第一生命大楼是完好无损的，这一带正好是日本的政治中心，天皇所居住的皇宫，国会议事堂都在这儿，所以就都没有受到轰炸，把这一带炸了找谁去谈判？美国人也从来就没有准备过自己亲自出马统治日本，所以不能征用宫城或者国会议事堂。而第一生命大楼因为正好落在了这一带而逃过了战祸，对于大帅爷来说这就是最合适的办公地点了。
这幢9层的大楼也结实，据说能直接抗250公斤的炸弹。1938年第一生命花了182万日元以每坪（33平方米）1080日元的价格买下了这片1682坪面积的土地，又花了1400万日元建起了这幢在当时是全日本最豪华的房子。
这些价钱到底是什么含义？这么说吧，当时的一日元相当于现在的一万日元，只多不少，可以很简单地把战前的一日元算成现在的100美元来体会这个造价。
吃完了中饭，大帅爷把众人一起带着去看了一下房子，在大家都说了好之后，一行人又回横滨去了，第二天的9月9日正式向第一生命发出了征收通知，通知上说明除了所有的文件可以搬走之外，全部的家具都必须留在原地，9月5日向占领军交出大楼作为GHQ（General Headquarters，驻日盟军总司令部）的办公楼。
定下衙门的位置以后，大帅爷就开始把全部的精力放到他的本职工作上了，大帅爷现在的本职工作是“盟军最高司令官”（Supreme Commander for the Allied Powers，SCAP），实际上这个名称并不贴切，大帅爷实际上真能指挥的就只有美军，不如直接称“proconsul”（殖民总督）来得直观。
摆在这位总督面前的问题首先是如何解除日本的武装，军事上和思想上的武装。
根据GQH情报部部长维罗比少将的统计，在1945年8月15日，日本还有陆军154个师团和136个独立旅团，海军20个部队，合计6983000人，分布在从南半球的新几内亚岛，经所罗门群岛一直到中国大陆以及朝鲜半岛这么一个广大的环东南太平洋的弧形地区，其中日本本土就还有57个师团、14个旅团、45个联队，总兵力达2576085人。
本来是管打仗的陆军省和海军省现在的任务就是管这些军人的复员，从1945年12月1日开始，陆军省和海军省就干脆改名为“第一复员省”和“第二复原省”，到了1946年6月1日，连“复员省”的资格都被剥夺了，变成了“复员厅”的两个“复员局”，最后到了1947年10月份左右干脆全部被厚生省吞并了。
而那些要复员的士兵的指挥官们则是战犯，第一个就是东条英机。
当时有关东条下落的谣言满天飞，有说逃去了满洲的，有说回了九州老家的，有说已经自杀了的，其实东条哪儿都没去，老老实实在家等着美国宪兵呢。
东条英机当然知道《波茨坦公告》里面所说的“战争罪犯”首先就是他，他是主持开战的内阁总理大臣，没指望过天照大神能保佑他们漏网。可是怎么办呢？像陆军大臣阿南惟几、东部军管区司令官田中静一等几位陆军大将那样自杀以谢罪？不管是谢天皇还是谢百姓，没有那个勇气。不自杀嘛，又说不过去，那个“绝不活着做俘虏而受辱”的《战阵训》就是自己制定的，让别人都自杀，就自己活着？怎么说也是陆军大将，这点自尊也还是有的，就是说还得自杀。但是活得好好的，自杀可太痛苦了，又不想自杀了。
就这么翻来覆去，死啊活啊的拿不定主意。最后去和陆军大臣下村定大将商量。下村定当然反对，理由是现在是国家投降，不是你东条某人自个儿投降，谈不上什么耻辱。再者说了，你不出头万一这责任跑天皇那儿去了这可怎么是好？东条这下茅塞顿开，可算有了主见，点头哈腰地就离开了陆军省。
1945年9月11日早上11点，索普准将正式向克劳斯中校下达了逮捕东条英机大将的命令，克劳斯中校带了两个班的人马，开着吉普就要出发了。下午两点整，大帅爷正式发表了逮捕东条英机的命令，索普准将向记者们分发了大帅爷的书面声明，这一下各国记者就像炸了营似的四处乱跑。美联社、合众社记者因有内部消息，早就在东条家门口守株待兔了。日本记者熟门熟路，也很快就赶到了，只有其他国家的记者可怜巴巴地在大热天的太阳下面乱窜，有根本就跑错了方向的，流窜到滨松市去的（其实东条家在世谷田区玉川用贺町）。
三点刚过，这东条家门口的记者越来越多，东条看着这副架势就知道美国宪兵要来，大概就是今天了，于是穿好了全副勋章绶带的大将军服，腰上挎着军刀，进书房看了看他的准备：窗边的刀架上架着两把日本刀，桌子上放着短刀和两把手枪：一把是他自己一直带着防身的柯尔特22，还有一把是8月15日企图发动政变，夺取天皇的“玉音放松”录音盘，失败自杀了的女婿古贺秀正少佐留下来的柯尔特32。
4点02分，克劳斯中校到了。下面就是克劳斯递交的报告：
关于逮捕东条将军的报告，合众国陆军中校波尔·科罗斯。
——到达东条宅时，将军正隔着窗子和新闻记者说话。我将部下配置于门口以后即请将军开门。
——将军问我有无逮捕令。我说没有逮捕令，但随身携带了正式拘留命令。将军要求给予确认，我说先开门，进门之后再出示（合众国际社法兰克记者的报道中说科罗斯中校的原话是：“快开门，跟我去麦克阿瑟司令部。”）。
——东条将军身穿白衬衫，听完点了点头就关上了窗户，周围很寂静，所以能够听见插上插销的声音，但听不见向门口走来的脚步声。
——下午4点19分，突然响起了一声枪声。站在我旁边的新闻记者对我说“您的猎物自杀了。”我立即采取强硬措施进入宅内（和英国《每日邮报》记者斯坦福一起去的日本《朝日新闻》记者长谷川信雄则说：“一脚就踹开了门，同时掏出手枪朝天鸣枪示警。”）。
——东条将军的书房门也上了锁，我还是采用强制手段进去的。东条将军坐在椅子上，看起来是被射中了左胸，大量的出血把白衬衫都染红了。看到我以后，将军还想举起右手握着的枪，在我大喊“不许动”以后，手枪掉到地下。
——我的任务是活捉东条将军，所以我立即让东条将军的警卫找来医生，但看起来喊来的日本人医生是想让将军像武士那样死去，除了洗涤伤口之外没有进行任何抢救措施。
——我把东条将军移到书房，下午6点25分我军军医赶到，诊断后说弹头擦过心脏贯穿左肺，没有生命危险。
——下午6点48分，在注射吗啡后抢救完成，下午7点将东条将军送到横滨的第98陆军野战医院。