此外，武后还给这支出征部队配备了一位监军——魏元忠。他就是当初急中生智拉黑帮老大来为高宗护驾的那个家伙。武后之所以这么安排，有两个重要目的：一、让足智多谋的魏元忠弥补李孝逸在战略战术上的不足，确保平叛战争的胜利；二、监视李孝逸，防止他临阵倒戈，毕竟他是李唐亲王，是否能真正忠于武后还很难说，所以这层风险必须严加防范。
就在李孝逸开拔的一个月后，武后再度任命了一个江南道大总管，亦即第二梯队的主帅。这是在做两手准备，万一李孝逸战败，第二梯队可以迅速出击。而这个第二梯队的主帅不是别人，正是当时威震一方的抗蕃名将，时任左鹰扬大将军的黑齿常之。
如果说任用李孝逸是武后打的一张政治牌，那么任命黑齿常之则是一张百分之百的军事牌。李敬业虽说是将门之后，可他本人的军事能力和作战经验，跟黑齿常之绝对不是一个级别的，因此就算李孝逸战败，武后也还有黑齿常之这张王牌，足以摆平李敬业。
综观武后在这场平叛战争中所作的战略部署和人事任命，其心机和谋略确实是常人莫及的，无怪乎后来朝廷军队会迅速平定李敬业叛乱，可谓“其胜也宜哉”！
相对于武后运筹帷幄，决胜千里的智慧和谋略，李敬业的表现就差得太远了。
李敬业一起兵，就面临两个选择：一是挥师北上直指洛阳，夺取东都号令天下；二是南渡长江攻占金陵，经营江东以求自固。
军师魏思温力主北上，他认为，既然义师打的是勤王旗号，自然要进军东都，才可获得四方响应。而裴炎的外甥薛仲璋则力主南下，因为金陵乃历朝古都，有帝王气，且有长江天险可以依恃，所以他认为，应先取常州、润州（今江苏镇江市），奠定霸业之基，而后再北图中原。这才是进可攻，退可守的良策。
面对金陵王气、定霸之基的诱惑，李敬业怦然心动，旋即采纳薛仲璋之策，决定渡江南下。
这是李敬业一生中最重大的，也是最失败的一次抉择。
魏思温极力反对，说这是大事未举就先躲到巢穴里，会让天下志士灰心丧气。可李敬业充耳不闻，命左长史唐之奇留守扬州，然后亲率大军南渡长江，攻打润州。魏思温无奈地对右长史杜求仁说：“兵势合则强，分则弱，敬业不并力渡淮，收山东（崤山以东）之众以取洛阳，败在眼中矣！”（《资治通鉴》卷二○三）
后来的事实证明，魏思温的担忧是对的。李敬业起兵，最大的本钱既不是他将门之后的招牌，也不是那个假冒的章怀太子李贤，更不是他仓猝集结的十万乌合之众，而是“志在勤王，匡扶李唐”的政治口号。因为天下人对武后擅权专制的不满由来已久，如果充分利用这一点，必可收揽人心，号令天下。只可惜李敬业不过是一个胸无大志、鼠目寸光的武夫，他拒绝北上，掉头南下的行为，一下子就暴露了割地称王的野心和意图，也彻底暴露了他假勤王、真叛逆的嘴脸，所以天下人必然会对他极度失望，因而也就注定了他的败亡。
光宅元年十月中旬，李敬业攻陷润州，生擒他的叔父、润州刺史李思文。李敬业对他说：“叔父是武氏的狐朋狗党，应该改姓‘武’！”
就在李敬业给他叔父改姓的五天之后，他自己的姓也被朝廷改了。武后剥夺了他的世袭爵位和皇姓，恢复徐姓；同时刨开了他祖父李勣的坟墓，并且剖棺暴尸。可怜李勣一世英名，死后却被他的孙子玷污和连累，连灵魂都要在九泉之下背负耻辱，不得安宁！
十月下旬，李孝逸大军逼近润州，徐敬业兵分三路迎战，自己亲率一路进驻高邮，派胞弟徐敬猷进至淮阴，再派将领韦超、尉迟昭进驻都梁山（今江苏盱眙县南）。
李孝逸进抵淮河北岸后，前锋雷仁智与徐敬业遭遇，首战失利，李孝逸胆怯，于是逗留不进。关键时刻，武后特意安排的监军魏元忠开始发挥作用了。他马上去找李孝逸谈心，话头话尾一直在暗示李孝逸：徐敬业打的是匡扶唐室的旗号，而您又是宗室亲王，若您一直畏缩不前，难免让人怀疑与徐敬业暗中勾结，万一太后怪罪下来，到时您一定罪责难逃！
李孝逸吓得冷汗直冒，只好下令军队出击。
朝廷军的战斗力本来就在叛军之上，一旦主帅下定进攻的决心，自然是势如破竹、所向无敌。十月下旬，副总管马敬臣在都梁山击败并斩杀了尉迟昭。十一月初，李孝逸大军又先后击败叛军将领韦超和徐敬猷。至此，徐敬业的左膀右臂被全部砍断。朝廷军乘胜而进，于十一月中旬在下阿溪与徐敬业主力展开了决战。
下阿溪一战，朝廷军一开始频频受挫。先是前锋苏孝祥率五千人趁夜抢渡溪流，遭遇叛军顽强阻击，苏孝祥战死，官兵多半落水溺毙；继而李孝逸主力又多次发动进攻，均被叛军一一击退。生性怯懦的李孝逸再次萌生退意，被魏元忠阻止。魏元忠仔细观察了战场上的风向之后，力劝李孝逸采用火攻之策。
李孝逸本人虽然怯懦无能，但却善于听取正确意见。冬天里漫山遍野的枯草成全了官军的火攻战术，只见数千艘燃烧着熊熊烈焰的草船顺着呼啸的北风迅速扑向驻守南岸的叛军。火船撞上南岸之后，漫天大火开始在叛军营帐疯狂蔓延，顷刻间吞噬了徐敬业麾下的七千部众，也一举烧毁了徐敬业的所有梦想。
徐敬业在惨遭重创之后落荒而逃，跟随他逃亡的只有徐敬猷、骆宾王以及少数残部。大多数部众就算没被烧死，也都成了官军的刀下之鬼，或者沉入下阿溪喂鱼去了。徐敬业仓惶败退扬州之后，一刻也不敢耽搁，又匆忙带上家眷逃奔润州。
光宅元年十一月十八日，徐敬业一行逃至海陵（今江苏泰州市），准备从这里渡海流亡高丽。无奈老天爷总是和他作对，这一天又刮起猛烈的东北风，使他的船只根本无法张帆出海。徐敬业望着浊浪翻涌的海面，一种冰冷的绝望瞬间弥漫他的全身。那天夜里，一个叫王那相的部将趁徐敬业熟睡之际，偷偷潜入他的帐中，轻而易举地割下了他的首级，随后又砍杀了徐敬猷和骆宾王，带着三人的首级投降了官军。数日后，叛军余党唐之奇、魏思温等人也相继被捕，被官兵砍下首级，传送神都。
至此，徐敬业叛乱宣告平定。
拥兵十万的徐敬业从起兵到被杀，历时仅两个多月。其败亡之速，其下场之不堪，让许多大唐臣民在日后追忆的时候仍然欷歔不已。
徐敬业等人沾满血污的首级传送洛阳后，被高高悬挂在端门前的旗杆上示众。那天，盛装华服的武后站在则天门楼上远远地望着，感觉那几颗肮脏的首级就像是烂在枝头上无人采摘的野果，只等乌鸦和秃鹫前来啄食。武后那天自始至终没有说一句话，然而细心的朝臣却分明看见她的嘴角荡漾着一抹矜持的笑容。
那天有状若血火的凄美晚霞在西天灼灼燃烧，像极了下阿溪岸边百年一遇的熊熊烈焰。武后起驾回宫的时候，随行的文武百官束手站立在甬道两侧，看见武后端坐在御辇上，从太初宫宽广的殿庭中徐徐而过。在金黄色的余晖映照之下，武后那张方额广颐的脸庞似乎罩上了一层绮丽的光晕。
百官们敛首低眉，莫敢仰视。
他们都说，当时的武后看上去就像一尊凛然不可侵犯的神祇。
大清洗：裴炎之死
在徐敬业败亡之前，帝国的一个重要人物已经先他而死。
这个人就是裴炎。
裴炎下狱后，武后亲自点名，命左肃政大夫骞味道和侍御史鱼承晔负责审查，目标很明确，就是要不择手段坐实裴炎的谋反罪名。
审讯过程中，裴炎语气强硬，毫不妥协。有人劝他适当让步，或者态度谦逊一点，以求避死免祸，可裴炎却摇头苦笑，说：“宰相一旦下狱，岂有活命的可能？”
基本上可以说，此刻的裴炎已经无惧于死亡了。
从裴炎确凿无疑地看见武后改朝换代的决心和野心后，他就知道自己只有一条路可以走了，那就是——与武后公开决裂，然后坦然赴死。
不管他过去和武后有过多少默契于心的政治交易，也不管裴炎心里还藏有多少个人的政治目的和利益诉求，总之在这个最后的时刻，在这个涉及君臣纲常、社稷安危的原则性问题上，裴炎还是清醒的。作为一个从小就进入弘文馆就学，熟读圣贤经典的儒家士大夫，裴炎的立场和态度很明确——与其充当武后颠覆李唐的帮凶，变成一个人神共愤的乱臣贼子，或者在这个老妇人的石榴裙下摇尾乞怜，蝇营狗苟地活过下半辈子，那还不如引颈就戮，痛快一死，起码也能保住一个李唐忠臣的名节，起码还有脸面到地下去见高宗。
所以，裴炎走到今天这一步，完全是他自己选择的结果。
除了不愿成为武后篡唐的工具之外，还有一个重要原因也迫使裴炎主动选择死亡。那就是——他后悔当初帮了武后太多的忙！谁都不能否认，武后之所以能够顺利摆平几个儿子，获得临朝称制、母临天下的合法性，在很大程度上是要归功于（或者归咎于）裴炎的。因此，未来武后如果真的篡了李唐天下，无疑也有裴炎的一份功劳（或者一份罪孽）。想到这一点，裴炎就会有一种早知今日何必当初的懊悔和自责。
因此，死亡对于此刻的裴炎来讲，与其说是一种惩罚和灾难，还不如说是一种救赎和解脱。
正当徐敬业兵变的烽火在扬州熊熊燃烧之时，神都洛阳的朝廷上也打响了一场没有烽烟的战争。面对悬而未决的裴炎谋反案，文武百官们迅速分成了两派。一派以主审官骞味道和凤阁舍人（中书舍人）李景谌为首，坚称裴炎必反；另一派以纳言（侍中）刘景先和凤阁侍郎（中书侍郎）胡元范为首，竭力为裴炎鸣冤叫屈。他们在朝堂上公然对武后说：“炎，社稷元臣，有功于国，悉心奉上，天下所知，臣敢明其不反！”（《资治通鉴》卷二○三）
扬州叛乱未平，当朝首席宰相又涉嫌谋反，朝廷正是用人之际，此时的武后当然不希望把事情闹得不可收拾，所以她只能强捺心头的怒火，淡淡地说：“裴炎有种种谋反的迹象，只是诸卿不知道罢了。”
可刘景先和胡元范根本不买武后的账。他们异口同声、斩钉截铁地说：“如果裴炎谋反，那臣等也都是反贼了！”
裴炎的落难，无疑让同僚刘景先和胡元范感到了唇亡齿寒的危险。他们意识到，裴炎的今天很可能就是他们的明天，所以此时此刻，他们必定要豁出身家性命力保裴炎。
因为只有保住裴炎，才能保住他们自己的明天。
武后深长地看了他们一眼。
这一眼顿时让刘景先和胡元范不寒而栗。
但武后最后还是以一种息事宁人的口吻说：“我知道裴炎谋反，也知道你们不反。”
武后在最大程度上作出了让步，但同时也是在暗示并警告刘、胡二人——识时务者为俊杰，你们最好是认清形势，和裴炎划清界限，没必要和他掺和在一起。
然而，令武后深感意外的是——她的克制和忍让并没有获得宰相和大臣们的理解，她的暗示和警告更是被当成了耳旁风。在刘景先和胡元范的带头作用下，文武百官中的大多数居然都站到了裴炎一边，力保裴炎的奏章如同雪片一般纷纷飞到她的面前。
武后愤怒了。
虽然她不希望因为裴炎一案而掀翻整个朝堂，但这并不意味着她可以容忍满朝文武伺机对她发难。
她绝不容忍！
因此，武后决定杀鸡儆猴，对东都朝堂来一场大清洗。
但是在动手之前，为了避免局势的全盘恶化，武后还是先跟一个老臣打了一声招呼。
他就是文昌左相兼西京留守，时年八十三岁的刘仁轨。尽管他早就被武后以“外示尊崇，内夺其权”的方式晾在了一边，可毕竟是德高望重的三朝元老，在武后决定清洗东都朝堂之前，她还是希望稳住刘仁轨，以便稳住长安的局势。
武后派出了一个叫姜嗣宗的使臣，前往长安通报裴炎一案的情况。此时的姜嗣宗绝对不会料到，就是这趟普普通通的差使，最后竟然让他送掉了小命。
本来姜嗣宗是不会死的，问题在于这个人的话太多。当他眉飞色舞、添油加醋地向刘仁轨介绍完裴炎的案情后，又意犹未尽地加了一句：“我很早就察觉裴炎心怀异志了，如今看来，果不其然！”
刘仁轨眯着眼睛看着这个来自东都的太后心腹，突然觉得阵阵反胃。在他看来，裴炎这个人固然该死，几年来帝国发生的一系列重大政治变故，几乎都是裴炎在背后搞的鬼，现在机关算尽，反遭太后兔死狗烹，可谓死有余辜！但是眼前的这个人显然也不是什么好鸟，幸灾乐祸，落井下石，一副龌龊的小人嘴脸，显然也是武后门下的一条走狗。
既然你小子今天撞到了老夫手上，就别怪老夫心狠手辣！
心念电转之间，刘仁轨已经有了主意。他一脸凝重地看着姜嗣宗，说：“哦？尊使早就察觉了？”
“那是当然！”姜嗣宗得意洋洋地说。
刘仁轨点点头，忽然话题一转：“仁轨有一道奏章，有劳尊使顺道带回。”
姜嗣宗满口答应。
他并不知道，刘仁轨交给他的这道奏章就是他的死亡通知书。
姜嗣宗兴冲冲地回东都复命时，武后展开刘仁轨的奏章一看，上面只有一句话：“嗣宗知裴炎反，不言。”
武后一声令下，姜嗣宗被当廷逮捕，并立即绑赴都亭绞死。
很可能直到绞索套上脖子的那一刻，姜嗣宗依旧不明白自己是怎么死的。
随后的日子，武后迅速果断地展开了一场政治清洗。
带头力保裴炎，公然与武后面折廷争的刘景先和胡元范率先下狱。文武百官一见势头不妙，赶紧夹起尾巴做人，从此再也没有人敢替裴炎说话。