天聪六年（公元1632年），皇太极再次调集归附的蒙古各部兵马同八旗军一道大举西征。他在昭乌达（今昭乌达盟）会集蒙古各部首领，对他们出兵的表现做了总结，然后挥师西进。林丹汗因部属纷纷叛离，力量削弱，自觉抵挡不住皇太极的兵锋，便率领部众再次向西奔逃，一直渡过了黄河，向西藏方向逃去。天聪八年（公元1634年），林丹汗在青海大草滩出天花而死，部众纷纷逃散。皇太极闻讯后立即派多尔衮率兵前去招抚林丹汗的残部。第二年，林丹汗之子额哲率领部众归顺了后金。从此，漠南蒙古完全被皇太极所控制，明朝在蒙古一线受到了严重威胁。
黑龙江地区是皇太极先人的故乡。努尔哈赤在世之日，后金已经统一了黑龙江下游地区，但黑龙江中、上游地区仍在其控制范围之外。皇太极继承了父亲的遗愿，不断向黑龙江中上游地区发展势力。他继续推行努尔哈赤招抚与军事征服相结合的策略，但不偏重于武力。他指示北征的将领要对当地的民众讲明：我们的祖先都是一家人，这在典籍上记载得明明白白。要用同宗同语的观念感化当地民众，与他们同甘共苦，笼络人心。在他的招抚政策下，众多的部落纷纷归附了皇太极，并向皇太极纳贡称臣。到崇德七年（公元1642年）时，东自鄂霍次克海滨，西至贝加尔湖的广阔地区都被纳入了清的版图。皇太极将当地被征服的民众都编入了旗籍，设官员管理当地事务，征收赋税。这样，皇太极完全肃清了自己后方和侧翼的异己力量，他可以腾出手来，全力砍伐明朝这棵大树了。
1628年，明天启帝驾崩，崇祯皇帝上台。加上已完全征服朝鲜，蒙古的大部也已归服，皇太极认为攻击削弱明王朝的时机已经来到，因此立即率领大军绕过了明军防御坚强的宁锦防线，取道蒙古南下。大军从喜峰口越过长城，攻陷了遵化等城，一直打到北京城下。明朝崇祯皇帝慌了手脚，急令袁崇焕率领边军回援。袁军与皇太极在北京城下展开了激战，互有伤亡。皇太极在激战中施展反间计，让手下人给一个被俘的太监透露风声说，袁崇焕与皇太极订有密约，要共成大事，然后又故意放跑了这个太监。多疑的崇祯帝得到报告，心中顿生猜忌，袁崇焕被下狱问罪，第二年竟被凌迟处死。皇太极不费举手之劳，就借崇祯帝之手除掉了一个劲敌。
接着，皇太极又率军击溃了满桂等人率领的明朝各路兵马，接连攻克了永平、遵化、迁安、滦州等城。随征的将领们纷纷要求皇太极一举攻下北京城。皇太极表示，北京城是可以集中力量攻下来的，但明朝国力尚未倾颓，灭亡明朝不能做一朝一夕的打算。不如加紧整顿军队，等待时机。他安排了永平、迁安等四城的防守，然后率军返回了沈阳。
为逐步消耗明王朝，最终取而代之，皇太极自此一面假意求和，一面不断向明进攻。公元1634-1638年，皇太极又先后四次出兵进入明朝内地。由于明朝统治的腐败，后金兵在历次征战中往来驰骋，如入无人之境。比如在崇德元年（公元1636年），阿济格率军入塞，大小52战全部告捷，攻陷城池60余处，劫得人口、牲畜共十八万。崇德三年（公元1638年），多尔衮和岳托等人又率领清军打进了明朝内地，在内地转战了半年之久，接连拿下了70余处城池，俘虏人畜四十六万有余。
皇太极反复进兵征伐，震撼了明王朝的统治，同时也给内地人民带来了深重灾难。比如在天聪八年（公元1634年），后金兵在保定城大加杀戮，城中的房屋几乎被焚烧一空，街道上尸首狼藉，甚至连水井中也填满了尸体。崇德四年（公元1639年），济南又遭到了清军的洗劫，许多无辜百姓都死在了清军的屠刀之下，城内外留下的尸体达十三万具之多，景象悲惨之极。虽然皇太极曾多次申明军纪，但他发动战争的目的之一就是要掠夺损毁明朝的财物人口，最终达到极力削弱明王朝的目的。
在对明朝边打边谈的过程中，情况逐渐有了变化。到公元1636年皇太极称帝前后，后金政权的肌体已经变得强健起来，来自朝鲜、蒙古的威胁也被解除。在有利的形势面前，皇太极因势利导，最终抛弃了对明朝议和的幌子而转为力主征伐。在给崇祯皇帝的信中，他也一反过去谦恭的态度，咄咄逼人地宣称：“自古以来，天下都不是一家一姓固定占有的。天道的变化循环往复，不知有多少人登上了帝王的宝座，哪能有帝王的后代长久充当帝王的事情！”明王朝也不甘心坐以待毙，一场酝酿已久的双方决战——松锦大战在崇德四年（公元1639年）爆发了。
锦州位于辽西，是关外明军防御体系中的坚强堡垒，明朝在这里驻有大批兵力，以前虽曾放弃，后在宁远大捷后，逐步收复。在锦州的周围，则分布着松山、杏山、塔山等城，对锦州起着拱卫作用。
崇德四年（公元1639年），下定决心的皇太极首先对松山发动了强攻，但在明军的顽强抵抗下清军攻势受挫，松山依然为明军所控制。第二年，皇太极派遣济尔哈朗、多铎等人率军修筑义州城，在那里驻兵屯田，作为攻取锦州的前哨阵地。进而皇太极又陆续增调人马逼近锦州，在城外挖掘深壕，将锦州城团团围困起来。
崇德六年（公元1641年），由明将指挥的守卫锦州外城的蒙古军队慑于清军的军威投降了皇太极，困缩在内城里的明军面临着十分危急的形势。这时，明朝蓟辽总督洪承畴奉旨率领十三万大军前来解锦州之围。洪承畴是一个富有作战经验的人，他采取稳扎稳打、步步为营的策略，徐徐向锦州靠拢，不给清军任何分化以各个击破之机。这是一个很有远见的策略，但明朝崇祯皇帝和兵部尚书陈新甲却主张速战速决，一再督促洪承畴快快进兵。洪承畴无奈，只得加快进军速度，率大军抵达松山，在城北的乳峰山一带安营扎寨。明军大营连绵不断，马、步军相互掩护，军威颇为雄壮。多尔衮等人与明军几次交战，人马损失了很多，不得不将队伍向后撤退，把守各处要隘地段。这时，锦州城中的明军乘机反扑，夺回了外城。清军接连失利的战报传到了沈阳，沈阳城中人心惶惶，皇太极也是心急如焚。他拖着病体，亲自率领大军驰援前线，要与明军决一死战。
皇太极的御驾亲征大大鼓舞了清军的士气。皇太极以必胜的口吻对将领们说：“我只怕敌军听说我领兵前来便仓皇逃窜了，若是上天保佑，敌军还没有逃走，那么我必定像用猎犬追逐野兽一样击溃他们。”他仔细观察了地形和明军的阵势，把清军布置在松山和杏山之间，切断了明军的粮饷供应，把松山城和城外的明军一并包围起来。两军几经大战，清军又夺取了笔架山的明军军粮，并进一步缩紧了包围圈，然后深沟高垒。明军屡攻不胜，又丢失了军粮，很快因军粮匮乏而军心动摇，许多将领都想突围奔回宁远。洪承畴别无他策，也只得孤注一掷，下令全军突围。不料皇太极对此早有算计，各路清军严阵以待。漫山遍野溃逃的明军四处受到封堵截杀，伤亡极为惨重，一部分突围到了杏山的明军在奔向宁远的中途又受到清军的重创。在短短的10天之中，明朝十三万大军损失殆尽，被斩杀者就达53000多人，只剩下洪承畴率领的一万多残兵败将困守在松山城。
崇德七年（公元1642年），松山城中的明朝副将夏承德降清，松山城失陷，洪承畴被俘。经过皇太极一番耐心的劝降，洪承畴最终叩首归降了清。接着，锦州守将祖大寿见大势已去，也献城出降。随后塔山、杏山相继落入清军手中。历时两年多的松锦战役，使皇太极取得了决定性的胜利，明朝的精兵良将已经所剩无几，皇太极完全控制了关外的局势。
满蒙联姻溘然长逝
松锦决战的胜利给皇太极带来了巨大的欢欣，但在决战过程中他的宸妃却突然与世长辞了，这在他的私生活中激起了深深的波澜。提到皇太极的私生活，不能不谈到他的后妃。
皇太极身处帝王之位，拥有众多的后妃，仅为他生育过儿女的后妃就达15人之多，为他养育了14个女儿、11个儿子。在他的诸子中，除久经战阵、功绩卓然的长子豪格外，其余的或少年早逝，或才能平庸，事迹平平。
在皇太极身边的后妃中，地位最受尊崇的有五个人，即“一后四妃”，她们分别是清宁宫（中宫）皇后、关雎宫（东宫）宸妃、麟趾宫（西宫）贵妃、衍庆宫（次东宫）淑妃和永福宫（次西宫）庄妃。
这五位妇人无一是满族人，全部都是蒙古族人，分属于蒙古科尔沁部和察哈尔部，这是因为皇太极的婚姻有很强的政治色彩。从努尔哈赤时期开始，后金统治集团为了巩固和扩大自己的政权基础，极力谋求同蒙古族结盟，以便携起手来共同对付明朝。他们采取的措施之一就是与蒙古各部联姻。明万历四十年（公元1612年），努尔哈赤迎娶了蒙古科尔沁部明安贝勒的女儿为妻，这是满蒙联姻的开始。此后，许多后金的贝勒大臣都迎娶了蒙古贵族女子，皇太极后来的皇后也是在努尔哈赤执政时期从科尔沁部迎娶的。
明安贝勒的女儿11年里未曾生养儿女，这使得她本人和科尔沁部的王公们都有些不安。天命十年（公元1625年），哲哲皇后的侄女、科尔沁部贝勒寨桑的女儿布木布泰又由兄长陪送到了后金，被皇太极纳为妃，她就是后来的永福宫庄妃。庄妃在五宫后妃中年纪最小，正当妙龄，并且容貌出众，妩媚动人。据传，明将洪承畴在松锦决战中被清军生擒后，坚决不肯降清。是庄妃的美貌和规劝使他归降了清朝。庄妃为皇太极生了三个女儿、一个儿子，这个儿子便是后来的顺治皇帝福临。庄妃一生历经天聪、顺治、康熙三朝，对清初兴国大业多有贡献。在皇太极离世之后，多尔衮和豪格为登上皇帝的宝座展开了激烈的争夺，两人剑拔弩张，互不相让，并且各自得到了一班贵族的支持。庄妃这时从中施展了巧妙的政治手腕，取得多尔衮的支持，将自己的儿子、5岁的福临立为皇帝。福临的儿子玄烨（后来的康熙皇帝）在即位之初也得到了庄妃的多方指点。庄妃一直活到了康熙二十六年（公元1687年），享年75岁，死后被追谥为孝庄文皇后。
但是，在众多的妃子中，最得皇太极欢心的乃是关雎宫的宸妃。宸妃海兰珠是永福宫庄妃的姐姐，晚妹妹9年入宫。为什么会出现博尔济吉特氏姑侄3人入宫侍奉一君的情况呢？原来，在宸妃入宫以前，哲哲皇后、庄妃都未曾生养男孩，科尔沁部的贝勒却是非常希望将来由本部落妃子的儿子继承大位，以保证本部落的尊崇地位，于是便有了再选佳人入宫的打算。而皇太极则久闻海兰珠生得天姿国色、月貌花容，且禀性贤淑文静，不可多得，也很愿意将海兰珠纳入宫中。天聪七年（公元1633年），哲哲皇后的母亲科尔沁大妃偕同次妃（宸妃、庄妃的生母）来到沈阳朝见皇太极，皇太极招待得极为热情。双方在盛宴言欢之际，定下了皇太极与海兰珠的亲事。第二年，海兰珠由兄长吴克善陪同来沈阳与皇太极成婚。婚后，海兰珠备受皇太极的恩宠，两人情投意合，相亲相爱。皇太极将一腔柔情都给了海兰珠，在崇德元年（公元1636年）册封后妃时，海兰珠被封为关睢宫宸妃，地位仅次于清宁宫皇后。
崇德二年（公元1637年）七月，宸妃生下了一个男孩，这是皇太极的第八个儿子。皇太极异常高兴，马上宣布将皇八子定为皇储，并破天荒地颁布了大清朝的第一道大赦令，在金銮殿、清宁宫等处大宴宾客，盛况空前。谁料想，皇八子出生仅半年就突然夭折了。宸妃受不了这个沉重的打击，从此郁郁寡欢，不思茶饭，身体渐渐虚弱下去。
崇德六年（公元1641年）九月，皇太极正在松锦战场上指挥大军对明军展开攻击，忽然传来了宸妃病重的消息。皇太极吃了一惊，将军务托付给将领们，自己匆匆奔回沈阳。途中，他特地派大学士希福、刚林等人骑行在前，向宸妃传达自己的问候。十七日五鼓时分，皇太极的车驾刚进沈阳城门，就听到了宸妃病逝的噩耗。皇太极的心都碎了，来到宸妃的灵柩跟前，痛悼离去了的心上人，禁不住掩面大哭起来。他下令对宸妃的丧殓均要从厚。
宸妃去世后的第二年（公元1642年），松锦决战结束了，清朝逐鹿中原、定鼎九州已成水到渠成之势。皇太极本来能够创立更大的功业，但是多年操劳政务和四处征战，已经耗尽了他的精力，宸妃的去世又给他精神上以重大创伤，使他无缘端坐在紫禁城的宝座上，实现其终生为之奋斗的定鼎燕京的美梦。
崇德八年（公元1643年）八月的一个夜晚，一代英主皇太极在清宁宫内的御榻上离开了人世。他离世的当天，还在进行政务活动。皇太极死后被葬在昭陵，陵前的石像中有一对石马，就是“昭陵二骏”，相传是仿照皇太极生前喜爱的坐骑——大白、小白二骏雕制的。
名家评说
太宗允文允武，内修政事，外勤讨伐，用兵如神，所向有功。虽大勋未集，而世祖即位期年，中外即归于统一，盖帝之治谋远矣。明政不纲，盗贼凭陵，帝固知明之可取，然不欲亟战以剿民命，七致书于明之将帅，屈意请和。明人不量强弱，自亡其国，无足论者。然帝交邻之道，实与汤事葛、文王事昆夷无以异。呜呼，圣矣哉！
——赵尔巽等《清史稿？太宗本纪》
皇太极智勇双全，机智聪睿，善用权术，功勋卓着。
——白寿彝《中国通史》