1938年10月，日本侵略军占领武汉。11月攻陷湖南岳阳。自此，长沙城内谣言四起，国民党湖南省当局张皇失措，不顾守土有责和人民生命财产安全，唯恐逃之不快。负有维持长沙治安全责的长沙警备司令酆悌、警备第二团团长徐昆、长沙警察局长文重孚，执行蒋介石“焦土抗战”的指示，于11月12日夜间，命令军警纵火烧城，至14日大火才熄灭。长沙城内房屋三分之二被毁，财产损失巨大。居民被烧死3万余人。大火之后，日军并未立即进犯长沙。国民党政府为了平息民愤，推卸责任，只好把酆悌、徐昆、文重孚等人作为替罪羊枪毙，并将湖南省政府主席张治中革职。在这种情况下，曾约农与曾宝荪及其家人一道，携带着曾氏部分家藏手稿和抄本，绕道避难于香港。1941年，香港沦陷，曾约农等日夜提心吊胆，生怕家藏手稿和抄本遭到日军的搜毁。次年，香港发生严重的粮荒，日军被迫允许寄居在港的内地居民回乡，以减轻荒乱带来的混乱。于是，曾约农、曾宝荪分别化名为曾仲，曾苹，乘机取道澳门，经广州湾至广西柳州，转湘桂路，乘火车抵达衡阳，回到老家荷塘。所携曾氏部分家藏手稿和抄本，经好友余六铁转托廖傅亚、郑仲衡分别妥运湖南和广州湾保存。曾约农经千辛万苦回到湘乡老家后，一些乡亲对他们的生命安危，甚是放心不下。曾约农却风趣地表示：“全面抗战，大后方常被轰炸，家乡如果沦陷了，安危也不亚于大后方。我佩带一只手枪，日不离身，夜不离枕，万一有变、拔枪相斗，拼一个不亏本，拼两个就赚了！”由此可见，曾约农的爱国民族气节是很明显的。
1944年6月21日，湘乡沦于日寇之手。在此之前，曾约农被一个叫彭位仁的抗日司令邀请作为幕僚之类的职务，但其主要精力还是放在湘乡老家一带的抗日工作上。有天下午，荷塘本地一部分具有民族气节的人在麻兴庵召开了一次“应变会”，研讨如何组织自卫队的问题。
会议参加者大多是一些乡保长和绅士，曾约农应邀入会。随后，活跃在湘乡和衡阳边境地区的各类游击武装相继出现，诸如温应冰的“正义军”、徐洞的“潭宝永突击指挥部”、湘潭张碧村的“游击司令部”、衡阳王伟能的“街清司令部”、衡山唐辟衡的“第一支队”等等。这些武装尽管不属于共产党领导的正规抗日力量，但它是第二次国共合作下的产物，矛头主要指向日本帝国主义。然而，正因为它们具有这种特定的属性，所以如何协调彼此间的关系，则是一个非常重要的问题。为了解决这个问题，曾约农为之采取了两条具体的措施，尽自己的力量使各派武装间携手合作。一是委派专人帮助沟通游击队和地方政府之间的联系工作，借以了解敌情，掌握游击队伍的活动情况。二是对驻地抗日武装或过境部队，每逢过年过节设丰宴犒赏，或赠送锦旗，激励其爱国抗日斗志。如在1944年8月，湘衡交界百数十里地内，各路游击司令齐集曾约农老家富厚堂开会，商讨抗日到底的问题，曾约农、曾宝荪等人不但设宴款待，而且从中多方协调，消除了各路抗日武装间的误会，使其一致对敌。
1945年8月15日，日寇正式宣布无条件投降。曾约农在家乡得知这个消息之后，立即组织部分群众擎着上书“日本无条件投降”的高脚牌、锣鼓、鞭炮前导，向各处宣传抗日的胜利。
进而，他又在曾竹亭公祠主持召开了有2000余人参加的荷塘乡人民庆祝抗战胜利大会。他在会上致词说：“这个庆祝会显示了中华民族的骄傲。中华民族是个伟大的民族，是不容侮的！”曾约农在抗日战争时期的表现，显示了一位正直知识分子的爱国意识的张扬，是应当肯定的。
1946年春天，艺芳女校的老学生张纯士、李琬、王询来等专程到湘乡力劝曾约农和姐姐曾宝荪去长沙重新开办艺芳女校，于是在是年5月下旬，他们一同返归长沙。经过多方努力，他们把原校收回修整一新，实行了艺芳女校第三次复校。但此时的曾约农因受湖南省长王东原之邀，负责筹备省立克强学院不能分身，只兼任艺芳女校顾问之职，“但是开教务会议，或是学友会，仍然出席，照样有他的建议和帮助。”
曾约农负责筹组省立克强学院的原委是这样的：薛岳当湖南省长期间，于1941年在南岳创办了省立农业、工业、商业3个专科学校。1944年6月，日寇南犯，长沙、衡阳等重要城市相继沦陷，这3所学校被迫停办。1946年春，商专和工农专科学校分别在衡阳和长沙复校。湖南地方当局为节支教育经费，以“集中人力物力和纪念黄克强先生革命功勋”为由，决定将3所专科学校合并，改办省立克强学院，具体合并事宜则由曾约农负责进行。至1947年2月，筹备工作完毕，这3所专科学校正式合并成立省立克强学院，曾约农被委任为该院院长。是年秋，克强学院招收本科农艺学、建筑工程和会计统计学3系新生各一个班，连原3所专科学校的肄业生共258人，分10个科系。院址仍设长沙市稻谷仓、荷花地、藩正街等处原专校旧舍。与此同时，曾约农还担任过湖南大学筹备委员会委员、湖南大学教授，为湖南的教育事业做出了积极的贡献。
鉴于曾约农在文化教育界的声望和地位，他还被国民党中央和湖南地方政府分别任命了许多专门性的职务。新中国成立前夕，曾约农应邀参加在印度召开的世界和平大会，会后回到香港，于1951年冬应蒋介石电邀及专使孙沂芳之请，离开香港定居台湾。
（三）曾约农自1951年冬定居台湾之初，受聘担任台湾大学教授，专教英文。1955年，曾约农出任东海大学首任校长之职。曾约农虽然留学英国较久，但对美国教会学校一贯的作风不太了解，所以他所主持下的东海大学，与中国内地的西方教会学校有所不同。他立校的宗旨是：“以基督教的精神，遵循国策，实现三民主义的教育，并注重发扬我国固有的文化。”这一办学宗旨的提出，是曾约农根据当时世界潮流以及台湾状况而形成的。但当时该校的大多数校董却不太赞同。他们认为，东海大学无非是燕京、金陵、齐鲁等大学之类的模式，就连美国中国基督教大学联合董事会主持人也持同样的看法。所以，当曾约农主张东海大学应增设工学院时，董事会表示反对，其理由是在中国大陆的教会大学没有一所学校是有工学院的，尽管曾约农据理力争也无济于事。但曾约农顾全大局，尽力为实现自己的教育主张而勇于任事：“他创始通才教育制度，并创设劳作助学方法，使清寒学生可以用工作来换取学膳杂费。
约农本人也每礼拜一同做工数小时，表示劳工并不卑贱，深得教职员、学生与工友们的佩服，一堂融洽。”劳作教育和通才教育，这是曾约农出任东海大学校长期间两项最重要的办学措施。
曾约农对于学生，也是关怀备至，主张实行人格教育，希望建立起一种荣誉制度，而不是用现成的条规去约束学生的言行。他在东海大学的训导工作中，“即以礼治为本，但不标以礼治之名。”曾约农学贯中西，有着深厚的学识功底和丰富的办学经验。他的演讲内容非常丰富，引人入胜，使人百听不厌。东海大学礼拜天的祈祷会，经常由他自己主持，其讲话“往往在阐明哲理中申述教义，活用圣经的典故或成语，听众如邀游于浩瀚的学海中，无异上了一课宗教哲学课”。他在担任东海大学校长期间，凡是对于内外公私文函，无一不是由自己过目处理。“英文函件，以他具名的，无论长短，都是口述成文，由人速记，用字炼句，丝毫不苟。”至于中文函件，虽有秘书起草，但他都要亲自过目，“不喜欢沾上官场的习气”。
曾约农担任东海大学校长两年期满后坚请辞职，但该校师生都希望他继续留在东大，有的学生竟以绝食的方式来使其“打消辞意”。曾约农辞去东海大学校长职务，继续应聘于台湾大学。对于曾约农在东海大学的成绩，曾宝荪是这样评价的：“回思约农于东海由创始及开办，不过两年多，他做事十分努力，他有三大目的：（1）科学人才要有国粹及宗教的认识；（2）通才教育；（3）劳作制度。”尽管他在这短短的两年中，不可能办得很完善，然而基础已经打下了。“现在东海师生对于创办的老校长，竟有如此热忱的拥戴，正可证明我所说‘一个人办教育，只要诚心诚意，他的心血不会是白费的’。”曾约农在主持东海大学时所获得的效果是十分巨大的。而且，我们从他两年后坚辞东大校长职务的一个重要原因可以看出，他办教育有自己特有的一套方式方法，“与若干美籍董事及教授发生分歧”，不是毫无原则地听从外国教会的旨意而办成一所全力培养为其服务的洋奴人才。这一点是应当给予充分注意和肯定的。
曾约农在台湾30多年时间里，除了服务于教育事业之外，还兼任“总统府”国策顾问等职，受到蒋介石国民党当局的倚重。他终身未婚，晚年体弱多病，曾与其姐曾宝荪一起为整理曾氏家藏手稿和抄件做了一些工作。