有趣的是，日后徐阶把遗诏和登极诏都收进了自己的文集《世经堂集》，确认自己对此两诏书的著作权。百废待兴，首先是释放被囚言事诸臣。徐阶嘱咐，首先将海瑞放了。
且说海瑞在诏狱中，无钱通关节，不可能像严世蕃那样饮酒作乐。消息也很闭塞，嘉靖弃世，海瑞浑然不知。倒是那监狱长，私忖先皇帝去世，新皇登基，海瑞将获重用，出于私心，打算先拉拢一下关系。
突然有一天，哐啷一声，牢门打开，那监狱长走了进来，两个狱卒，手托木盘随后，在监狱长指挥下，搬来张桌子，从盘子里端出菜肴，一一摆上，旋即又取来两壶酒。
海瑞知道，这是自己人生的最后一餐，他想，死也不能做个饿鬼吧？就坐了下来，仰着脖子长鲸饮百川，把一壶酒一吸而光，然后夹菜，大嚼起来。
那监狱长笑了，知道海瑞误会了意思，便斥退狱卒，轻声说：“恭喜海大人，贺喜海大人。”海瑞把脸一板：“临刑之人，喜从何来？去！别扰我酒兴。”监狱长毫不计较海瑞的态度，弯下身子，与海瑞咬起耳朵来：“宫车晏驾，海大人将出狱重用了。”海瑞举在空中的筷子定格了：“这事当真？”没等监狱长回答，海瑞突然丢下筷子，捶胸顿足，号啕大哭。刚饮下的酒，吃下的菜肴，一股脑儿呕吐出来，秽气熏天，随即昏死在地上。那监狱长慌了神，海瑞死在狱中，那干系大了，立即把手伸到海瑞鼻孔处：“还好，有气息。”封建时代士大夫对皇帝的忠心，由此可见一斑。
海瑞获释，徐阶拟旨将海瑞从正六品的户部主事，调升为正五品的大理寺丞。朱载垕登基，改元隆庆。隆庆元年（公元1567年），上大行皇帝（嘉靖）谥号为肃皇帝，庙号世宗。
接着平反昭雪获罪言官。在世的纷纷起用，已死的分三等，处死的杨继盛等，复职，赠荫，朝廷为之祭奠；廷杖死的，复职，赠荫；在狱中及充军死的，复职，赠官。
增设内阁大臣。吏部侍郎陈以勤升任礼部尚书兼文渊阁大学士，礼部侍郎张居正为吏部左侍郎兼东阁大学士，进入内阁。于是，内阁由六人组成，徐阶、李春芳、郭朴、高拱、陈以勤、张居正。其中高拱、陈以勤、张居正均为隆庆皇帝裕王府的旧部。还是一朝天子一朝臣，徐阶倾心培养的张居正终于入阁，时年四十三岁。
徐阶位居首辅，但并无春风得意的感觉，相反，他感到了危机。
内阁里边，李春芳为次辅，此人是个好好先生。陈以勤崇信阳明心学，也有共同语言。张居正更不用说，是心目中未来的中流砥柱。但是高拱和郭朴这两位不好处，是内阁中两个不和谐音。他暗自苦笑，自己上给先帝的《答知人》奏疏，说什么知人的要领，说什么大奸若忠，大诈似信。现世报了吧，自己也看走了眼。把高、郭荐入内阁，是看重两人的才具，却不料胸襟太窄，意气用事，而且睚眦必报。不是说宰相肚里可撑船么，胸襟如此窄，纵有大才，必将坏事。但眼下要维持，不能让刚开始的新局夭折。
然而，仇恨的种子已经播下。遗诏越是深得民心，高拱、郭朴的失落感越强，是徐阶那老儿剥夺了我们参与票拟遗诏的权利，独享盛誉！两人琢磨起了遗诏，从中寻找破绽。他们终于找到了把柄，先帝四十五年的作为，难道没有一点善举，要如此忏悔？徐阶的做派是扬先帝之罪并公示于天下，如何对得起先帝？说先帝大兴土木，坑害百姓，他们父子不就为先帝重建烧掉的永寿宫么，不也是大兴土木吗？计划定当，两位阁部大臣公开扬言，徐阶对先帝不忠。为攻击徐阶，他们不惜推翻遗诏。他们也许没有想到，此举是与朝廷百官、天下万民唱开了对台戏。
徐阶也搞糊涂了，学富五车的内阁大臣，其识见怎么还不如贩夫走卒、引车卖浆者流？
徐阶终于明白，不是两人的见识不高，而是没有参加草拟遗诏而泄私愤，以小私而妨大公。
徐阶更没有想到，专横的高拱在内阁中迅速挑起了一场舌战。
一天，在内阁高拱责问徐阶：“你在先帝时一直参与斋醮之事，殷勤写青词，先帝刚去世你就对斋醮持否定态度，现在又广泛勾结言官，想驱逐大臣，为什么？”勾结言官、驱逐大臣指的是胡应嘉曾弹劾高拱，而胡应嘉是徐阶的老乡，所以怀疑是徐阶的指使，目的是把自己撵出内阁。徐阶被迫应战。他平静地说：“言官有几十个，我怎能一个一个都勾结？又怎么能指使他们攻击你？再说，我能勾结，你难道不能勾结？”
热衷斋醮自然是为保护自己，取得信任，谁不这样呢，你高拱不是也这样吗？想到这里，徐阶说：“斋醮一事，你难道忘记了你在礼部时的事吗？我倒记得，当时先帝以密札问我：‘高拱有奏疏，自荐愿为斋醮的事效力，迫切要求参与斋醮，可不可以允许他参加？’这封密札，我还留着呢！”
内阁的一场舌战，高拱落败，但是他与徐阶的矛盾更深了。
看来庙堂之上的大人物，与民间的草民并无不同，为私人意气，也会公开掐架。
内阁的分裂，不仅无法制止，而且裂痕越来越大。
隆庆元年（公元1567年），朝廷按惯例开始考察，由兵部尚书转任吏部尚书的杨博主持，给事中郑钦、御史胡惟新考察政绩不佳被刷下。杨博是山西人，偏偏山西籍的官员全都通过。给事中胡应嘉为了救助郑、胡，弹劾杨博“挟私愤，庇乡里”。这一次胡应嘉疏忽了，因为他本人也参加了考察，当时无异议，就是赞同，现在怎么又出尔反尔？这胡应嘉是弹劾过自己的，这次高拱抓到把柄了，说：“胡应嘉自相矛盾，要重重加罪。”郭朴密切配合说：“胡应嘉有失臣子体统，应削职为民”。
徐阶力主放宽言论，言官们都很兴奋，此次一个说要予重罪，一个说应削职为民，不是又倒退了？言官大哗，抨击高拱泄私愤。见高拱、郭朴愤愤不平，不得已，徐阶来了个折衷，调胡应嘉为建宁（今属福建）府推官。
徐阶用心良苦，但高拱、郭朴认为罚轻了，愈加仇恨徐阶，而朝中言官们，同样不满意，不是推行放宽言论的新政吗？出尔反尔！
这就不得不说一说这位高拱，客观地说，这是一个半神半魔的人物。对高拱的评价有人说他有才能，能施政，有政绩；也有人说他专横暴戾，气量褊狭，刚愎自用。贬褒不一，众说纷纭。
徐阶引进了他，他想拱走徐阶不成，只能自己走人；后来张居正又引他入阁，他又与张居正水火不容，最后被逐出内阁。内阁分裂，这就给朝臣中的小人制造了窜升的机会，他们像赌徒下注一样，押准了不就飞黄腾达了？
果然有这类人，而且不止一个。
广东道御史齐康跳了出来，此人是永年人（今属河北省），考取举人，高拱是主考，嘉靖四十一年（公元1562年）中进士。齐康弹劾徐阶至关要紧的罪状是嘉靖要立太子，徐阶一直阻拦，先帝想传位当今皇上，徐阶又横加阻拦。齐康列举的罪状非常离奇，其目的就是引起新君的愤怒，罢黜或处死徐阶，而藏在深处的动机则是，高拱是新君的讲师，新君必褊袒高拱，高拱当首辅，自己必高升。
但也因为“罪状”太离奇，没人信，众多言官群起而攻之，围在朝门大骂高拱唆使门生陷害首辅。高拱受不了，请求罢职。
徐阶本有器量，处处避高拱锋芒，维持大局，但如此不堪的诬陷，就在严嵩主持内阁时也不曾有过，他愤怒至极，立即撰写《被论自陈》疏，要求罢职。
他在疏中说：其他罪状不足辩，至于册立太子一事，臣任礼部尚“书，曾四次奏请先帝册立太子，先帝不予理会。至于传位一事，则臣恐怕引起更大的风波，确实不敢赞同。四十三年十二月十三日、十二月十六日，两次奉先帝询问，臣恳切地为先帝陈述皇上（指新君朱载垕）贤明孝顺，先帝询问的圣谕，臣奏请册立的奏章都已归档可查。请将臣并臣男璠削职夺官，放还田里。”徐阶终于撂担子了。
徐阶撂担子，不是作秀，确实出于内心。应付严嵩十几年，耗尽心智，而今高拱内斗的手段比严嵩更卑劣。由于内阁分裂，大臣们又渐成两派，又开始恶斗，当年张璁攻击首辅杨廷和时朝廷两派恶斗的场面又将出现。徐阶不免苦笑，大明政局的走势，怎么过了三十年，又拐到原处？
这一次风暴，以朱载垕允准高拱离职，“去政还乡调治（疾病）”，齐康降两级调地方而平息。
在此情况下，徐阶连上《三乞休》、《四乞休》两道本章，去意坚决。
然而满朝文武挽留，新君又连下两道圣旨，“希望体会朕的诚意，继续赞辅，慎毋固辞”。
身不由己的徐阶无法选择，于隆庆元年（公元1567年）四月底，复任首辅。复出之后，平反了前蓟辽总督王忬、总督胡宗宪两宗冤案。
日历翻到了隆庆二年（公元1568年），高拱去职，郭朴心中不安，也请求还乡获准，内阁连去两人，只剩四位，排位是徐阶（首辅）、李春芳（次辅）、陈以勤（少傅兼太子太傅）、张居正（少保兼太子太保）。
徐阶虽然出任首辅，但对首辅的职位已经兴味索然了。他感到沮丧，高拱的蛮横不可理喻，齐康的无耻丑态毕露，都令他厌恶。而自己再三乞请增内阁成员以图共襄朝政，内阁成员却勾心斗角；努力创建宽松的舆论环境，言官中却又开始了群殴。自己雄心勃勃开一代新政，结果是乱纷纷一片。
自然，对策也是有的，他尽可利用首辅的权力和朝中多数大臣的拥戴让对手万劫不复，就像张璁对待廷臣，严嵩对政敌采取的肉体消灭手段一样。但他不是张璁，不是严嵩。他崇尚的是阳明心学，要“致良知”，下流手段不屑一顾；他家世代崇佛，慈悲为怀的精神也深入骨髓。入阁十几年，总是力图保护正直大臣；担任首辅五年多来，也从未动刀杀过大臣，严世蕃案例外，怎么能大开杀戒？连廷杖也没发生过一次。尤其是当他想起自己的前任，杨廷和把先帝扶上皇位，结果是罢归，斥为民；杨一清又怎样，被冤致仕，怨气冲天而死；夏言呢，掉了脑袋；翟銮，斥为民；严嵩自然不必说……想到这些，徐阶不寒而栗，还是祖父说得对，“保我族类”；还是可久说得对，自身安危都没保障怎能励精图治？当年杨廷和将自己留作种子，而今自己也留下了张居正这颗种子，可以退了，不如归去。
由于徐阶压抑宦官参政，得罪了隆庆身边的宦官，引起“中官侧目”。隆庆贪玩巡幸南海子，徐阶谏阻，不听。再加上给事中张齐又来了个弹劾，徐阶奋然求去，连上九道奏章“乞休”，终于获准。二十岁出仕，四十五年后，徐阶又回到了生他养他的故乡。