皇上不乐意完全按照太祖的老一套去治理国家，搞什么“肖规曹随”；他打算以儒家思想推行其王道文治，开一代新风，做一朝名主。在这方面，方孝孺成为他的重要帮手。
方孝孺不仅是帮手，也可称为知己。也不知怎么回事儿，他和他的兴趣爱好见解观点几乎完全一致。皇上好读书，每有疑难辄请孝孺讲解；临朝奏事，臣僚面议可否，或命孝孺于屏风前批答。时修《太祖实录》及《类要》诸书，方孝孺皆为总裁。更改官制，更是坚决按方孝孺的意见行事。
这就是历史之有趣处：燕王在北平周围杀人放火，一天一座城池；建文皇帝与方孝孺却一头扎在故纸堆里，潜心讨论什么《周官》法度。方孝孺这位大儒，发现一些沿用了上千年的官名儿，不符合《周礼》。这怎么行呢？这太重要了！必须改变。方孝孺又发现洪武朝一些机构的设置，也不符合《周官》法度，因之必须复古。
这且不讲。方孝孺还提出要恢复西周的井田制。尽管朝臣纷纷反对，但方先生力排众议。这位世传“读书日盈寸”即一天读一寸厚的书籍的大学问家，不紧不慢地对群臣说：“但使陈胜、吴广有一廛之宅、一区之田，不仰于人，则终身为南亩之民，何暇反乎？”对这番高论，建文帝大加赞赏。所以，他和他认定了恢复西周“井田制”便是抓住了安定国家的根本，故而必须不遗余力推行之。
建文帝和方孝孺正绞尽脑汁地研究《周官》，而对燕王在北平起事不屑一顾，认为“北兵不足忧”也。直到七月二十四日，谷王朱橞从宣府奔还京师告急，建文帝才不得不从故纸堆里抬起他的脑袋。
宣府（今之河北宣化）为谷王藩地，距怀来不过百里。燕王怎么打的怀来，怀来的三万守军怎么不堪一击，宋忠、余瑱、孙泰、彭聚怎么被执、战死……谷王向建文帝详细做了禀告。他形容燕军之势“如秋风之于落叶”，简直不可思议。他怕燕军顺势攻克宣化，于是仓皇带了王妃和几位夫人，逃到京师避难。建文帝对这位皇叔安慰一番，吩咐内务府安排了谷王住所，这才暂时收起《周官》，考虑如何对付燕兵的问题了。
而此时——即谷王进京的第二天，建文帝又接到了燕王的一份露布和一封书奏。露布分明是燕王向朝廷发出的“檄文”。燕王在这“檄文”中，指斥朝廷无道，变更祖法，屠戮骨肉，并申明自己起兵靖难实属被逼无奈。燕王第一次称建文帝为“幼冲”；并且第一次明确指出这“幼冲”乃国难的罪魁祸首。建文帝看到这份“露布”，顿时手足冰凉，差点气昏过去。
我皇考太祖高皇帝绥靖四方，一统天下，并建诸子，藩屏国家，积累深固，悠久无疆。皇考太祖高皇帝未省何疾，不令诸子知之，至于升遐，又不令诸子奔丧。闰五月初十日亥时崩，寅时即敛，七日即葬，逾月始诏诸王知之。又拆毁宫殿，掘地五尺，悉更祖法，以恶所为，欲屠灭亲王，以危社稷，诸王实无罪，横遭其难，未及期年，芟夷五王。……予畏诛戮，欲救祸图存，不得不起兵御难，誓执奸雄，以报我皇考之仇。
夫幼冲行乱无厌，淫虐无度，慢渎鬼神，矫诬傲狠，越礼不经，肆行罔极，縻有修底，上天震怒，用致其罚，灾谴屡至，无所省畏。惟尔有众，克恭予命，以绥定大难，载清朝廷，永固基图……
读到“露布”当日，建文帝又收到燕王一封书奏。其措词异常强硬。内容跟露布差不多，但解释了他起兵是被迫无奈；“困兽犹斗，盖死逮身，诚有所不得已也”。书奏中不是如以往那样自称为“臣”，而以“叔”的身份，以教训的口气说话：
古语云：困兽思斗，盖死逮身，诚有所不得已也。都督宋忠，集兵怀来，兹日见攻，乃率锐兵八千御之，兵刃才交，忠即败北……当冀左右易心悔祸，念及亲亲，哀其穷迫，重加宽宥，使叔有更坐之望，下无畏死之心，如此则非特叔之幸，实社稷之幸。
昔者成周隆盛，封建诸侯，缔八百余年之基，及其后世衰微，齐桓、晋文成一匡之功。虽以秦楚之强，不敢加兵于周者，有列国为之屏蔽也。秦废封建，二世而亡，可为明鉴。今不思此，则宁有万乘之主，孤然独立于上，而能久长者乎？万一必欲见屠，兵连祸首，无时而已。一旦有如吴广、陈胜之窃发，则皇考艰难之业，不可复保矣。
苟固执不回，堕群邪之计，安危之机，实系于兹。
建文帝如梦方醒，感觉到事态严重。他不得不放下什么《周官》、“井田制”，而将注意力集中到燕王身上了。
建文帝当即召集廷臣于武英殿商议对策。那被燕王指为祸国殃民奸贼的齐泰首先发言，要求皇上下诏削除燕王属籍并声罪讨伐。然而有廷臣如徐增寿、王宁者则认为，燕王毕竟系皇帝亲叔，倘发兵征讨，实属过分。齐泰面红耳赤争辩道：“既然叛反，‘叔’又如何？诏书必明其为‘贼’，敌乃可克！”徐增寿、王宁等揣度建文帝的意思，是支持齐泰之议，便摇着头，不再说话。此时另一位被燕王定为“奸贼”的黄子澄说：“北兵志强，不早抵御，恐河北之地遂失也！”几经商议，最后建文帝终于决定发兵伐燕。
然而，在决定由谁挂帅时，建文帝颇伤脑筋。这年头儿能征善战的功臣武将已经不多了，几乎皆被先帝当“棘刺”除掉了。侥幸留下的几个，有的已无心征战，得过且过，以图颐养天年；有的又与燕王关系暖昧，藕断丝连……而齐泰、黄子澄、方孝孺之辈，皆为书生，兵事非其所长，靠他们来运筹帷幄，决胜千里那纯粹是痴人说梦。于是，踌踌躇躇，挑挑拣拣，最终任命了长兴侯耿炳文为征虏大将军，而由驸马都尉李坚、都督宁忠为左右副将军，择日出征。
耿炳文与太祖同为濠州人。其父耿君用从太祖渡江，在讨张士诚的宜兴之役中战死，由炳文袭父职，领其军。三十年来。守长兴，克山东，下汴梁，征河南，取大同，攻陕西，破元平章乃尔不花于北黄河，讨平蛮夷于云南曲靖··…·功勋卓著。洪武年间所封的公侯之中，仅剩了他和郭英二人。由耿炳文挂帅，足可看出建文帝的决心。
选将之后，还要向全国发布“讨燕”诏书。诏书出自方孝孺的手笔——
邦家不造，骨肉周亲屡谋僭。去年，周庶人棣僭为不轨，辞连燕、齐、湘三王。朕以亲亲故，止正棣罪。今年齐王榑谋逆，又与棣、柏同谋。柏伏罪自焚死，棣已废为庶人。朕以棣于亲最近，未忍穷治其事。今乃称兵构乱，图危宗社，获罪天地祖宗，义不容赦。是用筒发大兵，往致厥罚。咨尔中外臣民军士，各怀忠守义，与国同心，扫兹逆氛，永安至治。
诏书堂堂正正。无须掩饰，亦不用夸张。一如当年黄子澄所说：“大小强弱势不同，而顺异之理异也”。
与此同时，建文帝又派安陆侯吴杰、江阴侯吴高、都指挥盛庸、潘忠、杨松、顾成、徐凯、李文、陈晖、平安等，帅师并进。吴杰等各帅偏师步骑号称百万，共同北伐，以期直捣北平。又檄令山东、河南、山西三省供给军饷。
另外，因为北平布政使张昺已被杀。燕王自己任命了官属管理北平地方事务，朝廷不得已只好在真定设置了“平燕布政使司”，任命曾经做过北平“采访使”的尚书暴昭。驻真定署理平燕布政使司。
而那位自称精通“数术之学”，而曾预言“北方兵起期在明年”的岳池教谕程济，此时因其预言应验，被从牢里放出，授以翰林偏修之职，令其作为军师，随耿炳文等将北行。建文帝或许希望程济的从军，会给朝廷带来好运呢！
建文帝在奉天殿举行隆重的“遣将仪”。这是他登基继位以来第一次举行此类仪礼。遣将征伐，敌人不是北元，不是南蛮，而是“自家骨肉”，这让他心里颇不是滋味儿。他看到那“征虏大将军”已六十五岁，白须飘撒，擎了节钺往殿外走时，虽故意地挺着胸脯，却也是挺不直的了。那时便有一种莫可名状的悲凉浸渍于心头……
那时候他想起了洪武二十六年春天，凉国公蓝玉被太祖诛杀，临刑前曾面向皇宫嘶喊：“朱公，朱公！何不留一二大将，以防不测啊！……”这喊声撞击他的耳鼓，震撼他的心房。唉！蓝玉早就窥出燕王有谋叛之心，果然被他不幸而言中。倘若蓝玉尚在，令他统兵备边，燕王怕也不敢轻举妄动呢！……
征伐燕王的大军浩浩荡荡出发了。
一连数日，应天城西北江浦渡口，挤满了战车、骡马和蚁群似的兵士。另外也有一些送行的将士家属。耿炳文率中军出发的这日，江岸十几里早已围起了帐幕，羽林军列队把守，百姓们只能站在高处观望。因为今天皇帝要亲率百官来渡口为耿将军等送行。耿炳文此前已具牲币祭告过武成王庙，陛辞时，皇帝已表示要亲自为他饯行。此时江边上五彩旌旗飒飒招展，金鼓铜钲一遍遍擂奏。建文帝立于临时搭建的彩棚内，耿炳文披甲戴胄稍下西向而立，文武百官按品级两旁站列。
承宣官喊一声：“皇上赐征虏大将军酒。”接着由教坊司安排的乐班奏响《平定天下之曲》和《抚安四夷之曲》。乐声中执事官和内侍跪呈杯盏。建文帝擎杯道：
“今以此酒赐卿，望卿督励三军，翦除叛逆，勘定幽燕，早日报捷，以释朕怀。”
耿炳文跪地接过樽爵，朗声答回：
“老臣蒙陛下不弃，授以大将军节钺，此去定肃清叛氛，献俘于午门！”说罢，将樽往嘴上略碰一碰，然后酹于江岸。
建文帝执着耿炳文的手，默默地往船上走去。看到炳文及诸将们雄赳赳气昂昂的样子，他感到欣慰，但又有一种莫明其妙的忧虑悄然浮上心头。这种忧虑来得太突然，也太奇怪了。让他猝不及防，也无可奈何。
于是建文帝——这个内心世界非常复杂的皇帝，这时候对耿炳文及其他将领，冷丁地说出了如下一段话：
“昔肖绎举兵入京，常号令军中，谓一家门内，自逞兵威，实属不祥。今卿等与燕王对垒，亦须善体此意，勿使朕有杀叔父之名啊！”
耿炳文等先是一愣，怀疑自己的耳朵出了毛病；但旋即也就听清楚了，并且也理会了皇上的心思。他们面面相觑，默默颔首。然后，在皇上复杂的目光里，登舟而去……
建文帝在返回皇宫的路上，默默地坐在车辇里傻想：刚才我究竟对长兴侯等说了些什么？他们为何用一种怪异的眼神儿盯我？
他当时并不清楚，甚至以后也未必清楚，他的这条“圣谕”，对与燕军的战争，产生了多么大的作用啊！
自相矛盾的建文帝啊！作为“人”的朱允炆，和作为“皇帝”的建文帝，哪个是真实的呢？