在徐、李、张三位副主任委员的辅佐下，陈赓率领筹委会全体成员，以满腔热忱，克服重重困难，高速度、高效率地推动哈军工的筹建工作。10月下旬，陈赓派徐立行再去哈尔滨。他说：“立行呀，还得你老将出马，这一回就在哈尔滨长住吧，主要解决各路人马的住房问题。北方天气就要变冷了，御寒的关键是住房问题。你上次说过，教授们来了住在哪儿？”
“斜纹二道街的两幢楼房，是王一伦市长帮助解决的，有暖气、煤气，条件很好。”
陈赓又说：“苏联专家不久就要来了，他们的住房问题要早作安排才好。”
徐立行说：“哈尔滨市较好的房子也有限，而且松江省有苏联专家的单位早就捷足先登了，大部分已经占用，目前找到符合标准的用房比较困难。”
陈赓说：“你这次去，再找省市领导同志帮帮忙，无论如何要设法解决。”
徐立行当即上火车，直奔哈尔滨。没过几天，他就在电话里给陈赓报告个好消息：已经了解到哈尔滨铁路局的苏联专家将要陆续撤回国，请陈院长马上和铁道部联系，把他们给苏联专家住的大和旅馆要下来。
陈赓听罢，喜出望外。翌日，他亲自去找周恩来总理，经周总理批示，铁道部把大和旅馆借给哈军工使用，解决了一个大问题。
12月初，哈军工筹委会完成了在北京的工作，移师哈尔滨。徐立行被陈赓委以重任，他是党委常委，学院第一任教育长，主管全院的教学工作。他以陈赓为楷模，严格执行陈赓的教育思想，坚持以教学为中心，一丝不苟；他尊重老教师，经常深入基层，成为老教师的贴心人。在他的具体组织下，迅速成立起基础课和专业课的教授会，同时送大批教师到哈工大学习教学经验的举措也卓有成效，在很短的时间内，哈军工名师云集，一支高素质的老、中、青教师队伍逐渐形成并快速发展。
1953年5月，第一批苏联专家抵达哈军工。徐立行虚心向他们学习，与他们关系融洽，特别与主管教学的副首席顾问叶果洛夫配合默契，几乎天天在一起，讨论制定教育计划等办院的大计方针。
徐立行成了“拼命三郎”，每天深入基层抓工作。因为昼夜忙碌，睡眠不足，经常要用清凉油擦拭太阳穴提神，以至全院干部教员都熟悉他身上那股清凉油的气味。
在向苏联一边倒的年代，本来有良好英文基础的徐立行，要从头学习俄语。每天一早起床号声响过，就见他走进办公室练发音、背单词；他买了一本苏联凯洛夫着的教学法，自己琢磨着学习。晚上经常找曹鹤荪教授等到他家去，谈论与苏联顾问谈话后的体会，分析问题直到深夜。他在分析了苏联的办学经验，再比较我军办抗大、办高级步校的经验，并参考中国旧大学办学情况的基础上写出了重要论文《论十大关系》，得到叶果洛夫的赞许。
1953年初，当第一期学员从全国各地走进哈军工大门时，徐立行家里发生了一件令全院人员都啧啧钦慕的事。
王雅琴这些天一直心神不宁，她多年埋在心底的一个愿望像破土欲出的萌芽，那天晚上，她终于对早出晚归的丈夫开了口，语气平缓而坚定。
“老徐，我想上大学，报考军工。”
徐立行惊讶地望着妻子，他还没有明白过来，这几年雅琴在机关当打字员不是挺安心的吗？再说，第二个女儿刚满月，正在哺乳期，她怎么顾得上读书呢？
深思熟虑过的王雅琴，看看熟睡的婴儿，继续说：“困难肯定有，但我能克服。除了我是小孩妈妈，其他条件我并不差，我要有自己的事业，你得支持我！”
徐立行低着头不吭声，静静地坐下来沉思着，他从来都十分尊重女同志，在任何场合，从没有对女同志严词厉语过，在家里对妻子也是和和气气。沉默了片刻，徐立行扶扶眼镜，深情地望着美丽文静的妻子，轻轻说：“好吧，我支持你上军工！不过，这得请示陈院长，你毕竟是院领导干部的家属，能否读大学要由组织上来决定。”
第二天晚上，王雅琴去敲邻居陈赓的门，陈赓披着棉衣刚出来，王雅琴就开门见山地说出自己的愿望。
陈赓笑道：“好哇！你王雅琴决心不小呀，两个孩子的妈妈想上大学，不简单哦！”
他见王雅琴红着脸，低头不语，一副忐忑不安的样子，又问：“老徐同意吗？”
王雅琴抬头说：“同意，他挺支持我！”
“好！徐教育长没有大丈夫主义，却有大丈夫风格，你多幸福呀！”陈赓调侃道，“如果你王雅琴同志能搞好学习，别的学员就没有理由学不好。”
王雅琴没等多久，学院就通知她参加一次入学考试，她考得不错，最终被军工录取了。
但是，人们未必了解徐立行在家里又当爸爸又当妈，王雅琴住学员宿舍，只有周六晚上才回家，尽管有保姆帮助，但徐立行的家务负担颇重，他却从无怨言。
哈军工的教学工作顺风顺水，走上轨道，第一期学员的补课顺利完成后，在1953年9月1日哈军工如期举行了开学典礼。
1954年4月，哈军工团以上的党员干部齐集王字楼小礼堂，听陈赓传达中共七届四中全会精神和全会通过的《关于增强党的团结的决议》。5月3日，党委召开扩大会议，联系哈军工的实际，检查思想与工作中的缺点错误。这是哈军工建院以来，最大规模的大学习、大检查。
在党委委员的思想检查会上，陈赓第一个带头作自我批评。徐立行滑冰不慎摔断了大腿骨，石膏绷带还没拆，他一定要来参加党委扩大会，陈赓劝不住，只好让两个警卫员搀扶着徐立行进了会场。
在党委扩大会议上，徐立行严格要求自己，针对自己一些旧思想，做了几次检查，说到动情之处，他难过地落泪了。陈赓充分肯定徐立行兢兢业业抓教学的工作成绩，同时也严肃分析和批评了徐立行的主观主义、骄傲情绪，徐立行对陈赓的话心悦诚服，思想受到很大的震动。
作风正派，光明磊落，勇于解剖自己，从不贪功诿过，这就是书生徐立行。
1955年，陈赓亲笔为徐立行写过一段鉴定：“我认为立行同志工作一贯积极，有学校工作经验，对军事工程学院来说是不可多得的干部。”
是年秋，全军授军衔，陈赓院长从北京回到哈军工，为全院校、尉级军官授衔，在十位大校军官中徐立行排在第一位，陈赓大将亲自把大校军衔送到他们的手中。
六、在反教条主义运动中1957年5月，总政召开全军整风工作会议，张衍代表哈军工参加。会议结束后，总政领导留住张衍。张衍刚坐定，他劈头问道：“你们军工为什么不敢反教条主义，你们怕什么？”
总政领导一口气讲了一个来小时，他严厉地批评哈军工不反教条主义，看张衍在笔记本上认真地做记录，就把口气放缓和：“反正你们要反教条主义，把教条主义解决了，教育就搞好了……总之，培养的工程干部是资产阶级的还是无产阶级的？你们要好好整一下。”
此时徐立行也在北京参加总参会议，回哈前去灵境胡同见副总长陈赓。刚从南方海岛视察回来的陈赓满脸倦容，陈赓对反教条主义的问题很慎重，态度冷静。他对徐立行说：“搞技术的院校与搞战术的院校有些不同，目前技术还没有学到手，反教条主义，可慢一点搞。”
张衍离开北京之前，也去看望陈赓，转述了总政领导关于哈军工要反教条主义的指示。陈赓静静听完，没有马上表态，沉吟一会儿，他说：“反教条主义，中央是有这个精神，你回去可在党委会里让大家议一下。如果哪一方面属于教条主义，也可以反嘛。不过我的意见，一不要反到老教授们的头上，二不要反到苏联专家的头上。”
徐立行和张衍一前一后回到哈军工。5月21日，院党委召开扩大会议，因为刘居英和徐立行很快要到北京集中，出访苏联，一大堆工作需要研究，会议主要议题是全院的整风鸣放问题。张衍插空儿汇报了总政领导关于哈军工要发动群众，反对教条主义的指示。刘居英和大家对反教条主义的指示不感兴趣，徐立行想起叶剑英元帅在第六次院校工作会议的总结报告中讲过：“如果我们不懂，那么只有像牛吃草，吃下去再反刍，还是可以的。”徐立行很欣赏“牛吃草”这个比喻，在学院里没少引用和宣传。最后，出席会议的党委委员们来了个“冷处理”。总政的指示被哈军工整整束之高阁一年多。
1958年春天，毛泽东在成都会议上倡导“破除迷信，解放思想”，并批评军队落后了，要开一次扩大会议，整风。彭德怀马上给北京的黄克诚打电话，要求着手准备召开军委扩大会议。
5月27日军委扩大会议开幕。会议一开始并没有把反对教条主义当做中心议题。
6月初，林彪插手会议，他到毛泽东那儿进言，要以反教条主义作为会议的中心内容，毛泽东表示同意。6月9日，黄克诚传达毛泽东的重要指示：“我对这个会决心很大，开不好，大家就不要走。”“教条主义不懂得社会存在决定人的意识，意识又反过来影响社会，大国有大国的宪法，小国有小国的宪法，教条主义即不承认这条真理。”
毛泽东的指示传达后，会议范围扩大到师党委书记一级，并把反教条主义上升到“两条军事路线斗争”的高度。毛泽东于6月23日和29日两次到会上讲了话，点了刘伯承、萧克等一批高级干部的名，一场批判“教条主义”和所谓“资产阶级军事路线”的政治运动在全军开展，造成严重后果，导致我军多名将帅蒙冤受屈。
哈军工接到军委扩大会议再扩大范围的通知后，匆匆结束了四级干部会议，留下张衍看家，谢有法、刘居英等人都赶到北京，参加军委扩大会议。看到怀仁堂里波涛汹涌的大批判，哈军工的领导们犹如五雷轰顶，有点慌了，赶快检讨吧。
7月4日，军委扩大会议秘书处印发了刘居英、刘有光的发言稿。
7月22日，军委扩大会议结束。匆匆返回学院的领导们不敢再有半点迟误，7月30日和31日两天，谢有法先后在院党委扩大会议和全院排以上干部大会上，刘居英在教师、学员大会上，分头传达了军委扩大会议的精神。8月12日召开学院第一届第二次党代表大会，任务是贯彻军委扩大会议精神，以反教条主义为纲，总结五年工作和整风运动。
院党委第一副书记、副院长刘居英在大会上一再检讨：“在学院中主要是院党委，在党委中主要是我，学院教条主义的存在，反教条主义不力，我是过去最主要的领导人，我是副班长，所以主要责任在于我……”
但是大会抛开刘居英，把主管全院教学科研工作的教育长徐立行锁定为主要靶标。
党代会迅速形成一个狠揭猛批、万炮齐轰徐立行的火暴场面。
徐立行经常和各种运动唱反调，年初下放干部，他就反对把陈百屏这样的老教师送到农村，他说这样要影响科研工作。这次从北京开会回来后，又一头扎到五系，抓起教学和科研，那时候叫“种试验田”。他对教育和科研事业的认真执着使他对政治的敏感近乎迟钝，猛然间成为众矢之的，他顿感五内俱焚，在巨大的精神压力下，每天心情沉重地进入会场，认真听取大家的批判。在小组会上的初步检查自然过不了关，8月29日，他在大组会上做了长篇检查，发言稿近两万字。他认真检查自己身上教条主义的表现，承认头脑中有个公式：苏联=社会主义=正确。建院初期向哈工大学习，他曾说过苏联专家的一些东西不适合哈军工，在党委会上被葛燕璋和赵唯刚一通批评，心里有自卑感。在“十大不同”的讲话上；在坚持执行苏联的“六节一贯制”问题上；宣扬“向副博士进军”的讲话上；在“党支部是领导还是保证作用”的争论上；怕运动影响教学，坚持“两不误”、“两个轮子”的观点上；在培养学员独立学习能力上，等等，都表现出教条主义的顽固性。徐立行同时也以事实为根据解释了建院之初，在朝鲜战争急需军事技术人才，我们对兴办这样复杂的军事科技大学又毫无经验，生吞活剥式地学习苏联经验有其难免的一面，但是在陈赓院长的领导下，当时就明确树立“技术上全学，管理上半学，政治上不学”的原则，以及“教学上可与顾问争论，顾问不同意时可先听他的”等方针。尽管徐立行讲的这些都是事实，但在泰山压顶式的一边倒的形势下，在墙倒众人推的冷酷氛围中，这些解释只能被斥责为“躲躲闪闪，层层设防”，“死抱着错误不放”，“态度不老实”，“还没脱胎换骨”。
学院其他领导同志也纷纷在会上检讨自己，批判徐立行，比较有影响的是张衍的发言。他对徐立行的批判是系统和全面的，他说：“我与立行同志相处很久，延安两次同学，抗大和马列学校。1949年就在一起工作，未搞好关系感觉惭愧。相处很久，思想斗争也很久，思想斗争是从1949年开始的，过去的事不讲了，只讲5年来立行同志的错误。”
高压之下，哈军工的院部系领导干部，人人检查个人错误，众口一词批判徐立行。
只有一位老干部，敢与大会唱反调，他就是徐介藩。9月26日，他公开站出来，为徐立行鸣不平。