明自中叶以来，统治集团中出现了全面的危机，到明世宗死，其子穆宗、其孙神宗相继即位，这种危机继续发展，统治集团内部矛盾日益激化，斗争日趋尖锐。嘉靖以后，明朝统治集团内部分化成两派，一派是以皇戚贵族为核心的保守势力，一派是由比较有政治远见的官僚形成的改革势力。这两派在对统治危机的态度和政见自然不一致。在宦官专权的年代，往往会形成官僚集团和宦官集团的斗争。皇戚贵族和宦官往往结成宦党，他们是朝廷内既得利益集团，为了保住已到手的特权，肆无忌惮地剥夺财富，又以“祖训”为由，反对任何改革。官僚集团虽然也是朝廷统治集团的一部分，但他们的既得利益不多，特别是明中叶以后的官僚，基本上是由科举而重用的，他们对统治危机有实际的认识，希望在不损害地主阶级根本利益的条件下，实行一定程度的改革，重新加固封建统治的基础，挽救危机之局，使明廷的统治能长期维护下去。当时改革派的代表人物就是张居正。
张居正于隆庆六年（1572年）成为内阁首辅时，明神宗仅十岁，朝廷“大柄悉以委居正”。为了缓和当时日益尖锐的社会危机，挽救明廷内部的统治危机，张居正从政治、军事和经济诸方面进行了改革，以便扭转嘉靖后期以来乃至隆庆年间政治腐败、民穷财竭、边防危急的局面。张居正的改革方针是：“以尊主权，课吏职，信赏罚，一号令为主”，以“强公室，杜私门”。强调国家集中权力，政府控制经济来加强封建的专制中央集权的统治，希望把摇摇欲坠的明廷统治稳定下来。
张居正的政治改革，实行对官吏的“考成法”。在他执政后的万历元年（1573年）六月他提出考成法，目的在于提高官吏的素质和提高行政工作的办事效率。他认为，当时的官吏办事不讲效率，“敷奏虽勤，而实效盖鲜”。官吏的敷衍塞责，虎头蛇尾，以及“请托之私”等积习普遍存在。他认为，“盖天下事，不难于立法，而难于法之必行；不难于听言，而难于言之必效。若询事而不考其终，兴事而不加屡者，上无综核之明，人怀苟且之念，虽使尧舜为君，禹皋为佐，亦恐难以底绩而有成也。”他的“考成法”的具体办法是：令各个衙门分别各置三本薄籍，一本登记一切收文、发文和间程计划等，把本机关来往公文和办理的公事一律登记备查，留为底册。在这本底册里，其中的例行公事不查考者，予以剔除，再造两本同样的薄籍，一本送六科，一本送呈内阁。送六科的一本，为六科备注，实行一件就注销一件，如有尚未实行者，即由该科具奏候旨。送交内阁的一本，是为了内阁首辅随时稽考。张居正在改革中，在内阁和六部之间设置了六科，用六科控制与之相应的吏、户、礼、兵、刑、工六部，再由内阁控制六科。六科是张居正改革的特有的政治机构，各科设有都给事中、左右给事中、给事中等。六科对六部有纠劾之权，实际是六部的监察机关，用六科来牵制六部，再由内阁控制六科，这是张居正推行的考成法中，进一步扩大内阁的实权的重要步骤。改革之前，明廷的内阁是皇帝的秘书处，不负有行政责任。张居正改革之后的内阁，不仅代表皇帝掌握最高行政权，而且实际上控制了监察权。张居正按“考成法”，在其任首辅期间，进行了雷厉风行的推行，淘汰了许多不称职的官僚，选拔了不少“优秀”人才，行政效率大为提高，能使中央发布的命令和下达的任务，“虽万里外，朝下而夕奏行。”他针对当时权势地主兼并土地，隐瞒人口，欺隐税粮，形成私家日富，公家日贫、国匮民穷局面，说他们是“倚法为私，割上为己”。在推行考成法中，规定各级官员征赋不足额者，巡抚和巡按御史听纠，府州县官听调；有司催征不力者，都以新令从事。从而改变了嘉靖以来开支无策的状况，至万厉十年间，帑藏丰殷，粮仓均满，最称富庶的局面。考成法在财政上的推行获得了最大的成功。
张居正军事方面的改革，主要是加强了北方对蒙古族的防御和对东北建州女真的镇抚。张居正对北方蒙古族的政策采取软硬两手，“软”是指对蒙古族的关系要改善，促进并实现了“隆庆议和”，实行对俺答的“封贡”，主张开展边界贸易，反对武装冲突。他执政之后，批评那些认为“讲和示弱，马市起衅”，是不智之谈，他认为边界贸易可以互通有无，对农民生产也有利。边防相对安定，军队也有时间修复屯田，减轻国家负担，也可增强边防实力。“硬”指的是加强防务，在北虏威胁解除之后，他仍然居安思危，在万历元年（1573年）就向皇帝建议：“天下虽安，忘战必危。”所以，在此之前就采取措施，调抗倭名将戚继光坐镇蓟州，加强北方的防务，重点是加固、延伸了长城。张居正任命戚继光为蓟镇总兵。蓟镇所辖的1200多里长城，在北京北面西起居庸关，东至山海关，在戚继光的精心筹划、亲自督修下，经过十多年的修缮，形成一道城墙高耸，墩台林立，烽火相望的坚固防线。在长城险要处和交通道上，筑有坚固的烽火台，大约每隔十里建一个，建在易于望的高岗上和丘阜上。烽火台上有望房和燃烟放火的设备，台下有士兵居住的守卫房，每台可宿百名士兵。还有马羊圈和仓库等，储备着供守卫士兵吃的羊群和粮食以及供使用的马匹。并安置火炮、火枪等武器。遇有敌情，白天燃烟，夜间放火，靠烟气和火焰传递军情。明廷规定传递军情的暗号是：敌人在百人以上，举放一烟一炮；500人以上，举放二烟二炮；千人以上，举放三烟三炮；5000人以上，举放四烟四炮；万人以上，举放五烟五炮，然后逐台相传到这处的指挥机构，就能准确地知道敌情。戚继光“益募浙兵九千余守之，边备大饬，敌不敢入犯”。终明一代，近300年，修筑和加固长城的工程和巩固长城的防务，从未停止，不过长城的主体工程，约在万历二十八年（1600年）左右基本完成。全部明代长城，远非山海关到居庸关一段，而是东起辽宁丹东鸭绿江畔的虎山，中经相当于今天的辽宁、河北、天津、北京、山西、陕西、内蒙、宁夏和甘肃等九个省市自治区，西达甘肃省的嘉峪关，全长13740里。从虎山到山海关一段，工程比较简单，明末以来遭到严重破坏，基本塌毁，仅存少数残迹，从山海关至嘉峪关一段，工程质量最好，非常坚固，现在大部分尚完整。从太空中看地球，唯一能看得见的人工工程，就是这条明长城。张居正还选派李成梁镇守辽东，一方面防御蒙古，一方面镇抚建州女真，以防他们入关南侵。所以，在张居正执政时期以及其后的数十年里，明朝的北边和东北边防比较安定巩固，没有发生过大的战争，北方人民安居乐业。
张居正在经济方面也进行了改革，清丈了全国的土地面积，改革赋役制度，推行一条鞭法。一条鞭法的基本内容是：总括一州县之赋役，量地计丁，丁粮毕输于官。一岁之役，官为佥募。力差则计其工食之费，量为增减；银差则计其交纳之费，加以增耗。凡额办，派办、亦库岁需与存留、供亿诸费，以及土贡方物，都并为一条，都计亩征银，折办于官，故谓之一条鞭。其特点是：把赋、役合并，把摊力役于田亩，把一切征项汇归一总，合并征收。合并了各种役项，从制度上取消了“力役”，以“雇役”代之，即所谓“一岁之役，官为佥募”。应役者可以出银代役，不再身负力役，出应“力差”。国家需要力役时，由官府雇人充役。从一条鞭法本身的要求而言，不论“力差”、“差银”，皆应“役归于地，计亩征收”，把户丁的丁役银额，转加于田地。“摊丁入亩”的出现，是我国封建赋役制度上的一个重要变化。一条鞭法规定，赋、役均以银两折纳，“皆计亩征银”。田赋中除政府需要的米麦等粮食外，其余皆以银折纳；徭役方面，取消力役，改为“纳银于官，官府代为佥募”。赋役的催征、收纳与解运，过去由农村的粮长、里长轮流充役，一条鞭法后，改变为直接由政府统筹办理，统一由官府征收，解运，也就是由民办改为官办。“一条鞭法”，在嘉靖后期和隆庆年间，在江西、浙江、南直隶等地试行。万历四、五年以后，福建、两广也施行，其中庞尚鹏在浙江、福建巡抚任内，海瑞在应天巡抚任内，推行的最为得力，成效也较显著。到万历九年（1581年），张居正以内阁首辅的地位，通过国家法令，把一条鞭法作为赋役制度，大力推广。一条鞭法是在全国范围内，普遍清丈全国土地面积的基础上推行的。从万历六年（1578年）开始，对全国田地进行丈量，用三年时间，查出全国总田数为7013970顷，比弘治十五年（1502年）的总田数，增加了2785924顷。把相当一部分被豪强富族以及军官隐没的屯田、庄田清查出来，为一条鞭法普遍推行，创造了前提，所以到万历九年，一条鞭法在全国范围推行。它对缓和当时社会矛盾，解救危机，增加国家财政收入方面起了很大的积极作用。
张居正改革，在水利方面也有相当的成效。万历四年（1576年），黄河在苏北决口，河口淤塞，黄水侵淮，高堰湖堤大坏，淮河、杨州、高邮、宝应间皆为巨浸，汪洋一片。张居正治河专家潘季训督修黄河，潘季训用“筑堤束水，以水攻沙”的办法，在黄河与淮河之间筑起长达八百里的两个大堤，将黄、淮分割开来，只在海口处合流入海，使被水淹没的田庐，皆尽露出，使数十年之弃地，转为耕桑，漕运也可以直达北京。潘季训的《两河管见》和《河防一览》，是他治理黄河的总结，成为中国水利史上的名著。由于黄河、淮河得到治理，灾害减少，漕运畅通，对明朝后期的经济发展起了重要作用。
戚继光抗倭寇
倭寇是由日本封建武士、失意政客、浪人、海盗勾结中国沿海凶徒、逸囚、罢吏、黠僧、不得志书生等组成的非法武装集团。其患由来已久，早在元末明初，日本封建诸侯乘国内处于南北朝分裂混战之机，纷起网罗那些没落武士、浪人等来中国沿海进行武装掠夺。但在洪武、永乐时期，明朝国力强盛，重视海防，几次重挫来犯之倭，取得了望江靖大捷，故而倭寇之乱在明前期未酿成大患。
当时，胡宗宪为浙江巡抚，此间，虽也诱杀了不少通倭头目，但督察军务赵文华恣行无忌，文武将吏争相贿赂，颠倒功罪，纪律大坏，将吏解体，虽征兵半天下，倭寇愈炽，对浙、闽沿海侵扰更甚，给东南沿海人民的生命财产带来了不可估量的损害。就在国家和民族屡遭倭祸，抗倭斗争久经波折，倭患难以彻底解除的危难关头，终于出现了一位著名的抗倭爱国将领戚继光。
戚继光（1528—1587年），字元敬，山东东牟（山东莱芜）人，出身于将门，自幼刻苦读书，好研学兵书战策。嘉靖二十三年，其父戚景通去世，他袭官登州卫指挥佥事。倭寇对山东沿海地区的不断侵扰，深深刺激着这位青年将军。他在16岁时，便写下了“封侯非我意，但愿海波平”的诗句，表达自己抗倭保国的远大抱负。嘉靖二十九年秋八月，戚继光入京参加武举会试，正值庚戌之变，蒙古俺答入寇京师，形势十分危急，明廷诏令各镇边兵驰援北京，入试武举也被选守城。戚继光当即率众参加了京师保卫战，并条陈御敌方略，受到兵部重视，于是以“国士”奏闻皇帝。此后数年间，戚继光率领军民驻守蓟门，驰骋于山东半岛沿海和蓟州边塞之间，保卫着明王朝的长城要塞和山东海防。嘉靖三十二年，戚继光以军功升任都指挥佥事，统管三营25卫15万兵士，专门负责防御山东沿海的倭寇。他整饬海防，出海备倭，严阵以待，倭不敢犯。但是其他沿海防务十分松懈，加之严嵩父子当国，兵将多以贿得，卫所兵士逃亡大半，只剩五分之一，且多老弱残疾，战斗力极差。由于江南倭患日趋严重，明廷于嘉靖三十四年秋，调戚继光前往浙江，次年升他为参将，率部守宁波、绍兴、台州三郡，不久又改守台州、金华、严州三郡，防御着倭寇侵扰的要害地带。