张献忠突然去世造成大西军各营惊慌失措，十分混乱，无法组织抵抗。清军乘胜攻破了大西军所有营盘，斩首数万人。大西军奔溃四散，只有孙可望、李定国等人收集了数千残部和万余名家口，经顺庆府南逃，始终组织严紧，并且一直坚持大西国号。这支大西军几经转战，于第二年春进入贵州，而后进攻云南，以云南为根据地，成为抗清斗争中最重要的一支力量。
圈地令
清顺治元年（1644年）四月，清军入关，五月进入北京，十月初一日，顺治帝在北京举行定鼎登基礼。入主中原的清朝统治者把中原地区当成自己的战利品，从入关之日起就开始了对关内人民的剥削和掠夺。入关之前，清朝皇帝、王公贵族、文武官员和八旗兵丁在辽东拥有大块庄田和份地，役使带有农奴性质的庄丁进行生产，是其经济收入的主要来源之一。清廷定鼎北京之后，皇室贵族和八旗官兵倾巢入关，急须在新的地区建立起一套符合其传统习惯的经济制度。因此，清朝统治者在建都北京后立即着手解决所谓“旗地”的问题。
同年十二月初，清廷开始讨论清查无主土地，安置满洲庄头的问题。顺天巡按柳寅东提出为避免旗民与汉民杂处而生事，应使满汉界限分明，为此则不如先将州县大小，定用地之多少，使满洲自占一方，然后以查出无主地与有主地互相兑换。柳寅东的这一建议基本上为清廷采纳。十二月二十三日，顺治帝谕户部：“我朝建都燕京，期于久远，凡近京各州县民人无主荒田及明国皇亲、驸马、公、侯、伯、太监等死于寇乱者，无主田地甚多，尔部可概行清查……尽行分给东来诸王、勋臣、兵丁人等。”谕令还提出“可令各府州县乡村满汉分居，各理疆界，以杜异日争端。”这就是所谓“圈地令”。
青玉鹰首镇纸圈地令颁布后，各旗官员持户部颁给的绳索到京城四周的广大农村丈量圈占土地，掀起了一个长达数年的圈地狂潮。根据公开发布的命令，八旗圈占土地应是无主荒地以及被推翻的明朝贵族的土地。但在实际上，这些“荒地”常常是已有人耕种，特别是为了实行满汉分居、各理疆界，官员强迫各地居民迁徙到他乡他县，甚至数百里之外，以贫瘠荒地兑换农民已有的土地，已经完全是一种公开掠夺了。后来随着八旗官兵入京数量的增加，当局只是根据需要在京城附近地区大肆圈占土地，根本不再考虑土地有主无主。
经过顺治前期连年的圈占，京城附近地区被占田地多达十几万顷。有些州县几乎完全是旗地旗丁，而没有民田民户。直隶密云县明代原有田亩2700多顷，至康熙末统计仅存民田六百多顷。被圈占土地的农民被驱逐出原地，流离失所。一些人奋起而反抗，在北京、永平、保定、河间、承德等府都发生过抗拒圈地的汉民武装斗争。另一些人为生活所迫，只得投靠旗人，充当农奴；有些人甚至在圈占的逼迫下带着土地投靠旗人，向其交纳租银。这些投靠者被称作“投充人”，当时约有四、五万人之多。
顺治十年（1653年）以后，八旗圈占土地的格局大体确定，虽然由于对勋臣贵戚的恩赏及增设新牛录、旗地调整等原因，仍然有新的圈地活动，但规模已经很小。直到康熙初年，辅政大臣鳌拜为了维护自己小集团的利益，提出以镶黄旗旗地与正白旗旗地交换，其土地不足之处，另圈民地补之。这实际是以换地为名，再一次掀起大规模的圈地高潮。这次圈地引起了包括一部分满汉高级官员在内的大部分人的反对，但鳌拜等人一意孤行，坚持换地圈地，共迁移镶黄、正白二旗的壮丁六万余人，圈换土地31万余晌，严重破坏了生产力，重新激化了在康熙初年已有所缓和的民族矛盾和阶级矛盾。
康熙八年（1679年），康熙帝铲除了鳌拜集团，夺回了权力，立即宣布废除圈地制度。他在给户部的谕令中说：“比年以来，复将民间田地圈给旗下，以致民生失业，衣食无资，流离困苦，深为可悯。自后圈占民间房地，永行停止；其今年所已圈者，悉令给还。”至此，清朝初年给人民造成巨大灾难的圈地运动基本结束。
剃发令
满族习俗，男子将头顶四周的头发剃去一圈，只留顶心头发，编成发辫垂于背后，除家丧国丧要百日不剃外，四周头发不可蓄长。清太祖努尔哈赤立国后，要求投降或归附满洲的汉人和其他各族人民都必须剃发。天命六年（1621年）努尔哈赤攻占辽沈后，传令百姓，凡自行剃发者收养不杀，已经把剃发与否当作是不是投降的标志了。在辽东，这种强迫汉民剃发的做法曾经激起过汉民强烈的反抗。
顺治元年（1644年），多尔衮率清军大举入关，对于剃发问题仍然坚持传统做法。这年四月，前明将领吴三桂在与李自成军激战危急中到清军请降，多尔衮要求吴三桂立即剃发盟誓，才出兵救援。击败李自成军后，多尔衮又于当日令山海关内外军民皆剃发，清军于五月入京，一路上纪律严明，较受民众好评，但多尔衮在沿途明令官民人等剃发，又引起民众极大的不满。一些官民向多尔衮请求保留旧俗，多尔衮竟说：“我存若辈头，若辈乃惜此发耶？”由于坚持剃发，北京及附近居民大量逃亡，有些地方的民众还组织武装抵抗。这种局面对于刚刚入关还立足未稳的清朝统治者显然是不利的。
在清军入关后不久，南京的故明官员建立起弘光南明政权。为了争取民心，一统天下，清廷接受吴三桂等人的建议，一度废除剃发之令。五月二十四日，多尔衮宣布“天下臣民，照尽束发，悉从其便。”此后对新征服地区的人民和归降人员不再强行剃发。直至第二年五月多铎率清军攻克明南都，仍于各城门张贴告示：“剃头一事，本国相沿成俗。今大兵所到，剃武不剃文，剃兵不剃民，尔等毋得不遵法度，自行剃之。前有无耻官员，先剃求见，本国已经唾骂，特示。”
但是，清军在统一全国的战争中的不断胜利刺激发展了满洲贵族的偏狭骄虚心理。在清军攻占南京之前，一部分降清汉官如礼部侍郎孙之獬、内翰林院学士李若琳等，受满洲贵族指使，主动提出恢复剃法，用满洲衣冠。这种主张虽然遭到其他一些汉族官僚的强烈反对，却得到清朝的最高统治者首肯。五月末，攻克南京的捷报已到北京，多尔衮在召见内阁成员时再次重申，叫官民尽皆剃发。六月五日，清廷派官员往南京，命江南各处投降官员和文武官民一律剃发。顺治二年（1645年）六月十五日，清帝命礼部传谕京城内外，规定全国官民，京城内外限十日，各直省地方以部文到日亦限十日，全部剃法；有迟疑争辩者一律严惩不贷；各地方官中要严行核查，不许再以剃发事件上奏；剃发后衣帽装束也随之改易，悉从满洲制度。这就是所谓的“剃发令”。
剃发令下达之后，一些地方官吏又采取层层加码的方法，有的地方如江阴，限令三日剃发，有的地方如苏州，要求一日剃光。一些地方擅自将发式改变成极富侮辱性，头颅四周全部剃光，仅留头顶如钱大，称为“金钱鼠尾”。对于抗拒剃发令的民众，各地官吏和清军大都实行“留头不留发，留发不留头”的残酷杀戮政策，有的地方甚至“一人不剃全家斩，一家不剃全村斩。”这种滥施刑罚引起各地人民极度不满，一些地区的人民针锋相对地提出了“头可断，发决不可去”的口号。
清朝统治者在初入江南，统治完全没有巩固的情况下，强行推行毫无实际意义的剃发令，严重伤害了汉民的民族感情，实在是做了一件极其愚蠢的事情。剃发令颁布后，江南地区许多已经归顺或即将归顺的地方纷纷举行起义，江阴、嘉定、苏州等地人民武装抗清达数月之久。尽管各地起义最后都被残暴镇压，但抗清的风潮却由江南传播到全国各地。
剃发和着满洲衣冠的规定一直延续到清王朝灭亡。这种制度虽然依靠暴力维持下来了，却一直作为民族压迫的象征，隐藏着巨大的危机。清代的历次起义与反叛，差不多都要断辫恢复前明衣冠，以争取人心。
顺治帝亲政
清崇德八年（1943年）八月，清太宗皇太极突然逝世于盛京，死前没有对皇位继承问题做出任何安排。于是，清皇室内部为了争夺皇帝继承权，以皇太极长子肃亲王豪格为一方，以皇太极的异母弟睿亲王多尔衮为另一方，展开了激烈的争夺。皇帝自领的两黄旗大臣以及掌握镶蓝旗的郑亲王济尔哈朗支持豪格继位；而多尔衮的同母兄弟阿济格、多铎等人以两白旗的实力为后盾，坚决拥戴多尔衮。在议政王大臣会议讨论立嗣问题的时候，双方势力剑拔弩张，几乎发展成武装冲突。最后，为了保持清皇室内部的团结，斗争双方达成妥协，共同拥戴皇太极的第九子、年仅6岁的福临继承皇位，而由济尔哈郎和多尔衮共同辅政。
顺治帝半身朝服像八月二十五日，福临即位，改第三年年为顺治元年。不久，济尔哈朗和多尔衮称摄政王。多尔衮机智狡诈，富于政治斗争经验，在掌握摄政权力后积极排挤异己势力。顺治元年（1644年）四月初，两黄旗内部的何洛会等人讦告豪格图谋不轨，言辞悖妄。多尔衮因而废豪格为庶人，将其心腹若干人处死，同时又奖赏两黄旗其他一些大臣，进行分化瓦解工作。此前，济尔哈朗也“主动”提出：凡事“皆先启知睿亲王，档子书名也应该先书睿亲王名”。多尔衮的摄政地位由第二位进为首位。
四月初九，多尔衮自任“奉命大将军”，统率满蒙八旗部队三分之二及汉军全部向中原进军。清军在山海关战败李自成大顺军，于五月初二进入北京城。多尔衮因战功卓著，且为入关清军的最高统帅，其声誉和权力又有进一步的发展。关内迎降的明朝旧臣甚至有的只知有摄政王，而不知有顺治皇帝。这年九月，顺治帝自盛京迁移至北京，于十月一日行定鼎登基礼，加封多尔衮为“叔父摄政王”，建碑记绩，而济尔哈朗仅被封为“信义辅政叔王”。至此，多尔衮已经成为清朝实际上的最高统治者，诸王已无力与他相抗衡。
多尔衮在集中力量推进统一全中国的进程和进行政权建设的同时，进一步培植个人势力，打击异己。其同母兄弟阿济格和多铎都在顺治元年被晋封为亲王，分别统率主力部队进攻李自成大顺军和南明弘光政权。其亲信刚林、祁充格等在朝中主持政务。而济尔哈朗却因故数次被罚，顺治四年（1647年）七月又被罢辅政，多铎则进为“辅政德叔豫亲王”，取代了其地位。豪格在一度复爵后于顺治五年（1648年）三月再次被罗织罪名遭到幽禁，不久死于囚所。这年十一月，多尔衮受封为“皇父摄政王”，一切政务均出其手，而年幼的顺治帝只能“拱手以承祭祀”而已。
顺治帝亲政诏书顺治七年（1650年）十一月，多尔衮出猎古北口外，受了重伤，于十二月初九死于喀喇城。多尔衮死讯传至京城后，顺治帝诏臣民易服举丧。柩车至京，顺治帝率诸王百官孝服迎于城外。数日后，追尊多尔衮为“诚敬义皇帝”，庙号成宗。但与此同时，在多尔衮临终前曾与其密谋的英亲王阿济格回京后立即被囚禁，其亲信都被治罪。
次年正月十二日，未满13周岁的顺治帝在太和殿行亲政礼，诸王大臣上表行庆贺礼，同日颁诏大赦。此前，顺治帝传谕议政王大臣等：“朕年尚幼”，“遇紧要重大事情，可即奏朕，其诸细务令理政三王理之。”理政三王指济尔哈朗和端重郡王博洛、敬瑾郡王尼堪，其中以济尔哈朗辈份最高，声望最重，在后来的一段时间里，济尔哈朗对于顺治朝政治的影响是相当大的。
济尔哈朗重新握有大权后的第一个重大政治举动就是追论多尔衮之罪。顺治八年（1651年）二月，原为多尔衮近侍的议政大臣苏克萨哈、护卫詹岱等首告多尔衮私备御用服饰，曾经有意谋篡大位。于是济尔哈朗等王大臣议定多尔衮之罪多项，顺治帝乃下诏削去其爵位，平毁墓葬，籍没家产，多尔衮的亲信多人被处死或遭到贬罚。随着多尔衮被追论罪名，原来受到过多尔衮迫害和处分的官员大都乘机翻案，朝局为之一变。直到一百多年后的乾隆时代，多尔衮才得到昭雪，恢复了王爵，“世罔冈替”。
顺治帝相当早熟。在行过亲政礼之后，他表现出对政治的极大兴趣。为了能够直接阅读汉文奏章和书籍，他刻苦学习汉文，还发奋阅读了大量书籍，以吸取历代统治者治国的经验。对于以郑亲王济尔哈朗为首的皇室王公把持朝政，顺治帝非常不满。他一方面优待济尔哈朗，于顺治九年（1652年）再次加封济尔哈朗为“叔和硕亲王”，并给予极高的评价。另一方面，也是在这一年，顺治帝又谕令内三院：“以后一应章奏，悉进朕览，不必启和硕郑亲王。”意图显然在于抑制济尔哈朗之权。为了加强自己的实力，顺治帝根据亲信大监吴良辅的建议，于顺治十年（1653年）六月决定设置内十三衙门，部分地恢复了前明时代宦官在政治上的地位。经过多方面的努力，在顺治十年前后顺治帝已经基本上全面控制了国家权力。