现在袁世凯是二品官了，按照新的规定，第二天清晨，他来到颐和园向慈禧谢恩。光绪随后再次召见了袁世凯，指示他尽管放手办事，不必再受顶头上司荣禄节制，“你跟荣禄各办各事”。袁世凯闻言大惊，唯有磕头谢恩。
当天夜里，谭嗣同夜访袁世凯所住的法华寺，重申光绪的面谕之后，假传圣旨，要求袁世凯回天津诛杀荣禄，然后发兵颐和园，抓捕慈禧太后。
袁世凯听后惊疑不定，皇帝不管怎么说也是名义上的最高领导，他的话不能不听，但荣禄岂是那么好杀、慈禧岂是那么好抓的？单说荣禄手底下掌握的，除了自己的新建陆军之外，还有聂士成的武毅军、董福祥的甘军，实力都不容小视；如果再加上京中的神机营、巡防营、颐和园护军营，足有8万之众，若以自己的新建陆军7000千人相抗，无异于以卵击石。
想是这么想，但袁世凯还是不管三七二十一，慷慨激昂地应承了下来。这是因为，此时的谭嗣同算是光绪那个系统事实上的宰相，袁世凯不肯得罪他。
作为大人物，谭嗣同的一举一动都相当引人瞩目，所以刚毅、杨崇伊很快就得知了他夜访袁世凯之事。虽然并不十分清楚谭、袁二人所谈何事，但毕竟没有不透风的墙，刚毅他们还是察觉到了一些蛛丝马迹，然后立即散布流言，说康有为、谭嗣同正在策动袁世凯派兵包围颐和园，劫持老太后。
就这样还不过瘾，杨崇伊干脆上了道密折，请求慈禧太后为天下苍生着想，能够重新训政。当然这只是引子，密折里真正的核心内容是报告太后，康有为和张荫桓将借日本方面的力量，由驻扎在大沽口外的日本海军派兵入京，将太后您抓到日本去，以便光绪彻底亲政。杨崇伊说得有鼻子有眼，他在密折中告诉慈禧，这一切有个先决有个条件，即必须要伊藤博文同意；不再是日本首相的伊藤也有个条件，得要光绪亲口向他提出要求。而此时伊藤已经来到中国，光绪将在八月初五（9月20日）接见他，当面提出借兵要求之外，还将聘请伊藤为中国政府顾问。
老太后被震惊了，她首先想到的就是当年被袁世凯劫持到中国来的朝鲜大院君李罡应，万一自己真被抓到日本软禁起来，那该情何以堪？
不过慈禧毕竟久经风雨，并不特别轻信，于是八月初五那天，光绪接见伊藤的时候，老太太一反常规垂帘而坐，为的是亲自听听他们说些什么，眼见为实。可惜伊藤说的是英语，由张荫桓负责翻译，旁人一句都听不懂，而光绪因为身体不好，说话声音极其微弱，坐在帘子后的慈禧根本听不清楚，不由得疑心大起。偏偏此时光绪把伊藤招到身边耳语了片刻，而张荫桓翻译时和伊藤亲热无比——太后毕竟是带着疑问来的，立即就相信了杨崇伊的报告。
后面的事情是直线型的，第二天即9月21日一早，慈禧召见光绪及王公大臣，勒令光绪颁发圣旨，请太后训政，并下旨逮捕康、梁。康有为跑得快，其弟康广仁没跑掉，惨遭抓获，梁启超则避入了日本公使馆。
杨崇伊当天即赶赴天津，向荣禄报告政变详情及太后复出训政之事。晚上吃饭的时候，荣禄邀请袁世凯前来作陪，前一天被荣禄以军务吃紧为由紧急召回的袁世凯，此时才知道慈禧已经抢先下了手。
就袁世凯的感受，这顿饭很有点像鸿门宴，好容易等饭吃完，赶紧向荣禄坦白了谭嗣同夜访法华寺所定“诛荣禄，劫慈禧”之计划，说着说着不禁失声痛哭，当即跪求荣禄做主。荣禄说“坦白从宽抗拒从严”，遂原谅了他。
9月22日，京津火车停开，杨崇伊乘坐专车，携带荣禄的密折返京。密折里荣禄详述了袁世凯的告密内容，并保袁可用。慈禧大惊，令光绪于24日下发上谕：张荫桓、徐致靖、杨深秀、杨锐、林旭、谭嗣同、刘光第，均着先行革职，交步军统领衙门拿解到部治罪。
谭嗣同事先得到了消息，本来可以跑掉，要救他的既有传说中的大刀王五等大侠，也有日本驻华使馆，却都被他谢绝了。他只是托人把自己的书信、文稿转交给了在日本使馆里避难的梁启超，并劝梁东渡日本，说辞是这样的：“不有行者，无以图将来，不有死者，无以召后起。”对日本人，他则说：“各国变法无不从流血而成，今日中国未闻有因变法而流血者，此国之所以不昌也。有之，请自嗣同始。”
随后谭嗣同就待在家里，伪造他父亲写给他的信，亲情之外，特意加了一些劝他不要和康有为他们混、要忠于慈禧太后一类的话，写完之后不久，抓捕者就来了。
在狱中，谭嗣同写下一首诗：望门投止思张俭，忍死须臾待杜根。我自横刀向天笑，去留肝胆两昆仑。
25日，慈禧电召荣禄进京，直隶总督北洋大臣暂由袁世凯署理。第二天光绪发布上谕：变法中所有被裁撤的衙门，通通恢复。
到28日，北京发生了两件大事：一是荣禄被派为军机大臣，由裕禄接任直隶总督兼北洋大臣，袁世凯不再署理。另一件是，康广仁、杨深秀、杨锐、林旭、谭嗣同、刘光第，即戊戌六君子，被判斩立决，惨遭杀害。
被抓住的人里面，本来慈禧第一个要杀的是徐致靖，就是要袁世凯加钱的那位老大，斩立决名单上打头的就是他。还好李鸿章和他父亲是同科进士，关系不错，有心救下这个世侄，自己不方便出面，便请荣禄帮忙。荣禄非常给老中堂面子，赶紧找慈禧求情：“徐致靖是个书呆子，根本不关心新政，只是混在里头唱昆曲、下围棋，当上礼部右侍郎后，三个月里皇帝连一次也没召见过他。”慈禧派人一查果然如此，总算给他改了个斩监候，也就是死缓。其实徐致靖哪里是书呆子？他是耳聋，平时既听不清旁人说话，自己说话更声大如雷，光绪懒得召见他，没想到竟救了他一命。
徐致靖被关到监狱里后，他时任湖南学政的长子徐仁铸曾上书朝廷，要求为父亲顶罪，代父坐牢。慈禧心想，人家花木兰代父从军那是英雄，你代父坐牢这唱的是哪一出？遂没搭理他。后来八国联军攻入北京，慈禧、光绪带着文武百官逃难西安，北京城里面一片混乱，监狱里的犯人能跑的全跑了，只有徐致靖坚决不出狱门，他认为自己是朝廷犯官，非政府有令才可以离去。多亏管监狱的刑部司官乔树楠是他的世侄，好心相告明天起监狱里不开饭了，再不走要活活饿死，老徐这才跟着来接他的儿子回了家。回家后他也不走，坚持待罪京师，直到朝廷恩准他离开动乱之处回籍养老，这才迁居杭州，改了个名字叫徐仅叟，意思是戊戌七君子变为六君子，自己是仅存的那个人。
袁世凯的直隶总督兼北洋大臣只署理了3天，但他并不失落，因为他本暂不具备担此高位的资历和品级，也就无所谓失去。还有就是，通过坦白交代，他进一步赢得了荣禄乃至慈禧的信任，以至于1899年1月，慈禧特意召见他，慰勉之外，更准许他在西苑内骑马，这是一项不小的荣誉，当然你也可以说是虚荣。慈禧擅长虚虚实实，除了虚荣，还赏了袁世凯4000两银子，不知道算不算是对他买官的钱所做的报销，反正袁世凯对所有这些都感激不已。
这年2月，荣禄以军机大臣管理兵部事务兼练兵大臣的身份，再次来到小站，视察袁世凯的新建陆军。
新建陆军经3年编练，如今已经非常成熟，无论训练质量、操演阵形还是精神面貌，都让荣禄大为赞赏。尤其有一次过海河的时候，河面不宽但已结冰，看起来怎么过都不容易，王士珍命令手下取特制帆布做成浮桥，搭在冰上，步兵、骑兵、炮兵一次通过，如履平川。见荣禄高兴，袁世凯吩咐为中堂大人来点表演，王士珍立即带人把浮桥收起来，稍加整理竟变成了小船，不仅可供渡河，而且折叠起来体积不大，很好携带。
荣禄是真服了，视察完毕后约袁世凯闭门谈话，说他已经得到慈禧的授权，以北洋的班底，打造一支新军。现在呢，荣中堂认为，这支新军应该以新建陆军为蓝本，所以责令袁世凯就北洋新军的编练提出具体的计划。
这事袁世凯擅长，只用了3天时间就编写完成新军军制和组织，一切仿效新建陆军，共为5军，每一军共辖8营：计步兵5营，炮兵1营，骑兵1营，工兵1营，另附1个学兵营。每营设1个统带，统带率4个领官，每个领官领1队，每队250人，每营总计1000人。规定每营兵士必须足额，饷粮按人发给，足食足兵。
荣禄大体采纳了袁世凯的提议，将北洋诸军改编为武卫军：改聂士成武毅军为“武卫前军”，驻芦台（今天津宁河）、大沽、北塘；董福祥甘军为“武卫后军”，驻蓟州（今天津蓟县）、通州；宋庆毅军为“武卫左军”，驻山海关内外；袁世凯新建陆军为“武卫右军”，驻天津小站；荣禄自己则另募勇丁并抽调八旗兵组成“武卫中军”，驻北京南苑。
宋庆、聂士成、董福祥都是淮军宿将，能够和他们平起平坐，袁世凯很是开心，更开心的是，在武卫军最终编练完成正式成军的当年6月，朝廷实授他为工部右侍郎，二品官终于落袋为安，前面好一片阳光灿烂。
袁世凯继续练兵，张之洞则因为前一段表现积极，一度和维新党走得过近，现在见形势已非，赶紧写了一篇《劝学篇》，其中的警句是“中学为体西学为用”，以表明自己一贯拥护朝廷、坚持祖制的立场，总算邀得了慈禧的谅解。
而此时朝廷上却在酝酿着一场风暴。维新变法以失败告终，维新派人士死的死逃的逃，就连光绪皇帝都被软禁在瀛台形似囚徒。可即使这样，重新得势的守旧派仍不满足，他们不仅大肆抓捕康梁余党，更试图否定自洋务运动以来的一切成果，极端者甚至开始打“换皇帝”的算盘，因为在他们看来，光绪是变法运动的罪魁祸首，不换不足以平民愤。
最热衷的一个人是御前大臣、端王载漪，此人是道光皇帝第五子惇亲王奕誴的次子。据说他出生的时候，大概是奶奶去世尚不足27个月，惇王夫妇按规矩正该丁忧守制，却不小心搞出来一个儿子，这不是小事，按大清宗人府定的制度，小孩的名字中必须带一个犬字旁以示羞辱，所以得名载漪。
1860年载漪4岁时过继给了瑞郡王奕志为子，袭贝勒爵位，1889年加郡王衔。1893年成为御前大臣，来年晋封瑞郡王。可能是文字跟他有仇，圣旨中出现了笔误，将“瑞”误作“端”——总不能说皇帝写错字了吧？那是通假字！于是载漪就成了端郡王。
端王一系应该算是疏宗，按说不太容易大富大贵，问题是干得好不如娶得好，端王他老人家娶的是慈禧的弟弟、承恩公桂祥的三女儿，他就是想不大富大贵，组织上恐怕也不会答应。
饱暖尚且要思淫欲，富贵了自然更会多出一些精神上的追求。端王的追求很大，本想当回皇帝玩玩，只是有慈禧在他不敢乱来，只好退而求其次，希望由儿子来当。真是可怜天下父母心啊！
载漪的儿子叫溥儁（音同“俊”），生于1885年，基本上可以算是弱智，如果真当上皇帝，多半可以和千古一帝晋惠帝司马衷媲美，说出“何不食肉糜”一类的惊世名言来。可载漪不这么想。俗话说老婆是别人的好儿子是自己的好，他是真一点没觉得溥儁傻，倒是越来越觉得自己这个宝贝儿子，不当皇帝是太屈才了。
端王是出了名的敢想敢干，立马就动员了包括七大姑八大姨在内所有他能调动得了的力量，向慈禧进言：光绪已不配为人君，坐在那里都有碍观瞻，太后圣明，赶紧把他废了吧！
对慈禧来说，谁当皇帝其实都关系不大，但光绪搞变法想抓自己实在是让人寒心，慈禧就想把他换了也好，换个未成年人上来，自己垂帘听政更名正言顺，何乐而不为？但这事太大，得先跟荣禄商量一下，这就是慈禧厉害的地方。
荣禄并不认为皇帝有大错，应该换掉，同时他认为必须顾虑各国的态度。慈禧也怕招来外国干涉，但苦于掌权的守旧派跟洋人水火不相容，根本没有私下接触的渠道，她便让荣禄想办法。
跟外国人最熟的是李鸿章，荣禄跟他关系不错，便请他去帮着打听老外的态度。戊戌期间再度被罢官的李鸿章，终于又等来了东山再起的机会，自然不肯放过，当即慢条斯理地说，废立皇帝属于中国内政，岂有先征询外国人意见的道理？不如让我去哪儿当个总督，想来各国使节会给面子来道贺，到时我顺便探问一番，既不露痕迹也不失国体，仲华你看如何？之所以想当总督而不是进军机或总署，是因为李鸿章已经察觉到了风声鹤唳，想远离京城避开宫廷之争，明哲保身。
慈禧非常了解李鸿章同情皇帝及维新派的态度，但又不能不启用他，便索性让他去当两广总督。广东洋商最多，交涉繁杂，不懂洋务很难干好。更重要的是，广东开放早，人心思变，支持、同情维新者众多，而现任两广总督谭钟麟为官庸碌，老佛爷不放心，李鸿章能力足够，上任之后，一旦有事则不得不镇压，而一旦镇压，则必将自己置于维新派的对立面，重回慈禧的怀抱。
这样李鸿章就复起担任了两广总督，消息传出，各国使节果然纷纷前往贤良寺祝贺，提及换皇帝的传闻，大家表示这是中国内政，他们无权干涉，但是他们上任之初都是向光绪递的国书，如另立新君是否继续承认需要请示本国政府，这是间接表示不赞成的意思。
荣禄得到反馈，对洋人的态度感到非常欣慰。但是另一方面，光绪因身体虚弱，至今无子。所谓不孝有三无后为大，现在后倒是有，但那是皇后，却没有子嗣，对于一个皇帝来说，这是不合格的。所以荣禄认为不如给他立个嗣子，以备万一光绪驾崩，好有个人继位，同时对慈禧这也算个很好的交代。
慈禧比猴还精，很快和荣禄达成了一致：废立不可取，那就先立个大阿哥（即皇储、太子），进可攻退可守，可使自己立于不败之地，结果选中了溥儁当大阿哥，算光绪的儿子，同时兼祧同治皇帝。真是老天爱笨小孩啊！这个结果，跟端王的不懈努力有关，更重要的，则是溥儁这小子，兼具爱新觉罗和叶赫那拉的血统，根正苗红白璧无瑕。
李鸿章上任之后一周，1900年1月24日，溥儁被立为大阿哥，史称“己亥建储”。消息一出，举国沸腾，反对之声四起。在上海，李鸿章系统的候补知府经元善联络南方名流士绅蔡元培、黄炎培等1231人上书反对；在广东，康有为、梁启超的势力更加紧了活动，预备武装勤王……
慈禧闻讯大怒，一面通缉经元善并抄了他的家，一面勒令抓捕康、梁，却苦于师徒俩在海外，抓不到。慈禧无奈，但一口气总要有个发泄处，便干脆命令李鸿章去把这两人的祖坟给挖了。李鸿章年届八十，自己都是快死的人了，如何肯干如此缺德的事？遂一拖再拖，但架不住慈禧一再催逼，最后还是干了。只是干之前，他暗中与康、梁互通信件，取得了对方的谅解。
不管怎么说，儿子当上大阿哥是件喜事，可惜端王并不满足于此，那怎么办呢？唯有继续努力。功夫不负有心人，渐渐地废立的言论甚嚣尘上。到了1900年1月31日，正月初一，慈禧索性派大阿哥到大高殿、奉先殿代皇帝行礼，废立的味道很浓了。
这下子，就连手握重权的各地督抚们都开始公开反对，其中态度最激烈的当属两江总督刘坤一。这是个敢于抗上的人物，还在光绪得到慈禧首肯搞变法的时候，即上奏反对康有为的举措，惹得光绪很不高兴；而此时，刘坤一上书慈禧，明确表示：皇帝变法本没有错，我当初反对的是康有为他们激进的冒险，并说：“若有废立之事，则两江士民，必起义愤！”颇有威胁的意味。奏折中一句“君臣之分已定，中外之口难防”，更是传播甚广。
不只外省督抚，就是在朝中，荣禄也在极力调和慈禧、光绪的关系，以图维护光绪的地位。奈何此时端王、刚毅及溥儁的老师徐桐等已占据上风，说服慈禧放出了“皇帝病危，快不行了”的风声。
光绪身体不好本不是秘密，所以慈禧认为这一招极妙，可以为日后的突发事件预先堵住万人之口。岂料各国公使根本不相信“病危说”，立即向总理各国事务衙门提出照会，要求推荐医生给皇帝看病，慈禧扛不住压力，只好同意了，结果法国医生进宫一检查，结论是皇帝陛下体质虚弱是有的，但身体没病，健康得很。老外们支持光绪、反对废立的立场益发坚定，慈禧终于急了，决定放义和团出来，给洋人们点颜色看看。