为自由而革命
很多人都很赞赏杰斐逊的智慧与理智，认为他的智慧和理智已经超乎一般人的想象了，但那都是经历了很多坎坷之后才会有的。在美国的革命战争期间，杰斐逊和其他的革命分子一样，也会跟着自己的情绪走，也会因为一时的气愤而做出让人意想不到的事情。
杰斐逊也曾说：“如果我们的国家在枪尖之下遭受凌辱的时候，我们还在讲理智、讲道理而对之不闻不问，那么我们现在能在哪里呢？一定是快离灭国和殒命不远了吧！”
虽然杰斐逊的很多愤怒和其他的爱国志士一样，都是针对英国王室，但是也有一些态度和情感并不受到他弗吉尼亚同胞的欣赏。杰斐逊认为，白人对待黑人与印第安人不公，但是他反对奴役与迫害这些人的言辞与他为殖民地而反抗英国之时所使用的言辞太过相似了。也许杰斐逊这种愤怒与他害怕自己也会遭到奴役有关，而他这种恐惧可能来自他小时候曾经受到过父母的控制与支配。
1769年，杰斐逊落户的地方选举他为州议会议员。他在议会里请求准许解放黑奴，但是遭到拒绝。当然，在王室的统治之下，只要是有关自由的事情都不会成功。
年仅26岁的杰斐逊这次提及的议案，是他第一次的立法案。当时弗吉尼亚的法律规定，只有绝对忠诚和有功劳的黑奴才能得到释放，可是在其他的地方，比如北卡罗来纳和佐治亚，拥有奴隶的人只需要向州郡的法院登记一下，就能释放黑奴。杰斐逊要求全弗吉尼亚拥有奴隶的人应该有权自由地释放自己的奴隶。
杰斐逊的这项提案虽然遭到了很多人的指责和质问，但他没有因此而退却，反而在五年之内更加频繁地指责现有的奴隶制度是社会丑恶的陋习。他坚称废止这种制度，应是美洲殖民地人民“所希望的大目标”。
然而事情轮到自己头上的时候，杰斐逊却又成为他所抨击的那种人，这样说明，他对于黑人的态度，还是存在着质疑和矛盾。就在他提出释放奴隶的议案没有通过的1769年，他家里一名黑白混血的鞋匠兼木工的奴隶，偷了一些财物还有杰斐逊的马，悄悄逃走了。结果，杰斐逊在1769年9月7日的《弗吉尼亚报》上刊登广告，要捕捉逃跑的奴隶，言语十分凶狠。后来奴隶终于被捉到，三年之后，杰斐逊就用100镑把他卖了。
就这样，杰斐逊一手羁押了一个热切渴望自由的奴隶，而另一只手却又伸出去，想要解开其他奴隶的束缚。
1770年4月，他为一个黑白混血的黑奴辩护。这名黑奴，以祖母是白种女人与奴隶父亲所生的女儿为由，要求获得自由。杰斐逊承办这件案子，是因为他认为那白种女人所生的孩子，在法律上是自由的——根据弗吉尼亚的法律，奴隶的地位不以肤色来决定，而由母亲的地位来决定——她的后裔自然也该是自由的才对。
在这个案件中，杰斐逊大声呼吁说，在自然的法则之下，所有的人都生而自由，来到这个世界的人，对于自己的人身都拥有一份权利，这当然包括凭自己的意志随意行动，并获得最终的自由。而在当时的弗吉尼亚，这种举动被列为具有煽动性的异端邪说，法官因此断然地命令杰斐逊闭嘴，并把这名混血青年交由他的主人去裁夺。所以，他在当律师与从政的一开始，就同时留意到奴隶问题与黑白混血所造成的错综矛盾的心理状况。值得注意的是，“所有的人都生而自由”这句话六年之后重又出现在他的《独立宣言》里，而最初却是他公开为一个黑人奴隶辩护所说的。
杰斐逊不只是对奴隶制度感到很厌恶，他对白人任意杀戮印第安人的行为也是相当震怒，可是这些情况在俄亥俄州的边境上却十分普遍。
1774年4月，由柯利萨上校率领的一批白人杀害了一群无辜的印第安人，其中包括数名妇女，还有一个怀了孕的妇女。谁也没有想到的是，这些被残杀的印第安人是一个名叫罗根的酋长的全家。很多人都知道，他是白人的朋友。罗根为了复仇，让他的薛尼族人也杀死了很多的白人移民。弗吉尼亚总督邓莫尔爵士，亲自带领部队前往该地剿除了这些印第安人。罗根脱逃之后发表了一篇情词哀恳的演说，后来被1775年的弗吉尼亚报界广为报道。这篇报道，深深地震撼了杰斐逊，因此杰斐逊立即把它记在手边的账册上，后来又把它收在《弗吉尼亚纪事》里。
如果杰斐逊在培根、洛克和牛顿这些学者之外，还要另选一位英雄人物，那么就是这位薛尼族的酋长了。这么一位愿意与白人和平修好而被嘲骂和指责的人，却因为白人毫无理智的滥杀，变成了凶猛残酷的战士。这一连串血腥的屠杀，在1774年到1775年间弗吉尼亚的报纸上都有详细的报道，而这正是杰斐逊投身革命最紧要的一年。
杰斐逊在22岁的时候，首次听到叛国与革命的言辞时，他就站在弗吉尼亚议会的门边，听着上层的代表人物派帕特里克·亨利大声疾呼，反对“印花税法案”。当时美国殖民那样愤怒地反对印花税法案，并不完全是对英国暴政的一种反映，而是对他们已经习惯了特有的自由受到侵害时感到的不满。1766年，印花税法案终于被废止，美国殖民地的人们认为这是最大的胜利，于是在安那玻里斯疯狂庆祝。
杰斐逊有好多亲戚，在这次革命性的抗议中，走在最前线，重要的有他的益友佩顿·伦道夫；还有他母亲的表亲理查德·布兰写了一本很有影响力的小册子——《试论英属殖民地的权利》。杰斐逊曾经研究过有关威尔士人对抗英皇的著作，他在自己名句选集的本子上，抄录了西蒙·皮鲁帝雨的《塞尔特史》中的一些故事，讲的是古塞尔特人凭着己意推举国王，或是贬斥国王，对于有关全国利益的事情，都以少数服从多数的投票来表决。
就在1769年杰斐逊成为弗吉尼亚议会议员之后的第十天，他首次尝到了英国皇室的厉害。一些美国殖民地的立法者都计划用最有效的手段，来抗议英国在殖民地新增加的纸税、玻璃税、颜料税和茶税。英国国会派出了两个英国常备军军团，前往波士顿镇压疯狂抗议的民众。然而，这是政治上一个重大的错误，这种举动惹火了整个大西洋海岸的人民。乔治·华盛顿是战场上的老将，他曾经把法国人赶出了美洲大陆，为英皇争得了不少光荣，他也把英国的驻军视为一种侮辱。可是正当华盛顿和弗吉尼亚议会的议员们投票决定要和马萨诸塞州的人们团结一致抗议英国暴政的时候，弗吉尼亚新总督波特托爵士却下令要关闭议会。
可是这个爵士万万没有看出来现在的弗吉尼亚的议员们每个人都因为革命而剑拔弩张了。总督关闭了他们固定的集会场所，他们就前往罗莉酒店的阿波罗厅开会，并选举佩顿·伦道夫为议长，决定革命到底。还草拟了“不进口决议案”，不购买、不使用一切英国或外国货物，包括酒与奴隶作为抵制。华盛顿是此议案的创议人，杰斐逊也在提案上签下了自己的名字。签署完毕之后，全体议员举杯庆贺。
这份议案与其他相类似的议案，送到了殖民地的其他各州，造成了深远的影响。结果所有的税一概取消，只留下茶税。殖民地的人们又一次获得了胜利。
不过，令人感觉有些失望的是，弗吉尼亚人本来对黑人掌握着生杀大权，现在他们作为奴役别人的人却起来反抗奴役，这真是让人觉得很讽刺。
后来，“奴役”一词变成了家喻户晓的口头禅，也成了集会之时愤怒的呐喊声。1768年，华盛顿写道，英国政府“用尽阴谋诈术与高压，要把奴隶的枷锁加在我们身上”。杰斐逊自己也写到，它“处心积虑，有系统的计划，要把我们降格为奴隶”。
在当时美国殖民地的13个州上领养黑奴仍然是合法的，而反对奴役的行动还只是在开始的阶段。他们对自己的奴役黑人，与心中所想的英国奴役自己，有着截然不同的感受，其间竟无法以任何逻辑加以沟通。
但这对于杰斐逊却是不一样的，不管是对于国家还是对于自己，杰斐逊都觉得难以从这种进退两难、自相矛盾的情况中挣扎着站起来。1769年，杰斐逊要求弗吉尼亚议会赋予他权力，让他释放自家的黑奴，他已经看出解放黑奴的权力，与免除君主或国会专政的权力，两者之间有着密切的关系。
1773年12月16日，波士顿港口的白人们为了抗议英国征收茶税，假扮成印第安人与黑人，将成箱的茶叶倒入海中，造成了“波士顿茶叶”事件。在此之前，1772年7月，他们还焚毁了英国税船“戛斯皮号”。除此之外，从税法的废止到茶叶事件这段期间里，算是很平静，这让很多人都以为美洲的问题已经解决。
华盛顿返回了弗农山庄，开始经营他的农场，而杰斐逊也在这个时候开始建造蒙特沙罗的房子，娶妻成家，并开始长期挣扎在政治狂热与田园生活之间。
从1766年开始，杰斐逊就阅读有关政府缔约的书籍。自从弗吉尼亚议会关闭之后，杰斐逊就派人赶到英国去购买洛克的《关于政治学的两篇论文》、伯拉玛奎的《自然权利法则》、华纳的《爱尔兰史》和《内战史》、斯图尔特的《政治经济学》，还有孟德斯鸠的著作。买到之后，杰斐逊就夜以继日地攻读这些书，埋头做研究，并将有关政府的经典句子和思想摘抄在了他的名句选集本子中。这样他才成为了“一本联邦政府制度的历史先例的百科全书”。杰斐逊研究的政府体制十分丰富，他研究过乌特勒克联邦（乌特勒克现为荷兰中部一省）、赫尔维提亚的政体（古罗马时代阿尔卑斯山地之一区，今为瑞士西部及北部地区），还有丹麦、瑞典和波兰的政府制度，等等。到1773年，约翰·洛克“天赋人权”的理论已经成为人们讨论的焦点，越来越多的人开始意识到，美洲的命运关乎着世界历史。
“波士顿倾茶”事件发生后，英国政府竟然不把它当成暴民的暴行，却将它视为民众造反的行为，于是派部队封锁了波士顿港，废除当地一切政府机关，包括警长与治安法官的办公室，并禁止和平的集会及政治辩论。
殖民地的人们采取了两种形式作为反应：一种是小规模的行动，就是弗吉尼亚的激进人士要求议会指定一天斋戒、祈祷，要求“上帝插手”，使殖民地避开“内战的恶魔”，这一着政治策略，杰斐逊后来满意地说，这种行动十分奏效，就像“电击一样”。另外一种行动就更重要了，由于总督邓莫尔爵士一再因为不知名的小事为借口解散议会，议员们决定在1774年8月里进行非法集会，选举代表组成纯粹的“大陆”议会，杰斐逊已经准备了一份周全的革命文件，供大家检阅参考。
《英属美洲权利概述》（以下简称《概述》）是杰斐逊第一篇严正的论述，也是《独立宣言》的前身，它仔细而理智地陈述了殖民地人民的冤情。这篇论著气势磅礴，它反映出千万殖民地人民的愤怒，这种愤怒，最后炼化成了文雅的《独立宣言》。《概述》除了陈叙殖民地人民在心智与经济方面所遭受的痛苦和待遇的差异与权利的问题之外，其中还凸显了最原始的“两代”之间的冲突，美国被比喻成被奴役的孩子，英国和英王则被比喻成母亲。美洲殖民地作为年轻的一代，要求他们与“母亲”的这一辈享有同等的权利。
《概述》的内容反映了一般年轻人常对父母发出的抱怨，很可能杰斐逊也是这样，深深觉得在母亲那里受了委屈。殖民地上很多的青年，原来认为跟母国和英王翻脸是十分罪恶的事情，但是现在《概述》却激起了他们的共鸣。
在美洲殖民地上，完全能够让青年们热血沸腾的话是约翰·亚当斯于1775年9月24日，在日记上说的：“雷诺兹爵士又在耍他的老花招了……他摇着摇篮，唱着催眠曲，纯真的孩子睡着了，于是他就拿起准备好的藤条，猛抽那可怜的婴孩。”后来《独立宣言》签署完成，约翰·亚当斯意气风发地写信告诉朋友说：“再见！再见，昏愚痴醉的继母，终于要独立啦！”
就这样，一向过着惬意悠哉传统贵族生活的杰斐逊，在1774年写下他的《概述》。而这篇论述特别值得注意的是他的勇气。他在《概述》中告诉英国的国王，在美洲什么可以做，什么不可以做，同时人民应该有权决定让英王下台，或是脱离大英帝国而独立。《概述》的送往过程也是很有趣的，当时杰斐逊带着《概述》前往威廉斯堡参加革命聚会，但因为感染了严重的痢疾，不得不折返蒙特沙罗，不过他却派人送了两份《概述》前去。这样，《概述》才得以发表并流传。
《概述》在英国一下激起了很强烈的反响，而且很多地方都出版了好几版。这对于杰斐逊来却不是一个好消息。马上杰斐逊的名字就连同其他有影响力的人一起被列到了英国国会建议处死的名单里。
独立战争开始
1775年，杰斐逊被选入“大陆议会”，他动身赶往费城，并在6月21日抵达。此时华盛顿刚刚被推举为“大陆军”的最高统帅。华盛顿曾经尽力推辞过统帅的职务而没有成功，他表示十分不愿离开自己的家，怎奈大家都很相信他的能力，要把重任托付给他，也许这是命中注定要他替国人服务，希望自己接受了这个职务之后，能够不辜负国人的期望。华盛顿比杰斐逊大11岁，是杰斐逊心目中的英雄，他在对法国人与印第安人的战争中，出生入死，战绩骄人。当华盛顿带着一个分队的民兵动身前往波士顿时，杰斐逊曾骑马相送，一路上为华盛顿鼓号，场面很是感人。