第一，急性便秘，在儿童期发生急性便秘大多数是一种自限性情况，很多因素均可诱发，例如全身疾病、饮食变化和旅游等。另外一种情况是婴儿喂养良好，体重增加，且没有腹胀、腹绞痛等情况，应该继续观察。然而过分易激惹，喂养不好，或有明显腹胀，则应立即治疗。可用小的甘油栓插入肛门或灌肠，应避免反复的直肠内手指刺激。年长儿可用氧化镁乳剂或适当地用泻药口服。
第二，初学步幼儿和年长儿童的慢性便秘，一个成功的治疗方案是，在一开始就要向患儿、患儿的双亲以及老师和其他看护者解释清楚便秘发生的病理生理机制，使他们认识到大便秘结，是由于慢性大便滞留，直肠扩张和感觉反馈减小的结果，而不是简单地由于儿童对排便的要求缺乏感觉反馈。一个成功的治疗往往需要几个月的时间才能完成，在治疗期间按下面的治疗方法坚持每天治疗。
治疗分两个阶段：首先是清除阶段，继而是维持阶段。清除阶段一般通过一段时间的高渗磷酸盐灌肠，每日1次，共3～4日，或者到直肠内的粪便残渣基本洗清为止。其他方法还有结肠灌洗液，手法清除。维持阶段的治疗：①药物，用矿物油乳化药2匙，每天2次，或其他的替代方法，导泻药，隔天灌肠1次。②饮食，高纤维饮食。③大便习惯的训练。定时排便并保持适当的排便姿势，有日历记录及奖罚制度。
慢性便秘的婴儿首先要除外器质性便秘。应当先做适当的检查，包括直肠肛门测压，直肠活检或钡剂灌肠检查，请儿科胃肠病专家会诊。诊断为功能性的便秘后，最主要的治疗方法是饮食治疗，首先必须考虑的是母乳或牛乳的不足。以母乳哺养很难得知奶是否足够，如果婴儿体重增加不理想，或一直咬着奶头不放的话，就可以考虑是为母乳不足，必须增加牛奶以补足。若是以牛乳哺乳，则可能是冲泡太稀，最好确定一下，是否依照规定的浓度冲泡。
此外，也很可能是菜汤或果汁供给不足所致。如果是以上原因，加以纠正就能解除便秘。此外可用梅汁60毫升，再用60毫升的水稀释，每天1～2次。其他的方法包括用黑米浆和麦芽汁兑水饮用，每天1～2次。如果用以上方法仍无法消除，则可用皂条刺激肛门以促进排便。