随着中华人民共和国的成立，竺可桢的人生历史掀开了新的一页。他出任中国科学院副院长，挑起了领导全国科学事业的重任；组织全国自然资源综合考察工作，踏遍青山人未老；加入中国共产党；写出重要的学术著作；受到毛泽东主席的邀请。这是竺可桢一生中最光彩的时期。
1．60岁开始的新生活
1949年10月1日，北京。
毛泽东在天安门城楼上向全世界庄严宣布：中华人民共和国成立了！中国人民从此站起来了！
竺可桢作为政治协商会议代表登上了高高的天安门城楼，他观看着气势宏大的阅兵式和群众游行，情不自禁地浮想联翩。
半年前他辞别妻儿，吉凶未卜去上海，到如今不过半年时间。可这期间，无论是他个人的生活，还是社会生活，都发生了天翻地覆的变化。
他想起上海市人民政府成立后，陈毅出任上海市市长。竺可桢早就听说陈毅不仅是一位骁勇善战的将军，还是一位才情勃发的诗人。他接到了出席陈毅主持召开的文化科学界人士座谈会的邀请。座谈会上，陈毅市长阐述了共产党对知识分子“团结、教育、改造”的政策，并希望知识分子能充分发挥自己的作用，为新中国建设服务。竺可桢在日记中写道：“这些讲话是极其合理的，我看到了自己的未来。”
他又想到，7月份全国科学工作者代表大会召开，他接到请帖后，顾不上回杭州看看久别的妻儿，直接从上海赶到北京。在筹备会召开的那天晚上，周恩来还专门邀请竺可桢和其他几位科学家共进晚餐，征询他们对这次科学工作者会议的意见，详细阐述目前的政治局势和政府拟采取的措施，还谈到全国各地的灾害情况及克服困难的办法。这些谈话，使他深切感受到共产党领导人与国民党的截然不同。
他还想到，作为全国政协委员，在中国人民政治协商会议上，当讨论共同纲领草案时，他提出了自己的意见：在纲领中应增加努力发展自然科学这—条。这一提议受到重视并获得通过。他欣喜地看到，纲领中第四十三条增写了“努力发展自然科学，以服务于工业、农业和国防建设，奖励科学的发现和发明，普及科学知识”。
眼下的一切，不禁让他感慨万千。
半年前，他只身出走离开杭州。如今，他站在这人如潮、旗如海的天安门城楼上。数月前，他处在风雨飘摇的国统区，苦闷、焦虑、彷徨，前途不明。如今，他和全国人民一起庆祝新中国的诞生，兴奋、欣慰、自豪，百感交集。
年届花甲的竺可桢，生命掀开了新的一页。
2．过春节
刚刚解放的新中国，迎来了第一个春节。
1950年2月17日，是旧历正月初一。这一天恰好是竺可桢的生日。
吃过早饭，小女儿松松像只小鸟一样在竺可桢身边蹦来蹦去：“爸爸，妈妈说您要带我们去公园？”
竺可桢慈爱地笑着说：
“今天咱们一起去北海公园。我有一位朋友在那里，你会在他那儿看到许多有意思的东西。”
竺可桢家住地安门，离北海公园很近。踏着地上零零星星的鞭炮纸屑，竺可桢和夫人陈汲、小女儿松松来到了北海团城，他们去看望了科学史专家、科学院文物研究所研究员王振铎。
竺可桢历来十分珍视中国古代的发明创造，重视对科学文物的整理研究。王振铎对中国的科学文物有很深的研究，在他的介绍讲解中，竺可桢兴致勃勃地观看了王振铎依据史料的记载所制作的指南车、计里鼓模型。
从团海出来，已时近中午。北海银白的冰面与素洁的白塔交相辉映，十分美丽。身穿过年新衣的孩子们在冰湖上穿梭般滑行，一阵阵清亮的笑声不断传来。
看着眼前的情景，竺可桢禁不住跃跃欲试。竺可桢十分喜爱滑冰这项运动，每当他轻捷地滑行起来时，根本看不出他已经是一位花甲之龄的老人。因为这天出来是为了访友，谁也没想起来带冰鞋，竺可桢只得作罢。他拉着陈汲和松松的手，从结冰的湖面走过。松松一边走，一边试探着往前滑，好几次，她差一点把竺可桢拽倒。陈汲一边笑，一边嗔怪着松松。
初二，中国科学院在协和医科大学礼堂召开中苏友好同盟互助条约庆祝大会及春节游艺会。大礼堂里座无虚席，演出的节目有京剧清唱、笛子独奏、钢琴独奏，独幕话剧《把眼光放远点》，还有协和医院的腰鼓表演。竺可桢在这里与大家一起欢度春节。
初三，竺可桢带松松到厂甸玩儿。
厂甸是老北京旧历年间最热闹的集市。那时候，这里的古董、瓷器、玩具、小吃，样样俱全。如今来到这里，一眼望去，市面上仍然很红火，但早年间的那些古董都不见了踪影。摊贩叫卖的多是些气球、小风车、小金鱼儿、小吃等小孩子的玩意儿。
转了一大圈儿，竺可桢给松松买了一大串糖葫芦。这糖葫芦由几十颗山楂果串成一大串，糖稀亮晶晶地冻结在山楂上，圈起来呈半圆形。松松兴高采烈地举着这硕大的糖葫芦，像举着一串亮闪闪的花环。
回到家中，恰逢郭沫若、于立群夫妇领着孩子来竺可桢家拜年。
在中国科学院，院长郭沫若这位博古通今的文学家、历史学家对竺可桢十分尊重。他曾对人不止一次地谈道：竺可桢为人正直，做事认真负责，不愧是位大科学家。他亲昵地称竺可桢为“竺老夫子”。
郭沫若在注释毛泽东关于庐山和娄山关的诗词时，曾就其诗词中所涉及的地理位置、自然环境等问题，向气象学家、地理学家竺可桢请教。
三天年假很快就过去了，在竺可桢繁忙的日程中，这是难得的轻松的日子。
中国共产党的信任，新中国建设的需要，把竺可桢推到全国科学事业的最高领导岗位上。
新中国成立后新组建成立的中国科学院，院长为郭沫若，副院长为李四光、陶孟和、竺可桢。
中国科学院建院初期，工作头绪繁多，百废待举。
当时，主要任务是接管北京、上海、南京三个地方新中国成立前中央研究院和北平研究院的机构；安排落实各机构的人选；制定各机构的方向任务；建立健全规章制度等等。
在这过程中，竺可桢付出了大量的心血和精力，做了大量深入细致的工作。他熟悉中国科学界的状况，和科学界、教育界人士有着广泛的联系。同时，他的学术成就和人格品行在知识阶层中享有很高的威望，所以，工作开展得卓有成效。
3．繁忙的一天
这是个星期天，和竺可桢就任科学院副院长以来的许多个星期天一样，这是繁忙而有序的一天。
清晨6点半，竺可桢起床来到院子里，开始了晨练。这是他从上中学就养成的习惯，几十年从未间断。即使在迁居贵州山区的那些艰苦日子里，他也坚持每天进行至少一个小时的锻炼。遵义有山、有河，他就因地制宜，或爬山，或游泳。在他担任浙大校长期间，他规定：在校学生每学期必修体育课，凡体育不及格者，一律不能升级、毕业。
他担任中科院副院长后，有一次从北京到广州出差。行驶了一夜的火车天亮时停在一个小站，竺可桢迅速下车，找了一个人少的地方，做起了广播体操。一套广播体操做完，他看看表，用了5分钟时间，离开车还有3分钟。正当同行的人焦急地寻找他时，他已消消停停地回到了车厢。刚刚坐稳，火车就开动了。
竺可桢的秘书清晰地记得，他头一次见到竺可桢，刚交谈了没几句话，竺可桢就问他：“你会游泳吗？”秘书回答：“不会，但是喜欢。”竺可桢说：“你应该学会。”相处时间不久，这位秘书就了解到，竺可桢即使在数九隆冬，也要坚持游泳。在竺可桢的感染下，这位秘书很快学会了游泳，成了一位游泳爱好者。
坚持锻炼使他保持了旺盛的体力和精力。这个星期天的早晨，他打了一套太极拳，轻松地吁出一口长气，一看时间还早，就又捧起了俄语教材。
新中国成立初期，西方国家对我国实行经济封锁。苏联是世界上最早的社会主义国家之一，中国只有与苏联加强往来，以寻求经济技术援助和社会主义建设的经验。
竺可桢年轻时在美国留学，他精通英文，还自学了德文和法文。新中国成立后，为了更好地向苏联学习，全国的学校都开设了俄语课，竺可桢也开始学习俄语。
年初，他的老朋友、著名的桥梁专家茅以升为他介绍了一位俄籍教师，竺可桢坚持每周4小时的俄语学习时间。每天清早，只要没有别的事情，他总是一边听俄语唱片一边跟着读。
竺可桢已年过六十，接受一门全新的语言并不是一件很容易的事。但他用心专一，锲而不舍，经过一段时间的努力，他已可以翻着俄语辞典阅读俄文著作了。
吃过早饭，按提前约定的时间，他乘车来到地安门外辛寺胡同4号，会见教育部的有关领导，商谈一些专家的人事调动问题。
竺可桢在担任中国科学院副院长职务的同时，还兼任科学院计划局局长。他组织对全国的自然科学专门人才进行了调查。根据各方面的专家推荐，中国当时有相当学术成就的自然科学家为865人，其中174人在国外。他就像当年为浙大努力延聘有影响的教授一样，想方设法敦请这些科学家来中国科学院工作。
为了让地质学家尹赞勋到科学院地质研究所来工作，竺可桢多次拜访当时的地质部部长何长工。
当科学家叶渚沛、汪德昭从国外归来时，竺可桢设家宴接待他们，邀请他们到科学院工作并对他们委以重任。
这个星期天，他就是为了贝时璋、王淦昌、童第周、钱崇澍、夏鼐等专家的工作问题而四处奔走。因为这些专家当时分别在浙江大学、复旦大学和山东大学任教，所以需要与各个方面协商，才能把他们一一调入中国科学院。为个人的事情从来不找人的竺可桢，却为中科院延揽人才而到处奔波。他不仅要为他们的工作安排操心，还要为他们的工资待遇、家属的安置、住房的落实而尽心竭力。
这个星期天又要过去了，竺可桢习惯地拿出日记本记下这一天的天气状况和主要事情。这是竺可桢在美国留学时养成的习惯，几十年如一日地坚持了下来。一天不记，他就会觉得少做了什么似的不自在。哪怕出差在外，也从不间断。
记下当天的主要事情后，他随手翻阅着前些天的日记，一件心事又沉甸甸地涌上心头。
这一年的3月5日，是浙大著名教授费巩失踪5周年的日子。5年的时间过去了，竺可桢从没忘记这件事。前些天，他见到了专程进京的费巩的亲属，据他们多方调查了解，确信费巩是被国民党三青团的头子康泽秘密杀害。
竺可桢得知此消息后，曾给周恩来总理写了一封信，因为周总理以前曾向竺可桢问询过此事。竺可桢向周总理汇报了这一信息后，恳切地希望周总理能委派有关方面人员调查落实，使此事有一个确定的结论，以此为死者昭雪，告慰生者。
合上日记本，竺可桢想到周总理日理万机，不知这封信他是否能收到。他又打开日记重新记上这件事，他想什么时候开会时见到周总理，一定要向总理面谈这件事。
4．踏遍青山
几年时间过去了，中国科学院的工作有了长足的发展。
到1956年初，中科院研究机构由建院初期的16个，发展为44个；科研人员从开始的219人增至2496人，其中副研究员以上的高级研究人员就有近400人。一批又一批的科研成果，为祖国的社会主义建设事业作出了积极的贡献。
正当大规模的经济建设在全国展开时，一场“反右”斗争风暴席卷全国。许多知识分子在这场运动中受到了巨大的冲击。他们被打成“右派分子”，有的下放到农村，有的被关押到劳改农场，还有的被监督改造。竺可桢的大儿子竺津也被打成“右派”被送去劳改，他的一些朋友和学生也没逃过厄运。
对这一切，竺可桢感到十分困惑。但他作为一个党外人士，这时期已不能参与更多的意见。他把自己的全部精力，投入到对国家自然资源综合考察的组织领导及学术研究中。
当时，竺可桢任中国科学院综合考察委员会主任。
他认为，早期考察应以普查为目的，主要考察对象是边疆一带待开发地区。第二阶段的考察应由普及转向重点深入，进入实验研究阶段。届时，有必要运用新的技术装备，对长江流域、黄河流域的土壤，柴达木盆地的盐湖，沙漠的治理以及南水北调工程进行专业考察。
在竺可桢的日记上，记下了他踏遍青山的足迹。
1957年2－3月，竺可桢会同中国科学院、林业部、农业部的有关专家和苏联专家一行40人，到海南岛考察橡胶和其他热带经济作物的种植成长状况。
1957年7月，竺可桢带领中国科学家16人，和苏联专家一起，沿黑龙江而上。整整一个月时间里，他们对中苏两岸的11个城市进行考察，提出了黑龙江水力资源开发的方案。
1958年，竺可桢到新疆考察。他乘坐一辆吉普车，穿越了茫茫戈壁和沙漠，足迹遍及全新疆，行程超过4000公里。
1959年，竺可桢四次到西北沙漠地区考察。从此，以中国科学院治沙队为主体在西北建起了沙漠定位试验站，开始了科学治理沙漠的工作。
走遍各地，竺可桢的心感到越来越沉重。生态环境所遭到的严重破坏使他双眉紧锁，原本就沉默寡言的他更加沉默不语。
在美丽的海南岛他看到，由于乱砍滥伐，当地除了椰子树和橡胶树外，再看不到比碗口更粗的树木。号称“天然植物园”的南国海岛，远远望去，山峦呈现出一片灰黄的颜色，好像是华北干旱地区的荒山。