日朝交涉会谈日方提出了五项条件，条件很苛刻，但除了道歉、赔偿之外，其它的事朝鲜一概无权料理，这就使日朝会谈不得不转化为中日谈判。双方商定，谈判地点转到天津，双方的首席谈判代表将是李鸿章和伊藤博文伯爵。
这样吴大澂和续昌就该回国了，正好这时袁世凯的嗣母牛氏夫人病重，想见儿子一面，袁世凯便请了假，跟着吴大澂他们一起乘坐军舰离去。这是1885年1月30日的事。
经过这一段时间的了解和观察，吴大澂对袁世凯已经非常欣赏，认定这是个奇才，在回去的路上，两人很自然地成了忘年交，再后来两人更是结为了儿女亲家——吴大澂把女儿嫁给了袁世凯的长子袁克定，当然这是后话了。
军舰先到旅顺，吴大澂要停下来办事，大家也都留了下来。在这里，袁世凯见到了李鸿章派来担任旅顺港坞工程总办的叔叔袁保龄，袁保龄对他在朝鲜我行我素、目无领导的幼稚行为进行了痛心疾首的批评，并给他讲了很多做官的道理。袁世凯唯唯称是，不敢辩一词。
大家都把事情办好后，因为海上有浮冰，只好到烟台去等着，一等就是好多天，这时李鸿章正和伊藤博文在天津谈着呢，谈来谈去最后达成了《中日天津条约》，主要是三项条款：
中日两国尽撤驻朝军队；
中日两国均不得再教练朝兵；
遇有重大事件，中日两国派兵赴朝，应先互相照会。
这么一个条约，等于清朝事实上承认了日本在朝鲜和自己具有同等的地位，朝鲜已不再是清朝的藩属国。真是肉食者鄙啊！
在这次谈判期间，伊藤特意提到祸首袁世凯，问清廷会如何处理他，李鸿章虽然知道有这么个人，但连面都还没见过，更谈不上了解，况且袁世凯还只是一个五品同知，在中堂大人眼里充其量不过是个小蚂蚁。最关键的是，两国首相会谈谈到一个五品芝麻官显然也不合大清体制，于是李中堂淡淡地回答：“袁世凯是个小人物，不值一提。”伊藤大惊，语带讥讽地说道：“看来贵国人才很多啊，连袁世凯这样的人都不值一提！”李鸿章面不改色，顾左右而言他，把话题转了开去。
3月中旬，袁世凯随吴大澂一行回到天津。吴大澂首先向李鸿章复命，谈到袁世凯，他毫无节制地大大夸奖了一番：“公一向说张幼樵（即张佩纶，日后将是李鸿章的女婿，张爱玲的爷爷）为天下奇才，在我看来天下奇才非幼樵，乃袁某也。”
李鸿章不觉一愣，还有这事儿？想那张佩纶虽然刚刚在福建马尾被法国海军吓得抱头鼠窜，但毕竟曾位列“翰林四谏”，名重一时。这袁世凯何德何能，得蒙伊藤博文、吴大澂都如此高看一眼，便想亲眼看一看这个人到底怎样。
这次召见，袁世凯刚开始有点紧张，但说到正事，他便侃侃而谈，从容不迫，镇定自如：
现在朝鲜的局势异常复杂，朝鲜国内有亲华、亲日、亲俄三派，中日两国在朝鲜的势力仿佛，朝鲜在其中周旋，不过是想摆脱被控制的地位。
朝鲜国王李熙，是个当傀儡的料，但控制他的闵妃城府很深，在中日俄之间敢于走钢丝，以图让三方尤其是中日双方互相制约。因此，朝廷应该在朝鲜设立监国，牢牢控制住局势。另外，不如放李罡应回去，这厮好歹忠于大清，可以很好地制约将要倒向日本的闵妃势力……
袁世凯“设立朝鲜监国”的老调重弹，因为怕刺激日本，李鸿章仍然没有采纳，但是对于放回大院君这着妙棋，他不免心动。就在袁世凯踏上回家探母旅程的时候，消息传来，闵妃居然勾搭上了俄国，请求俄国派教官帮助训练军队。李鸿章这才下定决心：把李罡应送回朝鲜去。
1885年7月，中日两国按约定同时从朝鲜撤军，清军撤回后驻扎在旅顺，朝鲜已不再有清朝的一兵一卒。安全起见，李鸿章计划派遣北洋水师提督丁汝昌携黄金志、王永胜等四大总兵率水陆两营人马护送李罡应回国。消息传出，日本人反应相当激烈，认为此举将破坏已成协议，为此向清廷提出质询。朝廷一边告诉鬼子别担心，这是误会，中国人民是爱好和平的，一边电令李鸿章不得轻举妄动。
此路不通，李鸿章只好另觅它途。想来想去，他觉得这趟护送任务相当艰巨，若没有大军随行，似乎只有袁世凯合适，便立即把他召回天津。
8月12日，清廷正式宣布大院君李罡应将回朝鲜。19日，袁世凯带着总兵王永胜及一小队卫队，在天津大沽口上船，护送李罡应回国，并于25日抵达仁川。
无论闵妃还是李熙，对李罡应回归都表现得很冷淡，以至于朝鲜官方居然没人前来迎接。袁世凯大怒，立马派人飞奔前往汉城，一通训斥之后，李熙才派人搞了个隆重的欢迎仪式，把老爸接了回去。
来到王宫，袁世凯把李罡应、李熙、闵妃召到一起，给他们开了个家庭会议，要求大家和睦相处，好好经营这个家，更要好好经营这个国家。袁世凯还专门警告闵妃，俄国人是靠不住的，最关键的是，别忘了朝鲜是大清的藩属国。
整个谈话过程，袁世凯慷慨激昂、盛气凌人，国王一家三口唯唯诺诺连连称是，甚至表示将请求李中堂派袁将军重来朝鲜任职，袁世凯对此很是欣慰——这一次护送李罡应回朝鲜，不过是个临时差事，除此之外，他啥名分也没有，能干成这样实属难能可贵。接下来和以往相熟的大臣们吃了几顿饭后，袁世凯便踏上归途，径直回到天津复命。
在此之前不久，老将冯子材在镇南关痛歼法军，直接导致法国茹费理内阁倒台，中法战争形势顿时逆转。可怜大清朝，几十年来和外国打仗战无不败，只积累了太多求和的经验，突然一下子赢了一阵，反而不知道该怎么办了。最后还是谈和了，这事是李鸿章主持的，双方刚刚在天津签订了和约，李中堂算是大大松了一口气，心情正好着呢。
袁世凯此时回来复命，时机相当不错，李鸿章对他朝鲜之行的表现很是激赏，认定他果然是个不世出的奇才，决定好好提拔提拔。
李中堂老成谋国，想到就做，立即向朝廷上了一道奏折：“袁世凯胆略兼优，能知大体，前随吴长庆带兵东渡，久驻汉城，壬午、甲申两次定乱，情形最为熟悉，朝鲜新旧党人，咸相敬重。若令其前往接替驻朝商务委员陈树棠，当能措置裕如……拟请以知府分发，俟补缺后以道员升用，并赏加三品衔。”袁世凯毕竟还是个小人物，在北京没什么知名度，考虑到这一点，李鸿章特别加了个附件，具体说明破格提拔的理由：“袁世凯足智多谋，与朝鲜外署廷臣素能联络，遇事冀可挽回匡正。今乘朝王函请，正可迎机而导，令其设法默为转移。该员带队两次戡定朝乱，厥功甚伟。”
李鸿章是朝廷肱股之臣，他的面子连慈禧太后都得买，于是10月30日，朝廷下发批文，正式任命袁世凯为“驻朝鲜总理交涉通商事宜”全权代表，并“以知府分发，尽先即补，俟补缺后以道员升用，加三品衔”。
袁世凯的这个“驻朝鲜总理交涉通商事宜”全权代表，实际上就是驻朝商务委员。那么这个驻朝商务委员又是个什么官呢？其实就是大使或公使，只不过归北洋大臣直接节制。这是因为清朝是朝鲜的宗主国，直接由朝廷派大使公使不合体制，等于自贬身价，于是就以“商务委员”的名义欲行大使之实。关于这一点，其它国家的驻朝使节还好，只有日本公使明知这一层关系还一向处处刁难，以“商务委员”和公使不是平等的地位为由不予尊重，袁世凯的前任陈树棠为此就很是苦恼。现在，轮到袁世凯了，他会怎么做？
1885年11月15日，袁世凯重返朝鲜，与陈树棠办理完交接手续，立即走马上任。
袁世凯的职务是驻朝商务委员，但他可不像陈树棠那般客气，而是处处以天朝上国的钦差大臣自居，监国朝鲜，飞扬跋扈，对李熙、闵妃、李罡应颐指气使自不必说，对朝鲜众大臣的态度更不在话下，搞得大家颇有微词。
有微词也没办法，因为袁世凯带来了一封李鸿章给李熙的密信，要求李国王遇事多和袁委员商量。李鸿章的话，在朝鲜相当于圣旨，袁世凯拿圣旨当令箭，别人就算不服，也只能忍着。
袁世凯最牛的是，在各国公使面前，他一样盛气凌人。比如日本公使最开始依然觉得他小小一个商务委员，地位不够，袁世凯偏偏认为老子是上国钦差，要高你一等，以至于通常的各国公使例行会议，他根本就不出席，只派翻译去参加，摆的就是宗主国的谱。
这样的态度各国公使自然很不满意，其中最不满的是俄国。原来俄国也一直想染指朝鲜，而朝鲜内部本有亲俄派，现在以金嘉镇、郑秦夏为首，他们甚至已经暗中说服了李熙和闵妃。至于大院君李罡应，他曾经确实非常忠于清朝，但历经苦难痴心不改那是十几岁少年热恋中才有的执着，李罡应已是60多岁的老人了，也经过风雨也见过彩虹，还被抓到保定软禁过几年，绝不可能再犯这等糊涂。
这样到了1886年7月某一天，袁世凯得报朝鲜正加紧和俄国商谈，且为了求得俄国的保护，已经拟好使俄国在朝鲜享有和中国一样地位的草约。当时朝鲜已经有了电报，是清朝帮着建的，整个业务完全掌控在清朝手里。袁世凯当机立断，命令监控俄使馆向国内发送的所有电报，终于截获了朝俄密约的草稿。
袁世凯一面下令以线路故障为借口，让这份电报无法发出，一面采取行动，派人偷出了朝方的文本原件，朝鲜欲脱离清廷，请俄国协助并派军舰保护等等事宜，白纸黑字全都写在上面，并有朝鲜宰相沈舜泽的签名。
袁世凯立即电告李鸿章，请求出兵防止俄军登陆，随后进宫找到李熙，要求清理奸臣，否则天朝必将兴师问罪。李熙吓坏了，赶紧让沈舜泽等人向袁世凯谢罪，并把亲俄派大臣罢官以便了事。但这事不是那么好了的，袁世凯要求李熙立即照会各国公使，告知从今以后，凡收到只盖有国王印章而没有袁委员大印的文件，一律没有法律效力。李熙乖乖照办，袁世凯这才作罢。
李鸿章也在行动，但俄国矢口否认，朝鲜这边也反应过来了，一口咬定密件系小人伪造，是临时工干的。因为没有新的确凿证据，这件事就此不了了之。
但袁世凯截取俄使馆电报的事引发了各国使节团的愤怒，纷纷向清朝总理各国事务衙门（相当于外交部，但权力大得多）抗议、交涉。袁世凯这事干得确实不符合外交规矩，虽然维护了国家的利益，但总理衙门各大臣唯恐多事，对他的惹是生非很不谅解，多亏李鸿章多方维护，才免去了处分。
袁世凯少年壮志不言愁，紧接着上书李鸿章，献上对朝两策，上策是：“乘朝鲜内敝，而日本尚不敢鲸吞朝鲜，列强亦尚未深入，我政府应立即彻底收拾朝鲜，建为一个行省。”下策是：“门户开放，免得与日本或帝俄正面冲突，索性约同英美德法俄日意各国，共同保护朝鲜。”兹事体大，不是李鸿章一个人做得了主的，何况李中堂也未必想做这个主，于是此策略上报朝廷后，从此再无下文。
亲俄派好不容易被袁世凯打压下去，没多久朝鲜又诞生了亲美派，他们希望通过向美国借款开矿，赢得美国的支持，以达到独立的目的。
这事酝酿了很久，在袁世凯的强烈反对下，表面上朝鲜这边是收敛了。但1887年8月，李熙先是派闵泳骏出使日本，然后更派朴定阳为赴美全权大使、赵廷熙为赴英德俄意法各国特使，探索独立之路。袁世凯闻讯后阻拦已来不及了，这样到了1888年，朝鲜得寸进尺，打算以关税作抵押向列强借款——朝鲜的外交和关税都归清朝管理，这么做分明是在挑战大清的宗主权！
恰巧那段时间天主教开始进入朝鲜，外国传教士、朝鲜教徒和当地民众产生了巨大的矛盾，而地方官吏一味偏袒外国人，以至于激起民变，各地教堂频遭攻击。日、俄、美、法等国怕事情闹大后果严重，纷纷调兵前来自卫，袁世凯也借机说动李鸿章，调兵前来汉城。在一番合纵连横明争暗斗之后，局势趋于平稳，朝鲜欲向各国借款的事，也终于被袁世凯按下去了。
1889年朴定阳由美返朝，李熙、闵妃竟要任命他为外务大臣，袁世凯得知消息勃然大怒，派人正告李熙：朴定阳此次未经清廷允许擅自出使美国已经铸下大错，袁委员坚决不同意让他当外相，而且必须把他所有的官职全给免掉。
这种事李熙没主意，但闵妃很坚持，铁了心要任命朴定阳，为此还疏通了各国公使，把事情搞得极其复杂。面对如此局面，袁世凯心知不能硬来，但他有的是办法，他当即找来闵妃的救命恩人洪在义，让他去劝阻此事。闵妃总算讲情义，结果朴定阳就成了个平头百姓，恨死了袁世凯。
同样怀有如此愤恨的还有各国公使。原来袁世凯搅黄了朝鲜向各国借款一案后，总觉得还不妥当，他想不能光治标不治本，毕竟朝鲜很穷，确实需要借钱来用。于是在征得李鸿章同意后，袁世凯建议李熙以关税作抵押向大清借款，并先后借给朝鲜30万两银子，终于牢牢控制住了朝鲜海关。这样其它各国就没份了，大家一商量，认定罪魁祸首是袁世凯，都恨不得把这个遇事不通融的家伙赶出朝鲜。虽然当时英国驻朝总领事朱尔典和袁世凯关系很好，不过也是孤掌难鸣。
各国使节团有他们的力量和渠道，而袁世凯行事之嚣张专横，更是早就让李熙、闵妃两口子恨得牙痒痒。在外人挑动之下，夫妇二人再次写信给李鸿章，却是请求撤换袁世凯，请中堂大人随便另派一个什么人来都行。为了增加保险系数，他们一面在汉城拼命制造“驱逐袁世凯”的舆论，一面派人拿着钱去北京，贿赂清廷高官，请他们务必帮帮忙，想办法把袁世凯调走。
又是多亏李鸿章力排众议，才算是保住了袁世凯的位子。这时袁家来了件喜事，姨太太金氏生了个儿子，这是袁世凯的二儿子，也就是日后的风流才子、寒云先生袁克文。