这时，诸王之中以皇侄怀宁王海山最具实力，他坐镇和林，手握重兵，又是支系最近的皇族。成宗皇后伯要真氏在中书右丞相阿忽台、平章八都马章、赛典赤伯颜，诸王阿难答、明里帖木儿帮助下，企图阻止海山南下争位，拥伯要真氏垂帘听政，安西王阿难答（忽必烈之子，成宗堂兄弟）辅政，进而推阿难答为帝。阿忽台召集大臣商议皇后、阿难答摄政之事，遭到太常卿田忠良、御史中丞何玮等人的反对，没有能够通过。中书右丞相哈剌哈孙也反对这一作法。他将京城各官署印信符牌全部收回，封闭府库，称病不朝，但亲自率宿卫军守卫宫掖门。皇后一日连下数旨，哈剌哈孙或阳奉阴违，或置之不理。同时派康里脱脱速返漠北，报告海山。派人去怀州（今河南沁阳）通知海山之母弘吉剌氏及海山之弟爱育黎拔力八达，要他们速返京师。二月十六日，弘吉剌氏母子到达大都（今北京市）。阿难答等计划于三月三日政变。爱育黎拔力八达、哈剌哈孙闻讯后，提前一天，于三月二日率卫士入宫，杀阿忽台等人。爱育黎拔力八达以监国名义执政，通知海山速来即位。五月初二，海山兄弟、弘吉剌氏在上都（今内蒙多伦东北）召集宗室诸王会议，决议废黜成宗皇后伯要真氏，令其出居东安州（今河北安次西），后又赐死。处死阿难答、明理铁木儿等人。二十一日，海山即位，是为元武宗。
武宗即位时，中书省臣或死或免，为之一空。武宗便任命知院朵儿朵海为太傅，右丞相哈剌哈孙为太保，并录军国重事。任命塔剌海为中书左丞相，床兀儿、阿沙不花、明里不花等为中书平章。以床兀儿兼知枢密院事，塔思不花，康里脱脱为御史大夫。大量更换了成宗晚年的宰执，任用了协助自己镇北的官员。六月初一，封皇弟爱育黎拔力八达为皇太子，后又陆续为其设官署、兵卫，并让他兼领中书省、枢密院事。
同年七月，调哈剌哈孙为和林行省左丞相，出镇北边。以塔刺海、塔思不花分任中书右、左丞相。九月二十三日，下诏恢复尚书省，专管财政。二十八日，中书省臣上奏说：“帑藏空竭，常赋岁钞400万锭，各省备用之外，入京师者280万锭，常年所支止270余万锭。自陛下即位以来，已支420万锭，又应求未支者100万锭。臣等虑财用不给，敢以上闻。”因此武宗不得不暂停给诸王的赏赐。年底，又因开支过大，民贫岁歉，下诏省并佛事，停止一些土木工程。
武宗至大元年（1308年）正月初一，下诏宽大处理关押在御史台的贪官污吏，仅以追赃革职之事。初九，因江浙六路大饥荒，饥民有46万户之多，下诏拍卖过去没收的朱清、张瑄的货物，得锭30万锭赈济饥民。二十九日，又因各地“百姓艰食，盗贼充斥”，命中书省遣使巡行，与地方官共议弭“盗”之方。二月初五，中书省因再次财政困难上奏，说自武宗即位已来，已支和应支钞额已达820余万锭，库存不敷所出。请求暂借钞本710余万锭救急。同时请求不是急需的开支尽量缩减或缓办。武宗一方面答应，一方面继续大修佛寺、行宫。
至大二年（1309年）八月，正式成立尚书省，以太傅乞台普济、脱脱虎分任右、左丞相，三宝奴、乐实为平章。九月初一，颁行至大银钞。以至大银钞一两兑换至元钞五贯，或白银一两，或赤金一钱。限各地在诏书到达之日的百日内兑换完毕。为此，在各路设平淮行用库负责兑换。在各路、府、州、县设常平仓平抑物价，禁止私自买卖金银和运金、银、铜钱、绵丝、布帛出海。二十日，尚书省臣奏，请求拨至元钞本百万锭以给国用，开铸铜钱，将中书省宣敕、用人权划归尚书省，恢复阿合马、桑哥时的旧制，均得到武宗同意。
至大三年（1310年）正月，定税课法。设立专门的征税机构。六月，以太尉、尚书右丞相脱虎脱，太保、尚书左丞相三宝奴总治百司庶务，完全架空了中书省。年底，御史张养浩上书指出赏赐太侈，刑禁太疏，名爵太轻，台纲太弱，土木太盛，号令太浮，倖门太多，风俗太靡，异端太横，取相之术太宽等十大时弊。遭到当权者忌恨，不得不改变姓名隐去。同年，三宝奴劝武宗改立皇子为太子。康里脱脱以为皇太弟有对国家有大功，极力主张不可废，于是保持原状。第二年正月，武宗去世。
马端临与《文献通考》
自从唐朝杜佑撰写《通典》，创立大型典制体史书之后，南宋郑樵撰写的《通志》一书的二十略部分也属于典制体。但是，《通典》所记述的时间上自唐、虞三代，下至唐朝中叶。《通志》二十略的下限或至唐、或至宋。因此，元代的马端临发愤撰写了《文献通考》。
马端临是南宋末年丞相马廷鸾之子，曾做过承事郎一类小官。因马廷鸾不肯依附贾似道，于宋度宗咸淳九年（1273年）辞职，马端临也就随父亲回到家乡江西乐平。马廷鸾曾经担任过史官，家中藏书丰富，对宋代典章制度也十分熟悉，这些都给马端临提供了极好的条件。马端临在至元二十六年（1289年）之后，短期担任过慈湖书院、柯山书院两处的山长、教授及台州路官学教授等职，其余时间均在家乡隐居，著书立说。大约在至元二十五年（1288年），马端临着手撰写《文献通考》。
马端临著《文献通考》不仅在选择资料上十分严肃审慎，而且发表了自己的见解，所谓“研读覃思，悠然有得，则窃着已意，附其后焉”。在撰写中，马端临尤其注意典章制度的变革。他在《自序》中写道：“其变通张弛之故，非融会错综，原始要终而推寻之，固未易言也。”在充分把握其始终变化的基础上，马端临对各类制度的演变阶段及其原因进行了探讨，提出了不少独到的见解，受到后世的推崇。当然，由于私人修史受到各种条件的限制，《文献通考》中也有一些遗漏错讹之处。但总的来说，该书如顾炎武所称赞的那样：“马贵与《文献通书》，以一生精力成之，遂为后世不可无之书。”
大约在元大德十一年（1307年），马端临完成了《文献通考》。全书分二十四门，即：一、《田赋考》七卷；二、《钱币考》二卷；三、《户口考》二卷；四、《职役考》二卷；五、《征榷考》六卷；六、《市籴考》二卷；七、《土贡考》一卷；八、《国用考》五卷；九、《选举考》十二卷；十、《学校考》七卷；十一、《职官考》二十一卷；十二、《郊社考》二十三卷；十三、《宗庙卷》十五卷；十四、《王礼考》二十二卷；十五、《乐考》二十一卷；十六、《兵考》十三卷；十七、《刑考》十二卷；十八、《经籍考》七十六卷；十九、《帝系考》十卷；二十、《封建考》十八卷；二十一、《象纬考》十七卷；二十二、《物异考》二十卷；二十三、《舆地考》九卷；二十四、《四裔考》二十五卷；二十四门合计三百四十八卷。记述了唐、虞三代至宋嘉定五年（1212年）的典章制度，补充了《通典》的不足。上述门类中，经籍、帝系、封建、象纬、物异等五门是新增设的，其余则基本上承袭《通典》，只是分类更为细密。
从《文献通考》所收的内容和分类来看，该书所收史料的时间跨度比《通典》、《通志》长，涉及面比前两书宽。尤其是宋代的部分取材更为丰富。就典制体史书而言，《文献通考》有自己鲜明的特点，很快引起了人们的注意。延四年（1317年），道士王寿衍奉旨寻访有才能、道行之士。第二年，在乐平发现了马端临的《文献通考》。延六年，王寿衍将这部书进献给朝廷。英宗至治二年（1322年），元朝决定在马端临本人的参与下，由饶州路官府负责将《文献通考》刻板印行。泰定元年（1324年），《文献通考》刻成印行，流传于世。
马端临的《文献通考》对后世同类著作影响很大。明朝万历年间（1573—1620年），王圻撰写了《续文献通考》，共分三十门，二百五十四卷。该书所收内容上起宋嘉定年间，下至明万历三十年（1602年）左右。但是，清朝统治者为抬高自己编写的《续文献通考》而极力贬斥王圻的著作。乾隆十二年（1747年），下诏修撰《续文献通考》。该书收集了自南宋后期至明末的史料，共分二十六门二百五十卷，增加了《群祀考》和《群庙考》两门。乾隆二十六年（1761年），下诏修撰《皇朝文献通考》。该书亦称《清文献通考》，仍为二十六门，共一百卷。清末民初的刘锦藻花费十几年的时间，修成《皇朝续文献通考》（亦名《清朝续文献通考》）。该书所收史料上起乾隆五十一年（1786年），下至宣统三年（1911年）。在门类上增加了《外交》、《邮传》、《实业》、《宪政》等四门，合计三十门四百卷。于是这上自上古、下至清末的中国四千余年的典章制度大致可从上述四部《文献通考》中得其概貌。
元朝崇佛
元朝崇奉佛教，终元之世没有改变。其对藏传佛教僧人的优礼宠异，是历朝所罕见。
蒙古族统治者最先接触到的佛教是汉地的禅宗。成吉思汗十四年（1219年），成吉思汗曾命禅僧海云及其师统领汉地僧人，免其差发。窝阔台汗七年（1235年），蒙古统治者括中原户口，欲“印识人臂”，因海云劝阻而作罢。贵由汗元年（1246年），阔端召藏传佛教萨迦派僧人萨班·贡噶坚赞赴凉州（治所在今甘肃武威），商议卫藏地区僧俗地方势力的归顺事宜，从此藏传佛教势力的影响进入蒙古宫廷，并逐渐取代了内地禅宗。忽必烈即位后，先后封萨迦派僧人八思巴为国师、帝师，令其领总制院事，管理藏族地区以及全国佛教事务。建藩于云南等地的诸王，也往往从藏延请喇嘛以为王师。八思巴曾劝忽必烈停止在汉地以人填河，横加杀戮的野蛮作法，起过一些积极的作用。忽必烈之后，元朝历代皇帝皆以藏僧为帝师，照例由帝师领宣政院事。宣政院为从一品衙门，与中书省、枢密院、御史台同为“得自选官”的四大中央机构。帝师之下的宣政院使“必以僧为之，出帝师所辟举”，“帅臣以下，亦必僧俗并用而军民通摄”。由于元朝皇室对藏传佛教的尊崇，帝师位极人臣，“虽帝后妃主，皆因受戒而为之膜拜”。帝师可以干预刑狱。杀人之盗、作奸之徒，以至朝官中受贿枉法者，都可以因为帝师一语而逍遥法外。帝师的兄弟可以尚主封王，“其弟子之号司空、司徒、国公、佩金玉印章者，前后相望”。藏僧之在京为官者，已因其色目人身份而见重，其中帝师的亲友门徒，更仰仗帝师的权势而备受尊宠。他们夺人田产、霸人妻女，为害四方，无恶不作。番僧杨琏加被忽必烈任用为江南释教总统，掘钱塘、绍兴南宋帝后大臣坟墓百余所，盗取殉葬财宝无数，占田达23000亩，私庇平民不交纳公赋者23000户。其他如藏僧强市民物、欧打官员、骚扰驿站、甚至与王妃争道、出语犯上等等，元帝皆纵容不问。
藏僧还凭借政治上的权势，编造各种名目，借行佛事而挥霍营私。史载元初至元三十年间（1264—1294年），醮词佛事之类已过百项，及至大德年间（1297—1307年），增至五百余项。而元统治者为了借助佛教的欺骗麻醉作用加强对人民的统治，在经济上毫不吝惜。元贞元年（1295年），元成宗为皇太后建佛寺于五台山，以大都、保定、真定、平阳等十路应其所需，大兴土木，役使工匠数万人，附近数路州县“男不暇耕，女不暇织，百物踊贵”。延年间（1314—1320年），内廷佛事每岁用面43万斤，油7万余斤，酥21000斤，蜜27000斤。当时人称“国家经费三分为率，僧居其二”。经济上的挥霍，成为元朝后期社会矛盾激化的一个原因。
元末顺帝父子荒淫无度，一些藏僧投其所好，以传授密教中的男女双身修法、“房中术”、“大喜乐”之类，向元帝取媚固宠，宫廷丑闻播于朝野。
元代内地流行的佛教，分为禅、教、律三大派，其中最为流行的是禅宗中的曹洞、临济两家。因元朝皇帝所崇奉的主要是藏传佛教，内地佛教僧人在政治上的特权远远不能与藏僧相比。但经济上许多内地寺院却通过接受封建国家的赏赐和大地主的捐赠而富甲一方。元朝统治者往往一次赐予某寺以大量的土地财产。如元仁宗至大四年（1311年），“赐大普庆寺金千两，银五千两，钞万锭，西锦、彩缎、纱、罗、布帛万端，田八万亩，邸舍四百间”。延三年（1316年），又赐该寺益都田170顷，赐上都开元寺江浙田200顷，赐华严寺百顷。有的地方，僧尼人均占田数超过平民八九倍，其所占土地民户，均免税免役。统治者还明令规定不得侵占寺院的土地财产，以致“天下之田一入僧业，遂固不移”，使寺院的经济势力急剧膨胀。
元朝的崇佛，成为当时的一大弊政。
南戏与北杂剧
南戏是南曲戏文的简称，是我国最早成熟的戏曲形式。南戏产生于浙江温州一带，又称“温州杂剧”或“永嘉杂剧”。南宋时盛行，著名曲目如《王焕》久唱不衰。南戏到元代前期曾一度衰微，元末又重新兴盛，并在内容和形式上得到了进一步发展，为明代传奇戏曲的繁荣奠定了基础。