当然，这是一项十分困难的任务。遣散过程中，也难免出现一些这样那样的问题。一天，麦克阿瑟的一个下属在办公室里向他叙说了一个悲惨的故事。一位家住神户名叫忠勇一男的老兵，18岁离家服役，先在中国大陆战斗4年，尔后又转至东南亚，呆了3年。战争使他失去了右臂。被遣送回国后，当他站在自己过去居住的街道上时，却怎么也找不到自己的家。街道上大部分房屋都只剩下残砖碎瓦。最后，一男好不容易才找到一位过去的邻居，这位邻居告诉他，他的父母及其家人都在大轰炸中丧生了。这位邻居正好是一男中学时代恋人的母亲。她告诉一男，她的女儿3年前被迫参加“从征服务团”到了菲律宾。女儿从菲律宾给家里写过一封信，告诉家里“从征服务团”的实际工作是随军妓女。她在信中对母亲说，如果有一天一男回到家里，告诉他不要再等她了。从那以后，女儿再也没有给家里写过信，至今没有消息，老人说到这里已经泣不成声。
听到这里，这名复员日本兵转身默默地离开了。他来到了街道会社。在这里他又被告知，由于他失去了右臂，目前还没有适合他的工作。请他耐心等待。这回一男彻底失望了。他来到神户市中心，用随身携带的一把匕首剖开了自己的腹部。很多神户市民目睹了这一惨状……
麦克阿瑟听完这个故事后心里很沉重，眼前浮现出了那位老兵自杀的场面。这使他又想起了跟随自己在巴丹、新几内亚、莱特、吕宋岛上的士兵，这些士兵回乡后，等待他们的会是什么呢？
晚上回到家里，他把这个故事说给妻子听，妻子听后，眼眶里充满了泪水，麦克阿瑟对妻子说：“这些日本士兵也是军国主义的受害者，他们是无辜的，账应该算在军国主义身上。”
随后，麦克阿瑟正式发布一条特别命令：被遣返的士兵如在生活和其他方面遇到困难，均可要求帮助。各地美军必须尽力帮助这些士兵渡过难关。
为了防止日本像一战后德国那样迅速重振军备，盟国要求麦克阿瑟必须彻底销毁日本的军事装备和军工生产。战争结束时，在日本全国各地及诸如台湾等其他地区，仍有堆积如山的军事装备。例如在日本，有12000余架各种型号的飞机，其中4000余架还可以使用。还有无数的坦克、步枪及其他战争工具。为此，第8集团军的部队用几个月的时间搜遍日本，炸毁了弹药库，烧掉了船舶，一些武器被扔进了大海。与此同时，大批生产战争物资的军工企业被下令关闭，海军基地和造船厂被摧毁，机场被犁掉。
当上述任务还在进行时，麦克阿瑟即开始了他一系列急风暴雨式的改革。1945年10月4日，盟军总部发出“关于民权自由的指令”，要求日本政府立即解除对政治、公民和宗教权利的一切限制，废除一切镇压和压制法令，释放一切严格意义上的政治犯，取消一切新闻检查，解散一切镇压机构和宪兵队。同一天，麦克阿瑟指示来访的近卫文麿国务大臣：第一，要修改宪法，以吸收自由主义成分；第二，要扩大选举权，承认妇女的参政权和工人的权力。
面对麦克阿瑟所发动的这场涉及修改宪法的声势浩大、内容广泛的改革运动，东久迩内阁自知无力应付，不得不提出总辞职，由亲美的老牌外交家币原喜重郎组阁。币原内阁成立的第二天，即10月10日，包括共产党人在内的439名政治犯被释放。为准备就职演说，币原于11日拜见了麦克阿瑟，后者向他提出五大改革内容：通过授予公民权，解放日本妇女，使她们作为国家的成员，以此给日本带来一个直接有利于本国幸福的新政治思想；鼓励工人成立工会，使之成为强有力的舆论工具，以保障工人免受剥削与欺压，并提高他们的生活水平；学校更多地向较开明的教育开放，使人民可以用实际知识来规划他们未来的发展；废除那些通过秘密审讯和虐待而使人民一直处于恐怖之中的制度，用一种旨在保护人民免受专横、暴虐以及不正当方式的司法制度来代替。必须坚持思想自由、言论自由和宗教信仰自由；使日本经济机构民主化，以达到发展有助于保证广泛分配收入和生产与贸易资料所有权的方式，从而改变垄断企业的控制这一目的。
紧接着，盟军总部根据麦克阿瑟的改革设想发布了一系列有关民主化的具体指令，其中包括解散财阀和解放农民等重要内容。几十年来，日本约80％的工业和金融财富控制在像三菱、三井、住友、安田这样的大财阀手中。麦克阿瑟及其总部人员认为，这些大垄断公司是30年代一切罪恶之源，是专制主义、军国主义的化身。它们利用战争牟取暴利，左右国家政治和国民生活。要使日本非军事化，就必须解散财阀。但这项措施起初却遭到日本方面的抵制。日本外相吉田茂在10月19日的一次记者招待会上称，日本的经济机构是由这些财阀建立起来的，日本国家的繁荣也是这些财阀带来的，没有财阀日本的经济就不能运行。由于日方所持的这种消极立场，此项工作迟迟未能展开。直到1946年4月，在占领当局的逼迫下，日本政府才成立“持股公司整理委员会”，开始对主要财阀的财产进行调查和核算。根据调查结果，日本政府分批公布了持股公司名单。同时，占领当局也公布了财阀家族名单，并规定财阀必须交出所控制的股票，其家族成员一律退出财界，免去其在公司中的职务。但这项工作可谓雷声大雨点小。面对日本经济的缓慢复苏和日本政府的消极立场，美国人逐渐改变了原来的强硬态度。最后，实际上被解散的财阀和公司与原定的数字相差甚远。1951年7月，日本政府宣布解散财阀的工作结束。此后，许多相关的法令也相继被废止。这项工作虽然进行得虎头蛇尾，但通过限制财阀的经济活动，达到了改变其原有功能与结构、削弱其原有权势的目的。
接下来便是对作为日本国教的神道教开刀了。神道教系从日本原始宗教发展而来，最初以祖先崇拜为主要内容，信仰多神，特别是作为太阳神的皇祖神——天照大神。天皇被认为是天照大神的后裔并是其在人间的代表，皇统就是神统，即所谓“神皇一体”“祭政一致”。日本军国主义分子利用该教煽动民族主义狂热情绪，鼓吹以日本为中心，建立以神道教为统治思想的“大东亚新秩序”，并宣称每个臣民一生中的最高目标就是为天皇效忠至死，死后便可以成神。为了铲除日本军国主义的这一思想根基，麦克阿瑟于12月15日下令禁止日本政府对国家神道的保护、支持和资助，并希望天皇自己出面声明他不是神。1946年1月1日，天皇以新年诏书方式发表“凡人宣言”，宣布：
“朕与尔等国民之间的关系始终是立足于相互信任和爱护之上的。这种关系并非简单地产生于神话和传说，也不是因把天皇奉为神圣，从而使日本国民优于其他民族并注定要统治世界这种空想观念而产生的。”
同一天，麦克阿瑟也发表新年致辞，对天皇的宣言表示欢迎，指出它将对日本国民的民主化发挥指导作用，同时声明：
“军国主义、封建主义禁锢人们身心的枷锁已被解除，思想控制和教育的滥用已不复存在。现在人人都享有宗教信仰自由和言论自由的权利而不受无理的压抑了。”
很快，一切有关神道教的宣传品、标志物、纪念碑和节日等都被禁止或拆除。麦克阿瑟之所以灭神道教，目的是要彻底给日本人换脑子，用西方的基督教来填补这一空白。他一有机会就请求那些前来访问的基督教牧师留在日本，并对他们说：“最好能把更多的传道士带到这里来，那样，我们就能把更多的占领军送回国内去。”
接着，麦克阿瑟又马不停蹄地开始了清洗军国主义分子和审判战犯的工作。1946年1月4日，麦克阿瑟向日本政府提交了一份清洗计划，列举了要求“罢免和清除”的7类人：第一类为战犯；第二类为职业军人和陆海军部特别警察和官吏；第三类为极端民族主义、暴力主义和秘密爱国团体的主要成员；第四类为参与大政翼赞会、翼赞政治会和大日本政治会活动的主要分子；第五类为同日本扩张有关的金融机构和开发机构成员；第六类为占领地行政长官；第七类为其他军国主义者和极端民族主义者。上述人员均被要求免除公职，剥夺其竞选议员的资格，以排除其对政治的影响。此项计划清洗的范围之大、人员之广、影响之深，使日本人感到震惊。别的不说，单是币原内阁成员就有5人属于被清洗之列。币原想以总辞职来抵制这一计划，但被顶了回去，只得以改组内阁度过危机。为实施清洗计划，麦克阿瑟专门在总部成立情报处，作为调查日本人的经历的机构。前六类范围清楚，容易判别；最后一类人的标准就不好掌握了，弄得许多沾边的日本人提心吊胆。至1948年3月清洗工作完成时，总共约有20万人被开除公职（其中包括1800名财阀家族成员），约1300个政治或半政治性的极端民族主义团体被解散。这20万人是个不小的数字，而且大多数是有文化有才干的人。他们虽然没有进监狱，但却丢了饭碗，因此引起普遍不满。麦克阿瑟后来写道：“我很以为这种做法未必明智，因为这往往会失去许多有才干的从政人员，而他们在组织一个新日本过程中是很难被取代的。”
但不管怎么说，这种清洗在当时是必要的，它毕竟净化了日本政界，使许多没有政治污点的新人上台执政，对推动改革起了重要作用。至1951年《对日和约》缔结后，对被清洗者的所有禁令才被解除。
1月19日，盟军总部发布特别通告，宣布成立远东国际军事法庭，以对日本战犯进行审判。在该法庭于5月正式开庭前，麦克阿瑟即指令在马尼拉成立特别军事法庭，对山下奉文和本间雅晴等战犯进行审判。山下在麦克阿瑟进攻吕宋岛时曾下令军队撤出马尼拉，但他未能阻止留守日军的暴行，这一点特别令麦克阿瑟愤恨。当审讯还在进行时，麦克阿瑟致电法庭，认为没必要拖延时间，要求迅速结案。结果，法庭于2月间判处山下死刑。山下不服，提出上诉。9名法官中也有2人提出异议，认为这是利用法律来达到复仇的目的。麦克阿瑟在复审时表示找不到有什么可从轻发落之处，其判决是无可非议的。3月23日，山下奉文赴刑。本间被认为是制造“巴丹死亡行军”的罪魁祸首。日本人是在战后才得知这一事件真相的，天皇知道后马上剥夺了本间的军职和各种勋章。像山下一样，他被匆匆判处死刑。本间的辩护律师和墨菲法官对判决结果提出抗议，认为这是一次极不正常的审判。本间的夫人甚至亲自去向麦克阿瑟求情。但在复审书中，麦克阿瑟认为：“本间以军事权力和军事必要性为名，集体消灭那些不能再为战争出力的人，其罪行之凶残与危险已到了无以复加的地步。……如果他不应得到这种判刑结局的话，那么司法史上就没有什么人应得到这种结局的了。”
5月3日，远东国际军事法庭在东京正式开庭，对28名主要战犯进行起诉。审判一直持续到1948年11月12日，期间有两人死亡，一人因病终止审判。最后包括东条英机在内的7名战犯被判死刑，16名被判无期徒刑，其余两人为有期徒刑。
与此同时，修宪工作也在加紧进行。这项工作始自上一年的10月，当时币原内阁组织了一个以国务大臣松本为首的宪法问题调查委员会。经过三个月的酝酿，松本向内阁会议提交了一份宪法修改草案。但该草案基本承袭了原来的帝国宪法，仍维护天皇的统治大权，只不过把“天皇神圣不可侵犯”改为“天皇至尊不可侵犯”。在草案正式提交盟军总部前，《每日新闻》于2月1日抢先披露了草案内容。对这一极为保守的草案，麦克阿瑟当然是不能接受的。在惠特尼的鼓动下，他决定采取“冲击疗法”，于2月3日下令由惠特尼领导的民政局亲自拟定修改方案，并提出修改三原则：天皇处于国家元首地位，皇位世袭；天皇依据宪法所行使的职能要体现国民的基本意志；日本要废止运用国家权力发动战争，放弃以战争作为解决争端的手段，日本不拥有军队和交战权；废除日本的封建制度，贵族的权利只限于尚在的一代。