2月16日黎明，尼米兹焦急地期待着轰击硫磺岛和空袭东京的消息。上午7时，尼米兹从东京广播电台获悉：美军袭击了东京机场。几乎在同一时间，尼米兹得到报告，海军已开始对硫磺岛发起炮击，B－29型轰炸机正飞往北面，向硫磺岛作日常空袭。
2月19日，斯普鲁恩斯向尼米兹报告了两天来袭击东京的战果：空中击落敌机332架，地面击毁177架，摧毁许多机场和航空站的机库、机棚和设施。
同一天上午11时，美军开始发起进攻硫磺岛的战斗。美军原计划5天拿下硫磺岛，结果整整打了36天。3月25日才将岛上的残敌基本肃清。硫磺岛一役中，登陆一方的伤亡人数超过了抗登陆一方。美军在陆上和海上作战的人员中，约有7000人战死（包括负伤后死亡的人数），19万人负伤。尼米兹称：“在硫磺岛参战的美军中，非凡的勇气成为共同的美德。”
硫磺岛据称是太平洋战争中，美军付出最大代价才获得的岛屿，它的价值不应夸大也不应低估。在该岛被宣布已完全占领的12天前，第一架B－29型轰炸机即在该岛作紧急降落；占领该岛不到3周，P－51型“野马”式巡逻战斗机于该岛跑道上起飞，为白天轰炸东京的B－29型机护航；3个月内，850架B－29型轰炸机在该岛作紧急降落。这就证实了占领该岛的必要性。无疑，如果没有这个胜败攸关的基地，这些飞机大部分会葬身海底。
新任海军部长福雷斯特尔亲临硫磺岛视察，回国后上报了他亲自掌握的战场第一手材料。在关岛，海军部长还向尼米兹祝贺他60岁生日。
福雷斯特尔离去后不久，尼米兹决定返回华盛顿述职。3月1日，他由谢尔曼将军和拉马尔中校陪同动身启程，经珍珠港和旧金山前往华盛顿。在旧金山，他又一次领略到那些正被发表并在全国广泛传播的新闻报道的作用。《旧金山调查者报》在头版发表社论，暗示硫磺岛损失惨重，原因是领导无方。它以明确的语言声称，只有麦克阿瑟才具备赢得战争胜利的才智，他不会像其他的司令官那样损兵折将、丢弃装备。华盛顿应让麦克阿瑟担任太平洋的全面指挥。海军和陆战队人员领导乏术。社论还指出，他们现在的领导，显然正在用美国子弟的生命作不必要的冒险。
这种说法使尼米兹大为不满，同时也使陆战队队员们怒不可遏。在旧金山休假的多位陆战队员涌进《旧金山调查者报》的大楼，当着总编辑威廉·雷恩的面，要求他道歉或作出答复。雷恩推托说，这不过是上级的指示而已。这引起了尼米兹的注意。从此，尼米兹对批评他领导和指挥艺术与麦克阿瑟在战略方面是相违背的一类攻击性文章有所防备了。
尼米兹和谢尔曼向参谋长联席会议汇报了下一步进攻冲绳岛的作战方案。进攻部队包括陆军第24军，这个军自进攻莱特湾以来已扩编为4个师；两栖作战部队第3军团，包括陆战队第1、第2和第6师。这些部队合在一起组成第10集团军，由美国陆军的巴克纳中将指挥。第58特混舰队在冲绳和九州之间的海面上进行掩护，英国太平洋舰队则在冲绳和台湾间的海面负责掩护。
本次会议还通过了陆军提出的进攻日本本岛的作战计划。登陆九州的代号为“奥林匹克行动”，预计于1945年11月实施；进攻东京平原的代号为“王冠行动”，预计于次年3月实施。尼米兹将指挥所有海上部队建立滩头阵地，麦克阿瑟则负责指挥地面部队。
在华盛顿期间，尼米兹去白宫谒见了罗斯福总统。他是顶着对硫磺岛战役的各种指责和谩骂而来的，在内心深处，他渴望得到罗斯福总统的理解和支持。尽管尼米兹并不计较个人威望，但是他重视人的尊严。谁也不愿被人称为刽子手，即使这是属于职责范围的事。
尼米兹最终获得了罗斯福批准的向冲绳岛进攻的主攻任务。望着罗斯福苍白、枯槁的面容，尼米兹心中隐隐产生了一种愿望：1945年将结束太平洋战争，让罗斯福活着看到这一胜利。
尼米兹一行飞越太平洋时，在珍珠港稍事停留，于3月15日回到关岛。此时，他的注意力已完全集中在即将开始的战事上。
在制定冲绳岛作战计划时，尼米兹最为担心的问题是，美军在岛上建立起机场之前，敌人空中力量对美方参战部队究竟有多大危害。在东北方向，九州有55个机场；在西南方向，台湾有65个机场；在它们之间，沿着包括冲绳岛在内的琉球群岛还有许多飞机跑道。因此，日军可能动用在本土的3000或4000架飞机，运用致命的“神风”式自杀战术以抗击美军的进攻部队。
为了阻止可能出现的危险形势，尼米兹命令第58特混舰队对九州各机场发动一系列袭击。第一特混舰队于3月18日和19日，对九州地区的机场、日本本土南部地区和停在濑户内海的日本舰队的残余舰艇，多次进行大规模空袭。日军飞机进行了反击，击伤“企业”号、“约克城”号等航空母舰。“富兰克林”号遭到重创，800多名舰员丧生。尼米兹又令B-29型轰炸机编队袭击九州的航空设施和基地。尼米兹还下令在下关海峡一带布雷。在上述空袭活动中，美军虽然损失116架舰载机，但是击伤数艘日舰，并破坏了九州地区日军的各种设施及交通枢纽，使日军在此后的3周内几乎未能进行反击。
第58特混舰队补充油料后，于3月23日开始对冲绳岛实施猛烈轰炸。包括步兵第77师在内的两栖进攻部队，攻占了冲绳岛西南15海里的庆良间列岛。这是整个登陆作战计划的一个组成部分，它为美军提供了一个隐蔽的锚地，这是一个不可多得的水上飞机基地和补给基地。
4月1日，即复活节清晨，特纳指挥的登陆大军开始在冲绳岛的白沙滩头登陆。登陆进行的异常顺利，当天，有5万名陆军部队和海军陆战队士兵登陆，先头部队夺取了两个机场。到4月2日中午，部分登陆部队已经横跨该岛，进至东海岸。此后，第24军的大部分兵力从右侧迂回，向南推进，海军陆战第1师向登陆地域以东前进。
日军在冲绳岛的抗登陆兵力约有10万人，其中67万人是日本陆军的精锐部队。日军部队为何没有抵抗呢？原来，守岛部队采用的战术是允许美军“充分登陆”，将美军“诱至于得不到海、空军火力掩护和支援”的地方，再一举歼灭其登陆部队。
没有在陆地上出现的殊死苦战却在冲绳海面展开了。4月6日到7日，大约700架日机从九州起飞，袭击了第5舰队的舰只。这即是日军蓄谋已久的“菊水特攻”。在两天的闪电式空袭中，美军3艘驱逐舰和1艘登陆舰被击沉，2艘军火船被击爆炸，1艘扫雷舰和12艘驱逐舰受重创。日军飞机还撞入航空母舰“汉科克”号和战列舰“马里兰”号，美军数以百计的水兵死亡，剩下的许多人被严重烧伤，场面惨不忍睹。
这时，战斗在冲绳东北面半岛的陆战队以及在冲绳南部的陆军部队也遭到了日军的顽强抵抗。日军利用洞穴、堑壕、掩蔽火力点袭击登陆美军，致使美军的推进严重受挫。尼米兹认为，陆军的缓慢推进，使海军支援部队遭到巨大损失，大量海军水兵被敌机杀伤。但他又感到很为难，是下令调查损失惨重的原因，还是强制自己不去干扰战场上的指挥，他一时拿不定主意。
尼米兹每天都写信给夫人凯瑟琳提到这种痛苦的心情。有一天他还向她承认，他为每个牺牲的官兵深感痛惜。
4月13日早晨，罗斯福总统逝世的消息传到太平洋指挥总部，这使得尼米兹的心情更为沉重，“就我来说，我深深感到这是我个人的损失。”他写给夫人的信中说，“无论我们是否喜欢他的全部言行和主张--他始终主张建立强大的海军，他始终对我十分亲切、友好。
我刚发出一份唁电，代表太平洋海区的全体官兵向罗斯福夫人表示哀悼。”
4月16日，海军陆战队司令、四星上将范德格里夫特和他的两名参谋来到关岛指挥部，请求去视察他在冲绳岛的部队，亲自去解决那里伤亡严重的问题。尼米兹没有批准他的要求。尼米兹解释说，他自己也想去，但战斗在激烈进行，危险性极大，因而不能派任何高级官员前往。
但是第2天，尼米兹突然改变主意，表示愿和范德格里夫特一同前往冲绳前线，这使得范德格里夫特大感惊讶。尼米兹改变主意的原因也许是迫于战局构成的“非常局势”，不得不进行直接干预了。
尼米兹一行乘专机抵达齿栉附近一个海滩的机场。次日，尼米兹即与斯普鲁恩斯等人视察了美军占领的部分冲绳地区。
尼米兹针对地面行动停滞不前的状况，强烈要求陆战部队加速推进，以便尽早解脱支援舰队。巴克纳陆军中将声称，这不过是一次地面作战。言下之意是，冲绳岛作战是陆军的事，海军最好不要插手。
“这确实可能是一次地面作战，”尼米兹冷冷地扫了巴克纳一眼，“但我却每天损失一艘半军舰，它们受到‘神风’飞机的沉重打击，或被击沉，或失去战斗力。所以，这条战线5天内不能突破，我们将调别的部队来突破它。这样，我们就可以从这些可怕的空袭中抽身了。”
这样，巴克纳才勉强同意调陆战5师和6师来南部战场。范德格里夫待建议采用迂回进攻的战术，以打开局面。巴克纳仍然认为，在南部或东南部海岸采取何种登陆方式都将付出巨大代价，最好的办法是用大规模的舰炮火力将敌人从据点中轰出来。尼米兹答应给予更强的火力支援。
为了顾全大局，尼米兹忍受来自各方面的批评，尽可能弥合海、陆军种之间的矛盾。在一次破例举行的记者招待会上，尼米兹对海军作出的牺牲只字不提，而是赞扬陆军非凡出众的作战表现，并指出陆军的战术是正确的，若从侧翼发起两栖登陆，将付出更大代价且浪费时间。在这段时间里，尼米兹心情很不好，他的判断和决定正受到最坚定的拥戴者的怀疑。
但是，尼米兹坚持认为，首要的前提是保持军种间的和谐一致。
6月21日，美军宣布占领了冲绳岛。在炮声最后停息、支援舰只从冲绳海岸撤出时，对这一具有历史意义的战役也作出了统计。日军死亡15万人，被俘7400人；美军阵亡7600人，伤3万余人；有26艘舰只被击沉，360艘被击伤，大部分因日军“菊水特攻”行动所致。此外，巴克纳将军阵亡，这是美军在太平洋战争中战死的最高级别的一位将领。
尼米兹指挥的中路部队浩浩荡荡地向日本本土推进，付出了惨重代价换来的辉煌犹如金色的光环带来了令人振奋的希望和信心。而此时，麦克阿瑟的部队从新几内亚方向的进攻并未达到预期的效果，占领吕宋之后，他的部队仍在西南太平洋地区作战，只能南进到菲律宾南部和婆罗洲。
于是，军种间的内部争斗又全面展开了。自然是不甘寂寞的麦克阿瑟首先发难，他责怪华盛顿束缚了他和整个陆军的手脚，他绝对无法容忍的是，当尼米兹指挥的以海军为核心的各级司令部进攻日本本土的同时，让他在南边“坐冷板凳”。因此，他把建立一个由他指挥的统一司令部的观点再度提出来。但他的观点遭到了来自海军的难以辩驳的反对。
4月3日，参谋长联席会议颁布了一项折中方案：在进攻日本时，麦克阿瑟将指挥太平洋地区的全部陆军地面部队和航空兵；尼米兹指挥太平洋的全部海军。这一方案意味着将进一步分裂被尼米兹称之为“不能团结工作”的联合指挥部；同时，任何陆军部队将来都难以听从海军将领的指挥。
尼米兹的耐心已经到了极限，他感到不能再次退让，否则，他将沦为麦克阿瑟的部属，而丧失自己的权力和责任。他以不容置疑的语言向麦克阿瑟的特使萨瑟兰亮出了自己的观点：“我现在不能答应把对于太平洋海区防务和作战计划不可或缺的陆军部队的作战指挥权交给他。”
然而，尼米兹也认识到，早日结束战争，比起两人的不和以及武装部队中两个局部的冲突来说，要重要得多。基于这一考虑，他还是决定去马尼拉与麦克阿瑟会谈，以取得双方的某种一致，尽早结束战争。
在两天的会晤中，两位高级将领尽可能以理智的态度去争取相同的目标，以谋求双方会谈的基点和最终从海、陆、空三方逼近日本的战略。会谈解决了一些存留的问题，奠定了进攻日本九州、本州及其他岛屿的合作基础。按照双方达成的协议，在两栖进攻中，以海军将领为主、陆军将领为辅进行指挥。尼米兹答应将进攻整个琉球群岛的任务移交给麦克阿瑟，并保证一如既往地为西南太平洋部队提供海上掩护。
这次会谈，使尼米兹意识到，他的统一指挥陆、海军的愿望是非常不现实的，他将再也不会提及全国范围的武装部队实行统一指挥的建议了。
8.凯旋归国
一天，一位年轻的海军中校来到太平洋舰队总部，捎来金上将带给尼米兹的一份绝密文件。文件告知，当量为2万吨TNT的原子弹已经研制成功，将于1945年8月1日在太平洋战场使用。
一颗炸弹就能毁灭一座城市，全部或几乎全部杀死其居民，尼米兹对此深为惊讶。他在座椅中转过身来注视着窗外，然后站起来对青年军官说：“非常感谢你。”并喃喃自语道：
“我想，我是生不逢时，出世太早了。”
此时，7月的“奥林匹克行动”计划和“王冠行动”计划已由继任总统杜鲁门批准在8月实施。尼米兹则继续实施对日本本土的袭击，携带水雷的潜艇和飞机把日本对各岛屿的攻势压了回去。
5月8日，德国宣告投降，这标志着欧洲轴心国的最后失败。在欣喜的同时，尼米兹也感到德国的顽固抵抗使欧洲的胜利来得太迟了，已经基本上不会对太平洋战场产生直接的支援和影响了。他确信，在盟军部队从欧洲调来之前，靠封锁和轰炸，即可迫使日本投降。
6月底，尼米兹飞赴旧金山，与金上将进行战争年代的最后一次会晤。这次会议为时仅一天，因为两位高级将领已经充分确信，“奥林匹克行动”与“王冠行动”都将不会付诸实施了。
破译的日本电讯表明，日本正试图通过苏联政府，伸出求和的触角。于是，尼米兹、斯普鲁恩斯着手将工作重点从制定“奥林匹克行动”方案转到为日本可能投降作准备上。有关建立民事政府、处理战犯，一直到战后重建工作方面的专家等事宜，都成了太平洋舰队参谋部讨论的话题。