他还关照远钦好好锻炼身体，注意督促弟弟妹妹们读书。
第二封信较短，主要谈如何读书的问题，他精辟地向远钦指出：“看书很好，但要认真看。你不但要彻底了解作者为什么这么写，怎么会这么写，而且还要不忘记我们生活着的现实。对一本书，你要持一种批判的态度，作者是否错了，为什么？作者的哪些想法是可取的，是正确的？
“最好也做些笔记，好的地方，自己的感想，都可好好写下来。如果认真看，一两本书可以改进你的一切———生活态度及人生观！如不认真看，不管你看多少，还是一样浅薄。”
对弟弟的关切之情、爱护之意跃然纸上。
李远哲对小弟弟远鹏的帮助也让小弟弟终生难忘。李泽藩先生对孩子们有一条不成文的规定，即谁的成绩好就去参加谁的毕业典礼，否则坚决不去。远鹏学习虽然很努力，但成绩却不太好，父亲便拒绝参加他的小学毕业典礼。二哥远哲认为各人的能力、条件不一样，但只要他尽到了努力，就应该得到认同和尊重。再说单凭分数并不能判断一个学生的优劣。他看到小弟很伤心的样子，就对父亲直言提出自己的看法，认为父亲这样做是不恰当的。父亲非常生气，大声斥责远哲：“你竟然教训老子，知不知道做儿子的规矩！要去你去好啦！”
李远哲看说不动父亲，便当真代表父亲去参加了小弟弟的毕业典礼。远鹏很受感动，也很受震动，以后他在兄姐的帮助指导下勤奋学习，和二哥一样获得了博士学位，成为台湾清华大学的化学教授。
李远哲对小妹季眉同样关心爱护，经常嘱咐几个大点的弟弟妹妹要多关照季眉，好好同她讲话，不要大声责骂。在清华读书时，离家比较近，他几次带季眉参观清华校园和他的实验室，给她讲解一些基本的科学知识。1960年12月13日，李远哲特地从清华大学打电话给自家的邻居，请他告知家人出来看人造卫星，回家时又给小妹妹解答了人造卫星如何在天上运行而不掉下来等问题。当时还在上小学的季眉对此事印象深刻，特意在当天的日记上记下了这件事。
7．在清华的那些日子
1959年秋天，李远哲考上了台湾清华大学原子科学研究所的硕士研究生。清华大学创办于1956年，坐落在新竹市郊外，离台北市不足100公里，学校规模虽然不大，但景色宜人，每当春雨过后，微风送来远方茶树嫩叶的清香，时而传来采茶女的婉转歌声。山坡上碧绿青翠，树林里小鸟鸣唱。小径蜿蜒，小径两旁是杂木林。李远哲每天都要在这山间小径上往返，却全无心旷神怡的雅趣，这一方面是因为时间匆匆，走也匆匆，另一方面是因为山上常遇毒蛇咬人。李远哲时常在实验室工作到深夜，为了安全，他都是一手拿着手电筒，一手拿根竹棍小心翼翼地走过山道。
李远哲在清华的3年中，遇到了一些令他难忘的事情：第一学期结束后学校举行了《量子力学》的考试，李远哲和同学们较为顺利地答完了试卷，大家都以为会得到一个不错的分数。但分数公布后，大家都傻了，全班竟然无一人超过50分。怎么可能呢？李远哲也感到很纳闷：量子力学是他上大一时就和学兄们啃下的一门功课。其中许多地方，他和同学们在台大二号馆的后面经过讲解、争论，内容熟悉得很。任课老师也怒气冲冲，诸弟子中无一人及格太令人败兴。他责骂学生笨蛋，不讲道理地吼叫一通之后，让学生坐到教室去，要再讲上一遍。待到校对答案的时候，这位老师才不好意思地发现是自己搞错了50％的题目。发生了这样的事，一些同学一下子没了情绪。在台大时学生们对一些教授就颇有非议，他们调皮地称之：一流的学生在二号馆里跟三流教授做研究工作。有些人用“一、二、三”浓缩了这个笑话，只要说到“一、二、三”大家都心领神会。现在同学们又记起了这句话。一些人在出列练操时呼着“一、二、三”的口令，并对一些感到大惑不解的人嘲讽地说：“应该是一、二、一，可我们学校是一、二、三。”李远哲自然也希望师资好一些，俗话不是说“名师出高徒”吗？但，师资也像社会的一些积弊一样，绝非是一朝一夕就能为之改观的。他回想起台大时许多教授不懂得量子力学，即使在普通化学里面，磁场中电子如何旋转，有些教授都讲不对。但自己的量子力学学得非常不错，靠的是什么？是自己。学习要靠自己，依赖任何人都是不可能的。就像一个化学反应一样，系统内各物质的本身结构和特性决定了发生的可能性，而外界条件只能影响反应的程度和快慢。教师只能帮助学生在到达成功的路径上少走弯路，而成败则决定于个人的勤奋和悟性，一切因循苟且、依赖师长、怨天尤人的行为都是惰性的表现。李远哲从中学、大学到研究所，在不太好的学校环境中，不依赖学校和教授，凭着自己的力量，培养了克服困难的精神，即便在最艰苦的时候也咬牙坚持下去，在同辈中成为优异的人才。李远哲主张自立自强，但也从不放过向人学习的机会，他的真空技术和核子物理中的计数方法就是在清华大学研究所中学到的。
李远哲跟王企祥教授学做了结晶构造，最让他感到困难和高兴的是，他和同学们做成功了合成三环戊二烯化钐的实验。三环戊二烯化钐属于金属夹心配合物。环戊二烯基能与金属原子生成化合物人们早已知道，但直到1915年，英国人和美国人才第一次合成了环戊二烯的配合物———二戊铁。从此引起了人们广泛的研究兴趣。
三环戊二烯化钐娇贵得很，它一遇到空气立即就发生燃烧，仅此一点，就可以想象有多困难。为了保证实验的成功，必须使反应系统处在一个较纯的真空环境中。为此李远哲和同事们想了许多办法，改进了实验装置中的许多环节，一次次失败，一次次重新做起，同事们都处于一种亢奋痴迷的状态中。在失败的时候，导师严厉地批评了他们：人家做出来了，你们做不出来就是笨蛋。导师的话激励着他们，失败了他们都不愿罢休。他们心里都憋着一股不服输的英雄豪气。
李远哲几乎没日没夜地泡在实验室里，他和同事们克服了一个又一个困难，没有真空玻璃塞，他们就自己到玻璃工厂里磨。有时候，眼看即将成功了，因为一着操作不慎或一处装置漏洞而前功尽弃。他们就更加细心地琢磨每道程序和每一步骤。眼睛红了，眼圈黑了，人瘦了，他们矢志不移，终于成功合成了三环戊二烯化钐。在一种相当简陋的条件下，一些没有经验的学子能完成这项工作是十分了不起的。
在清华大学的最后一年，还发生了一件让李远哲遗憾终生的事情。
当时，一位叫滨口博的日本化学教授担任李远哲硕士毕业论文的指导老师。李远哲按照滨口博指导的方法对一种结晶的同位素进行分析，但过后他感觉滨口博的方法不对，便按照自己的方法重新做了分析，结果比用老师的方法更好。所以，在写毕业论文时李远哲把自己得的分析数据写了进去，并将论文寄给已回日本的滨口博批改。滨口博看了论文，把李远哲的数据都改了，还在信中霸道地说：“我是老师，懂得比你多。你的结果错了，应按我的正确结果才行。”
李远哲回信申诉自己的理由，但滨口博坚持己见，信中说了一些更为专横和尖刻的话。临近毕业，李远哲必须写出论文，无可奈何之下，只好按滨口博的意见完成了论文。
这次迫不得已的妥协，使李远哲久久不能释怀。26年后的1987年，他在北京给学生作报告时再次提起：“到现在，我仍然感到很遗憾，这毕竟是种封建的观念，他觉得他是老师，有权威。我觉得这样对待科学，是很不好的。”
在清华大学的几年里，李远哲实实在在做研究工作，收获很多。
李远哲后来在回忆起清华的日子时感慨地说：“我们真的是努力过，在那么不容易的环境里面，也坚持下去，晚上也做，星期六、星期天也做。跟日本教授滨口博先生做分析，要用到三次蒸馏水。在美国一打开管子就有蒸馏水跑出来。我们的三次蒸馏都是用自己做的装置完成的……我觉得这几年对以后在美国留学，是有很大帮助的。”