16世纪中叶，一个名叫兰多的人率西班牙殖民队伍登上了玛雅人的领地，从此玛雅人就消失了。但是从玛雅人居住过的120个城市来分析，没有发现任何作战的迹象，所以说他们不是被兰多一伙斩尽杀绝的。
根据现有的材料，一些科学家做出了以下的推断：玛雅人来自外星球，其间曾经过某行星，以它为中转站，他们来到地球是为了寻找新能源。然而在60～70万年前，这颗行星爆炸了，因而他们不能回到自己的星球，只得留在地球上，等待他们的飞船来解救。在地球上，虽然玛雅人有能力创造那么高度的古代文明，但是由于他们不是土生土长的地球人，没有一点自身抵抗力，所以在他们受到一次大规模病原菌的侵害时就死亡了。至于他们的葬身之处，有人推测可能是现在的百慕大三角洲水下的金字塔，有人则认为他们消失在中美洲那令人莫测的地道网中了。
这些说法都缺乏科学证据，玛雅人究竟为何而失踪，他们到底葬身于何处，至今还是一个谜。