克隆实验的实施促进了遗传学的发展，为“制造”能移植于人体的动物器官开辟了前景。据新华社1997年4月4日报道，上海市第九人民医院整形外科专家曹谊林在世界上首次采用体外细胞繁殖的方法，成功地在白鼠上复制出人耳，为人体缺失器官的修复和重建带来希望。
胚胎发育过程中的生长特征与癌细胞的生长有相似之处。如果人类在研究克隆技术的过程中找到了制止胚胎发育进程的方法，则能在对癌症的治疗中加以运用，这将终结癌症作为不治之症的历史。
克隆技术也可用于检测胎儿的遗传缺陷。将受精卵克隆用于检测各种遗传疾病，克隆的胚胎与子宫中发育的胎儿遗传特征完全相同。
克隆技术可用于治疗神经系统的损伤。成年人的神经组织没有再生能力，但干细胞可以修复神经系统损伤。克隆技术的应用使人类可以得到更多的干细胞用于治疗。
而反对克隆技术的人则认为，克隆在带来技术进步的同时，也带来了伦理问题。有人认为，克隆技术是对宗教感情的亵渎和冒犯，是“和上帝开玩笑”，扰乱了自然规律。另一些人则担心克隆技术被滥用而产生可怕的后果。
克隆将减少遗传变异，通过克隆产生的个体具有同样的遗传基因，同样的疾病敏感性，一种疾病就可以毁灭整个由克隆产生的群体。可以设想，如果一个国家的牛群都是同一种基因的克隆产物，一种并不严重的病毒就可能毁灭全国的畜牧业。
克隆技术的应用将使人们倾向于大量繁殖现有种群中最有利用价值的个体，而不是按自然规律促进整个种群的优胜劣汰。从这个意义上说，克隆技术干扰了自然进化过程，这将不利于物种的进化，它所带来的后果现在还无法预测。
克隆技术是一种昂贵的技术，需要大量的金钱和生物专家的参与，失败率非常高。虽然现在科学家已经发展出了更先进的技术，成功率也只能达到2％-3％。
还有人担心，如果克隆的来源是成年动物体细胞，那么必定带有已经老化的基因，这些基因会不会影响克隆动物的寿命呢？这种担心已经得到证实，无论是克隆羊“多莉”还是后来培育出的克隆动物，都不同程度地表现出了早衰的特征，这说明成年动物体细胞的遗传物质同生殖细胞的遗传物质毕竟存在质量上的差别。
现有的克隆技术很快将使男性失去遗传学上的意义，而随着人造子宫技术的发展，女性也将失去生育上的作用，未来人类繁殖后代的过程可能就像现在西红柿的种植那样简单。
邪教主教布里吉特·布瓦瑟利耶和意大利医生安蒂诺里也许在克隆技术的发展过程中只是两个为博取知名度的“跳梁小丑”，很快就要被人们忘记。但他们的狂言所引发的问题却是严肃的：人类如何面临即将到来的克隆人时代？可以肯定的是，世界上一定还有一些国家或民间机构在秘密进行克隆人研究。对克隆人技术的研究有助于促进基因武器的研制，有助于培育超级人类作为战士，美国五角大楼的生物学专家对这些不会不知道，可能这些秘密进行的研究已经远远超出了人们的设想，把所谓“克隆儿已经出世”的狂言变成了“小儿科”。对此联合国一个关于禁止生殖性克隆人的国际公约特委会会议，经过为期一周的讨论，已于2002年3月2日在纽约闭幕。世界各国纷纷表示，将不给克隆人发放“准生证”。中国代表团在此次会议中，态度鲜明地提出“四不政策”，即“在任何情况、任何场合、任何条件下，都不赞成、不允许、不支持、不接受生殖性克隆人的实验。”
在全球范围内严禁生殖性克隆人已成为各国的一致呼声。但是，以预防和医疗疾病为目的的医疗性克隆是否也属被禁止之列，各国却出现明显分歧，而我国则属于支持医疗性克隆的国家之一。
医疗性克隆和生殖性克隆，从技术上讲，有很多相似甚至一样的地方，都是利用核移植的方式，制造囊胚并从中获取复制胚胎干细胞的技术。但在其结果上，却大不相同。可以这样概括，生殖性克隆制造出的是一个活生生的人，但医疗性克隆只生产人类所需的器官。
有些专家认为：胚胎干细胞是非常有用的一种细胞，既可以在体外无限制地增殖，同时也可以定向分化成人体内各种各样的功能细胞。这样就可以用这种细胞来替代病人体内坏死或者没有功能的细胞，从而达到治疗疾病的目的。所以，这种细胞替代是一个有广泛前景的新治疗方法，有可能为现在许多没有办法治疗的疾病提供新的治疗方法。医疗性克隆，实际上应该叫做胚胎干细胞研究。
而生殖性克隆则是把形成的囊胚再放回到动物的生殖道里，从而最终形成一个完整的个体，而且其遗传背景与细胞提供者在99％左右都一样。因此，会引发许多社会问题，国际社会一致反对。
医疗性克隆的大规模运用，是否会造成“灰色地带”，最终导致生殖性克隆人？这是反对进行医疗性克隆的各国的主要担心。
据报道，美国、西班牙等国家，要求禁止一切包含人类胚胎的克隆研究。美国代表声称，如果不禁止医疗性克隆，那么以科研实验为借口而制造和毁坏人类胚胎的做法将被合法化，新生命将变成一种可以采掘和利用的自然资源；而一旦克隆胚胎大规模出现，将不可能得到控制。
而中国、日本、世界卫生组织等方面则主张，医疗性克隆应予以区别对待。中国代表说，国际社会不能容许科学研究损害人类尊严的某些做法，但同时也不能因噎废食，禁止可能造福于人类的医学研究和实践。日本方面则明确指出，关闭可能拯救人类生命的科技大门是个“错误”。而作为提案国的法国、德国等欧洲国家则呼吁，各国、各方采取现实做法，撇开医疗性克隆这个富有争议的“灰色地带”，将精力集中在有关生殖性克隆这个紧急事项的讨论上面。
面对明显会给人类带来福音的医疗性克隆，美国等国家为什么也会态度鲜明地投反对票呢？因为不同国家之间文化背景和历史渊源的不同，判定生命开始的起点不同，从而导致了对人的概念的理解不同。
美国反对胚胎干细胞的一个基本观点是，利用已形成的囊胚来获取干细胞，本身是杀死了一个新的生命，所以他们把这个囊胚胚胎等同于一个人，等同于一个活生生的人，这个观点本身是有争议的。比如，在这次会议上大多数国家都认为囊胚并不等同于人。而不少美国科学家也持这样的观点：实际上囊胚和囊胚本身都有差别，不是所有的囊胚最终都能变成人的。
生殖性克隆人用的技术和方式，和克隆“多莉”的技术方式是非常接近的。但这种技术在不同动物上的应用并不是百分之百成功的。而且，人和其他动物不一样，鼠的胚胎干细胞很容易在体外培养，而人的胚胎干细胞体外培养就不是很容易。
毫无疑问，进行克隆人的研究难度极高，需要庞大的财力支持和雄厚的技术力量。要进行克隆人研究必须首先获得人类卵细胞，而人类卵细胞是相当昂贵的。在美国，一个卵细胞的售价高达3000-5000美元，而由于克隆技术的失败率很高，要进行一次实验通常需要上百个卵细胞作为对照。从人体获取卵细胞的程序相当复杂，捐赠妇女需要接受医疗手术，如果手术不成功极容易留下伤疤，因此，愿意出售卵细胞的妇女并不多，除非遇到经济困难。
另外，获取人类干细胞的过程也相当繁琐，其效率并不比克隆动物高多少。在美国一家基因公司的研究中，19枚被进行细胞核转移以便分裂成胚胎的卵细胞当中，没有一枚卵细胞顺利度过分裂成6个细胞的阶段，而干细胞则必须是从100个细胞以上的胚胎中获得的。
进行动物克隆实验的研究人员则不必担心得不到足够的卵细胞，例如，牛的卵细胞可以很便宜地从屠宰场获得，屠宰场拿这些卵细胞也没什么用。4000只老鼠卵细胞成本仅2000美元，但如果换作人类卵细胞则高达1000．2000万美元。卵细胞的缺乏以及成本之高将成为利用克隆技术治疗人类疾病的主要阻碍。
目前克隆技术面临的另外一个限制因素就是专业技术人员缺乏，克隆领域的专家把细胞移植技术的要求比做美国体坛巨星泰戈·伍兹的高尔夫球技，因为，从事细胞移植要求像伍兹打高尔夫球那样准确。这也正是很多科学家都估计还要等上10年甚至20年克隆人类胚胎技术才能被应用于临床领域的原因。
克隆人遇到的另外一项技术难题就是克隆过程中可能出现的变异问题。变异在动物克隆实验中经常出现，美国麻省理工学院的科学家叶尼在《科学》杂志撰文指出，在实验室里被克隆出来、看似正常的白鼠，结果证实有很大的比例发生变异。叶尼教授提醒克隆人的过程同样会出现变异症状。如何处理这些变异克隆人不仅是个医学问题，还是个伦理学问题。
克隆人的出现将毫无疑问对现有的社会伦理形成巨大的冲击，与此有关的法律规范都将受到挑战。克隆人算不算人，是否享有人权？在法律上克隆人的权利和义务同正常人有何区别？克隆人会不会遭到歧视？或者正常人会不会被克隆出的超级人类歧视？这些问题在不远的将来将持续困扰人类。
克隆技术对家庭关系带来的影响也将是巨大的。克隆意味着男女双方不需要通过有性生殖产生后代，父亲或者母亲就成了家庭中多余的个体，家庭的关系更加松散。事实上一旦克隆成为一种普遍选择，家庭作为社会基本单位将面临消亡。克隆同样给人类亲属关系带来尴尬。一个由父亲的DNA克隆生成的孩子可以看做父亲的双胞胎兄弟，只不过延迟了几十年出生而已。很难设想，当一个人发现自己只不过是另外一个人的完全复制品，他（她）会有什么感受？
克隆技术应用于人体将导致对后代遗传性状的人工控制。克隆技术引起争论的核心就是能否允许对发育初期的人类胚胎进行遗传操作。可以想像，科学家将通过更改胚胎的遗传基因，可以改变个体眼睛的颜色，对某种疾病的耐受性等，这将极大损害人类基因的多样性。
有人说，现有的克隆技术很快将使男性失去遗传学上的意义，然而随着人造子宫技术的发展，女性也将失去生育上的作用，那时的人类繁殖后代的过程可能就像现在西红柿的种植那样简单，在实验室中制造可裂变的卵细胞，再放人人造子宫培育，过一定时间，婴儿就出生了。那将是怎样的一种可怕的社会呢？电影《黑客帝国》描述了未来社会人类像植物一样生长的情景，那真是人类的未来吗？随着克隆技术的进一步发展，科学家将能够任意地添加或删除人类的遗传信息，可以使人去掉一些不好的遗传特性，添加优秀的基因。但由于克隆治疗的费用必然昂贵，只有少数有钱人才负担得起，就像现在的整容手术一样。因此有钱人将在克隆技术的作用下变得更完美，他们或许将拥有更加强壮的体魄，更加聪明的大脑，这会使他们变得更加有钱，而穷人则只能守着自己有缺陷的基因苟延残喘。这将进一步加大人类社会的分化。