这种愿望与恐惧的冲突最终导致男孩产生一种无法忍受的焦虑感。到1910年，弗洛伊德将这种感觉最终称做“俄狄浦斯情结”，但在19世纪90年代末期，在他写给弗里士的信件当中，他已将之类比为俄狄浦斯神话，并在1900的《梦的解析》一文中，正式以简单的形式公开地论及这一理论。他认为，俄狄浦斯情结是人类经验中不可避免的一个部分：“把最初的性冲动指向我们的母亲，并把最初的仇恨和我们最开始的谋杀愿望指向我们的父亲，也许”——后来把“也许”砍掉——“就是我们所有人的命运。我们的梦告诉我们，事情就是这样。”后来，他又以此类推出一套关于女孩子的理论。
压抑
为逃脱俄狄浦斯情结造成的焦虑，孩子们只好抑制自己的俄狄浦斯愿望，把它们压抑进无意识里。压抑是最重要也最基本的心理机制，是心灵自我防卫的基本方式，可以避免因担心原始愿望可能会在现实世界里受到伤害而产生的高度焦虑感所引起的冲突。琼斯说：“肯定地说，它可被认为是弗洛伊德最重要和最富于创造性的贡献之一。”
在接下来的岁月里，弗洛伊德将俄狄浦斯情结及通过压抑解决问题的理论进一步扩展开来，并将抑制置于儿童成长理论的核心。
恒定原则
虽然弗洛伊德不再用生理学术语来解释心理过程，但他仍然相信，亥姆霍兹的能量守恒原则——任何封闭系统中的能量总和为常数——也可应用到心理现象中去。在他和布罗伊尔合著的《歇斯底里研究》中，他这样说道：“在有机体内存在某种使大脑内部的兴奋保持为常量的倾向。”
当某些事件引发过多的兴奋时，比如发生某件令我们生气的事情之后，我们倾向于以一种或另一种方式来消解这种愤怒，以保持正常的兴奋平衡。至于如何做到这一点，则是次级加工管束——或有时表现为突破——原始加工的结果。布罗伊尔和弗洛伊德举例说：“当俾斯麦必须在国王面前压抑其愤怒时，他往往在事后将一个昂贵的花瓶摔到地上进行发泄。”
恒定原则是弗洛伊德心理学的基本信条，也是他解释神经症和其他现象——尤其是转移——的基本部分。由于精神激发保持为衡量，如果它在一个思想中受到削减，就会在另一个相关的思想中增补回来，得到“转移”。如我们所知，弗洛伊德使用这一概念来解释神经症状和梦，两者都是愿望在不许可的情况下将其蓄积的能量转移至某项允许的活动中去的结果。此后，他把这一概念应用到“升华”的解释中去，即，以积极的方式将未能实现或受到压抑的愿望中的能量用以从事建设性的活动。例如，敌意的冲动可升华为获取成功而进行竞争。弗洛伊德善于找到合适的语录或文学中的例子来说明问题，在这里引用的是海涅想像上帝解释创世过程的一首诗：
创世之冲动，
起源在病魔；
创世之中得康复；
创世之中得健硕。
§§§第六节成功
1900年，44岁的弗洛伊德已完成了自我分析，却大有理由气馁与沮丧。他原本对《梦的解析》抱着极高的期望，希望这部他自认为最重要的著作，能够通往成功，一如他后来所说：“这样的洞见降临在一个人的命运当中，一生也只有一次。”然而，这本书在出版之后，也即1899年12月，弗洛伊德只听到几句恭维，在维也纳也只是引起了一些乱七八糟的评论，在外地更是无人问津。从商业角度看，该书更是亏大了，6年时间只卖出去351本。
弗洛伊德比此前任何时候都感到受人冷落。原指望这本书能有助于他的门诊业务，没想到仍旧是于事无补，一副要死不活的样子，他继续遭受着惧怕贫穷的折磨。他与布罗伊尔的友谊之线早已扯断；弗里士曾是自己的密友、支持者、合作人和偶像，但他发现，他对弗里士过热的亲密和难以独立的依赖也正处在崩溃之中。在自我分析期间，他曾仔细地分析过他对弗里士近乎崇拜的感情，发现里面隐藏着某种近乎神经症的倾向，甚至有一种掩盖起来的、含有同性恋成分的因素。当自我分析使弗洛伊德从对弗里士的情感依赖中解脱出来时，后者又恼又怒，对他横竖看不顺眼儿。在1900年8月的一次会议上，他们彼此疯狂攻击，弗里士对弗洛伊德说，他甚至怀疑弗洛伊德的心理分析究竟有没有价值。此后，他们再也没有碰过面，通信往来的热情也逐渐消失。几年以后，他们的友谊完全终结，因为弗里士谴责弗洛伊德把他尚未出版的万有遗传双性论透露给哲学家奥托·魏宁格（此后，他将之应用于自己的作品之中），同时并不点明这是弗里士的观点。
在私生活中，弗洛伊德一定也感到了某种程度的孤立。尽管他与玛莎的关系一直保持良好，但却早已失去了婚前的那种热切与亲密，而且他已不再与她谈论自己的观点。在他年仅37岁时，就已中止了与玛莎的夫妻生活，目的是让她在生完孩子后好好地“恢复”。此后，虽然他们之间的性生活有所恢复，但他却在1900年时告诉弗里士，他感到自己“性冷淡”。
然而，从这一年起，弗洛伊德的生活却开始有所好转。1902年，他终于给提升为维也纳大学的自助教授。在其后来的生涯中，他以弗洛伊德教授闻名天下。这项荣誉来得委实迟了一些，但无论是名分上还是实际上，却都是雪里送炭，使他受益匪浅。
同年，维也纳一位名叫威尔汉姆·斯特克尔的医生因患阳痿，求弗洛伊德诊治并获痊愈。他建议弗洛伊德每周开一次例行会议，凡志同道合者都可参加。弗洛伊德喜欢这个主意，于是向其他3位医生发出邀请。1902年秋天，一共5位自称“星期三心理学会”的医生开始在弗洛伊德的办公室内定期碰面。会上，一位成员提交论文，几个人就着咖啡、茶点，对该论文及相关的心理学理论和疗法展开讨论。在最初几年里，其中一位成员的说法是：“屋子里有一种宗教成立时的气氛。弗洛伊德是一位新的先知，他使当时心理学研究中的许多流行方法流于肤浅。”
这个团体慢慢成长起来，早期的成员包括奥托·兰克（Otto Rank）、阿尔弗雷德·阿德勒（Alfred Adler）、山达·弗伦茨（Sandor Ferenczi）和欧内斯特·琼斯（Ernest Jones）。他们在后来注定都成为心理学运动中的大腕级人物。到1906年，该团体已有17名成员，两年后，这个不断成长的团体改名为维也纳心理分析学会，不过已经分出分支，成员中争吵不断。这一时期，欧洲和美洲也冒出许多类似的学会，到1910年，在纽伦堡的一次大会上，国际心理分析协会宣告成立。
弗洛伊德的教授地位和组建星期三心理分析学会的工作，使他在门诊业务和收入上都有斩获。他已有能力单独开出一个办公套间，与他家中的宽敞住宅完全分开。他开始收藏罗马和希腊的小型雕像及其他古董，并把它们摆在视线所及的桌子上，他自己则坐在病人的躺椅靠头那边的后面。他还有闲散的金钱使他得以到更遥远的地方享受豪华的度假生活。他习惯于努力工作9个月，而后休3个月的暑假。在假期的前半部分里，他与全家——玛莎、他们的6个孩子、玛莎未嫁的姐妹明娜等——起来到山区的度假胜地。尽管他在照片里显得神情严肃，甚至目光可怖——有人说他的眼神具有穿透力，还说他气度不凡——可在私人生活中，他却是个热情、豁达、散荡、不拘小节的人，度假时常背着一个背包，穿着远足衣和长靴，带着稍大一些的孩子们行走在森林里，爬山，找蘑菇，钓鱼等。
几个星期之后，他会离开家人，独自来到意大利，以享受他的自我分析的成果，因为这种分析使他得以拜访罗马。玛莎没有跟着他走。弗洛伊德是个保守的维也纳中产阶级家长，他的妻子则是个家庭主妇，她的惟一人生目的是服务于“我们亲爱的家长”。她使家庭保持安宁与秩序，并使弗洛伊德从烦琐的俗务中解脱出来。她替他整理衣物，甚至为他把牙膏挤在牙刷上。如果没有这样得力的支持，像弗洛伊德这样特别喜欢工作的伟人是不可能取得如此众多的成就的。他每天的看病时间已经长达八九个小时，但在晚上和周末还要写出很多东西。别的不说，单是他一生中的心理学作品，便有23大卷之多。
弗洛伊德在新世纪的头几年里完成了大小不一的许多著述，其中有两部特别重要，一部使他声名大噪，另一部却令他恶名昭彰。
第一部是发表于1901年的《日常生活中的心理病理学》（The Psychopathologyof Everyday life），谈论的是诸如遗忘、口误和笨拙等话题。弗洛伊德认为，所有这些不仅仅是一般的小毛病，而是有其非常重要的无意识原因的。尽管该书的目的非常严肃，然而满篇都是从弗洛伊德自己的生活、病人的生活和从报刊及其他来源收集到的逗笑材料。有个例子弗洛伊德特别喜欢列举，在后来的其他作品中也多次引用过。内容是，奥地利国会众议院主席心里清楚一次特别召集的会议将产生不出任何好的结局，因而希望它早一点结束。这种心理因素的直接结果是，当会议刚刚开始时，他即大声宣布道：“先生们，我看到大多数合法席位的出席者已经到场，因此我宣布，会议到此结束！”《日常生活中的心理病理学》成为弗洛伊德一生中最为畅销的书，在其活着时，已经再版11次，并被译成12种语言。
第二部则是《性学三论》（Thine Essays on the Theory of sexuality），出版于1905年。这部著作在将性描述为人类行为中最根本的力量方面，比他以往的作品都走得更远。第一篇主要论述性异常行为，认为这些行为是不完整或扭曲成长的后果。第二篇主要论述婴儿性欲，进一步扩展了弗洛伊德早年在这一课题上所持的观点，坚持认为，所有的人天生即有倒错的潜能，只是在健康的成长中，这种倒错的欲望受到了严密的控制而已。第三篇文章则讲述青春期性欲和因解剖学差别而形成的男性人格与女性人格的差异。
《性学三论》里的许多暴露性细节以及书中有关儿童性欲的理论，触犯了欧、美中产阶级中一些思维受到约束的小镇居民们。弗洛伊德被称为思想肮脏的泛性论者、“维也纳的浪荡子”，他写的书被定性为“色情作品”，是对儿童纯洁本性的玷污。琼斯于1955年说道：“该书的出版使他声名狼藉，非难鹊起，至今仍然未被接受，尤其对于那些没有受过教育的人来说。在他们看来，该书是对儿童天真无邪的诽谤。”然而，该书同样引起了极大的关注。在心理学界和精神病学界，人们广泛地讨论此书，它被再版多次，并被译成9种语言。詹姆斯·斯特雷奇认为，该书与《梦的解析》是弗洛伊德“对人类知识领域最为重要和最具开创性的贡献”。
3年之后，弗洛伊德受邀在一次心理学大会上任主讲人。该项活动是克拉克大学20周年校庆活动的一部分。这次邀请可以说是国际社会对他个人和他的工作的第一次肯定。他欣然地接受了邀请，来到了麻省的沃切斯特市，同行的还有两位同事，圣多尔·弗伦兹和卡尔·荣格。在这次大会上，他面对一群由心理学和精神病学界核心人物所组成的听众宣读了5篇论文，论题涉及心理分析学的历史、主要理论、治疗方法等。一些听众觉得他所提供的材料有点偏激（著名医师威尔·迈克尔说弗洛伊德是个“肮脏可恶的家伙”，一位加拿大校长认为，弗洛伊德好像是在提倡“回归到野蛮状态”），但对于大多数听众，包括威廉·詹姆斯在内，都留下了非常深刻的印象。他的演讲在各家日报和《国家报》的讨论中也受到好评，并给发表在《美国心理学》杂志上。所有这些，使弗洛伊德的思想在更宽的范围内得到了传扬。大会以后，弗洛伊德名声大振。
但这一切不会给他带来宁静。弗洛伊德是个骄傲、敏感、倔强的自我中心主义者，跟其他许多伟大的开拓者一样，他一头扎入了由他所开创的这个运动当中，并试图控制这个运动内部因理论和治疗方法而产生的各种纷争。他似乎已感到，维也纳心理学会不应该实行民主，而应该分出层次。对一个生活在专制国家的人来说，这种态度并不奇怪。但这一观点也许有合理的地方，因为一个拥有如此重要发现的人肯定希望保护这些发现，使它们免遭扭曲和玷污。在理论和实践上的争斗及由此而生的裂痕，一直就是心理分析运动中反复出现的模式。
从某种角度来看，这个模式也许还是其开创者的人格特征在一个机构中的反映。弗洛伊德曾是布罗伊尔及弗里士的密友，可后来，他们的友谊全都黯淡下来，而且，在别人发展出一套与自己完全不同的理论时，彼此间都是恶语相向，甚至至死不相往来。在后来的许多年里，他与最亲密的门徒和同事间也都出现类似的裂痕。
阿尔弗菜德·阿德勒开始意识到，影响儿童成长的最主要因素，与他或她在家庭中的出生顺序有关，也与父母的育儿方式不无瓜葛。如果这些顺序和方式具有造成病态的倾向，它们就会在儿童身上形成“自卑情结”，从而导致希望进行补偿的行为。弗洛伊德就性欲在性格形成和神经症发作中所起的作用等所持的观点，阿德勒不敢苟同。阿德勒认为，明显的例子是，女性性格的形成，并不是由于阴茎的缺失，而是由于对男性的社会地位和特权的嫉妒，而且，男孩在约5岁时所产生的冲突，并不在于俄狄浦斯情结，而在于他对竞争的渴望和在竞争中无能为力的感觉。弗洛伊德竭尽全力地试图用自己的理论来诠释阿德勒的理论，结果并不成功。在长期的争论之后，阿德勒终于与他的几个门徒一道，于1911年退出维也纳学会，组建了自己的派别。
瑞士精神病学家和心理分析学家卡尔·荣格（cad Jung）对弗洛伊德有关神经症的性欲起源的重要理论也持有异议。他认为，神经症是当前调节不良的具体表现，而不是由婴儿期或儿童期的创伤所引起的疾病。荣格还坚信宗教和神秘主义的信条，相信所有人共有的“集体无意识”等精神现象。这些学说是他与弗洛伊德产生争论的根源。荣格曾是弗洛伊德最为热切的信徒，但他也慢慢地退出，并于1914年从弗洛伊德运动中正式分裂出来，形成自己的学派。
奥托·兰克在许多年里一直是弗洛伊德的忠实信徒和亲密助手，但他也慢慢地形成了自己的理论，认为焦虑的主要根源是出生的创伤，男性的性渴望是希望重返子宫的欲望。弗洛伊德希望用自己的观点来调和兰克的观点，也没有成功，两人的关系趋向紧张，并于1926年最后决裂。