最普遍的说法是王大珩得到了周恩来总理的保护。有人说周总理手里有一个名单，上面都是需要保护的知名科学家，王大珩的名字也列在了这个名单上，他因此而成为周总理特殊关照的人物而免遭迫害。还有人说，“文革”初期，就在长春这方面正要对王大珩采取行动的关键时刻，周总理秘密地派钱学森来到长春，亲自传达了把王大珩列入保护对象的指示，及时地制止了对王大珩的冲击。
还有一种说法主要集中在当时负责国防科技的聂荣臻元帅身上了。有一说是说聂荣臻元帅拟了一张包括了一大批参与国防科研工作的科学家的名单，上报中央批准后，下发各省市，要求对这些人实施保护。另有一说是说聂荣臻元帅下令对国防科研单位进行军事保护，并以筹建十五院的名义把王大珩召到北京难来了。
没有人能搞得清这几种说法中哪一种是真实的，连王大珩自已也说不清。但事实上，王大珩的确在“文革”开始后的很长一段时间内都没有受到太大的触及。他只是被当作反动学术权威靠边站了而已。
用当时的话来讲，真正受触及的是灵魂。王大珩说，他永远忘不了上北京寻求帮助的那一次。他去北京是为了还没有完成的国防科研任务。当时光机所已经乱起来了，他不能眼看着国防科研任务半途而废。但到北京后，他却彻底失望了。在北京，他亲眼看到连张爱萍将军也被批斗了，而且是跪在地上批斗！王大珩去医院看望他素来敬重的一位老先生，没想到，当老先生得知他目前的处境不好时，竟像见了瘟疫似的生怕沾包，连连摆手示意他尽快离开此地。
出得门来，走上北京那贴满了大字报的零乱街头，王大珩突然感到了一阵阵扑面而来的彻骨寒意。他明白’在他靠边站之前，只来得及做一事了，就是尽快找到聂元帅，向聂帅提出对光棚斤采取军事保护措施的请求。从北京回来后，王大珩每天一次与聂帅办公室通话，直接向聂帅办公室汇撕里的每一点动向。后来，聂帅终于同意了王大珩的请求，下令向长春光枳所派驻军队对国防科研项目实施军事保护。长春光初所成了当时全国唯一的一个受到军队保护的民用研究所。在所有科研项目都被迫停下来的情况下，长春光机所的国防科研任务却始终没有停，在当时那种混乱的情况下，这简直就是个惊人的奇迹。
那以后，王大珩就沉默了。
沉默是恐惧，是无奈，是等待，也是自我保护的极端方式。在经历了许多的政治运动之后，王大珩终于学会了沉默。他再也不会像当年那样理直气壮地跑到统战部去为余瑞璜、钱伟长喊冤叫屈了。他再也不会因为有人批判他的学生思想反动就火冒三丈找到省委宣传部去“以自己的身份”替人家“担保”了。他准备三缄其口，打定主意再也不去招惹那个弄不清，惹不起，碰不得的政治了。
但他怎么也不会想到，他费尽心思请来的竟会是一场前所未有的灾难！他怎么也不会想到，他竟会真真地应了“引狼入室”的那句老话了。
据长春光机所《大事记》中记载：
一九六七年七月，中国人民解放军驻长春部队奉中央军委命令进所实行军事保护。
一九六七年十二月，中国人民解放军XXXX部队指派军事人员进所实行军管。
在当时那种特定的情况下，军管确实发挥了独特的作用。长春光机所在实行军管后，很快就从派别相争、武斗不断的混乱状态中解脱出来了，各派之间顺利实现了大联合，科研工作也开始陆续恢复，光机所在极短的时间里就迅速地建立起了一整套准军事化的新秩序。这一切无疑都归功于军管会，归功于那个统领着军管会，同时也统领着整个光机所的人。这个人的名字叫——单奎章。
在长春光机所的档案室里，存有一张单奎章当年在光机所做报告时留下的照片。照片上的单奎章着一身老式军装，军帽下的两道浓眉直插双鬓，阴郁的目光中至今还带着一股逼人的寒气。据说，单奎章是个一米八的山东大汉，永远以一副标准的军人姿态出现在人们面前。光机所没有一个人见过他笑，也没有一个人不从心里惧怕他。
在部队里，单奎章是一个响当当的团长，带过兵，打过仗。按部队首长的评价“是员横踢马槽的猛将”他是苦出身，没有多少文化，但人却极聪明，记忆力相当好。在光机所上千名知识分子面前讲话，只需列个提纲，提纲上一共也没有几个字，还画着许多只有他自已才认识的符号，张嘴一口浓重的山东口音，但话却讲得生动，听着不厌。
单奎章精力过人，律已很严。他是带着铺盖卷进光机所的，虽说他家离光机所并不远，但他平时从来不回家，就在办公室里住着，白天晚上地琢磨工作。都说光机所人睡办公室的传统就是打他那儿来的。他烟很重，琢磨事的时候更是一根接一根地狠抽，满脑子的点子、想法，常在夜里突然把人召集到他那烟气鹰瘴的办公室来开会。他说几点开会，到点人就必须到齐，来晚了他就会毫不客气地让你到门外去站着亮相，给你难堪，让你记住。他自已则总是绝对准时。
不知是在部队养成的习惯还是有意要在这群知识分子面前端足架子，反正单奎章从来不去接近群众。他始终与群众保持着距离，习惯于用一副冷冰冰的面孔来着意刻画自己的威严。没有人敢走近他。那时光机所常组织大家劳动。按说，劳动间隙一般是联系群众的最好机会，当领导的都喜欢利用这个时间和大家聚聚堆儿，一人点上一根烟随随便便地唠上几句，透着一股少有的亲近，消解一下平日的疏远。单奎章却不。他干起活来很舍得力气，不说话，很专注的样子。休息时则总是独坐在一棵树下，默默地从兜里掏出一根烟狠狠地吸着，把脸沉在烟雾之中，让整个人同那树身一起构成一尊牢不可破的威严像。其他人便都自觉地离那树远远的了。
应该说，这是一个标准的军人，一个合格的军事干部。
一开始，单奎章确实给光机所带来了希望。在他的治理下，光机所的一切都变得井井有条了。至今还有人这样说，那个时期是光机所有史以来各方面秩序最井然，行政管理最得力的一个时期。单奎章的脑子很够用，他懂得科研单位是要搞科研的，是要出科研成果的，因此他抓科研，也抓国防科研任务，而且抓得很紧。他知道搞科研是必须依靠知识分子的，因此，一上来他就很大度地给了王大珩这个资产阶级学术权威一个革命委员会副主任的位置。
表面上看来一切都还正常。
但是内心里呢？
从内心来看，单奎章是极端排斥知识分子的。他是个农民，他曾经仰视过知识分子，那种不平等的仰视是很容易使人在羡慕的同时把一种叫怨恨的东西储存进潜意识中的。他也出过国，但他是去日本北海道上沙川煤矿去做劳工。当他在暗无天日的煤窑中过着猪狗不如的生活时，当他企图逃跑而被日本人从山上抓回来毒打的时候，王大珩们却捧着书安逸地在洋人的实验室里摆弄着那些瓶瓶罐罐！而当他拎着脑袋闯过了无数的枪林弹雨，好不容易走出战争的血泊时，却发现自己舍命打下来的这个天下竟然也有王大珩们的一份！自已居然还要仰视他们，因为他们比他有学问，因为他们是洋专家！
多亏了“文化大革命”，给了他一可以俯视这些知识分子的机会，他必须充分利用这个机会，他当然要充分利用这个机会！谁也记不清事情最初是怎样发生的了。只记得光机所的上空突然阴云密布，转瞬间一场灾难便如急风暴雨般席卷而来。
从1968年开始，单奎章借着全国开展“清理阶级队伍”的机会，在光机所制造了一场空前的大混乱。他是决心要在抓阶级斗争方面做出惊人之举了。他必须在光机所挖出一大批潜伏着的特务、叛徒，让事实来证明他单奎章所具备的魄力和能力。他要让长春光机所出名，让单奎章出名！
单奎章很有信心，他说：“这么一个重要的单位，没有叛徒特务那才有鬼了！”
先是通过办学习班的方法，采取逼、供、信的手段施加压力，逼迫群众自已坦白交代。口子很快就打开了，一位新分配到所的女大学生承认了自已是特务组织的成员。说自己的父亲是特务，是父亲指使她上光机学院的。上学期间，父亲还每个月按时为她提供特务活动经费，毕业后又让她打入了光机所。于是，一个怕极了的女孩子在不得已的情况下说出来的假话被当成了无可辩驳的事实。虽然谁都听得出来，她所说的特务活动经费不过是那个可怜的父亲按月支付给女儿的生活费罢了。
随后，一批又一批人被送进学习班，或者干脆直接关押起来。西黄楼成了看守所，逼供的方法也开始逐步升级。据说有二十多种刑法，其中许多都是闻所未闻的。如用大头钉扎嘴唇，用老虎钳夹手指等。还有一种自己发明的叫“马跑操”的刑法，是把在押者的眼睛蒙上，然后放到布满障碍的场地上或树丛中，喊口令让其跑步，直到碰得头破血流，摔得满地打滚为止。还有更苦的，让人九十度弯腰撅着，一撅就是七天七夜，直撅得眼球充血双目失明，直撅得下身浮肿大小便失禁。
单奎章并不亲自动手，只不时冷冷职出一句“上半夜打态度，下半夜拿成果！”或“凡进西黄楼的，不开口也得开口！”
那是长春光机所历史上最阴暗的一段日子。几乎每天都有人被突然送去隔离审査，不断地有新的特务被供出来，越来越多的人受到了牵连。开始有人自杀了，“自绝于党和人民”的消息频频传来，长春光机所一时间“阴云笼罩，人人自危，惶惶不可终日”。已经没有人敢独自进实验室和车间了，怕出了问题说不清，担上个特务破坏的罪名。那时光机所的人上班流行一句话：一个人站，两个人看，三个人才敢动手干。
6月，单奎章得意地宣称：两个月来的大批判取得了很大的胜利，现在进入了第二阶段，深挖暗藏的阶级敌人。……现在第二阶段已打破了突口，已揪出了特务。这批（人）是长期潜伏在（光机）所，并进行了严重的罪恶活动的。（他们）盗窃情报、发展组织、里通外国。……这些人接头有代号，见面解开扣子……
12月，单奎章宣布：“据初步査明，历任所、厂一级的15名干部中，现已定性的就有5人是叛徒、走资派，4人是特务。在60多个中层干部中，特务分子和重大特嫌分子约占三分之-……据现在掌握的情况，全所特务和与特务有牵连的就有100多人。他们伙同外地一些单位的特务分子形成了一个庞大的特务网。”单奎章说，光机所是个特务窝子，共有7国特务和4条又粗又黑的特务线！
随着“阶级斗争”的继续深入，阶级斗争的成果逐渐升级，挖出的特务越来越多。小小一个光机所竟有300多人受到不同程度的牵连，150多人被隔离审査，5人被押送公安机关，13人被逼自杀。一时间光机所的重大特务案株连了包括有全国十几个省市在内的几十个科研单位！
单奎章终于做出了惊人之举，他成了赫赫有名的抓阶级斗争的英雄。是年，单奎章以“我是怎样以“7.29”攻打黄楼事件为突破口，狠抓阶级敌人的现行反革命活动，把一切特务、叛徒、顽固不化的走资派统统揪出来的”为题，到处介绍自己在光机所大抓特抓阶级斗争的经验。
光机所出名了，单奎章出名了。鉴于单奎章在工作中的突出表现，1971年他被选为中共吉林省委候补委员。同年，部队提升他为副师长。
春风得意的单奎章并没有就此罢手，他似乎越来越放肆了，根本不再顾忌打什么阶级斗争抓特务的幌子，开始直接对知识分子破大骂贼：
“知识分子穿个白大衣，戴眼镜，活像个小鬼，一肚子黑心烂肠子。”
“光机所有八百知识分子，批掉三百还有五百“就是要当光机所的秦始皇，秦始皇焚书坑儒，我才坑了几个？”
单奎章开始有意识地放风了，他说：“长期以来，由于走资派的包庇重用，阶级敌人的活动达到了十分猖狂的程度……这些触目惊心的事实充分说明了建所18年来，大权不是掌握在共产党手里，而是被一小撮走资派和特务分子所篡夺了。这个大权是落到了国民党的手里，是牛鬼蛇神专了无产阶级的政。”接着，单奎章就直截了当地点将了：“技术越高，权威越大，思想越反动。”“拿80元（工资）以上的都给我批！”
种种迹象表明，单奎章的矛头已经开始指向了王大珩。