1972年，李远哲回台探亲，应邀参加了教育部门有关课程设置的讨论会，提出不少积极建议。同时，他暂时放下在美的实验研究计划，接受了台湾清华大学化学系的聘请。他在清华化学系任客座教授的半年时间里，积极协助系里规划教授参与系务，落实“教授治校”的方针。并几次参加清华学生的座谈会，和学生讨论如何学习才能成为好的科学家等问题。
李远哲非常关心人才培养问题，注重青年一代的健康成长。他每次回台，只要是学生邀请演讲或讨论，无论多么繁忙，都要抽出时间应邀前往。1986年12月李远哲参加诺贝尔奖颁奖典礼后，直接从瑞典首都斯德哥尔摩风尘仆仆回到台湾。未及休息，就于18日下午两点参加了清华大学台北办事处举办的大学、高中理科学生座谈会。主持人考虑到李远哲时间紧张，只安排一个小时，李远哲却坚决地说：我要讲两个小时。结果两小时又十分钟才结束。
在这场座谈会中，李远哲与淡江大学、清华大学、台湾大学、中山大学、建国中学、北一女中、中山女高、新竹高中、成功中学的24名物理、化学科系的学生，畅谈了他的读书心得、求学过程和从事研究的态度及精神，也对台湾的科学发展、科学教育发表了自己的看法和见解。他语言朴实而幽默，寓意深远，发人深省。所表现出的对青年学生殷殷教诲的学者风范和对故乡的赤子之心令人感动。
其后，他又不顾旅途劳累，参加了台湾大学学生座谈会，就求学、研究、选题、实验及感情、生活等方面谈了自己的体会和看法，也介绍了化学反应动力学的发展情况。另外，他直言批评了学生在选修专业方面的功利主义现象：“前几天到化学系去看一下学化学的人，听说竟然没有一个是第一志愿进来的！似乎都是考医生考不好来念化学，这是很不好的现象。为什么一个社会的年轻学者，就没有人想做一些文化工作、科学工作呢？这不是好现象，太功利主义了！所以我说除了设备、师资外，还需有一流的大学生。”
他对故乡的一腔深情和对学子的殷切期望赢得了大学生们的热烈掌声。
为更好帮助台湾科学发展，李远哲1980年担任台湾中央研究院院士，1982年担任台湾中央研究院原子与分子科学研究所顾问委员会主席，1983年担任台北同步加速器放射研究中心指导委员会委员，1991年担任台湾张荣发慈善基金会董事会董事，1992年又担任了台湾凝固态物质研究基金会董事会董事和台湾大学学术发展基金会董事会董事。
1986年获诺贝尔奖以后，李远哲为台湾科学发展花费了更多的时间和心血，每年都要抽出一段时间到台湾讲学和帮助研究工作。1991年，他放下在美国一亿美元预算的研究计划，在炎热的夏季回到台湾，在台湾大学担任了半年客座教授，除台大学生外，还吸收其他各校学生来听课。在讲学期间，他热情帮助台湾制定科学发展规划，参与科研活动。
他关心台湾的发展，曾指出：近些年台湾的繁荣乃是畸形的繁荣，仅是经济方面的发展，不是整体协调的发展。科学发展没有进步，整个文化事业也没有进步。而造成这种状况的原因一是人才外流严重，二是年轻人变得过分现实，很少人真正要在文化工作上下工夫，都只想做会赚钱的事。
他认为社会不应压制年轻人，他很赞成美国著名科学家莱纳斯·波林说过的一句话：当年轻人发现年老的一辈做错事情时，科学才会有进步，社会才会有进步。
但台湾现在是年轻人很不容易或不被允许批评老人做错的事情。这是个文化的包袱，是环境的包袱。
他指出，台湾应该也有能力为科学工作人员提供一个良好的做科学研究的环境和条件。要克服官僚作风和封建士大夫观念，使科学研究工作不再受很多不必要的困扰和牵制。
他进一步指出：“以目前台湾的发展来看，进一步的民主化才能发挥年轻人的潜力、台湾的潜力。一旦年轻人的潜力能发挥，能青出于蓝而胜于蓝，那么台湾社会的进步就会很快。我对台湾的未来充满信心和希望。”
李远哲还认为企业界与科技界应该联手共进，也就是科技界帮助企业解决问题，企业资助科技发展。1991年10月，李远哲在台湾大学即将成立“液态科学中心”时，亲自向企业界募捐。他与经济部长、台大校长一起签名，邀请几十位企业主聚餐，希望企业界资助科技的发展。
他中肯地说：“台湾现在最缺乏的是如何把大家都知道的不对的、不好的，转换成大家都赞赏的政策。没有这个机制，台湾好像一直停留在原地踏步走，进步很慢。”
在化学研究方面，李远哲帮助筹建了台湾原子分子研究所，兴建了“同步辐射加速器”。
1993年12月11日，台湾“中央研究院”选举院长，李远哲以绝对优势的得票被选为第七届院长。1994年1月15日，李远哲肩负家乡人民的厚望，回台湾上任“中央研究院”院长。这意味着，他将放弃美国国籍，放弃生活工作多年的环境和条件。他表示，他不会放弃科研，会把他的专长教给年轻一代。
李远哲从实际和整体出发，对台湾的科学发展进行规划设计。他要向家乡人民献上他的智慧、才华和一颗火热的赤子之心。
4．要改进中国传统教育
李远哲在中国台湾接受从小学到大学的教育，对中国的传统教育深有感受。70年代以后他几乎每年都要回到中国大陆和台湾讲学，在与中学生、大学生的接触交谈中，了解到中国教育并没有大的改观。同时，由于经常去世界各国开会、讲学，他对各国的教育都有所了解。比较各国的教育，李远哲更清楚地认识到包括台湾省在内的中国传统教育存在的弊端。他认为，中国必须实行教育改革，才有希望更快更好地培养大批现代高精尖人才。他曾结合自己的亲身经历和体会，发表了许多对如何改进中国传统教育的见解和看法。
中国传统教育在观念上承袭了封建文化的“师道尊严”和等级秩序。在学校里，老师是尊者，说什么做什么都是对的，不容学生质疑，更不容学生有不同看法。而学生的意见得不到重视，学生们得不到尊重。李远哲一针见血地指出：“中国人有个传统的看法，年轻人不是顶重要的，如老头子讲话，小孩子就得乖乖地听，没有讲话的份儿。这种想法根深蒂固，比方在课堂上他们也不敢举手发问，老师讲的都是好的。这种观念是不对的。”
这种教育的直接危害是伤害了学生的自尊心和学习的自信心。根本危害就是让学生没有了自主意识和独立精神。爱因斯坦曾说过：“学校主要以恫吓、威胁和人为的权威教学，那是最坏的。这种教学方法摧残了学生的健康感情、诚恳正直和自信心，培养出来的是唯唯诺诺的庸碌之辈。”
李远哲认为对学生人格的损害就是损伤了他的纯真心灵，就是扼杀个性。越是智商高的潜在人才，越富有自尊心，越需要尊重他。老师要尊重学生的意见和看法，当学生提出的看法、意见与老师不同时，为人师者应该表现出师长的气度，不可因怕丢面子而滥用自己的权威。李远哲诚恳地说：“我希望在中国社会，年轻人能受到尊重，这是很重要的，因为我们希望这些年轻的学者将来变成国家的主人翁，从小就应该受到尊重，故而他们的意见，是应该得到重视的！而我想，一个人受到尊重，相对地也得负有责任。……请身为师长的教授学会多尊重学生，使学生有更多的主动权。”
中国传统教育的模式是规范化的，注重基础知识的教育。对学校、学生的要求都是整齐划一的，按部就班、循序渐进地学习，任何学生不能特殊，各种问题都有“标准答案”。这样的教育虽然具有使学生掌握扎实的基础知识的优势，但其缺陷也是明显的，那就是忽视了学生的个性、特性和差异，剥夺了学生学习的自主性（实际也剥夺了老师教学的自主性），压制了学生学习的主动性，使学生长期处于教学的被动地位，极大地扼杀了学生应有的好奇心、创造性和探索精神，限制了学生的自由发展。爱因斯坦对这种教育模式深恶痛绝，他说：“现代的教学方法，竟然还没有把研究问题的神圣好奇心完全扼杀掉，真可以说是一个奇迹。因为这株脆弱的幼苗，除了需要鼓励之外，主要需要自由。要是没有自由，它不可避免地会夭折。认为用强制和责任感就能增进观察和探索的乐趣，那是一种严重的错误。”
李远哲曾说：学习如果是积极的话，那所得到的东西，就跟消极的、被动的学习是很不一样的。所以，他鼓励青年学生要做学习的主人，在学习的过程中好好地把握自己的生命，好好地安排，好好地学习，是可以学好的，不要成为传统教育的牺牲品。
中国传统教育的教学方法是填鸭式的，不管是否有用，不管你想不想接受，都一定要灌输给你，而愈演愈烈的应试教育又为这种强灌教学法推波助澜，向着更严重的方向发展。这种教学法一点一点地把学生学习的兴趣和积极性磨损殆尽，使中小学生，甚至大学生中的厌学情绪越来越普遍，越来越严重，恐学症和恐作业症也日益增多。李远哲在与台湾大学、高中理科学生座谈时，曾针对这种现象发表了自己的看法：“我觉得最不好的是，如果中学的老师为了你们升学，要把你们训练成既写得快，又写得完整，每天回家做习题到12点钟，自己连思想的时间都没有的人的话，那就不好了。”
他还转述了一位女学生的感受：我中学在台湾念书的时候，习题很多，每天都在背、背、背，根本学不出个所以然来。