第一个反抗汉朝的国教，“抱评判态度去运用人类的理智，尽力深入追求，没有恐惧也没有偏好”的大运动，正是道家的自然主义哲学与孔子、孟子的遗产里最可贵的怀疑和看重知识上的诚实的精神合起来的一个运动。这个批评运动的一个最伟大的代表是《论衡》八十五篇的作者王充（公元27~约100）。
王充说他自己着书的动机，“亦一言也，曰，疾虚妄。”“是转为非，虚转为实，安能不言！……世间书传，多若等类，浮妄虚伪，没夺正是，心愤涌，笔手扰，安能不论！论则考之以心，校之以事；虚浮之事，辄立证验。”他所批评的是他那个时代的种种迷信，种种虚妄，其中最大最有势力的是占中心地位的灾异之说。汉朝的国教，挂着儒教的牌子，把灾异解释作一种仁爱而全知的神（天）所发的警告，为的是使人君和政府害怕，要他们承认过去，改良恶政。这种汉朝的宗教是公元前一、二世纪里好些哲人政治家造作成的。他们所忧心的是在一个极广阔的统一帝国里如何对付无限君权这个实际问题，这种忧心也是有理由的；他们有意识或半有意识地看中了宗教手段，造出来一套苦心结构的“天人感应”的神学，这套神学在汉朝几百年里也似乎发生了使君主畏惧的作用。
最能够说明这套灾异神学的是董仲舒。他说话像一个先知，也很有权威；“人之所为，极其美恶，乃与天地流通而往来相应。”“国家将有失道之败，而天乃先出灾害以谴告之；不知自省，又出怪异以警惧之；尚不知变，而伤败乃至。以此见天心之仁爱人君而欲止其乱也。”（《汉书·董仲舒传》）这种天与人君密切相感应的神学据说是有《尚书》与《春秋》（记载天地无数异变，有公元前722 至481之间的36次日蚀，5次地震）的一套精细解释作根据。然而儒家的经典还不够支持这个荒谬迷忌的神学，所以还要加上一批出不完的伪书，叫做“谶”（预言）、“纬”（与经书交织来辅助经书的材料），是无数经验知识与千百种占星学的古怪想法混合成的。
这个假儒家的国教到了最盛的时候确被人认真相信了，所以有好几个丞相被罢黜，有一个丞相被赐死，只是因为据说天有了灾异的警告。三大中古宗教之一真是控制住帝国了。
王充的主要批评正针对着一个有目的上帝与人间统治者互相感应这种基本观念。他批评的是帝国既成的宗教的神学。他用来批评这种神学的世界观是老子与道家的自然主义哲学。他说：夫天道自然也，无为；如谴告人，是有为，非自然也。……损皇天之德，使自然无为转为人事，故难听之也。
因此，他又指出，人在天地之间，犹蚤虱之在衣裳之内，蝼蚁之在穴隙之中。……天至高大，人至卑小。以七尺之细形，感皇天之大气，其无分铢之验，必也。（《论衡》四十三）
这也就是他指责天人感应之说实在是“损皇天之德”的理由。他又提出理由来证明人和宇宙间的万物都不是天地有意（故）生出来的，只是自己偶然（偶）如此的：儒者论曰：“天地故生人。”此言妄也。夫天地合气，人偶自生也。……因气而生，种类相产。如天故生万物，当令其相亲爱，不当令人相贼害也，……则生虎狼蝮蛇及蜂虿之虫，皆贼害人，天又欲使人为之用耶？
公元第一世纪正是汉朝改革历法的时代。所以王充尽量利用了当时的天文学知识打破那流行的的恶政招来灾异谴告的迷信说法。他说：四十一二月日一食，五六月月亦一食。食有常数，不在政治。百变千灾，皆同一状，未必人君政治所致。然而王充对于当世迷信的无数批评里用得最多的证据还是日常经验中的事实。他提出五“验”来证明雷不是上天发怒，只是空中阴阳两气相激而生的一种火。他又举许多条证据来支持他的无鬼论。其中说得最巧妙，从来没有人能驳的一条是：“如审鬼者死人之精神，则人见之，宜如见其裸袒之形，无为见衣带被服也。何则？衣服无精神，人死与形体俱朽，何以得贯穿乎？”
以上就我所喜欢的哲学家王充已经说得很多了。我说他的故事，只是要表明中国哲学的经典时代的大胆怀疑和看重知识上的诚实的精神如何埋没了几百年还能够重新起来推动那种战斗：用人的理智反对无知和虚妄、诈伪，用创造性的怀疑和建设性的批评反对迷信，反对狂妄的权威。大胆的怀疑追问，没有恐惧也没有偏好，正是科学的精神。“虚浮之事，辄立证验”，正是科学的手段。
四
我这篇论文剩下的部分要给中国思想史上的一个大运动做一个简单的解说性的报告。这个运动开头的时候有一个：“即物而穷其理”，“以求至乎其极”（朱熹《大学补传》）的大口号，然而结果只是改进了一种历史的考证方法，因此开了一个经学复兴的新时代。
这个大运动有人叫做新儒家（Neo-Confucian）运动，因为这是一个有意要恢复佛教进来以前的中国思想和文化的运动，是一个要直接回到孔子和他那一派的人本主义，要把中古中国的那种大大印度化的，因此是非中国的思想和文化推翻革除的运动。这个运动在根本上是一个儒家的运动，然而我们应当知道那些新儒家的哲人又很老实地采取了一种自然主义的宇宙观，至少一部分正是道家传下来的，新儒家的哲人大概正好认为这种宇宙观胜过汉朝（公元前206~公元220）以来的那种神学的、目的论的“儒家”宇宙观。所以这又是老子和哲学上的道家的自然主义与孔子的人本主义合起来反抗中古中国那些被认为是非中国的、出世的宗教的一个实例。
这个新儒家运动需要一套新的方法，一套新工具（NuvumOrganum），于是在孔子以后出来的一篇大约一千七百字的《大学》里找到了一套方法。新儒家的开创者们从这篇小文章里找着了一句“致知在格物”。程氏兄弟（程颢，1032~1085；程颐，1033~1107）的哲学，尤其是那伟大的朱熹（1130~1200）所发扬组织起来的哲学，都把这句话当作一条主旨。这个穷理的意思说得再进一步，就是“即凡天下之物，莫不因其已知之理而益穷之”。
什么是“物”呢？照程朱一派的说法，“物”的范围与“自然”一般广大，从“一草一木”到“天地之高厚”（《二程语录》，卷十一，丛书集成本，页143）都包括在内。但是这样的“物”的研究是那些哲人做不到的，他们只是讲实物讲政治的人，只是思想家和教人的人。他们的大兴趣在人类的道德和政治的问题，不在探求一草一木的“理”或定律。所以程颐自己先把“物”的范围缩到二项：研究经书，论古今人物，研究应接事务的道理。所以他说，“近取诸身”（同上，页118）。朱子在宋儒中地位最高，是最善于解说，也最努力解说那个“即物而穷其理”的哲学的人，一生的精力都用在研究和发挥儒家的经典。他的《四书（新儒家的《新约》）集注》，还有《诗经》和《易经》的注，做了七百年的标准教本。“即物而穷其理”的哲学归结是单为用在范围有限的经学上了。
朱子真正是受了孔子的“苏格拉底传统”的影响，所以立下了一套关于研究探索的精神、方法、步骤的原则。他说：“大抵义理须是且虚心随他本文正意看”，“只虚此心，将古人语言放前面，看他意思倒杀向何处去。”怎样才是虚心呢？他又说：“须是退步看。”“愈向前愈看得不分晓，不若退步却看得审。大概病在执着，不肯放下。
正如听讼，心先有主张乙底的意思，便只见甲的不是，先有主张甲的意思，便只见乙的不是。不若姑置甲乙之说，徐徐观之，方能辨其曲直。横渠（张载，1020~1077）云，‘濯去旧见，以来新意。’ 此说甚当。若不濯去旧见，何处得新意来？”
11世纪的新儒家常说到怀疑在思想上的重要。张横渠说“有可疑而不疑者，不曾学。学则须疑。”朱子有校勘、训诂工作的丰富经验，所以能从“疑”的观念推演出一种更实用更有建设性的方法论。他懂得怀疑是不会自己生出来的，是要有了一种困惑疑难的情境才会发生的。他说：“某向时与朋友说读书，也教他去思索，求所疑，近方见得只是且恁地虚心，就上面熟读，久之自有所得亦自有疑处。盖熟读后，自有窒碍不通处，是自然有疑，方好较量。”“读书无疑者须教有疑，有疑者却要无疑。到这里方是长进。”
到了一种情境，有几个发生互相冲突的说法同时要人相信，要人接受，也会发生疑惑。朱子说他读《论语》曾遇到“一样事被诸先生说成数样”，他所以“便着疑”。怎样解决疑惑呢？他说：“只有虚心。”“看得一件是，未可便以为是，且顿放一所，又穷他语，相次看得，多相比并，自然透得。”陆象山（1139~1193）是朱子的朋友，也是他的哲学上的对手。朱子在给象山的一封信里又用法官审案的例说：“（如）治狱者当公其心，……不可先以己意之向背为主，然后可以审听两造之辞，旁求参伍之验，而终得其曲直之当耳。”
朱子所说的话归结起来是这样一套解决怀疑的方法：第一步是提出一个假设的解决方法，然后寻求更多的实例或证据来作比较，来检验这个假设，——这原是一个“未可便以为是”的假设，朱子有时叫做“权立疑义”。
总而言之，怀疑和解除怀疑的方法只是假设和求证。
朱子对他的弟子们说：“诸公所以读书无长进，缘不会疑。某虽看至没紧要的事物，亦须致疑。才疑，便须理会得彻头。”
正因为内心有解决疑惑的要求，所以朱子常说到他自己从少年时代起一向喜欢做依靠证据的研究工作（考证）。他是人类史上一个有第一等聪明的人，然而他还是从不放下勤苦的工作和耐心的研究。
他的大成就有两个方向：第一，他常常对人讲论怀疑在思想和研究上的重要，——这怀疑只是“权立疑义”，不是一个目的，而是一个要克服的疑难境地，一个要解决的恼人问题，一个要好好对付的挑战。第二，他有勇气把这个怀疑和解除怀疑的方法应用到儒家的重要经典上，因此开了一个经学的新时代，这个新经学要到他死后几百年才达到极盛的地步。
他没有写一部《尚书》的注解，但他对《尚书》的研究却有划时代的贡献，因为他有大勇气怀疑《尚书》里所谓“古文”25篇的真伪。这25篇本来分明是汉朝的经学家没有见到的，大概公元4世纪才出来，到了7世纪才成为《尚书》的整体的一部分。汉朝博士正式承认的二十八篇（实在是29篇）原是公元前2 世纪一个年老的伏生（他亲身经历公元前213年的焚书）口传下来，写成了当时的“今文”。
朱子一开始提出来的就是一个大疑问：“孔壁所出《尚书》。
皆平易，伏生所传者难读。如何伏生偏记得难的，至于易的全记不得？此不可晓。”
《朱子语类》记载他对每一个问《尚书》的学生都说到这个疑问。
“凡易读者皆古文，……却是伏生记得者难读。”（同上，页3203）朱子并没有公然说古文经是后来人伪造的，他只是要他的弟子们注意这个难解的文字上的差别。他也曾提出一种很温和的解释，说那些篇难读的大概代表实际上告诫百姓的说话，那些篇容易读的是史官修改过的，甚至于重写过的文字。
这样一个温和的说法自然不能消除疑问；那个疑问一提出来就要存在下去，要在以后几百年里消耗经学家的精神。
一百年之后，元朝（1297~1368）的吴澄接受了朱子的挑战，寻得了一个合理的结论，认为那些篇所谓“古文”不是真正的《尚书》的一部分，而是很晚出的伪书。因此吴澄作《书纂言》，只承认二十八篇“今文”，不承认二十五篇“古文”。
到了16世纪，又有一位学者梅，也来研究这个问题。他在1543年出了一部书，证明《尚书》的“古文”部分是4世纪的一个作者假造的，那个作者分明是从若干种提到那些篇“佚”书的篇名的古书里找到许多文字，用作造假的根据。梅费了力气查出伪《尚书》的一些要紧文字的来源。
然而还要等到17世纪又出来一个更大的学者阎若璩（1636~1704），才能够给朱子在12 世纪提出的关于《古文尚书》的疑惑定案。阎若璩花了三十多年功夫写成一部大着作《尚书古文疏证》，他凭着过人的记忆力和广博的书本知识，几乎找到《古文尚书》每一句的来源，并且指出了作伪书的人如何错引了原文或误解了原文的意义，才断定这些篇是有心伪造的。总算起来，阎若璩为证明这件作伪，举了一百多条证据。他的见解虽然大受当时的保守派学者的攻击，我们现在总已承认阎若璩定了一个铁案，是可以使人心服了。