侍卫们一阵吆喝，抛下兵器，四处逃散。剩下李瑗孤零零地骑在马背上，冷汗刷刷直流，上下牙磕得咯咯响。他口齿不清地诟骂道：
“龌龊小人，你出卖我，也将会自取祸殃的。”
“怎么还呆着？快拿下叛贼！”
王君廓命令捉住李瑗，当即绞死。
魏征和王珪觉得懦弱无能的李瑗明目张胆公开叛乱有些蹊跷，奏请深究缘由，查明实情。李世民却听信了崔敦礼的奏报，擢升王君廓做左领军大将军，兼幽州都督，并把李瑗的家人赏赐给他做奴仆婢女。
王君廓当上幽州都督后，妄自尊大，飞扬跋扈，不得人心。李世民征召他人朝。长史李玄道是房玄龄的外甥，托王君廓捎信给舅父。王君廓私下拆开信函，却不认识草书字，疑心李玄道告发了他的罪行。走到渭南，杀死驿站官吏，打算北投突厥，途中被流浪汉诛杀。
王君廓是李世民的旧将，带兵打仗机智勇敢。李世民后悔自己感情用事，没有重视魏王二人的奏请，放松了对王君廓的警惕，造成了一错再错，乱中添乱。
年底。还发生了李孝常等谋反事件。利州都督李孝常进京朝见，留在长安，跟右武卫将军刘德裕，及其外甥、统军元弘善，还有右监门将军长孙安业等人，私议符咒天命，阴谋策动禁卫军政变。长孙安业是长孙皇后的同父异母哥哥，嗜酒如命，不务正业。其父长孙晟死后，他不肯抚育年幼的弟妹长孙无忌和长孙敏，无忌的舅舅高士廉只得把他们兄妹接到自己家中。李世民登极，长孙皇后不念旧怨，对异母兄长仍以礼相待。叛逆暴露，皇后流着泪向李世民乞求：“安业哥哥所犯罪行，实在是罪该万死。然而，他对我从小虐待，尽人皆知。现在处死他，人们会以为是我存心报复，也会使圣朝蒙污。”长孙安业得免一死，贬窜酅州。
岭南酋长冯盎、谈殿等互相攻击，很久没有进京朝见，各州多次奏报冯盎叛变。李世民命令将军蔺谟征发江、岭数十州兵马，大举讨伐。蔺谟离京时，李世民亲赐御酒三杯，以壮行色。感染伤寒在家服药的魏征得知后，挣扎着从病榻上爬起来，立刻备轿，不顾一路颠簸，急风急火地赶到当场，差一点撞翻一名禁卫。李世民怕他跌倒，赶紧吩咐近侍前去搀扶。彤云密布，飞飞洒洒飘着清雪，寒气逼人。李世民让魏征站到避风处，命禁军百骑围拢来，挡住风雪，然后用关切的心情佯嗔道：
“不好好养病，到处跑。反病无反药唷。”
“臣不怕反病，只怕吃反悔药。”
魏征的胸脯不住地起伏着，看样子他下了轿不是走来的，而是跑着来的。李世民感慨非常，深情地望着他那额头下凹陷的眼睛，温存地催促说：
“看来你又有话要说。快说，快说，说完了快回去歇息。”
“岭南路途遥远，地势险恶，瘴气瘟疫流行，无法驻扎重兵。尤其是中原刚刚平静，而冯盎叛变的证据不足，臣以为不宜兴师动众。”
“举报冯盎的奏本络绎不绝，”李世民蹙起前额，“无风不会起浪。”
“冯盎果真叛变，必然分兵据守险要关卡，攻击劫掠其他州县。可是，告发他反叛几年了，而他的兵马并没有越出境地一步，没有明显的叛乱迹象。”
“不管怎么说，总不能坐视不理。”
“各州怀疑冯盎叛变，皇上又不派钦差前去抚慰，冯盎怕死，不敢入朝。如果命钦差前去宣谕，以示诚意，他欣喜免除了祸患，朝廷可以不费一兵一卒使他顺从。”
李世民收回成命，停止出兵，改派永康公、上柱国李靖持节前往岭南以慰问为由进行察访。冯盎非常崇拜李靖，把他当做恩人和救星，接待既热情又诚恳。二人促膝谈心，倾诉肺腑之言。冯盎说出了朝廷对岭南的疏忽，自己所受的委屈，相应地提出了一些建议和请求。李靖在安抚的同时也进行了友好的批评和忠告，要求他忠于朝廷，注意周边关系。然后召见谈殿等州府官员，说服他们跟冯盎达成互相谅解，保证和睦相处。
冯盎为了表明没有二心，感谢朝廷对他的关怀，特别让儿子冯智戴跟随李靖入朝觐见。李世民喜不自禁：“魏征建言朕派遣一名钦差，岭南就安定了，胜过雄兵十万。”他带着魏微和朝廷王公大臣亲赴郊外，迎接李靖还朝。摆酒设宴，给李靖和冯智戴洗尘。诏令善待冯智戴，授予右骁卫将军的职衔。赐给李靖绸缎三百匹，重赏魏征绸缎五百匹。
励精图治的李世民从谏如流，知人善任，改组朝廷，很快调整了最高决策集团。贞观三年，发生了沙门法雅案。佛教和尚法雅被指控妖言惑众，判处斩刑。司空裴寂曾经听到过法雅的妖言，却没有检举，被免除官职，削去一半食邑，放归故乡蒲州桑泉。裴寂请求留在京师，李世民毫不客气地说：
“以你的功劳，本来不可能升迁到朝廷高位，只不过蒙受太上皇的宠爱，在文武百官中，侥幸位居第一。”
“陛下，”裴寂带着申辩的语气乞请道，“臣没有功劳，也有苦劳哇。”
“武德年间，贿赂成风，法纪紊乱，毛病都出在你的身上。只因你是昔日故旧，不忍心依法处理。如今能活着回故乡，已属万幸。”
裴寂回乡不久，有人扬言“裴公有天分”，他又不报告，却暗遣门客杀人灭口，按律当斩，减刑一等，贬窜静州。山区羌民作乱，谣传劫持裴寂当盟主。李世民不相信。后传来消息证实，裴寂率领他的家丁，击破了蛮族军。李世民想到他有开国辅佐的功劳，传诏召回长安养老，而裴寂却因病逝世。
右仆射封德彝为人奸猾，左仆射萧踽和他商定的事，到了上奏时屡次改口，二人由此产生分歧。这时候，房玄龄和杜如晦刚刚坐上相位，掌握实权，都不喜欢死板的萧瑀，疏远他，而亲近花言巧语、虚伪讨好的封德彝。萧瑀心里越发气恨难平，上密奏抨击房杜，又触犯了圣意。萧璃为人呆板而倨矜，在朝臣中愈来愈孤立。他跟陈叔达也开始闹矛盾，当殿争辩吵闹。二人都被指控犯“大不敬”罪，被免职。封德彝去世，太子少师萧璃又复位做左仆射。不久，又被免职。虽然萧瑀等人不能适应进取向上的新形势，从相位上退了下来，但是李世民仍把他们当做德高望重的大臣对待。中书令宇文士及降级当殿中监。他在病重期间，李世民御驾亲临他的私宅问疾，真心实意抚慰，泪水潸然而下。宇文士及死后，陪葬昭陵。李世民也常去慰问陈叔达，重温以往的交谊，肯定他的节操和公正无私。至于萧瑶，李世民称赞他守道耿介，忠勤可佳，后来图形于凌烟阁，官拜太子太保。贞观三年，房玄龄担任左仆射，杜如晦当右仆射，二人主管尚书省。李靖当兵部尚书，魏征守秘书监，参预朝政。王珪已于去年擢升守侍中。
隋唐之际，朝廷三省六部制正式确立。唐朝的三省是：中书省、门下省和尚书省。中书省的最高长官是中书令，其下有中书舍人若干人，专司进奉章表，草拟诏敕策命。门下省，最高长官是侍中，属官给事中专司驳正违失，可对中书省拟定的诏敕提出不同的意见，涂窜奏还，称作“涂归”。尚书省，最高长官是尚书令及左、右仆射。李世民曾经担任过尚书令，臣下避居其位，仆射遂成为最高长官。尚书省是执行政令的最高行政部门，下设六部：吏部、户部、礼部、兵部、刑部和工部。