10月1日，福田在第168届国会的首次施政方针演说中，改变了安倍时期那种意识形态先行的“大政治”，着眼于务实可行的“小政治”，提出了“自立与共生”的基本政策理念，意欲适当修正小泉的改革路线，某种程度回归“大政府主义”。他提出对内要恢复国民对政治的信任，通过改革和发展经济，完善社会保障制度，整顿公共教育、工作和育儿环境，缩小社会差距，建立一个“希望和安心”的可持续发展社会；对外则主张实现“日美同盟的强化与推进亚洲外交的共鸣”，“积极推进亚洲外交”，并且指出当前最紧急的课题就是日本海上自卫队向印度洋美军提供后勤支援问题和朝鲜问题。国会演说中福田首当其冲强调，要诚心诚意与在野党协商，共同推进国政。
面对“非常国会”的长期化，某种程度上权力的中心已由内阁转移到了国会。福田不得不奉行“协商路线”，考虑在何种程度上能够取得第一大在野党民主党的合作，如何寻求合作的途径和方法？事关向美军继续供油的反恐法案还没找到头绪，10月19日，又传出前防卫省事务次官即被称为“防卫厅天皇”的守屋武昌涉嫌严重受贿案件。民主党借机根据国政调查权，在众参两院分别传唤了守屋武昌等数名当事人，还牵出原防卫大臣久间章生和现任财务大臣额贺福志郎等多名政治家参与其中，问题变得更为复杂。如何尽快收场，刚刚上任的福田已是举步维艰。毋庸置疑，其中“大联合”是消除“非常国会”的根本办法。于是，10月30日、11月2日，福田与民主党党首小泽一郎，即所谓的“众议院首相”与“参议院首相”举行了两次会谈，探讨了建立“联合政权”的问题。在福田对小泽的安全政策方面做出较大让步后，小泽态度也比较积极。双方约定，小泽出任无特定事务的副总理，内阁人数分配分别为自民党10人、民主党6人、公明党1人，其中国土交通大臣、厚生劳动大臣和农林水产大臣由民主党担任。据说《读卖新闻》会长渡边恒雄和前首相中曾根康弘也从中斡旋，此间有关建立“大联合政权”的问题喧嚣一时。结果小泽的建议遭到民主党内的强烈反对，甚至搞得小泽不得不宣布要辞去党首职务，最后在大家挽留下小泽又收回了辞职的发言。
大联合的设想落空之后，朝野对立激化，反恐法案成为斗争的焦点。11月1日反恐法案失效之后，福田政府急忙于11月13日提交新反恐法案并在众议院获得通过。带着这个还没加工好的“见面礼”，福田于11月15-17日首访美国，表明将继续强化日美同盟，争取早日通过新反恐法案以恢复自卫队向美军等的供油活动，同时也重申了“日美同盟与亚洲外交共鸣”的理念。上一年保守的安倍首访中国，破除了中日关系的坚冰，如今温和的福田首访美国，以显示重视美国的姿态。
围绕年金记录丢失处理问题，福田政府对应迟缓，新反恐法案强行再行表决的意向，也遭到各方批判，导致内阁支持率急剧下降。据朝日新闻社12月19-20日的全国舆论调查，执政不到三个月，福田内阁的不支持率首次超过支持率，支持率由上台时的53%下滑到31%，不支持率由27%上升为48%。
在内政不见起色的背景下，福田发挥自己外交的特长，在岁末的12月27-30日，福田继“破冰”、“融冰”之旅后，展开了“迎春”之旅。他在北京大学发表了题为“共创未来”的演讲，提出以“互利合作、国际贡献、相互理解和信赖”作为中日战略互惠关系的三大支柱，进而最后强调指出“中日两国之间不单单是一种利益或利害关系，两国是有着悠久交流历史的邻国，共有相互的文化和传统，共有相互依存的基础”。随后，福田参观了天津滨海新区及天津一汽丰田工厂，并前往孔子故里山东曲阜参观，亲笔写下了“温故创新”的感言，蕴涵了“以史为鉴，面向未来”之义。福田“政治、经贸、文化”三位一体的“迎春之旅”，为中日邦交正常化35周年划上了一个圆满的句号。2008年5月，胡锦涛主席展开“暖春之旅”，这是中国国家元首时隔十年首次访日。双方签署了中日之间的第四个政治文件《中日关于全面推进战略互惠关系的联合声明》，进一步推动了中日关系向一个新的高度发展。
为了通过反恐法案，时隔19年，福田内阁决定延长临时国会。于是，临时国会自细川内阁以来时隔14年第二次跨入新年度，成为“跨年国会”。进入2008年，福田内阁迎来了更大的挑战。1月11日上午，新反恐措施法案在参议院被民主党、共产党和社民党等多数否决后，当天下午众议院大会上，自民党和公明党实行再次表决，以三分之二以上的多数强行通过，该法时效一年。被参议院否决的议案在众议院再次表决通过，这是继1951年《赛艇法》之后57年来的第一次。表决现场，民主党代表小泽一郎等人拂袖而去，放弃投票，以示抗议。
紧接着所谓“DNA”的一些列棘手问题，严重困扰着福田内阁，特别是日本银行总裁的选任问题。随着2008年3月日本银行总裁福井俊彦任期届满，按照日本国会法的规定，政府对日银正副总裁的人事任命，必须经过参众两院的批准，而不像预算和法案一样众议院有优先权。民主党据此以财政和金融分开为由，先后两次否决了福田政府的人事提案，使得日银总裁空缺达三周之久，这是日本战后史上从未出现过的事态，福田政府在国民心中成了“不作为”政府。加上在处理汽油税率等问题上福田表现不佳，4月19-20日，朝日新闻社发表的舆论调查结果显示，福田内阁的支持率已降至25%，有人认为福田内阁已经进入“危险水域”。4月30日-5月1日该社的调查结果是，福田内阁支持率进一步降至20%。政党支持率也发生了逆转，民主党由22%上升为28%，自民党则由26%降为24%。与此同时，5月2日，日本共同社的民调结果也显示，福田内阁的支持率跌至19.8%，这也是2001年森喜朗内阁下台以来，日本内阁支持率首次跌破20%。福田的政权运作能力面临严峻考验。
进而，民主党加紧“逼宫”行动。2008年6月11日，民主党联合其他在野党向参议院提交了针对首相福田的问责决议案并获得通过。在日本宪政史上，首开首相问责决议案在参议院获得通过的先例。民主党代表小泽认为，“尽管不具备法律约束力，但针对首相的问责决议案获得通过的话，是迄今为止从未有过的重大事态”，他还表示“无视国民的意见而继续存在的内阁是不符合宪政常识的。只有解散众议院举行大选才能解决问题”。
翌日，自民党和公明党在众议院全体会议上，利用多数优势通过了对福田内阁的信任决议案，以对抗前一天在野党在参议院通过的针对福田的问责决议案。这是日本众议院历史上第二次通过对内阁的信任决议案。上次是在1992年宫泽喜一任首相期间。
支持率在20%左右低位徘徊的福田，寄希望于7月在北海道召开的八国峰会，欲借外交增加政府的亮点，然而，结果是不少日本媒体认为日本收获不大，福田表现令人失望，美国布什成了大赢家。“江郎才尽”的福田8月2日改组内阁，以求挽回一路下滑的支持率。然而，朝日新闻社8月1-2日的舆论调查表明，内阁支持率没有太大起色，支持率为24%，与7月份持平，不支持率仍旧高达55%。
新内阁不见增色，反倒是又出丑闻。新内阁中的三名大臣于8月16日被曝各自接受一名建筑业大亨政治捐款，十天后的26日，福田刚拉上农林水产大臣位置的太田诚一（妻子的表弟），竟然被曝出凭空领取事务所经费的丑闻。9月19日太田引咎辞职，成为继安倍内阁松冈利胜、赤城德彦之后一年多内栽倒的第三位农林大臣，该职位一时成了“鬼门”。在野党纷纷要求追究福田的人事任命责任。
执政联盟公明党也担心若在没有人气的福田领导下迎接大选，铁定败北，殃及自身，要求福田下台、更换领导人。自民党内不少人也对福田的领导能力产生了怀疑。福田提出的延长反恐特别措施法案、设立消费者厅、讨论补充预算等问题，均受到民主党的反对。面对2008年9月即将到来的临时国会，民主党干事长鸠山由纪夫8月26日表示，要在临时国会中“将福田内阁逼到绝路”。民主党党首小泽也表示，临时国会开幕意味着“众议院解散、举行大选的铜锣敲响”。进退维谷的福田，突然于9月1日晚召开紧急记者招待会宣布辞职，理由是“为了国民生活，希望在新的阵势下实现政策”。记者质问：“一般都认为您给人的感觉就是一副事不关己的模样，今天这场辞职的记者会，坦白说，您给人就是这种印象。”福田有点恼羞成怒：“我能很客观地认识自己，我和你不一样。”“我和你不一样”，迅速蹿红网络，赢得日本“2008年网络流行语金奖”。各类商家纷纷推出图文并茂的“我和你不一样”文化衫、鸭舌帽、马克杯、婴儿装，可谓火爆热销。
9月24日，福田内阁辞职。与“小将”安倍同样，“老将”福田依旧是一年之后，改造完内阁不久撂挑子而去。“非常国会”无须说是需要客观面对的现实，那么换个角度，究竟是“金权政治”惹的祸？还是“世袭闺阀”的劣根？无疑都与自民党长期一党独大的“僵化”体制脱不开干系。新规未立，旧体制已僵，“政治崩溃”，首相更迭已是必然。从人才的角度看，小泉打破了派阀，也打破了自民党以派阀为中心的人才培养体系和功能，结果他支持、推出的两任首相，都在直接“摧毁着自民党”。早在20世纪90年代中期，前首相竹下登在接受日本政治学者御厨贵（现东京大学教授）的采访时就曾说：“桥本政权倒了的话，下一个是小渊（惠三），但是，小渊之后还没有看到。”采访者追问“小渊之后这么办？”竹下答道：“今后得收拢年轻人进行学习了。”时隔不久，竹下病倒，最后之星小渊也很快病故。该人才培养体系亦旋即告终。十余年后，蜀中无大将廖化作先锋，福田这位平常时期的常人政治家，却在非常时期上任，又遭遇“非常国会”，以致终于“临阵脱逃”。从体制变迁角度来看，御厨贵教授感言：“日本真正的政权交替时期已经到来。这次福田首相突然抛掉总理职位，对日本来说，或许是个‘功劳’。”