日本是个岛国，由北海道、本州、四国、九州4个大岛和6800多个小岛组成；地处寒温带到亚热带，属温暖的海洋性气候，最北部年平均气温5℃以上，南部年平均温度在17℃。全境受季风影响，雨量丰富。虽然常遭台风、冷害、土壤侵蚀等灾害，但总的说来，气候条件对农业生产是有利的。日本陆地面积37.79万平方公里，75%是山地和丘陵，平原很少，耕地面积仅仅469万公顷（2005年），按全国人口平均计算不足0.04公顷。随着国民经济的发展，耕地还在不断减少。
自20世纪40年代末，日本实行农业政策改革，铲除农村中的封建主义经济关系，建立和巩固了自耕农制度。从此，在个体的和小规模的农户经营的基础上，通过不断提高资本集约化程度和降低劳动集约化程度，逐步实现农业的现代化。其主要表现：一是农业生产以使用家庭劳动为主；二是土地经营规模狭小；三是在农户小规模经营的基础上实现机械化；四是通过提高资本集约化程度实现农业现代化。
时至今日，又出现了一些新特点。
农业生产备受重视
日本工业高度发达，农业总产值仅占国民生产总值的1.1%。然而，政府始终把农业放在十分重要的位置，近些年来又采取了各种措施，扶持农业和农村发展。如2000年，出台了《关于山区、半山区地区的直接支付制度》，目的是补贴该地区和平原地区生产成本之间的差异。补贴的面积约90万公顷，规模为每年700亿日元。对享受补贴的农民也提了些具体要求，那就是在生产活动中必须有助于减少或避免撂荒，防止水土流失，加强生物保护，等等。此外，还明确规定：大型水利建设工程由中央政府直接投资兴建，小型工程由政府补贴全部费用的80%以上；对农民联合购买拖拉机、插秧机、收割机等大型农具，政府补贴全部费用的5%；对农民联合建设温室和塑料大棚、养畜场，政府补贴全部费用的40%；对各种自然灾害损害的农地、农业设施，完全由政府负责出资修复等。
2006年，日本又出台了一部试定农业法，对农业的重要基础作用进一步予以确立，禁止任何单位建设占用耕地，对非农企业投资农业予以扶持。日本政府和各县、市都专门设有扶持农业财政预算，用于农村基本设施的建设和农业项目的开发。与此同时，还建立了粮食生产保护制度：当粮食过剩时，政府负责收购；而当粮食生产因灾减产，又对农民损失的70%进行补偿。这些制度的建立，保护了农民发展生产的积极性，促进了农产品的出口。对进口的农产品，则通过食品安全检测，利用髙关税和贸易技术壁垒严加限制，以保护日本国内农业生产的安全。
积极调整作物结构
日本的食品历来以粮食为主，水稻是传统的主食，在粮食消费中占主导地位。近些年来，日本除水稻之外，其他作物的种植面积和总产量都逐渐减少，从而导致粮食进口大量增加。例如，小麦自给率只有12%，主要靠进口；大豆自给率仅仅4%，几乎全部靠进口。同时，由于种植水稻过剩，水稻价格也随之降了一半。为此，日本实行了作物结构调整政策，一方面对农民种植水稻实行严格的面积控制，以免过多种植加重财政负担；另一方面，鼓励农民种植蔬菜、瓜果等经济作物，并给予一定的生产补贴。农民拿到补贴后，为生产出比较理想的农产品，从而卖个好价钱，无不在产品质量上下工夫。如在果园、菜地用尼龙网进行封闭，以便有效地防风、防鸟、防虫害。在果树的每枝上只留1～2个果实，其余的全部摘掉，好让仅存者充分生长发育，以达到个大、肉嫩、味美的目标。有的菜农还别出心裁，生产一些“瓜果书”，诸如“番茄书”“黄瓜书”“茄子书”。这些貌似书本的产品表面都包装着一张防水纸，内塞石绒、人造肥和种子等。顾客买回去之后，只要照说明书每天浇水，便能长出手指粗细的黄瓜、弹丸般的番茄、拳头大小的茄子。由于“瓜果书”能集观赏性和食用性于一体，所以销路极好。
鉴于欧美饮食对日本的影响，日本人对肉类、蛋类的摄取量已大大增加，而畜产品又主要依靠进口，日本农业部门也因此采取了两项措施：一是增加供给，通过建立多样化的农业体系，鼓励生产多种农作物，促进农林牧渔全面发展；二是宣传科学的饮食结构以调节消费。为此，他们在全国范围内开展“食育国民运动”，出台了《食育基本法》，并组织编写《均匀进餐指南》，以实现“日本型饮食生活”，减少对进口畜产品的依赖。
重视农业科技创新
日本政府非常重视农业科技创新，其重点主要放在品种的改良、栽培技术的进步、病虫害防治、资源环境保护、耕作机器的更新换代等方面，每年中央和地方财政都有科技创新预算，补助或奖励农业科研推广单位。例如，中央政府每年拨出专款约350亿日元，占农业预算的1.2%，都道府县配套与此相当的资金用于农业技术推广事业。科研主要依靠各国立和公立科研机构、大学、民间（企业等）三大系统组成的农业科研体系，推广服务主要由政府的农业改良推广所和农协负责。例如，中央农业综合研究中心研究的农业废弃物再利用、土壤热水消毒、仓储防虫技术等项目，具有很高的技术水准。兵库县农林水产技术综合中心研究的“兵库69号”水稻品种，产量高、品质好、抗病性强，在全国得到了较大面积的推广。特别是这个研究所研究的可预防人花粉过敏的水稻品种的开发，使日本大米在国内外市场的知名度得到进一步提升。大分县温泉热花卉研究中心研究的利用温泉种植花卉技术，也为花农带来了可观的经济效益。
现代化的农业生产方式离不开快速、准确的信息。为此，日本有关方面已将29个国立农业科研机构、381个地方农业研究机构以及570个地方农业改良普及中心全部联网。农民只要上网查询，就能及时了解天气情况、农产品市场行情、最新科技信息，等等。即便收看电视、收听广播、阅览报刊，也都能获得有关行情。
日本农业的科技工作，为日本农业发展注入了动力，也对世界农业经济的发展产生了重要影响。如京都种苗株式会社，不仅在日本国内建立了6家研究分支机构，还在中国、东南亚、西亚、北美、西欧建立了分支机构，为17个国家提供优质的种苗，对世界农业发展起到了积极促进作用。
全面推行放心食品
21世纪初期，由于日本“白色恋人”饼干过期霉变、猪肉充当牛肉出售以及我国进口的菠菜农药残留超标等事件被电视报道后，引起了广大消费者的不满，也引起了日本政府的高度重视。从此，日本政府把确保食品安全作为农林水产四项职能之一，大力实施安全食品发展战略，并采取了一系列具体措施。首先，加强了食品安全的立法工作，制定了《食品卫生法》，修订了《农药取缔法》，并把食品安全作为国家的一项基本国策。其次，国家制定了一整套食品安全标准，在严格检验的同时，组织公务员以多种方式广为宣传；国家法定质检机构不定期到田块及蔬菜批发市场和超市抽查，公布结果，对不合格的予以重罚，不准进入市场，并通过媒体曝光。第三，广泛开展相关技术和产品推广工作，淘汰和禁止使用高毒、高残留农业投入品。同时，狠抓无公害蔬菜生产。有关方面还明确规定，凡上市新产品都要按标准进行严格的筛选、分级。农产品批发市场经销的产品都标明产地、生产者、联系电话等，既表明诚信经营，又在万一出现问题时便于追溯，查明其“身份”。对大米的消费，也有明确的规定：储备米全部进行低温保管；经过一段时期存储的大米，要打上储备米标识进行销售；精米的标示要提供产地、品种、生产年份等。
2003年，农林水产省又设立了消费安全局，随后建立了优良农产品认证制度，即申请认证的农副产品，都要如实标明产品的生产者、产地、收获和上市日期，以及使用农药和化肥的名称、数量、日期等，以便消费者能更加容易地判断其安全性。
随着放心食品的全面推行，农民又开始养成一些新习惯：许多农民每年夏季都事先花费大量资金购买畜禽粪便或锯末，经充分沤制腐熟，于冬耕前施入农田。对自家的一些农作物秸秆也切碎加工，沤制成基肥，而不轻易用化肥，以避免肥害。再就是菜农们对上市的农产品绝不散装出售，更不让它们带泥、带死叶。即便对白菜、萝卜、土豆这样的常规蔬菜，也确保干干净净。如白菜，卖时有整箱的，也有一棵的，还有切成半棵或1/4棵的，全都用塑料薄膜密封；若切开的当天卖不掉，到晚上就扔进垃圾箱。
集约化水平相当高
所谓农业集约化，是指单位土地面积上投人人力、物力多，精耕细作，实现高产、优产。由于日本人多地少，十分重视集约化生产和机化耕作，积极开展品种引进和改良，大力发展堆肥和高效农药，科学防治病虫害。目前，已有90%以上农业作业实现了机械化。
日本的农业机械化自20世纪70年代后期起一直处在世界领先地位。如1978年日本每1万亩耕地拥有127台拖拉机，而当时的美国只有15.2台，英国为45.7台，法国为49.9台。而现在，日本又新研制出来一些新农机。如耕耘机器人，使用了自动控制拖拉机，能在无人驾驶的情况下进行旋耕作业；自动直行插秧机，采用地磁方位仪和罗盘来控制车辆的行进方向，大大减轻了劳动强度，提髙了作业效率和作业精度；联合收获机群管理系统，可由一个人同时控制多台联合收获机，并使前后车辆保持一定的相对位置。此外，还有变量施肥机、变量农药撒播机、高精度的除草机以及萝卜收获机、超小型半喂入式联合收获机等。
萝卜收获机是种自走式的乘坐收获机，其作业对象是大白萝卜。当机器拔起萝卜后，还会按照一定的长度，自动切断上面的叶子，随后装箱。使用这种收获机，只需要1名驾驶员和1名辅助收获人员。
超小型半喂入式联合收获机，是一种适应在小而不规则的农田进行收获的农机。最小的长约2.3米，宽1.7米，高1.3米，可在狭窄的道路上行走。只要有2米多的幅宽，它就可转向掉头；如果路的一侧有障碍物，哪怕在1.2米宽处也可通过。
目前，日本已广泛使用萝卜收获机、土豆收获机、白菜收获机和超小型半喂人式联合收获机。
加速信息化建设
早在20世纪90年代初，日本就建立了农业技术信息服务全国联机网络，即电信电话公司的实时管理系统，其大型电子计算机可收集、处理、贮存和传递来自全国各地的农业技术信息。进人21世纪后，日本又开发了农业技术情报网络系统，借助公众电话网、专用通讯网、无线寻呼网，把大容量处理计算机和大型数据库系统、互联网网络系统、气象情报系统、温室无人管理系统、个人计算机用户等联结起来。同时，政府十分重视农村计算机的普及和应用，不惜以发放补贴的形式来鼓励农户购买电脑。
日本富山县山田村，坐落在着名的富士山脚下，它就是日本最先出现的电脑村。在20世纪90年代中期，该村428户家庭以及村委会、中小学就有了电脑，村里还有了自己的网页。
在电脑村初建阶段，由于村民对电脑了解不多，认识不足，也曾有过一些风言风语，说什么买计算机还不如买些割草机。但为时不久，大家便彻底改变了观念。后来，家家都用上了可视电话，还为老年人建立了健康保健站。由于自家的电脑与可视电话相连，老人给亲友打电话，电脑屏幕上会出现对方的面庞；健康检测数据传到保健站的电脑上，那儿的医生就会给予保健指导。
有了电脑，缩短了山田村和世界各地的距离。如今，村民们不但用电脑来科学务农，还把村里的旅游资源对外宣传，进一步振兴旅游业，增加更多的收入。
农业人口高龄化
日本的农业就业人口2007年为312万，占日本总人口的3%左右。日本农业人口有两个特点，一是就业人口不断减少，如1965年为1151万，2005年减至335万，减少了71%；农业一线耕作者，从1965年的894万减至2005年的224万，减少了75%；总农家户数，从1965年的566万户减至2005年的285万户，减少了50%。二是农业从业人员高龄化。在日本农业就业人口中，65岁以上的农业从业者，1985年为19.5%，1995年为39.4%，2005年达到了57.4%，现已将近60%。