一、分类标引和主题标引的关系
分类标引和主题标引是针对同一份档案或案卷建立的两种不同的检索路径，两者分析问题的方式不同，标引的依据不同。分类标引是按照内容来分，依据的是《档案分类表》；主题标引是按照主题来分，依据的是《档案主题词表》。两者的检索效果不同，分类标引是按照内容来检索，因而检索到的档案一定都是相同类别的，如都是政党类、政法类或交通类、邮电类等；主题标引是按照主题来检索，同一主题的档案不一定都属于相同的类别，如有关人才培养的主题在很多类别中都有所涉及。因此要注意分清单一内容的分类标引和主题标引，多内容的分类标引和主题标引。如档案或案卷的内容比较单一，只涉及一个主体因素，就依主体因素所属的类目标引，一般设立一个分类号，一个或几个主题词即可；若是涉及多方面内容，分类标引可以设立多个分类号，依据不同的类目设立若干个主题词。具体方法是先将多主题档案分解为几个单主题，再分别赋予分类号和主题词。如《×××同志在全国药品管理和疾病防治工作会议上的讲话》，应首先分解为两个单内容主题“药品管理”和“疾病防治”，标出它们所属的分类号“GF31”和“GF4”，再根据每一种分类的具体内容标出若干个主题词，如“药品”、“中药”、“西药”、“抗生素”、“激素”和“疾病诊断”、“疫情监测”、“疾病检查”等主题词。
二、关于内容交叉档案的标引
分类标引和主题标引都是为了体现档案内容特征和形式特征，特别是分类标引更希望从内容上区分不同类属的档案，但在实际标引时有的特殊情况就要区别对待，比如在内容上出现交叉时应该采用特殊的处理方法。国家机关、社会组织的社会实践活动大多是按照一定的社会分工进行的，但同时又存在着职能交叉的情况，这就导致形成的档案在内容上也会出现交叉重叠等情况，对于这种内容交叉档案，想用标引的方式完全区分开是不现实的，因此可以采用下面的变通办法：（1）对于党政组织所形成的档案，其内容属于综合性的和党内事务的，按照党务类进行分类标引；（2）凡内容记述是各项专门业务的，则按照所属的专类分类标引；（3）对于各项专业活动形成的但内容有交叉的档案，可以有几种处理办法。一是先适当划分各内容的属性后再进行分类标引；二是如果内容确实难以区分，则在基本分类后采用相互参见的办法处理；三是采用集中与分散相结合的办法，先针对内容比较集中的部分进行分类标引，设定一个集中分类号，再根据各部分内容设定分散类目分类号，即专项类目分类号，这样就形成了一个由总到分，由一般到具体的分类体系，便于人们按照不同的要求检索档案。
三、关于多主题档案的标引
多主体档案反映在档案内容上就是一份档案或案卷记载了多项内容，对于这种论述了两个以上的主题的档案，标引时不仅应该体现档案在内容和形式上的特征，更应该充分考虑利用者的检索需要。利用者检索档案最直接和简单的方法就是按照内容提出要求，他们也许并不了解分类法与分类号，但他们却可以根据自己的需要分辨出内容的重要程度以及各内容之间的关系，因此在对多主题档案标引时要注意以下几种情况：（1）依据档案内容重要程度和价值大小建立分类标引的逻辑关系。一般来说重要的或价值大的内容应作为首选内容标上分类号和主题词，之后再分析各内容间的逻辑关系，根据内容的重要程度和价值大小确定是否给予其他内容分类号和主题词；（2）档案论述的几个主题之间是并列关系且都比较重要时，除对第一主题按其属性给予分类号和主题词外，第二、第三主题也应按其属性给予分类号和相应的主题词，以便充分揭示主题，为利用者提供更多的检索途径；（3）档案内容论述的几个主题之间是从属关系，即上下位关系或整体与部分关系，一般应先对它们的上位类目进行整体标引，标出分类号和主题词，若下位主题具有检索价值，也可依下位主题所属类目进行标引，或作互见标引；（4）档案论述的几个主题之间是因果或影响关系，一般依结果或受影响的主题所属类目标引，对于互为因果的、互相影响的主题作全面标引；（5）档案论述的几个主题之间，一个主题应用于多个主题或贯穿于多个主题，一般依被应用主题所属类目进行标引，必要时可以对其他主题附加相应的分类号。