但更大的灾难还在后面，7时许，“富兰克林”号航母正在组织舰载机起飞，一架日军的“彗星”轰炸机借助云层掩护，突然俯冲而下，在30米高度投下两枚250公斤炸弹，1枚在机库甲板爆炸，1枚落在舰尾，穿透两层甲板在军官舱附近爆炸，在机库爆炸的炸弹危害特别严重，因为航母正在组织舰载机起飞，机库里全是加满油、挂满炸弹的飞机，炸弹爆炸后立即引起了可怕的连锁爆炸，火势迅速蔓延，爆炸此起彼伏，大火引起的浓烟直冲云天，航母上几十架飞机都被炸毁，舰员伤亡已经多达数百人，爆炸和大火持续不断，并逐渐波及到机舱，“富兰克林”号上层建筑面目全非，满是弹洞，甲板上遍布飞机残骸，大火蔓延到了后甲板的弹药堆，引起了更大的爆炸，烟柱高达600米。
“富兰克林”号所在的第二大队司令戴维森海军少将见航母伤势严重，通知舰长盖尔斯上校可以下令弃舰，但盖尔斯认为只要提供必要的海空支援和掩护，“富兰克林”号还能挽救。戴维森同意了他的计划，立即调动第二大队的其他军舰前来救援，“圣非”号轻巡洋舰用钢缆拖住“富兰克林”号以阻止其倾覆沉没，同时接下部分受伤舰员，舰长盖尔斯首先下令向弹药舱注水，以避免更大的爆炸，但注水后航母开始右倾。
9：30分，“富兰克林”号锅炉停止了工作，右倾加剧，甲板几乎碰到了海面，“圣非”号眼看无力控制其倾斜，担心被航母巨大的舰体拖翻，只得砍断钢缆。
“匹兹堡”号重巡洋舰接着赶来，布置钢缆阻止“富兰克林”号倾斜，经过不懈的努力，终于制止了航母的倾斜，“圣非”号再度靠近航母，将钢缆以前主炮作为支点，系上航母，协同“匹兹堡”号一起矫正航母的倾斜。
航母上的官兵在舰长的指挥下全力抢救，尽管零星爆炸还不时发生，火势还很猛，但倾覆的危险总算被解除了，第二大队的5艘驱逐舰在航母四周一边搭救落水舰员，一边为航母提供掩护。由于航母所在海域距离日军航空基地还不足100海里，日机空袭的危险随时存在，因此抢救工作非常急迫。中午前后，又有1架日机前来攻击，但未命中。
航母上很多舰员在极其危险困难的情况下，表现了非凡的勇气和崇高的互助精神，水兵唐纳德·加里和300余水兵被困在第五层甲板下的一个舱室里，在与外界联系全部中断的情况下，加里独自一人冒着呛人的浓烟，从一个狭窄的通风道找到了逃生的道路，他随即返回舱室，带领同伴逃生，总共往返3次将这300余人全部带出了绝境。舰上的牧师约瑟夫·卡拉汉在飞行甲板上，不顾四下横飞的弹片，安慰伤员，并为死去的官兵进行简短的祈祷，最后还加入了灭火工作，他的行动感染、鼓舞了很多人。
遭到如此重创的“富兰克林”号在全体官兵和第二大队友舰的大力支援下，经数小时的拼搏，竟然奇迹般地扑灭了大火，在这场灾难中，“富兰克林”号共有724人死亡，265人受伤。后在“匹兹堡”号的拖曳下，回到了乌利西基地，经短时间抢修，恢复了航行能力，在“圣非”号巡洋舰的护送下于4月28日返回了美国本土的布鲁克林海军基地。“富兰克林”号是太平洋战争中受创最重却没沉没的航母，该舰的抢救经验，对战后航母的舰体设计和损管系统配置具有极大的指导作用。
舰长盖尔斯因此受到嘉奖，并在6月30日升任圣迭戈海军基地的司令；加里和卡拉汉被授予美国最高荣誉勋章——国会勋章，1968年和1984年美国海军分别将一艘“佩里”级护卫舰和“诺克斯”级护卫舰以加里和卡拉汉的名字来命名，以此表彰和纪念他们的英勇事迹。
在18、19日两天的突击中，美军损失舰载机116架，有1艘航母遭到重创，4艘航母和1艘驱逐舰被击伤，在空中和地面上共消灭日机528架，炸沉炸伤日舰22艘，并对九州地区的飞机制造厂和航空基地造成了较大的破坏，使九州地区的日军航空兵在此后的两周时间里无力组织大规模行动。
对于来自台湾地区的空中威胁，则由英国的航母编队负责消除。英国海军自1944年末在大西洋已基本掌握了制海权，能够抽调部分舰只转用于太平洋方面，于1944年12月正式组建英国太平洋舰队，由弗雷泽海军上将任司令。经过与美军协商，决定派出航母编队参加冲绳战役，这支航母编队被授予第五十七特混编队的番号，由英国太平洋舰队副司令罗林斯海军中将指挥，在第五舰队司令斯普鲁恩斯指挥下作战。
3月25日，支援编队中的2艘巡洋舰和3艘驱逐舰对庆良间列岛实施预先火力准备，同时掩护水下爆破大队侦察各岛屿登陆地点的海滩情况，结果发现久场岛和屋嘉比岛两岛屿预定登陆点的水下密布暗礁，登陆艇无法直接驶上海滩，只能使用履带登陆车，这样一来，现有履带登陆车的数量就不能满足在6个岛屿同时登陆的需要，因此美军临时改变计划，先只在其他4个岛屿登陆。
3月26日凌晨，戴约少将指挥的第五十一特混编队第一大队的11艘战列舰、11艘巡洋舰、24艘驱逐舰和8艘护卫舰对冲绳岛实施炮火准备，吸引日军的注意力，掩护在庆良间列岛的登陆。
3月26日4时，戴约少将的第五十一特混编队第一大队开始炮击冲绳岛。天亮后，美军第五十八特混编队的航母舰载机和第五十二特混编队第一大队的护航航母舰载机，以及从马里亚纳、菲律宾甚至中国大陆基地起飞的陆军航空兵，也对冲绳岛进行了持续而猛烈的轰炸，参加轰炸的飞机数量多，任务也各不相同，有的对日军机场进行压制性轰炸；有的轰炸日军防御工事；有的为舰炮火力进行校正；有的担负空中警戒；有的进行反潜巡逻……为了有效地进行组织协调，美军专门成立了由帕克海军上校为队长的空中支援控制分队，对所有参战飞机进行统一指挥和协调。
3月26日上午，英军航母编队到达先岛群岛主岛宫古岛以南100海里处，随即出动舰载机对岛上机场实施突击，这支航母编队共有4艘2．3万吨级航母，排水量与美军的“埃塞克斯”级航母相差无几，但舰载机只有36架，仅为美军航母载机数的一半，原因主要是英舰飞行甲板以及弹药舱、机舱等要害舱室都有50毫米厚装甲钢板，这在后来同样面对日军自杀飞机的亡命撞击时，英舰生存能力要比美舰强得多，但现在由于舰载机数量少，斯普鲁恩斯命令德金海军少将指挥的第五十二特混编队第一大队的护航航母与英军航母协同作战，共同对先岛群岛和台湾北部的机场进行压制性轰炸。经过数天空袭给予日军在这一地区的航空兵力和机场设施造成了严重损失。
至此，在美军登陆编队到达冲绳岛海域前，第五十八和第五十七特混编队就已经有效地削弱了日军在冲绳群岛北南两个方向的航空兵力，进一步孤立了冲绳岛守军。在冲绳岛西南，距那霸约15海里，是由10余个岛屿组成的庆良间列岛，这些岛屿坐落在长约13海里，宽约7海里的海域，10个主要的岛屿都是悬崖峭壁，礁石林立，日军认为该群岛对冲绳岛的登陆没有多大作用，所以防御力量非常薄弱。
美军登陆编队司令特纳在制定冲绳岛登陆计划时就提出先以部分兵力夺取该群岛，但遭到几乎所有人的反对，他们觉得庆良间列岛地形崎岖，无法修建机场，对于冲绳登陆作战没什么价值，如果实施登陆，将会遭到日军猛烈的航空兵力攻击，因为日军在以庆良间列岛为中心，半径50海里范围内有5处机场，航空兵力雄厚，不仅登陆难以取胜，还会影响随后进行的在冲绳岛的登陆。
特纳认为，庆良间列岛主岛渡加敷岛与其以西的5个小岛围成庆良间海峡，海面开阔，海峡两端可以布设反潜网，是天然的避风锚地，水深数十米，能容纳近百艘大型舰船，而在渡加敷岛以东还有一片稍小一些的开阔海域，则可以建成理想的水上飞机起降基地，这样庆良间列岛就可以成为在冲绳岛登陆的前进基地，而且根据硫磺岛战役的经验，在靠近战场的海域拥有一个避风锚地是绝对必要的。在他的坚持下，美军最终决定先在庆良间列岛实施登陆，以取得前进基地。战役发展进程证明，特纳的这一决定是非常明智和正确的。
3月27日和31日，第二十一航空队根据尼米兹的要求转而轰炸日军在九州的各机场，严重破坏了这些机场的设施，使其在九州地区的航空兵几乎瘫痪。同一时间里，美军组织的攻势布雷又将下关海峡彻底封锁。
同一天，美军为了扩张战果，向其余岛屿发动进攻，很快就占领了整个庆良间列岛，日军一来没有想到美军会进攻这个群岛，被打了个措手不及；二来防御兵力薄弱，无力进行有效的抵抗；三来随着战争的发展，日军必胜的信念早已破灭，士气低落，与战争初期根本无法同日而语。
在此次战斗中。主岛渡加敷岛上300多守军几乎不战而逃，退到岛上的山中。美军只是想夺取一个锚地，并不在意这些日军残部，因此没有组织清剿。而这些日军尽管还有火炮等重武器，但惧怕美军的报复，不仅没有主动出击，甚至连火炮都一炮不发，与美军“和平相处”，直到战争结束。这在以前是无法想像的，日军士气之低，由此可见一二。
当天，美军的供应舰、油船、修理船、补给舰等后勤辅助舰只就陆续进入庆良间列岛，很快在此建立起补给和维修基地，至31日，庆良间锚地已经成为一个初具规模的前进基地，在冲绳战役期间发挥了巨大作用。
美军占领庆良间列岛还有一个意外收获，那就是俘获了日军配置在该地的250余艘自杀摩托艇和100余条人操鱼雷，原来庆良间列岛是日军的自杀艇基地，日军原准备当美军在冲绳岛登陆时，以这些自杀艇进行夜间特攻的企图随之破灭。
3月31日，美军七十七师又占领了庆良间列岛与冲绳岛之间的庆伊濑岛（距冲绳岛约6海里），由两个155毫米炮兵营组成的野战炮兵集群迅速上岛建立阵地，以便支援从次日开始的在冲绳岛的登陆。
三、“菊水作战”樱花残神风无力
4月1日，天气晴朗，美军的登陆终于开始了。来自于旧金山、西雅图、夏威夷、新喀里多尼亚岛、圣埃斯皮里图岛、瓜达尔卡纳尔岛、塞班岛和莱特岛等地的美军登陆编队于拂晓时分到达冲绳岛海域，并开始换乘。
4时许，特纳发出“开始登陆！”的命令，美军炮火支援编队的军舰随即开始射击，掩护登陆部队抢滩上陆。
陆战二师首先在冲绳岛东南海岸登陆，实施佯动，以吸引日军的注意，分散日军的兵力，为真正的登陆创造有利条件。
8时，美军登陆的主攻部队从登陆舰上沿舷侧的绳网下到登陆艇上，登陆艇排成5个攻击波，以整齐的队形向岸上冲去，陆战一师、陆战六师和陆军第七师、第九十六师，在冲绳岛西海岸从北到南正面约9公里地段登陆。8：28分，美军飞机结束了最后一次扫射，舰炮也停止了射击，第一波登陆艇此时距海滩仅70米，海空协同完美无缺。8：32分，第一波登陆部队冲上岸。9时，太阳升起来了，阳光驱散了淡淡的晨雾，可以看到海面上履带登陆车和登陆艇排着整齐的队形，一波又一波，川流不息，秩序井然，整个登陆过程，异乎寻常的顺利，日军根本没有任何抵抗，使美军颇有些莫名其妙，不知所以。
10时，美军占领嘉手纳和读谷两个机场，美军原以为必定会有一番血战才能拿下这两个机场，根本没料到能在登陆当天占领，而且机场设施都完好无损。日军的防御重点虽然在南部，机场本来也不准备坚守，但是牛岛计划在放弃前将机场设施全数摧毁，使之无法使用，因为日军部署在机场地区的是由冲绳岛壮丁组成的特种勤务旅，这支部队组织涣散，装备低劣，士气更差，美军还未到来，就已经溃不成军，哪里还记得破坏机场？让美军得了大便宜。
下午，美军突击进行物资卸载。海上，日军没有出动1架飞机1艘军舰；冲绳岛上，日军也只有少数狙击兵的轻武器射击和迫击炮零星射击，抵抗极其轻微。
至日落时，美军已有5万余人和大量的火炮、坦克以及军需物资上岸，建立起正面约14公里，纵深约5公里的登陆场。特纳向斯普鲁恩斯和尼米兹报告：“登陆顺利，抵抗轻微。”美军上至特纳，下到普通士兵，对日军的神秘消失感到迷惑不解。巧得很，这天正是西方的愚人节，很多官兵甚至想难道这是日军的愚人节玩笑？
4月4日，美军两个陆战师横跨整个岛屿到达东海岸的中城湾，占领岛中部地区，将日军防线一分为二。美军原计划15天完成的任务，仅4天就顺利实现。
日军原计划在美军实施冲绳岛登陆时发动代号为“天号作战”的航空兵战役，集中陆海军飞机，对美军登陆舰艇进行攻击。当3月26日美军在庆良间列岛登陆时，日军就判断美军对冲绳的登陆已经开始，海军联合舰队司令丰田副武大将立即下令实施“天号作战”。
但作为“天号作战”主力的海军驻九州地区第五航空舰队的岸基航空兵，在3月18日、19日反击美军对九州地区的空袭中损失惨重，已无力组织大规模作战。而海军其他航空兵部队大多还在训练中，陆军的航空兵则还没来得及调到九州，因此，日军只出动了少量飞机进行攻击。