1945年10月，与李孝式重返马来亚的同一时间，伦敦特使马克爵士莅临马来亚，跟各州的统治者商讨战后新的施政纲领及协议。经过3个多月的商讨，新加坡、马六甲及槟城划归为海峡殖民地，由英国派遣一名总督统治。霹雳州、雪兰莪、彭亨州及森美兰4个州划归为马来联邦。另外5州：吉兰丹、丁加奴、玻璃市、吉打州和柔佛州，则划归为非马来联邦。
马克爵士回英国后，英国政府正式提出马来亚联邦计划。而战前英国与马来亚各土邦之间的条约，只是要求英国给予保护，并没有把各土邦苏丹的最高裁判权让渡给英国。为了英殖民者建立的战后殖民地新体制，也为了惩罚在战时投靠日本的苏丹，英国便强迫9位苏丹在“自愿将统治权全部转给英王乔治六世各州条约”的文件上签字画押。这等于取得了直接统治马来亚的新“法律根据”。紧接着，当局又收缴了华人抗日军的武器，解散了这支强大的武装部队，及由其建立的遍及马来半岛的地方人民委员会。这些措施一一实现后，英国政府认为建立战后马来亚殖民新秩序时机已成熟，便决定尽快抛出他们为马来亚人民炮制的新宪制改革方案即白皮书。
1946年1月，英国政府公布成立马来亚联邦的白皮书，宣布要结束军政统治与临时政府，恢复民政，希望借以延长其殖民地统治寿命。计划在1946年4月1日实施。这个计划内容有几个重点：新加坡单独成为一个殖民地，与马来亚分离。而马来亚的9个州与槟州及马六甲合并，组成中央集权的马来亚联邦；英国委派的总督为联邦新政府首长，马来半岛各州苏丹要服从英国派来的总督领导；各州政府重新改组，每州由英国派出的参政司主持政务；规定了马来亚国籍的公民制度，即马来人是当然公民，所有非马来人在新马来西亚出生者，或在马来亚居住已有10年者，都可获得公民权。
这个计划从民族角度而言，对华人与印度人有利，绝大多数非马来人可以立即成为公民。但是马来社会反对非常激烈。由于白皮书规定联邦立法会议握有立法权，其决定无需征得各苏丹的同意，马来亚联邦的一切大权均控制英国手中，因而遭到马来亚各政党和各族人民的反对。此外，白皮书规定给在马来亚新加坡出生的人，以及所有在1942年2月15日之前的15年中，居住满10年的移民以公民权，也使很多马来人不满，认为这样会令本已在经济上占主导地位的华人更强大，危机他们一直享有的特权。他们认为，这个计划将使经济强势的华人在政治上取得优势，马来人的特权地位受到威胁，这将危及马来人应享有的权益，前途也会失去保障；他们也反对削减苏丹的权力，这将使他们的民族感情受到伤害。种种原因聚在一起，使得马来亚仅在1946年就发生了约2000次罢工。更令马来人不能忍受的是，英国代表哈罗德·麦克迈克尔一到马来亚，就用尽各种明示和暗示的手段，强硬地威胁各苏丹。这引起了苏丹们的激烈反对，他们的不满之言一经公开后，立即得到了所有马来人的支持。在这种情况下，由柔佛的半岛马来人运动与雪兰莪的马来人协会所主导的“泛马马来民族大会”，于1946年3月1日在吉隆坡召开，并于5月1日的第二次会议上正式成立了全国巫人统一机构（简称UMNO），主席由41个马来人组成联合体，以期通过政治手段来反对马来亚联邦，维护巫人的利益，要求当局更改政策。
4月1日，英国前首相拉姆齐麦唐纳的儿子马尔科姆·麦·唐纳出任新加坡的大总督，并兼任马来亚联邦的大总督。甄特则在吉隆坡半空置的立法议会上出任马来亚联邦总督，众苏丹以拒绝出席立法议会的方式，联手抵制总督的就职仪式。
在马来各方有组织有步骤的政治抗议下，英国保守党执政后决定让步，国会在1948年1月5日通过新议案，取消马来亚联邦，改由没有华人代表参与的一个委员会另起草一份不利华人和印度人的马来亚联合邦新宪制。在与苏丹代表及巫统领袖谈判后，宣布将另外在1948年2月1日成立马来亚联合邦来取代马来亚联邦，并决定与苏丹及巫统代表组成一个委员会来研究修改宪制。这个委员会没有华人代表参与，宪制修改是在“马来人特权须受维护”，以及认定“马来人没有其他家乡，而华人与印度人跟他们原有的国家尚保持联系”的原则下，来进行修订的。
其实，马来亚的三大民族华、巫、印，巫族即自称原住居民的马来族，华族和印度族即是被马来族当做移民的“非马来人”。二战前，被划为华族的华侨华人是占人口比例最大的第一大族群，随着战争期间人口的骤减，战后人口比例就被排到巫族之后成为第二大族群了。其实关于三大民族到底是在什么时候进入马来亚的，到底是不是有原住居民与非原住居民之分，一直没有明确的定论。
据中国古籍记载，华人来马来亚的时间最早可追溯到唐代，那个时候就已有少量唐人南下马来半岛一带进行商业活动，这也是马来亚华人一直自称“唐人”并且将中国故乡叫作“唐山”的主要原因。当时“唐人”主要是暂居经商，并无大量定居。到了明代，有大量叛军和回民开始迁居马来群岛，尤其是郑和下西洋多次在满剌加（即马六甲）停留之后，一些“唐人”因为和当地人通婚，开始在满剌加定居，接受同化，繁衍开来，并开始在满剌加形成部落定居，成为组成满剌加的一个重要族群。华人大量移民马来亚各地则是在鸦片战争之后，自鸦片战争到二战开始之前，华人下南洋的脚步一直没有停止过。
而一直以原住居民或土著自居的马来人，据当地历史学家考证其实是从印度尼西亚进入马来亚的，移民时间跟最早的“唐人”来到马来半岛的时间大致相同。也有研究者认为马来人一度曾是婆罗洲沿岸的一个民族，后因贸易及航海生活扩展到苏门答腊和马来半岛，向外扩展不过是近1500年左右发生的事，这一点可由其语言证明。其民族的确切来源，历史学界尚无定论。但与全世界的民族相比，马来族是一个非常年轻的民族，这倒是大家公认的。
至于印度族人呢，从历史上看，早期的马来亚印度人在马来亚的活动留下了不可磨灭的印记，并对马来亚社会产生了深远的影响。马来亚很早就被冠以“黄金半岛”之美称。长期以来，这一地区因其盛产胡椒和其他热带雨林产品而享誉世界，起初是芬芳类木材，其后便是上等名贵的香料。尽管如此，这片土地的富庶，直到公元初才被发觉。此后的1000多年里，印度大陆就不断有一批批信仰印度教和佛教的商人及僧侣等穿越孟加拉湾，来到这个传说中的“黄金宝地”。首批印度船只到达马来半岛的确切时间今天已难以考证，但很多研究者认为，印度人移居马来亚跟马来人从印度尼西亚迁来的时间相差不远。
总之，马来亚的三大民族，都是在马来亚生活了千百年的民族，应该拥有同等的生存权利和政治权利。这是李孝式的观点，也是所有“非马来人”的观点。
然而，英国殖民马来半岛时期，一开始采取的就是“分而治之”的手段。当时马来半岛主要的三大民族——马来人、华人和印度人，其事务分别被个别的族群代表所代理，以达到三大民族的民间社会没有交集的分化目的。殖民地政府通过相关政策，将马来族的职业限制在政府部门职员，将华族的职业限制在从商，印度人的职业则限制在割胶工作，让三大族群因职业不同而分化为不同的阶级，从而产生类似于阶级对立的矛盾，这样就无法团结一致地向英国政府提出民间诉求。特别是在日军占领马来半岛时期，因为日本军政当局对不关心政治的马来亚土著的麻痹，利用部分因懒惰而贫穷的马来亚土人来对付华侨抗日分子，在一定程度上加深了华族与巫族之间的矛盾和仇恨。这样就导致“种族问题”日益凸显出来，“三大民族”的提法也越来越凸显出浓厚的民族主义色彩，族群与族群之间更加难以和谐起来了。
12月24日，英政府公布马来亚联合邦新宪制的内容，取消联邦公民权，改为对华人非常不利的联合邦公民权制度。新宪制承认苏丹的传统权力，规定马来人享有特权地位，而华人与印度人享有公民权利的条件则极为苛刻，原先在马来亚联邦宪制下可以成为公民的华人，约百分之九十被剥夺了公民权。
遗憾的是，华人社会普遍对成立来亚联邦或马来亚联合邦的反应冷淡，大多数华族同胞依然沉湎于正在进行着内战的祖籍国中国的政局。根据《星洲日报》举行的民意调查，当时只有30%的华侨同意脱离中国国籍做马来亚公民。加上华侨华人的各种社团组织支离破碎，没有一方能在政治上代表整个华族社会，所以，华侨华人无法真正组织起来，有效地反击《马来亚联合邦》新宪制。更让李孝式忧心的是：他的同胞们都不了解这个新宪制对他们必将产生的的深远影响！这主要是因为华人传统文化里没有现代意义的公民观念，不知道公民权决定个人在国家政治经济生活中的利害关系，非海峡华人更是如此。这时候的许多华侨华人心里的效忠对象，仍然是祖籍国中国，他们没完没了地沉浸在中国的政治局势，彷徨却不知道怎么自保……
具备敏锐洞察力的李孝式，强烈地感受到了华族社会即将面临的危险。这个危险不仅会危及到许多同胞的性命，更将威胁到所有华侨华人的切身利益。他强烈地意识到占这个国家总人口超过1/3，主导着整个马来亚经济的华侨华人，必须参与到马来亚的政治生活中去，才能确保族群在即将面临的种种变革中，享有与这块由他们披荆斩棘的土地上的其他族群平等的权利。他们心心念念的祖国毕竟太遥远了，而且自顾不暇，他们这些海外游子们必须进行自救。
就在这种情形下，在华人中间，出现了一个以理性温和的方式反对实施“马来亚联合邦”宪制的华人领袖，虽然他的激烈反对不为英殖民政府所接受，然而李孝式却看到了华族社会在危机中的希望。这个人就是陈祯禄。
为了反对英殖民者炮制的对马来亚各族进行“分而治之”的新宪制，1947年10月20日，一场包括马来国民党、印度国大党在内，几乎动员所有左翼团体参加的多元种族全马联合行动委员会，发动了波及全国的“总罢市”，这个在全国各地号召举行罢市的抗议活动，令全马城镇瘫痪了一天。罢市那天，整个新加坡的商业活动完全停止，全岛非白人的商行停止营业，市中心的街道空无一人。马来亚所有大小城市，情况也是如此。所有胶园和锡矿场都被闲置。马来亚的主要港口瑞天咸港口（后来的巴生港口）见不到一个劳工和装卸工人。在码头的五艘商船，预定的工作都不能完成。国家主要的煤矿场，2000多名劳工，宣布放假一天……《海峡时报》的社论如此评论：“新加坡呈现一个令人惊叹的景象：关门不做生意的商店，多到长达数英里，街道上几乎没有车辆通行。负责组织罢市的人，工作的确做得不错……街道是平静的，人民是和平的。”
抗议活动结束后，领导这一活动的华人领袖陈祯禄，却在街头的公开演讲中强调，他是出于自愿和非暴力的。
明眼人一看就知道这次总罢市，是马来亚共产党在背后操纵，陈祯禄是受“邀请”的。他不怕误解的勇气和坚持“非暴力”的和解精神，深深地感染了任何时候都保持冷静的李孝式。