失败，劝其轻装出走，李遂由安源入湘。黎元洪竟然落井下石，叫谭就近予以逮捕，解往北京问罪。谭不愿与国民党结怨太深，放了一条生路，叫他乘日本轮船武陵丸离开长沙。船到汉口时，黎又派出大批军警，打算生擒献功。他的参谋长金永炎劝道：“此人过去援鄂有功，不宜恩将仇报。”黎说：“乱党不除，国家永无宁日。”当时赖有日本友人登轮掩护，李化装乘日本兵舰离汉下驶。
讨袁军自7月中旬发动，至8月上旬各省先后失败，为期不到一月。但是问题并未解决。江苏取消独立后，不少官兵非常不满，有重整旗鼓之势，程德全不敢贸然回任。8月8日，南京突然又一次宣布独立。在独立布告上，讨袁军总司令的名字换了何海鸣，江苏都督的名字换了陈之骥。陈事前一无所知，带兵到督府查问，何海鸣降阶相迎，高呼“陈都督万岁！”陈开口问道：“何先生有多少兵？”何说：“贵都督的兵就是我的兵。”又问：“饷呢？”何说：“造币厂有的是。”陈转身大喝：“把他绑起来，听候程都督发落！”
这次南京事变，从宣布再独立到总司令被擒，前后只有六小时，当时称为“短命之独立”。但是问题仍未解决。陈之骥在第二次取消独立后，即渡江北上去迎接他的丈人冯国璋。11日，南京第三次宣布独立，讨袁军总司令仍然是那位满口衡阳口音的何海鸣。这样一个翻云覆雨的变局，看起来令人莫测高深，讲起来却也并无任何奥妙之处。原来第八师是在湘桂两省军队的基础上发展起来的，其中国民党人较多，官兵革命情绪较高，反对不战而降。陈之骥北行后，8月10日第一、第八两师发生内讧，主战派占了上风，何海鸣被释放，因此又一次宣布独立。
南京第三次独立，看起来似乎是儿戏之举，可是实际上它是国民党二次革命运动中有声有色的一幕，打得非常出色。8月17日，北洋军在海军猛烈炮火的掩护下发动攻势，占了天堡城。19日又被讨袁军用肉搏战夺回。此后天堡城反复易手达5次之多。北洋军有冯国璋、张勋两员大将，军火军饷十分充足，何况又有海军助威，端的是“兵精粮足，士饱马腾”。讨袁军方面，他们的主将都已远走高飞，现在钻出来的总司令是个摇笔杆子的投机政客，他们明知大势已去，可是斗志十分昂扬，孤军作战，饷械两绌，对优势的敌人进行了极其英勇的抵抗。狮子山炮台的守兵战至最后之一人，炮声才哑下来。
8月26日，北洋军挖地道打进了朝阳门。可是，张勋的报捷电刚写好，攻入朝阳门的军队又因触地雷而溃退下来。北洋军恼羞成怒，放火焚烧下关的民房、商店以泄忿，而下令放火的不是别人，正是两年前下令火烧汉口的冯国璋。
北洋军重行分配攻城任务，张勋攻打太平门，雷震春攻打南门，冯国璋攻打北门。张勋利用别人的军队打头阵，叫扬州军第四师师长徐宝珍用了掘地道、埋地雷的种种攻城战术，炸开了城墙的一个缺口，9月1日才攻入太平门。北洋军进城后，还遇到三五成群的残兵，隐身墙隅路角，进行顽强巷战，枪声彻底未止。
北洋军9月1日攻下南京，张勋延至4日才扬鞭入城。他对辫子军实践了“三天不封刀”的诺言，从9月1日到3日，纵容兽兵杀人放火，奸淫抢劫，使南京人民继太平军失败后又一次遭到惨绝人寰的浩劫。由于黄兴是湖南人，而守城军也有不少湖南官兵在内，张勋认为湖南人都是乱党，遇有口操湘音的人民，任意逮捕杀戮，并且封闭了湖南会馆。那位自封为总司令的何海鸣，却躲在马棚积草之下，未被辫子军发觉，随即化装逃走了。
张勋入城后，辫子军的暴行并未中止，而这位大帅也无意加以制止。9月9日沪宁路火车恢复行车时，大批死里逃生的南京人抢购车票登车，以致车站拥挤不堪，呼儿唤娘之声不绝。北洋军打了胜仗，南京城人口为之锐减，到处路断人稀，宛如一座死城。这些情况从报纸传出后，引起全国人民的无比忿怒，一致痛骂辫子兵是一伙披着军衣的活强盗，张勋是杀人放火的强盗头儿。国际舆论也纷纷加以谴责。张勋气得暴跳如雷，通电加以驳斥。他在电文中却又露出马脚说：“诸军巷战，统将专事杀敌，间有一二不法军人，趁匪军抢劫之余，见物辄取，固所难免。”随后他又察觉到这种说法未免欲盖弥彰，便又于9月9日补发一电，把一切罪行都推到败军和土匪方面，甚至推到友军方面，而自诩其维持秩序之功。电报说：“匪军逃窜，乘机抢劫，土匪助虐，益肆凶残，多有假冒官军情事。此间各军号令不一，勋破除情面，派队巡街，随地正法者二百余，秩序始复。此金陵各国旅居洋人人所共见。今路透电乃以蓝衣兵占多为言。查勋部入城，仅占东北一隅，地处偏僻，民户无多。其余繁华之区，均由各军分扎。孰抢孰否，不难按户而稽。”这个电报不啻是不打自招的供状，反映了北洋军蹂躏南京城的点滴情况。事实上张勋的辫子军在北门，雷震春的淮军在南门，挨家挨户抢劫，所有民房商店，上自天花板，下至阴沟，几乎没一处不被他们搜查到。只有搬不动的地皮没有被抢走。甚至一家被抢数次，抢光后又把房屋放火烧掉，在那些日子里，南京城内大街小巷出现了形形色色的怪现象，有的兵士卸下军衣，把步枪权充扁担，来运走他们所抢得的赃物。有的强迫人力车替他们搬运东西。有的因争夺赃物而开枪互击。除开抢劫而外，他们还到处强奸妇女，不少妇女因避侮辱而投秦淮河自尽。张勋打了胜仗，他的兵士点起名来却少了一大批，原来那些老总们打了起发，都开小差回到老家纳福去了。
张勋还大肆吹嘘他的赫赫战功。他在“请奖叙作战有功人员”的电报中扬扬得意地说：“南京易守难攻。昔者洪杨割据，困以天下之师，糜饷数千亿，犹以九年之久，始克奏捷。今勋奉令南征，每战必胜，用兵不及半月，实非始愿所期。”
这次国民党的讨袁战争，称为“二次革命”或癸丑之役，也是民国成立以来的第一次南北战争。因为战争只在江西、江苏两省进行，所以又称“赣宁之役”。这次战争从湖口宣布讨袁起，到南京第三次独立失败止，时间不到两个月，以国民党的军事力量全部被打垮而告结束。