阿里巴巴提出“让天下没有难做的生意”以后，就把这个使命作为阿里巴巴推出任何服务和产品的唯一标准。阿里巴巴曾经推出一个免费的产品，当时工程师和产品设计师、销售师想把免费搞得复杂一点，将来收费搞得简单一点就可以了，所以产品就越做越复杂。后来马云问“我们的使命是什么”，大家就说“天下没有难做的生意”。马云接着问：“那为什么把产品搞得那么复杂？”大家一下就醒了，就把产品做得非常简单。让客户的使用越来越简单，把麻烦的问题留给企业自己，这就是使命感的驱动。
马云还从企业与社会的关系角度，论证用使命保障前进方向的重要性。如果阿里巴巴B2B关门，将导致60万家企业关门，如果平均每家企业请10个人的话，就有600万个家庭将面临失业困扰。像阿里巴巴这样的行业、这样的企业，必须用使命感、社会责任、价值观做保障，不然要出大问题。
有了共同的使命（目标、理想），统一了思想，企业才会有凝聚力，才能生存下来。马云认为：“什么是组织，组织是靠什么团结起来的？组织一定是靠共同的使命团结起来的。”
阿里巴巴创业之初，马云引进了大量人才，很快就出现了问题。“每个人对互联网的看法都不一样，对阿里巴巴的看法也不一样。如果有50个傻瓜为你工作，可能是一件很开心的事情。困难的是每个人都认为自己聪明，当时在美国有很多的知名企业管理者到阿里巴巴做副总裁，各有己见，50个人方向不一致肯定是不行的。那时候简直像动物园一样，有些人特别能说，有些人不爱讲话。”为此，马云很快在阿里巴巴开展了“整风运动”，确定阿里巴巴的共同使命（目标）和价值观。
2003年，阿里巴巴的股东孙正义召集了所有他投资的公司的经营者开会，每个人有五分钟时间陈述自己公司的现状，马云是最后一个陈述者。他陈述结束后，孙正义评价说：“马云，你是唯一一个三年前对我说什么，现在还对我说什么的人。”马云是互联网低潮期少有的企业使命坚守者。
马云曾总结阿里巴巴创新发展的经验，其中有一条就是：坚持自己的理想。“初恋情人是最美丽的。任何创业者第一天创业的梦想都是最美丽的，要永远相信你的直觉。”
2007年，在经济形势大好的时候，马云再次开展统一思想的活动，他的理由是：“形势好、大好的时候，是最容易出问题的时候。这个时候我觉得我们的高管一定都要坐下来认真地统一思想，再度明确我们要去哪里。我们第一天走哪里，我们未来走哪里。我们价值观不统一，目标不统一，使命感不统一，就又会走到互联网的2001年。”
2012年马云在组织部会议上再次强调他对公司理想的重视：“业务怎么发展，我一点不担心，我担心的是这家公司，这种理想主义的色彩能走多久，能走多远。这个公司不是讲人治或法治，而是讲理想主义。理想主义要真正跟现实主义结合在一起。一个纯理想主义者必死，一个纯现实主义者也活不久，只有两者结合在一起，才能走得久。”
有了共同的使命（目标、理想），企业里的每个人才会自发地工作。
马云的理念是不要让员工为老板干活，而是为一个共同的目标和理想去干活。马云在创立阿里巴巴的第一天就说要做80年的企业，要成为世界十大网站之一。阿里巴巴的理想是不把赚钱作为第一目标，而把创造价值作为第一目标。这些东西阿里巴巴的股东和董事还有员工都必须认同，“大家为这个目标去工作，我也是为这个目标去工作”。
有人问马云是怎么把阿里巴巴的员工拉住的，马云说在阿里巴巴，一份事业、一份工作首先是一个孩子，父母再穷也不会卖孩子，不会怪孩子。养过孩子的都知道，越养越开心，不会在养孩子时，脑子里想着他以后能给我赚多少钱，不赚钱把他卖了。如果有养孩子的这种心态，生意会越做越好，越做越快乐。
马云坦承自己喜欢钱，一个商人说不喜欢钱那是虚伪的，为股东赚钱是天经地义的，为企业赚钱也是这样。但是如果老想着钱，就没有人愿意跟你交流，因为没有人愿意跟脑子里都是钱的人交流。首先要想这是一个很可爱的东西，是自己的事业，是自己的孩子，可以给你带来很多快乐，最后它还产出很多的钱，这种快乐很好。“如果第一天就想着从里面挤出钱来，你是永远不会好的。”
马云很喜欢用使命（目标、理想）来激励全体员工，这是有深层原因的。
他说过：“伟大和不伟大之间的区别是什么？会在别人最痛苦的时候、大家都要死的时候，一个伟大的人会再往前挺一步，人家倒下去，他还站在那儿。大部分人说我这么富有，我这么有钱了，就往回走了。只有这个人说我还往前挺一步，往前挺一步的那个人就是伟大的人。”有钱了还继续往前一步，原因不会是为了钱，只能是理想和新目标在激励着他，因此马云每隔几年就会提出新的目标和理想。
2004年9月10日，马云在阿里巴巴五周年庆典上说：“我建议大家从明天开始，把我们的80年改为102年，成为中国最伟大、最独特，成为跨越三个世纪的公司。如果能活102年，就是我们最大的成功。阿里最大的成功不是我们有了诚信通、中国供应商，而是创造了伟大的公司。102年我肯定看不到，到了那时，我137岁。我们可以把自己的孩子、孩子的孩子请到这里来，让他们今生无悔。”
还有一个例子是2010年时，马云提出阿里巴巴的三个理想：“一是为1000万企业生存，二是为全世界一亿人创造就业机会，三是为10亿人提供网上消费平台。”这些理想真的很大，足够激励阿里巴巴的上万员工再激情燃烧好多年了。
附录：马云关于阿里巴巴使命的演讲
很多人创业想发财、想赚钱，为了生存创业。也许大部分人是这样，我觉得我们去创业的时候，是要证明自己是对的，证明自己对的是什么。我们要证明我们可以通过互联网帮助很多人获得财富，互联网会改变人类生活的方方面面，这句话是我说的。
当时我说互联网将改变人类生活的方方面面，没有人理我，我就改成比尔·盖茨是这样说的。我们1994年、1995年开始执着地走这条路，确定互联网要改变生活，我们要帮助中小企业，帮助创业者，帮助弱势群体。
走到今天为止，走到现在为止，我们认为：第一，互联网改变人类生活不错；第二，我们坚持为中小企业服务不错；第三，因为中小企业才有今天的阿里巴巴，不能说我们现在可以忘掉中小企业，或者说我们富的时候忘掉中小企业。我们还是要坚持支持中小企业，我们应该分享、应该互相帮助。在为谁服务这一点上我们是不会改变的，我们为中小企业服务。
我们在座的人，你们加入阿里巴巴以后，很多人讲，来阿里巴巴过了三个月非人的日子，这是高压锅里蒸出来的，这是很难受的。传统行业看不起互联网，觉得互联网是虚的，我可以告诉大家互联网行业的三四年绝对比得上八年、十年的传统行业。
我觉得，大家进入阿里巴巴，生活才刚刚开始。一定要有这样的期望值，一定要fun（乐观）。我们很忙，乱七八糟的事情这么多，我定了四天的休假，结果两天就回来了，脑子里面根本停不下来。其实你说为了钱，forget it（忘掉它），你们应该明白，你们在座的人，你们不需要为了生活而这么努力，我也不需要。
我习惯过89块钱的工资，那时候我最happy（快乐），我现在还觉得那时候的心情好。现在已经觉得不重要了，不为了钱，不为了名。我根本已经忘了，我已经过了这个阶段了。今天的名越多，我的灾难越大，去酒吧，跟人家搭讪都没有机会了，这是很残酷的。
总而言之，有一样东西，在我脑子里面是永远想做的，我们这一代人有一个很好的机会，我们可以改变整个世界，并正确影响世界。我们可以创造一个非常有意思、非常伟大的公司，可以影响人类。以前要把贸易做到全世界，那是用枪炮打的。美国要搞到石油，要打到伊拉克。
但是今天互联网会改变这一切。
制度源于价值观，并靠价值观来完善
企业制度和企业价值观之间是什么关系？
马云的观点是：“制度从哪里来？我花很多时间想这个问题，最后终于搞明白，制度是基于文化的。文化有很强的约束力，红线都是画好的，在这样的基础上建立法律体系才管用。”“价值观是什么，guide（引导）我们自己，按照这个方向去，正确的路在哪里，中间的游戏规则是什么——双黄线、斑马线、红绿灯。这些游戏规则，就是按照价值观来制定的，否则我们就是一群乌合之众。”
马云对价值观的重视从三个例子就可以看出来。
第一个例子是，在阿里巴巴员工的绩效考核中，业绩只占50％，而与价值观相关的考核则占了另一半。第二个例子是，在阿里巴巴收购雅虎中国时，马云表示“什么都可以谈判，只有价值观不能谈判”，因为他必须借助统一的价值观凝聚人心。第三个例子是，“马云2001年在温州会员见面会推广阿里巴巴时说，阿里巴巴的核心竞争力是“有共同价值观的员工加上迅速满足客户需要的机制”。“如果说阿里巴巴的员工与其他网站的有什么区别，我说，阿里巴巴的员工一定要了解公司的九大价值观”。
马云经常花时间看别的公司怎么失败，他很少花时间看别的公司怎么成功，也很少说别的企业怎么成功，他会说人家怎么失败。马云认为很多企业是败在价值观的缺失上。
在阿里巴巴成立八周年时，福利制度还不完善，很多加入的人希望公司给自己配司机、配秘书，马云说sorry（对不起），我们今天没有，我也不知道我们该不该有。
马云反对这些是因为他发现很多公司的失败是由汽车、秘书、贿赂导致的。如果公司的高管跟任何秘书或任何女人有乱七八糟的事情，公司马上就会有不良信号，下面的人会议论纷纷，事情也会无法挽回。就算开掉这个高管，问题也不会轻易消除。马云还看到有太多公司的问题是汽车导致的，比方说一个公司里接他用宝马，接我只有奥迪，有的人没想这么多，副总裁没有感觉，但是秘书有感觉，怎么我的老板就低一点？
出于防患于未然的目的，马云制定了不配汽车和秘书的政策。此外，马云还反对发月饼、土特产等各种福利，原因同样是怕滋生不良价值观。
马云要求阿里巴巴各个部门、各个公司，不要把公司搞成一个高福利公司，“我们不是一个高福利公司，我们不想成为高福利公司”。今天发这个，明天发那个，一到儿童节发儿童产品，国庆节发国庆产品，这不是好事情，因为这会把员工的品位搞坏。马云认为，真正好的公司不玩这些。如果阿里巴巴每个月、每个季度有更多盈利，这个影响到的股票的溢价，够你买十套房子。阿里巴巴的新员工越来越多，如果不培养这种创业、节约的精神，就会很令人头痛。“我们要不断地告诉大家，我们靠自己的努力去赚钱”。
为什么随时注意上面这些“小事”？马云做过比较形象的说明。我们锻炼身体，天天去跑步是没感觉的，就是觉得稍微出了一身汗。锻炼的意义在于，一个人天天在锻炼，一个人不锻炼，两个人生同样的病时，就可以看到平时的锻炼发挥了很大的作用。平时的锻炼就是价值观的考核，价值观不是等灾难来的时候再去练的，平时就要跑步。灾难来的时候，这个人没运动，就完了，而你活下来了。
马云经常提醒同事们“锻炼身体”（修炼价值观）。2007年公司年会时，马云说：“我看到一些问题，我看到公司的很多同事和干部离客户远了，离铺张浪费近了，我看到我们公司也出现了官僚主义，我看到我们公司一点点地出现了办公室政治。这些确实让我很伤心，但是我又觉得因为刚刚起来，很多问题能够解决。我看是我们的价值观提得少了，特别是干部的价值观提得少了。”
马云的这些做法让人联想起2013年中国共产党的一系列“改进工作作风”的规定：轻车简从，不安排群众迎送，不铺设迎宾地毯，不出席各类剪彩、奠基活动，严格控制出访随行人员，严禁公款赠送贺卡、年历、月饼，严禁公款吃喝、公车私用……这些细致规定的目的，正是杜绝滋生不良的价值观。
重视价值观作用的马云曾先后把阿里巴巴的价值观归结为“独孤九剑”和“六脉神剑”。
马云曾说起“独孤九剑”的来历：“我们的一位高管进阿里巴巴后问我，阿里巴巴有价值观没有？我说有啊。他问，写下来没有？我说没写过。他说把它写下来，想想从1995年开始是什么让我们这些人活下来的。我们总结了九条：群策群力、教学相长、质量、简易、激情、开放、创新、专注、服务与尊重（即“独孤九剑”）。没有这九条，我们活不下来。所以这九条价值观是阿里巴巴最值钱的东西。”
2001年用来概括阿里巴巴九条价值观的“独孤九剑”，来自金庸的《笑傲江湖》。2004年8月，阿里巴巴价值观被精练成“六脉神剑”，来自金庸的《天龙八部》。