康熙二年（1663）正月，郑经偕同周全斌、陈永华与冯锡范等率亲军五总旗下兵丁共四千余人，战船九十余艘，由台湾返回厦门。诸将都来迎接，唯有伯郑泰在金门称疾没来。原来，是因为郑经曾于黄昭营中搜出郑泰勾结黄昭图谋篡权的亲笔密信数封，郑经虽然将密信暗藏起来，不露风声，但郑泰做贼心虚。这时，周全斌向郑经献计说：“彼船只倍多，未可轻举，急则变矣！不如用香饵法饵之”
郑经忙问：“何谓香饵？”周全斌答道：“藩主可假言向泰宣称台湾新创，地方无人约束，唯恐发生意外，决意将眷属搬往台湾安插，然后西向，金、厦两岛只好暂交伯总制，这样，泰必安心”。郑经点头称好。六月，郑经依计行事特派礼官郑斌、户官吴慎两人赶赴金门，将金厦总制印交付郑泰，并向郑泰转达郑经的命令说：“经将东行台湾，金、厦诸岛，烦伯总制”。郑泰受印后，十分欢欣，厚待郑、吴两人。但郑泰心怀疑惧，却不敢至厦称谢。同月初四，郑经将刘国轩、黄安等眷口第一批载往台湾，郑泰稍稍迟疑，方于同月初六亲往厦门谒见郑经。郑经待郑泰礼意倍厚，又嘱托郑泰要一心担当起固守金、厦的重任，郑泰对郑经的这一番“深情厚意”顿然心动，疑虑顿释。翌日郑经置酒邀泰议事，郑泰坦然从命。其实郑经早已布置甲兵暗伏于内。等到酒过三巡，郑经突然掷杯于地，甲兵立刻奔出，郑泰猝不及防，被当场擒住。此时郑泰大声疾呼：“我有何罪？”郑经立时沉下脸来，出示郑泰与黄昭图谋篡位的密信，郑泰一时语塞，无言以对。
郑经立命郑泰自缢。并遣周全斌率舟师飞速进踞金门。
事后郑泰弟郑鸣骏闻汛，连忙偕同杨来嘉、杨富等带领所部官兵船舰向清投降，接着郑泰子郑钻绪与其弟都督郑庸、郑经叔、伯平国公郑世袭、定国公郑耀吉等郑氏亲族以及庆都伯王秀奇、忠靖伯陈辉、左都督陈舜穆、副都统何义等一批重要将领也陆续归顺清廷。
由争权引发出郑氏家族内部的火拼使郑氏政权的自身军事力量大减，驱走了一批谙熟水战的将军、都督、总兵、参领、游击、守备、千、把总等将弁与兵丁，带走了大量船舰器械等装备，归顺于朝廷，仅郑泰子郑钻绪就带走所部文武官员
四百名，水陆兵丁七千三百名，舟舰一百八十艘。这批投诚官兵都受到清廷的优待和重用。清廷授予原同安伯郑鸣骏为遵义侯、而原永诚伯郑钻绪为慕恩伯、原都督何义、陈舜穆为左都督等，所以到了最后他们成了清水师的骨干力量，为瓦解和消灭郑氏政权起了很大作用。
对于台湾问题，清政府在招抚未成之后，转入武力征剿。
康熙二年（1663）四月下旬，施琅上疏向康熙具体分析了形势：认为郑氏以前所倚靠的乃郑泰所属官兵，郑泰被害，其弟郑鸣骏携带其兄郑泰家口妻孥及官兵已前来投诚，厦门实无良将精兵；再加上郑氏政权内部“相互猜疑，心怀芥蒂，貌合神离，多年负固之贼，眼见渐见瓦解”；然而从严敕边民内迁立界以来，沿海居民与郑氏“私通接济者日少”，厦门米价一担贵至三两五钱，草料一担增至三钱五分，粮饷匮乏；衣照目前的情况看来，况且清军占踞同安、海澄两地，先已扼踞厦门咽喉，每昼夜派船袭扰敌巢，弄得郑方力竭穷蹙，以致每闻风声，则慌乱不堪，惊魂不定。据此，施琅向康熙进言，若不趁此良机进击，必将贻误战机。康熙皇帝采纳了施琅的意见，一面派人四出打探信息，一面战船速起楗帆，发斗头迎战。顿时，烟焰蔽天，郑军因处于逆水逆风，形势不利，郑将黄廷急忙率师撤退。就在此时耿、李乘胜率领大队人马向厦门挺进，守卫高琦的郑军将领陈昇率队来降。抓紧时间一举歼灭，正在高琦一带迎敌的郑将林顺听说陈昇投降，夏门失守，也无心应战，飞驶退到金门，同周全斌合腙。这时周全斌也因寡不敌众后，败退下来，时正日暮，又因厦门失守，只得率师退泊浯屿（在厦门港）。
林顺则带领船队寄泊镇海（浯屿西南）。清军乘势进踞金门。郑经见金、厦两已失守，就偕同洪旭与王秀奇撤离大担、列屿（金门西），率舟师下铜山。耿、李邀荷兰军共剿铜山，荷军反而要清廷派船兵同他们进取台湾。然而耿、李没有应允。后来，铜山平定，荷军察觉清廷一时无意渡海攻台，只好悻悻地离去。
因为耿、李乘郑军失守金、厦之际，军力大减，后来差官到铜山、镇海等地，四处招降，以此来瓦解郑军。清使者到铜山招抚郑经，郑经仍执“高丽事例，若欲削发登岸，虽死不允”。使者还密通忠振伯洪旭，策动洪旭生擒郑经，许诺他上奏清廷封为同安侯，世守泉州。洪旭婉言谢绝。但是，迫于清军压境，而郑军内部又互相倾轧，郑军军内煽起了一股投降风。洪旭目睹诸将陆续叛去，就向郑经建议说：“金、厦新破，人心不一，铜山必难保守，靖藩、总督频频派人前采，
非为招抚，实窥探以散人心。今各镇纷纷离叛日报，不如撤离铜山，速赴台湾，等待时机，如若迁延时日，恐变起肘腋。”郑经接受了洪旭的意见后，准备率师赴台。
康熙三年（1664）三月初六日，耿、李率舟师至八尺门，郑威远将军翁求多率兵民六万余人投降。十四日夜半，清军渡海进攻铜山，郑方永安侯黄廷、都督余宽等率所部及家属三万二千四百名出降。面对如此不利情势，郑经不得不率数十艘战船乘风遁走台湾。周全斌因与洪旭有宿嫌，担心至台湾后遭倾轧，便乘机带领部属从漳浦镇海卫投降清军。
同年七月，清廷任命施琅为靖海将军，以承恩伯周全斌为太子少师，都督杨富为副，左都督林顺、何义等为佐，率领水师征剿台湾。十二月，施琅统率兵船向台湾迸发，师至洋面，兵船难于逆进而还。
康熙四年（1665）三月二十六日，施琅再率舟师征台，中途又因南风阻滞，海上稽留三天两夜，暂返料罗（金门岛上）。之后，一直风势不顺，骤起东南风，施琅一直在金门躲避风浪。
四月十六日，天晴，施琅再次进师台湾。次日船队驶入澎湖口，突遇狂风大作，骤雨倾注，施琅速令放炮，收兵返航。但船队在汪洋大海中，遭受巨浪凌空拍击，大小各船的船部等被狂澜拍击而散裂进水，一瞬间，偌大船腙任凭风浪四处飘流，直飘至大担、浯屿、厦门、镇海、靖卫、漳浦、潮州等地。而施琅所乘战船飘流到广东潮州府表尾后，急速驶抵南澳，于铜山、陆鳌等处沿海，收拢飘散各船，直至二十六日才返回厦门。
台湾远隔大洋，孤悬海外，因此清军三次出征，都为风浪所阻，无功而返，这无疑地引起了清廷对继续征剿台湾的疑虑。加之长期的国内战争又导致民生凋蔽，库帑困乏，为了医治战争创伤，清廷也需要获得喘息的时机，调息内部。而内部因鳌拜专权与激烈的派系斗争，更需大力整顿，以稳定政局。因此，清政府对统一台湾的策略就由军事征剿转变为和平谈判。由于台湾正处在新开发时期，百业待兴，更需要时间，从事和平建设，增强实力，以待东山再起。这样，清、郑之间就出现了和平共处的短暂时期。
康熙六年（1667）六月，根据福建招抚道官刘尔贡、知州马星持福建招抚总兵官孔元章的信，赴台湾招抚郑也没有果后，九月，清廷派孔元章亲诣台湾劝降。
郑经提出若照朝鲜事例，然而“则可允从”孔元章带了郑经这个就抚条件，离开了台湾。
福建水师提督施琅鉴于使命两次到台，台湾方面也没有重要官员前来输诚，就在是年十一月与次年四月，先后上疏，陈述“台湾剿抚可平”、“寓剿于抚”的策略。之后，施琅奉命进京，清廷授施琅为内，官臣们，并裁去水师和水师提督，另设总兵一员，镇守海澄。这充分表明清廷对台湾维持和平的态度。
康熙亲政后，在康熙八年（1669）七月，后又派遣刑部尚书明珠、兵部侍郎蔡毓荣，召集耿继茂与都督祖泽清到泉州商议抚台事宜。他们遴选兴化知府慕天颜加卿衔，与都督佥事季俭赴台招抚。郑经持意“照朝鲜事例，不削发，称臣纳贡”。慕天颜等则许以“削发归顺，自当藩封”。互相争议旬日，各执议未定。于是，郑经派刑官柯平、礼官叶亨随同慕天颜等到泉州谈判。然而柯平等总执“朝鲜事例，不肯剃发，世守台湾，称臣纳贡而已”。而明珠等则遵照康熙关于“果遵制剃发归顺，高爵厚禄朕不惜封赏，即台湾之地，亦从彼意，允其居住。至于比朝鲜不剃发，愿进贡投诚之说，不便允从”的指示，“许其藩封，世守台湾，但既受封称臣，自然不能有特殊的处理，别其服”。因双方各持己见，互不谦让，谈判陷于僵局。为了争取和平解决台湾问题，明珠等让慕、季两人随同柯平、叶享再赴台湾力劝郑经，遵守削发，而郑经则坚定地答复：“若欲削发，至死不易。”
慕天颜等见郑经义正言辞，只好辞回复命。明珠等亦照康熙旨意，“如不削发投诚……即回京”。至此，招抚不成。
以往清朝依靠满洲铁骑，驰骋疆场，夺取天下。如今台湾远隔大洋，所以铁骑无能为力，清廷又未能建立起训练有素、足以使郑军丧胆的庞大水师，郑经得以凭借海洋波涛之险与舟师熟悉水战的优势，同清朝分庭抗礼；并且，郑经对清朝的所谓“宽仁无比”的招抚政策，也是不很满意、心有余悸。如今他虽然退踞台湾，但是还有力量同清廷对抗，清廷的“重爵厚禄永世袭封”的许诺，如何让他动心？特别是台湾经过郑氏三代的开发，经济日渐繁荣，所以这为郑氏继续对抗清廷提供了物质保障。郑经退踞台湾后，他不仅继承父辈耕战结合的遗策，农忙从事生产，农隙训练武事悉心开发，台湾日见兴旺。尤其是他重视吸引泉、漳、惠、潮等地大批流离失所的无业穷民，到台湾从事开荒造田，从南到北皆有汉人足迹。一批新的村镇如琅矫、彰化、云林、新竹等陆续出现，年年丰熟，百姓殷
足。另外，严禁赌博，烧瓦盖房，起盖庐舍，因煎盐苦涩，就在濑口地方修坵埕，泼海水为卤，曝晒作盐，采棉种棉，从事纺织等等。
在各镇营凡农隙时，教习武艺弓矢，又令南北路各镇入深山穷谷中，采伐木材或遣商船前往各港购买船料，教工匠修葺朽烂的帆船或成造诸种船只，装载白鹿皮、蔗糖等物运往日本，购买物料，制造铜烦、倭刀、盔甲，强化军事力量。
为了打破清政府的经济封锁，郑经采纳了勇卫陈永华的建议，收降镇海太武山江胜及其数百健儿，在厦门，派驻据点，开展海上贸易，以接济台湾。江胜联合距广东达濠、专事海上抢掠的潮阳人丘辉，合师打败了盘踞在厦门的无业游民陈白骨、水牛忠等，在厦门站稳了脚跟。从此，江胜一面辑和边界，同驻守在厦门的当地官兵搞好关系，一面广泛展开商业活动，斩矛为市、'禁止掳掠，平价交易。自此内外相安，边疆无衅。虽汛地谨防，透越不时可通；有“佩鞍命甲追赶者，明是护送；而巡哨屡行，有耀武扬威才出者，明使回避”。所以，台湾货物船料供不应求。后来，丘辉也率众向台湾投诚。于是广东、福建等沿海地区的货物也源源不断地运往台湾。由此“台湾日盛，物价平稳，洋贩愈兴，田畴市肆不让内地”。
郑经不仅继承了祖、父两代早先开拓的海外贸易，还不断扩展外贸活动。郑氏在海上每隔六十里设一站，自漳州府南行海路，共设有十二站，从台湾到吕宋设二十四站，郑经以澎湖为门户，同日本、吕宋（菲律宾）大泥、交趾（越南）、暹罗（泰国）、六昆、柬埔寨、噶喇巴、东西洋等通商贸易。除贩运日本的金银、药材、珍珠、翠羽和吕宋等奇珍异物外，日本、吕宋和西洋各国更是台湾所需粮食的主要来源。因为在贸易中，郑氏每年获利不可胜数，“其所以得资者，皆系由此而来”，因而“得以富国”，台湾渐渐强大起来了。
这正如曾为郑氏管过海外贸易的清候补都司佥书史伟瑜所说：“郑经依恃海岛为王、依赖外国致富……粮食丰足，地形险阻，虽有圣诏，亦未必倾心降服”。
郑经复明珠的信声称：“衣冠吾之所有，爵禄亦吾之所有，而重爵厚禄，永世袭封之语，其可以动海外孤臣之心哉！”看来没有军事力量作后盾，仅靠招抚来统一台湾是不可能实现的。
然而清廷与郑氏集团之间的和平局面一直维持到三藩之乱才被打破。
康熙皇帝决意撤藩之后，十二年（1673）八月，靖南王耿精忠即遣黄镛到台
湾，策动郑经“速征帆同正今日疆土，仰冀会师共成万古勋业”。后来郑经得书大喜，便立刻整顿船只，调拨各屯屯佃归伍分配。十月，郑经率舟师到澎湖伺机进军。吴三桂叛乱后，康熙皇帝停撤耿、尚两藩，耿精忠马上派黄镛至澎湖，则立即通知郑经暂时按兵不动。
康熙十三年（1674）三月，耿精忠响应吴三桂举兵反清，又遣黄镛赴台，便约请郑经统率福建沿海战舰，又配合耿藩出师，从水陆两路合力进攻江浙。郑经当即部署陈永华留守台湾，命冯锡范督诸镇船只先行，随后，统率大队舟师进抵厦门。
同年四月，吴三桂派祝治国与刘定先送信到厦门，也请郑经“速整貔貅，大引舟师，径取金陵，或抵天津，断其粮道，绝其咽喉”，事后并提醒郑经这是“奇兵承虚，捷奏万全”的策略。郑经即迁副将陈文焕随同祝治国、刘定先往湖广联系吴三桂。表面上耿、吴与郑有着共同反清的目标；但是他们各自都以扩张自己的地盘与势力为目的，但由此引发出彼此之间的矛盾和冲突是不可调解的。
耿精忠起兵时，担心漳、泉文武官员不服，谁知不料起兵不到数日，而得全闽和漳、泉，这时，他很后悔约请郑经渡海。同时，赴厦门去联络郑经的定远将军刘炎的胞弟刘煜，目睹“厦门瓦烁满地，茅草盈野，船只散处停泊，寥居始创凄凉”，不由得顿生轻视郑经的意念。后来刘煜返回后，向耿精忠报告说：“海上兵不满二千，船不过百只，安能济事”。于是，耿精忠立刻通知沿海边界，照前禁例，严禁船只下海，禁绝与郑经往来。
郑经见耿精忠突然变卦，速差遣礼官柯平赶到福州，面责耿精忠言而无信。
耿精忠直截了当地答复柯平：你回去告诉你的主人，各地分守，都不敢有非分之想。柯平如实回报郑经。郑经勃然大怒，急令侍卫冯锡范、左武王刘国轩等率兵攻取同安、海澄，连下泉州、漳州。耿精忠即遣冯国铨至厦门面见郑经，索地请和，准备将沿海岛屿让给郑经，彼此不禁往来通商贸易。郑经呵斥耿精忠墨迹未干，遂而背约。因此双方关系十分紧张。
与此同时，康熙也正集中力量进剿吴三桂削弱他的势力，对耿精忠采用剿抚兼施的策略，对郑经则着重于抚。八月，康熙在给新任总督郎廷相的谕旨中明确指示：“入闽之日，海寇宜用抚，耿精忠宜用剿或用间，相机便宜行事”。这样，可以郑经乘清军同耿、吴交战之际，从耿精忠手中夺取了漳、泉所属各县及汀州
（长汀）、兴化（治所在莆田）等府，并且，收降潮州刘进思，进而占据潮、惠两府。
康熙十五年（1676），耿精忠、尚之信纷纷投降顺清。康熙皇帝即令他们随军立功赎罪。这时，眼看郑经已成为东南地区清军的主攻对象。康熙十六年（1677），郑经连失漳、泉、惠、潮等七府之地，退遁金门、厦门，同年七月，康亲王两次遣使至厦门劝降，皇帝令郑经“让回，各岛”，“拥兵东归”。康亲王还许诺向清廷题请“以朝鲜事例，称臣纳贡，通商贸易”。但冯锡范等一再执意“照先藩之四府裕饷例”，要清廷“资给粮饷，各守岛屿”，方可以“罢兵息民”。
因此商议也没个结果。
这之后，康熙皇帝遂以黄梧子黄芳世袭海澄公，随同福建总督郎廷相、副都统胡免等镇守漳州。又提拔谙熟水务的黄蓝为都督佥事，充任总兵官驻守海澄。
清军又分兵驻守寸玉洲、三义河、福河、陈州、马州、湾腰树、壁湖、石码、江东桥等地。
这时，郑经授予刘国轩为总督，吴淑为副都督，并赐刘国轩以上方剑，令他专任征伐，自副将以下，听他处决。接下来一场激烈的拉锯战在清、郑之间展开了。
刘国轩统兵数万，先发制人，向防守晦澄各据点的清军发起进攻。郑军连下玉洲、三义河、福河、石码，烧断江东桥，并且隔截了漳、泉通道，进逼海澄。
海澄为漳、泉门户，康熙皇帝即命康亲王亟发援师。因此康亲王遵旨急调遣清副都统孟安、提督段应举、宁海将军喇哈达等分别从潮州、泉州和福州赶来支援。
随后，平南将军赖塔也率领骑兵从潮州而采。刘国轩针对清军缺乏水军的弱点，遴选健勇，声东击西，弄得满、汉清兵疲于应付。刘国轩从中窥测方向，捕捉战机。这时，清海澄公黄芳世率骑、步兵扎营于水头山，堵塞石码郑军。刘国轩使用奇兵之计，于是在黎明之时，便令郑兵自焚在东狱的所有军塞，后各下快哨八桨撤离。
黄芳世从水头山顶望见郑兵遁走，然后就懈怠下来。这时恰逢潮涨八、九分，郑舟师各自扬帆乘风直抵水头山。刘国轩急令部分郑兵从正面陟岭逼战，另一部分从山背后登岭偷袭，这时清军大意无备，突遭郑兵夹击，阵乱四溃，后来尽弃辎重营栅，各自逃命，郑兵尾追。黄芳世急忙上马，马惊慌失足，亏得左右疾扶
换马，因而黄芳世奔入漳城，幸免于难。刘国轩方收兵踞水头山。而后，郑兵又击败清提督段应举于祖山头，截断了清军退向漳州的后路，清军死伤甚多，段应举走投无路，仓皇奔入海澄。郑军进踞祖山头。海澄三面临海，通向漳州的一端陆路，已被郑军截断。不料郑军挖壕筑寨，连营把守，海澄被重重围困。
然而漳州方面的清军，屯聚于笔架山上。山南有个小寨，悬崖如挂灯，俗名为“灯火寨”。寨下有一条大溪，顺流可通海澄。海澄总兵官黄蓝向提督段应举建议：灯火寨系海澄咽喉，宜出兵踞寨，不但可作犄角之势，且可接应漳州援师，倘为郑军所占，水路切断，内外隔绝，粮饷困乏，海澄势不可守。段应举却认为将军、总督云集漳郡，自当来援，内外夹击，郑军必遁，所以固执已见。此时他只在城内筑炮台、修壕栅，一心等待外援。刘国轩则乘清军不备之时，命副总督吴淑于深夜抢占灯火寨，连夜构筑栅垒壕沟，扼守通向海澄的这条水道。
清军将领赖塔、韩大任等率满、汉骑兵数万，齐力猛攻祖山头，被郑军打得大败。段应举几次试图突围，无奈沟渠重重，马陷兵坠，屡遭郑军阻击，突围未成，而郑军愈围愈紧。刘国轩又传谕各营，严密封锁，不得透漏一粒粮食。从此，清军外援断绝，城内因粮匮便杀战马、罗雀掘鼠、浸皮煮纸，以致城内官兵“有饿毙者、赴水者、投顺者”，“而绿营官兵又逃亡殆尽”。然而最后，城被攻破，清军前锋统领希佛阵亡，提督段应举和副都统穆哈林自缢，海澄陷落。一时，“民情风鹤”，“处处望风投顺”，平和、长泰、漳平、同安、南安、安溪、惠安、永春、德化各县相继陷落。郑军乘势围攻泉州。
康熙皇帝一面调遣江南、京口的汉兵急援福建；一面激励康亲王等将军大臣，勿以失援海澄而自沮，务必“时加鼓励，果能灭贼复疆，则前罪自释”。与此同时，他还撤换了福建总督郎廷相，巡抚杨熙也以年老原官归里。同年五月，提升屡立战功的福建布政司姚启圣为福建总督，按察司吴兴祚为福建巡抚，江宁提督杨捷为福建水陆提督。姚启圣，字熙之，一字忧庵，原为浙江会稽人，后隶汉军镶红旗。康熙二年，中举，授广东香山知县，不久因事革职。后来“三藩”叛乱后，投至康亲王军前，屡献奇谋，甚得康亲王器重，以功从代理知县累升至布致使。
总督姚启圣上任后曾向将军喇哈达指出：“贼兵不过三万，虑其聚而势雄。
今得诸邑，必当分众把守，众分则势弱，势弱则破之易也。此兵法所谓兵多贵分，
兵少贵合者”。其实，郑将刘国轩已深知自己兵力不足，不得不强拉当地乡勇充伍，强制遣送充伍的乡勇家口到台湾当做人质，因此，引起当地的百姓怨愤，加上苛敛无度，民力已竭。由此可见，郑军在占领区己快站不稳脚跟。
就在这时，康熙皇帝遣三路大军分别由将军喇哈达、巡抚吴兴祚与提督杨捷率军赴援泉州，并调潮州靖南王耿精忠、侍郎达都等驰赴漳州。刘国轩见满、汉骑步兵三路齐至，又得知永春、安溪、德化、惠安等县尽被清兵所占，于是急令二十八镇全师撤离泉州，退至长泰，准备同清军在漳州展开了一场激烈的战斗。
康熙十七年（1678）九月，刘国轩、吴淑率大军进功漳州。吴淑等领十一镇兵众万余扎营于松洲、埔南等处，离漳州仅十余里。刘国轩率领十七镇一万三干余名军兵，安营龙虎山、蜈蚣岭，直逼漳州之北门，其锋甚锐。当时，聚集泉州的绿营兵有二万余名，总督姚启圣屡发调令请泉州官兵赴漳会剿，却无一呼应。
他奏请康熙皇帝：“若军队调动，必俟大将、王令，不免坐失时机”。康熙立即批示：嗣后，总督可一面调遣绿营官兵；一面启知王等，以免迁延误事。于是，姚启圣不待泉州援兵，就调靖南王耿精忠、将军赖塔等率满、汉官兵出漳州城，离郑营五里下营。次日黎明，分兵七股杀出。郑军准备木马、铳炮、火箭、喷筒，喊声震天，飞出迎战；此外，设伏兵于蔗林各处，伺机截击。姚启圣与耿、赖等亲自督战，自寅至午，激战不息。最后，清军冲破木马，砍开战阵，连破郑营十六座，郑军溃败，遁逃至云英渡，因无舟可渡，溺死者万余人。清军乘胜攻取长泰、同安，连下江东桥，随即修复烧断的桥梁，沟通漳、泉道途。郑军败归石码。
这时，漳、泉所属诸县已陆续被清军占领，只有海澄与石码尚在郑军手中。刘国轩扼踞澳头、占领了三义口、玉洲、镇门、象鼻、狮山、石尾一带，深沟固垒，首尾连环，坚守阵地，清军一时难以攻破。
与此同时，姚启圣先后遣漳州进士张雄、泉州士绅苏志美赴往厦门招抚，让郑经撤出沿海岛屿，退守台湾。郑经以海澄为厦门门户，不肯让还。招抚不成，姚启圣取得康熙皇帝同意后，于康熙十八年（1679）正月，再行迁界。上自福宁，下至诏安，赶逐百姓，重人内地，仍筑界墙守望。或十里、或二十里，凡近水险要，添设炮台，星罗棋布，稽查防范，严密封锁，千方百计断绝郑军粮饷来源。
清、郑之间，相持不下。康亲王杰书派苏埕赴厦门和谈。苏埕遵照康亲王的
旨意，向郑方破例提出：“果能释甲东归，照依朝鲜事例，代为题请，永为世好，作屏藩重臣”。郑经即表示赞同说：“既亲王能照朝鲜事例，不削发，即当相从息兵安民”。但因冯锡范却从中作梗和谈又破裂了。
这时，吴三桂已死，清军洗卷湖南，消灭吴氏，指日可待。于是清廷必须集结更大的军事力量，以便于对付郑氏政权。
康熙皇帝决意厚集舟师，规取厦门、金门二岛，以图澎湖、台湾。并采纳福建总督姚启圣等建议，集力进攻厦门、金门，须发江浙巨船二百艘；增闽省兵二万，迅调荷兰舟师来会师，方可大举：进剿之期，必候入秋北风起后，彼时战舰师旅一切不误，自能奏功。对此，康熙皇帝表示同意，刹急派遣京口将军发江浙战船各百艘，在进剿期内送至福建，允许福建增兵二万，并令康亲王等请荷兰方面迅调舟师，务必如期而至。康亲王奉命遣送荷兰国人持敕谕往荷兰调遣舟师，后因使者在出洋途中为海寇所阻，无功而返。康熙皇帝感到与荷兰难以及时联系上，然而舟师必不能如期而至，他果断地指令规取厦门、金门，“速靖海氛，不必专候荷兰舟师”。
显而易见，要想战胜“以水为家，以船为命”的郑氏政权，没有一支独立的、训练有素的水师，是不行的。康熙十七年（1678）清军在海澄战役的惨败中就充分体现这一点。
实际上，但原福建总督郎廷相已提出必须照旧设立水师提督，建立一支独立的水师劲旅。当时，康熙没有完全采纳，只令海澄总兵黄芳世兼管水师。黄芳世逝世后，康熙调江南提督杨捷充任福建全省水陆提督总兵。康熙十七年（1678），杨捷和姚启圣又先后提出“水陆万难兼顾”，要求“另设水师提督”，“令其专练水兵，熟习惯战”，“以便水陆夹攻厦门”。康熙帝于同年十一月，封福建提督杨捷为昭武将军，仍管辖福建陆路提督事务，调京口将军王之鼎佩定海将军印、提督福建水师。此后不久，因滇、黔余逆进逼川西，清廷又改授王之鼎为四川提督。
康熙十八年（1679），清军逐一攻取岳州、长沙诸处后，无烦水师，鉴于岳州水师总兵万正色“剿寇洞庭，著有劳绩”，是闽人，稔知水性；尤其是万正色上疏条陈闽海水陆战守机宜，深得康熙皇帝认可。于是，康熙皇帝于同年四月，加万正色太子太保，调任福建水师总兵，令其率所部官兵赴闽。不久，又提升万正色为福建水师提督，统辖全闽水师，以专职掌。
康熙皇帝一面部署进攻金、厦，批复由总督姚启圣精选的一万四千名水兵拨给万正色统领，并按其意图，增置援剿左、右、前、后四镇，任命从郑方投诚而来的林贤等为总兵，遣吏部郎中萨尔图协同巡抚吴兴祚速行修治二百五十艘战舰，又上谕江南总督阿席熙选拔熟练炮手二千名，全都归予提督军前应用，不能耽误万正色的出师日期。
另一面，康熙帝又明示：“进取厦门、金门，事关重大。当日即要破贼，克金、厦二岛，我军用荷兰夹板船，今入海征剿，既乏坚固巨舰，荷兰舟师又不时而至，战舰无多，遽以入海，恐变出万一，而未能得志。”
议政王大臣等认为前取金门、厦门既曾用荷兰兵船破“贼”，而今亦应用荷兰国船兵合力举行，此有济于大事，实为显然，请敕总督姚启圣、将军杨捷、巡抚吴兴祚、提督万正色等商议，倘若他们以为自己所备兵力能破敌舟，断无踪虞，真有灼见，则可听从他们酌量而行；“如少有疑虑，则不可以前经具题，惮于更改，勉强从事”。康熙皇帝对此表示同意，于是敕令总督、巡抚、提督等诗商定议奏闻。
总督姚启圣和提督杨捷两人主张待荷兰船到，一同进兵；巡抚吴兴祚、提督万正色则力主不候荷兰船到，即行进兵，双方各执己见，反复争论。最后，巡抚吴兴祚上疏康熙皇帝陈述了他与万正色决意进兵的意见，他们具体地分析了双努作战形势，提出了作战的具体方案，表述了依靠自身力量，断可取胜的信心。康熙帝阅览了二人联名的奏章，满怀信心和喜悦，下令立即进兵。康熙十九年（1680）二月初四，万正色统率水师由定海进发，初六抵海坛。万正色即将前锋分为六队直向前冲，自己亲率舟舰继后，并出动全部轻舟，从左右两面，并力夹攻，炮火齐发，击沉郑船十六艘，郑兵溺水而死三千余人，郑军溃败。清师进占海坛而后随即乘胜追剿敌兵至平海屿，同巡抚吴兴祚会师，又继续南下。同月二十日，郑将朱天贵、林陧率三百余艘船舰速踞崇武，同清兵水师激战，但又被清水师击沉战船二十余艘，朱、林等人仓促逃遁，万正色率水师进占崇武。
康亲王杰书调派驻防杭州的副都统倭申巴图鲁率满洲、绿营官兵近逼厦门及为郑军屯粮之所的大定、小定诸岛后，立即率领水陆大军分路进军，攻取玉洲。
郑将刘国轩向石码、海澄奔窜，清水师紧逼不放，刘国轩复走厦门。郑总兵苏堪开海澄西门投降，石码、海澄等地收复。
清总督姚启圣与平南将军赖塔率水陆精兵分七路进剿，攻占陈州、马州、湾腰山、观音山等十九寨，巡抚吴兴祚同宁国将军喇哈达由同安开始进剿，攻占宁丙洲、浔尾后，随即分兵三路直攻厦门，郑军溃败。二十八日，清师入厦门城。
继而，攻占金门。
此时郑总兵马兴龙往来铜山、南澳等处，继续垂死挣扎。总督姚启圣密遣总兵朱光祖招抚逃往铜山的郑将朱天贵，此时的朱天贵正乘诸镇将集议军机时，设计擒获马兴龙父子及其弟五人，将他们沉死海中。康熙同年（1680）五月，朱天贵率领诸镇将及二万官兵和船三百余艘，向清廷投降。之后，郑军全部撤至台湾。
郑经再次退守台湾后，丧失了昔日的雄风，生活愈来愈腐化。他于洲仔尾择地筑造园亭，将爱妾移居于内，每日纵情花酒，且常与文士武将骑射酣乐，任长子郑克藏秉政。
克藏乃郑经嬖妾所生，刚断果决，很有其祖郑成功之遗风。他既承父命，代理政事之后，上至亲信权幸，下至镇将兵民，一律绳以礼法，不肯阿容狗纵。郑经担心他处事不稳妥，暗地派人将郑克藏平日所处理的启章政事等文件拿来详加审阅，觉得一件件、一桩桩条晰明确，处理相当妥当。郑经很是喜欢，于是对郑克藏更加信赖，索性把所有政事统统交予郑克藏决断，自己则曰夜花天酒地。然而，郑克藏的刚断果决作风，遭到郑经的亲属、亲信与权幸们的妒恨。
在郑经西征时，他把留守台湾的任务交给总制陈永华。陈永华是郑克藏的岳父，郑克藏的精明才干正是在陈永华教导培育下形成的。冯锡范等返台后，眼见陈永华重权在握，且处事公正，敢作敢为，把台湾治理得有条不紊，而如今郑经又委政于克藏，这严重地威胁到冯锡范等既得的权力和地位，这是权欲薰心的冯锡范等所不能容忍的，更何况冯锡范正蓄意谋立郑经的少子及他的女婿郑克塽。
为此，冯锡范就同握有兵权的刘国轩勾结起来，争夺核心权力。这样，郑氏政权内部一场你死我活的争权斗争就不可避免地即将发生了。
刘、冯密谋解除陈永华的职权，架空郑克藏。冯锡范依照刘国轩的策划，去拜访陈永华，他装着一副异常自愧沮丧的样子对陈永华说，“我扈驾西征，寸功俱无”，准备“辞职解权，杜门优游，以终余岁”。陈永华信以为真，他暗自思忖，冯系武臣重将，尚且懂得谦退，自己乃一介文臣，岂可久恋重权！况且郑经已退居二线，自己理应退下位来。于是，他呈请郑经解除自己的职权。郑经同冯锡范
商量，冯锡范心中暗喜，因而大加赞许。而郑经也轻率地将陈永华所执掌的军政大权及其所部将士统统交给刘国轩执掌。从此，陈永华退位休养。然而冯锡范却依然如故，坚任原职，寸权未交，陈永华方知自己中了奸计，懊悔不己，随抑郁而死。担任监国的郑克藏一旦失去了陈永华这一强力的依靠，也就无所作为了，冯锡范等由此迈进了谋夺最高权力的关键性的一步。
郑经病危，临终前传刘国轩和冯锡范到床前，将王印授给郑克藏，殷切希望冯锡范与刘国轩协力辅佐新王。郑经怎能料到眼前这两位自己推心置腹的重臣，正像毒蛇一样张着血盆大口准备吞噬即将即位的嗣君呢！
康熙二十年（1681）正月二十八日夜，郑经逝世。冯锡范串通刘国轩，又勾结郑经诸弟聪、明、智、柔等发动政变，杀害了郑克藏，推立郑经次子年仅十二岁的郑克塽即位。封郑经弟郑聪为辅国公，刘国轩为武平侯，“专主征伐”，冯锡范为忠诚伯，仍执掌侍卫兼参赞军机，其余文武重臣各加一级。从此郑克塽“凡事皆决之国轩等”。
由冯、刘发动的政变，更加激化了郑氏集团内部矛盾，大大地削弱了自身力量。当时的郑氏政权内部，“主幼国疑，权门树党，部下争权，互相猜忌，各怀异心”，于是“政出多门，人心已涣”。而兵权的操持刘国轩，竟以“杀戮立威”，以致“人心不安”，“军内多思叛”。这时的郑氏政权早已处于摇摇欲坠的危机之中。
康熙二十年（1681）四月，清总督姚启圣获悉郑经已死，郑克藏也已被杀，十二岁的郑克塽即位，其叔郑聪摄政，内部混乱，由此认定这正是“天亡海逆之时也”。但事关重大，他立即与喇哈达及水陆各镇总兵会商后，立即联名向康熙皇帝奏请：“会合水陆官兵，审机乘便，直捣巢穴”。不过“台湾孤悬海外，处处皆险，统师远剿，时地难测，非臣等所敢擅定也”。康熙批阅了姚启圣等奏疏后，于六月下了一道圣旨：令姚启圣等“宜乘机规定澎湖、台湾”，并训谕总督、巡抚、提督、将军等福建前线将领务必“同心合志，将绿旗舟师分领前进，剿抚并用，底定海疆，毋误事机”。
然而，水师提督万正色自克复金、厦后，就竭力主张防守海疆，反对出兵台湾。早在康熙十九年（1680）四月，万正色就提出过“沿海设戍，以固疆隅”的主张，即在“孤悬海上”或“滨海要冲”之地，如海澄、厦门、浯屿、金门、围
头等海疆十四处遣兵三万余人，设镇分防，不时巡缉，使台湾反贼“不能肆犯”，这样边海可安。所以，他主张“台湾断不可取”。水师提督是直接指挥并决胜海战的关键性人物，如今让持反对攻取台湾的万正色再继续担任水师提督去指挥这场艰巨的海战，那是万万不可济事的。当务之急，他亟需遴选敢当重任、才略优长、谙熟军事、善于海战的杰出人才去替换万正色的要务。经过详细调查、慎重考虑之后，康熙皇帝决定再次启用施琅指挥这场巨战。
早在康熙十七年（1678）、十八年（1679）时，姚启圣就曾先后两次推荐过施琅“堪任水师提督”，但都受过康熙皇帝的驳斥。这倒不是康熙皇帝不识施琅的才干，而是因为施琅的长子施齐和侄儿施亥都在郑军任职，不便使用。直到康熙十九年（1680）二月，姚启圣查清了施齐、施亥是密图擒拿郑经因事机不密，其七十三口全被郑氏磔杀，尸首沉入海中的真相之后，康熙皇帝才对施琅不再疑虑。
康熙二十年（1681）七月二十八日，在姚启圣与李光地的一再推荐下，康熙皇帝任命施琅为水师提督，并指令议政王大臣：“原任右都督施琅，系海上投诚，其曾任福建水师提督，熟悉彼处地理，海寇情形，可仍以右都督统领福建水师提督总兵，加太子太保，前往福建，到日即与将军、总督、巡抚、提督商酌，随统领舟师，进取澎湖、台湾，而万正色则改为陆路提督。”
康熙皇帝用人不疑，疑人不用，既决定任用施琅，就对其深信不疑，给予全面支持。举朝大臣多以为施琅“不可遣，去必叛”。康熙皇帝却坚信非施琅前去，“台湾断不能定”，施琅上任离京时，康熙皇帝赐其美食，和鞍马一匹，还语重心长地对他说：“尔至他地，当与文武各官同心协力，以靖海疆，海氛一日不靖，则民生一日不宁，当肆机进取，以副朕委任之意”。施琅赴任后，题请侍卫吴启爵随征台湾，兵部却未批准，康熙皇帝则认为，吴启爵在京也不过是一侍卫，并无多大作为，若前往福建或许更有作用，“著依施琅所请行”。施琅又要求授予陈威等人官职，吏部不准，康熙却指出：“目前进取台湾正在用人之际，福建总督、提督、巡抚凡有所请，依需允行”。
施琅原本是郑氏部下，善长海战。顺治初年，郑成功杀了他的父亲与弟弟，他才弃郑投清，后因功升任清廷水师提督。康熙初年，他在指挥舟师，克复金、厦之后，向清廷表述过率师进攻台湾的决心与谋略。此次康熙复任他为福建水师
提督，正好迎合他早先立下的宏图与夙愿。康熙二十年（1681）十月，施琅满怀喜悦与必胜的信心，奔赴厦门。
施琅抵达厦门后，立即投入备战中，整船练兵，制备军器。他深虑总督、巡抚并不熟悉海战，怕在指挥战事的过程中，处处受掣肘，以致影响作战意图的全面贯彻。为此，他力争执掌“专征台湾”的指挥权。在他上任不久，便向康熙皇帝上了奏本，明确提出自己“职领水师，征剿事宜，理当独任”的请求；并指出总督姚启圣、吴兴祚担负着封疆重任，他俩都决意进兵，意志坚定，不是他所能禁止的，且至今未奉有督抚同进的旨诣，故一并“相应奏闻”。
其实，姚启圣早有征剿台湾的素志。康熙十八年（1679）九月，他就曾在请定一统规模疏中，提出直捣台湾的建议。次年三月，在克服金、厦后的备陈平海事宜一疏中，他又提出台湾必须进兵攻取，永使海波不扬，并表示“臣必欲亲率舟师剿灭台湾，永除后患，以报国恩”。康熙二十年（1681），他获悉郑经去世，立即奏请康熙皇帝把握良机，直捣巢穴。故此，他一再推荐施琅复任福建水师提督，率师征剿。所以，当他接读施琅的密题疏稿后，心中不禁“如焚如溺”，不能自己，他随即于十月十六日上疏，声称为了实现混区安定，统一台湾，即使“肝脑涂地，臣之愿也”。
康熙皇帝没有同意施琅独任征剿的请求，但将总督、巡抚分了工，谕令说：
“总督姚启圣统辖全省兵马，同提督施琅一并进取澎湖、台湾，巡抚吴兴祚有刑名钱谷诸务，不必进剿”。
康熙二十一年（1682）三月，施琅鉴于练兵整船业已就绪，再次上疏恳请出征台湾，由他“专征前进”。在此次奏疏中，施琅竭力称颂姚启圣“调兵制器，奖励士卒，精敏整暇，咄嗟立办，捐造船只，样样俱备”精敏干练的作风。同时，他更明确指出姚启圣“惟是生长北方，虽有经纬全才，汪洋巨浪之中，恐非所长”。
并建议其“应驻厦门，居中节制”，“后趱粮运策应”，如此一来军队“粮无匮乏之患，兵有争先之勇”。他殷切期望康熙皇帝迅即给他颁发征剿台湾的敕谕，并将总督题定功罪赏罚也一并赐予他。
姚启圣在宁海将军赖哈达那里看到施琅的奏疏，十分气愤。他马上于三月二十九日上书反驳说：“臣虽生长北方，然今出海数日……亦安然无恙，不呕不吐，何以知臣毫无所长？”尤其重申“剿灭台湾”是他的“素志”，为了筹办征台的
兵饷、粮米、各项器械和木料，他费尽心思，往往是朝呼而夕至。他坚决表示：
“宁愿战死于海，而断不肯回厦门偷生也”。此时总督、提督对“专征”的争执已是十分尖锐了。
康熙再次没有同意施琅的请求，仍然坚持后来的计划“协谋合虑，酌行剿抚”。
此后，施、姚二人在出征的风向、时间以及对待剿抚等方面，也都发生了争论。
清廷原定于康熙二十年（1681）十月出征澎、台。但施琅上任时，由于“点验船兵，全无头绪”，又需派遣间谍去台湾沟通旧时部下，使之作为内应；他更考虑“冬春之际，飓风时发，舟骤难过洋”，因此，不便于十月妄举进剿。于是，他疏请推迟至次年三、四月间进兵。而姚启圣却提出要十、十一、十二月利用北风，尽快出兵；并主张由澎湖、淡水（今台北市）两路夹攻。为了在出征前做好充分的准备工作，康熙皇帝同意了施琅的请求。
康熙二十一年（1682）三月，施琅改变了原来的计划：他认为春夏之交，东北风为多，前议轻北风进兵，唯难万全。又上疏请求克期至夏至时，利用南风出征澎湖，十月攻取台湾。
同年四月，经议政王大臣商议决定：应檄总督姚启圣、提督施琅，克期于夏至后进取台湾。康熙皇帝顾虑到海上变幻莫测，难以遥度，有关战事的具体决策与行动，需要根据实际情况和前线指挥将领的意见来决定，而没有采纳议政王大臣关于限期出征台湾的决议，而是十分慎重地下旨要抓住时机，协力攻取台湾。
明示：“进剿‘海寇’，关系重大，总督姚启圣、提督施琅身在地方，必将海面形势，‘贼’中形势，审察备实，如有可破可剿之机，协谋合虑，酌行剿抚，毋失时机”。
这年五月初一，施琅会同姚启圣统率舟师开船至铜山，准备出兵攻取澎湖。
而两人又因出征的风向与时间，展开了激烈的争辩，致使征期又被拖延了下来。
施琅采纳了从台湾投诚而来的同安商人陈昂的意见，此人认为澎湖坐向东北，夏至南风成信，连旬盛发：舟师首铜山出发，顺风坐浪，船得连腙而行，将士又无晕眩之患。交战时，自居上风上流，敌反居下风下流，敌兵进不得战，退不得守，可操胜券。如若冬春进兵，北风骤发，敌居上风上流，而我军则居顶风顶流，其势必难以冲击取胜，而姚启胜一直顽固地坚持冬春利用北风进兵。
双方争论十余天，互不相让。而各总兵、海道又承姚启圣的嘱咐，力劝施琅权依督臣之议。同年五月十六日，宁海将军喇哈达、侍郎吴努，也抵达铜山，闻悉督、提意见分歧，他们立即作出“平海事关重大，奉旨督提同心，岂可各执己见，当请展期”的提议。施琅因不便再违抗，而不得不听从姚启圣等，这实非他的本意。
施琅为了进一步了解敌情和选定出征日期，随即又遣赶缯快船二十三只，令随征总兵董义等率领船队前往澎湖地区侦察。船队于六月初四日黎明从古雷出发，初五日下午至澎湖，初六日黎明船队进抵狮屿头，瞭见刘国轩等的船只统统布列在娘妈宫前。郑军发现清军，就立刻从西屿头、八罩山分别发出大小战船三十余只追击。董义急忙命各船归腙返回，初七日入境，初八日顺利抵达厦门。而后，施琅又遣发哨船侦探，来去无阻，既摸清了敌情，又证实乘南风进取成效显著，这更增强了他的信心。
姚启圣、施琅两人的分歧，关键在于各自对形势的不同估计及对待剿抚有别的深层矛盾上。
姚启圣十分重视招抚工作，自出任总督后，便颁发招抚赏格十款，凡不同形式的投诚官兵与出面招抚人员，以其贡献大小，一一给予不等的奖赏。对投诚官兵的安置工作，也做了具体规定。为使招抚活动经常化，还特地建立修来馆，派人员专门负责收纳投诚将士。此外他又时常派间谍潜入澎、台，在郑军内部谋划策反。他曾给郑宾客司傅为霖、续顺公沈瑞送去绫札重赏，策动傅为霖等纠联十一镇兵力作为内应。在傅为霖等谋叛失败后，姚启圣又上疏请求给谋反将士于常格之外，量加忧恤，以感召更多的郑军官兵起来反叛。
姚启圣招抚工作的顺利开展，对分化瓦解郑军起了重要作用。
但是姚启圣对军事征剿与自身的舟师力量方面却缺乏足够的信心，特别是在郑方整兵严守澎湖之后。他总是强调用招抚与间谍活动来促使敌人的解体，尔后等待时机，再行征剿。
姚启圣自康熙二十一年（1682）郑方万余军兵据守澎湖以来，他就一直受“无可破可剿之机”的思想指导，并图谋利用“抚”与“策反”或经济上困死敌人的和平方法，来取得澎、台。
施琅则一直主张“寓抚于剿”，把扑灭郑氏政权的重点放在征剿上。
康熙二十一年（1682》三月，施琅在奏疏中建议：“先取澎湖，扼其坑，使其不战自溃，内谋接应；然后，候至十月，乘小阳春时，发动大军进剿，立时荡平”。
施琅反对按兵不动，看机而行，认为在没有摧毁敌人的军事力量之前，企图通过善言抚谕的方法，期望郑氏就抚，那是不可行的。
此时，施琅越来越感到出征台湾，如由姚启圣等互相牵制，难以取胜。康熙二十一年（1682）七月，他又一次上疏申述：“总督生长北方水性海务非其所长”，尤其是“中有一、二视此畏途，未免低徊，以致督臣，疑惑不决”。坚决恳请由他独任，征伐台湾，令督抚“催趱粮饷接应”，且“勿限时日”，“风利可行”，即“督发进取”。他很有把握地表示：只须挑选精兵二万有奇，大小战船三百余号，便破灭敌军，“事若不效，治臣之罪”。
康熙皇帝见施琅的密奏后，对此十分气愤。原来康熙皇帝对施琅“屡奏进兵”，常以风不顺为由，“延迟日月，踟蹰不进”的状况，早己不满。而他却又一再题请勿让总督进征台湾，这使康熙皇帝更加恼怒。他当即用严厉的口吻斥责施琅说：
作为臣子，凡事都应“据实而奏”，为此“苟且妄奏，是何道理？”然而，康熙处事毕竟是沉着而慎重。他思忖：进剿台湾，事关重大，必须度势乘机，以图进取，尤其是处于举足轻重地位、负有重大责任的水师提督施琅接二连三的提出自行进征台湾的请求，引起督、提之间的严重分歧，需要尽快妥善处理。于是康熙皇帝照例先让议政王大臣会议商讨，议政王大臣同意提督施琅的请求。而后，康熙皇帝又征求大学士们的意见，明珠回答说：“若一人领兵进剿，可得行其志，若两人同往，则未免彼此掣肘，不便于行事，照议政王所请，大不必令姚启圣同往，着施琅一人进兵，似乎可行。”于是，康熙皇帝也同意，由施琅相机自行征剿。同年，十月二十日，谕旨曰：“进剿‘海寇’，关系紧要，著该督抚同心协力，催趱粮饷，勿致延误时机，姚启圣具题功罪定例，交与施琅遵行”。并提出：“海寇’固无能为……郑经死，首‘寇’既除，余党彼此稽疑，各不相上下，众皆离心，乘此扑灭甚易。施琅相机自行征剿，极为合宜。”
施琅专征获允，他立即统率精兵二万一千余名，配置大鸟船七十余只，赶缯船一百另三只，浩浩荡荡进兵澎湖。
康熙二十二年（1683），台湾内部危机加深。自台前来归降的官兵越来越多。
正月初二日有副将刘秉等坐双帆踞船一只，随带家眷八十二口。从澎湖前来投诚。
二十六日，总理李瑞等夺民船一只，带兵二十一名从澎湖前来投诚。三月十八日，有士兵许福等十四名驾小船一只，也自台湾猴树港过来投诚。四月初有海贼郑才等十八名，从淡水港夺柴民船一只前来投诚。六月十六日有许六、吴阿三等夺渔船一只，在澎湖携带家眷十九名前来投诚。
康熙二十二年（1683）四月，施琅上喜疏称：“海逆有日蹙之势，航剿有可破之机”。康熙皇帝抓住了这一有利形势，大加赞同并指令施琅挥师澎湖。
康熙二十二年（1683）四五月间，台湾郑氏集团获悉施琅即将乘南风进征澎湖，就从各方面加紧强化澎湖的军事防御。他们选拔精壮士兵做骨干，抽调草地佃丁、民兵入伍，将洋船改为炮船，要文武官员所有私船全部修整，先后调集大小炮船、鸟船、赶缯船、洋船、双帆船共二百余艘，军兵二万余众，由刘国轩统率奔赴澎湖。同时在澎湖的娘妈宫屿头上下、凤柜尾、四角山和鸡笼山等地，添筑炮城，又在东西莳内、西面内外堑、西屿头以及牛心湾山头顶各处，构筑炮台。
凡小船可以登岸的沿海二十余里的地方，尽筑短墙，安置腰铳，分别遣兵死守。
郑氏决心在澎湖同清廷水师决一死战。
是年六月，施琅率领大队舟师齐集铜山，大会各镇协营守备随征诸官，部署出征澎湖。当月十四日早晨，施琅统率舟师从铜山开驾东征，次日下午，到达澎湖的猫屿、花屿。时有守汛的郑军哨船数十余只，慌忙返回娘妈宫，飞报刘国轩。
时已天晓，施琅即令船队湾泊八罩、水坡澳。
刘国轩闻报，忙差部下持令箭与右先锋镇陈谅，着其严督陆路诸将严谨把守，并传遍狮屿头、风柜尾、鸡笼山、四角山、内堑、外堑、东莳等各镇将，速移火炮依次罗列海岸，横截攻打，勿使清水师湾泊寄腚。与此同时，他传集水师总提督右武卫林烦率各镇营速驾大烦船、鸟船、赶缯船环泊娘妈宫前口子与内外堑东西莳各个要口把紧守候。当时郑将邱辉向刘国轩建议，待晚上潮落，请速遣船队袭击，清廷水师必定自然溃散。刘国轩则带着轻蔑嘲笑的口气说：“施琅徒有虚名耳！今当此日飓报之期，胆敢统舟师越海征战，如夜风起，彼无焦类矣！此乃以逸待劳，不战而可收功也，诸公且勿虑。”
同月十六日，施琅率舟师进攻澎湖。刘国轩坐快哨如飞，于娘妈宫前澳内督率诸镇领着烦船、战船、赶缯船依次排开准备迎战。清水师署右营游击蓝理、曾
成，副锋右营千总邓高等，击沉敌船七八只。正值此时南潮正发，前锋数船只被激流冲击，逼近郑方炮城，郑水师乘机结成大队合围攻击。施琅被流炮余炎烧着面部，右眼受伤跌倒，但却依然强起指挥。蓝理在酣战中被流炮击中，腹部受伤严重但仍继续战斗。将士们忙舍战急救，时清兴化镇总兵吴英继后夹攻，施琅冒死指挥，郑军水师总督林陧也连中三箭，左腿被大炮打折，郑杨威将军援剿左镇沈诚、统辖前锋镇姚朝玉、戎旗镇陈时等被焚杀。郑将江胜、邱辉等复督烦船合攻，清水师被迫撤退，江胜、邱辉等挥船尾追，刘国轩恐二将会遭清水师暗算，急忙下令收兵。邱辉等回师，立即向刘国轩提出愿领兵夜袭，刘国轩却说：“彼舟师所寄泊坡屿全没有遮拦的海澳，又系石浅礁线，仇又不定而起，定不战而自溃。俗语说六月三十日有三十六暴，今日乃是六月，明日十七、十八、九，就是观音暴、洗蒸笼暴，哪里会没有暴风呢？我们暂且养精蓄锐，以观其变。”
之后，施琅乘船亲往前哨实地侦察澎湖各处设置炮台和战船泊湾之要所，以及地形地势等情况。二十二日，清舟师分股向澎湖发起总攻，清、郑双方展开了一场激烈大决战。
施琅命随征都督陈蟒、魏明等领赶缯船、双帆艉船五十只为一股，自东畔莳内直入鸡笼屿、四角山为骑兵夹攻；命随征董义、康玉等领赶缯、双帆艉船五十艘为一股，从西畔内堑直入牛心湾作疑兵牵制；后又将大鸟船五十六只居中，分为八队，每队驾船七只，各作三叠，施琅自率一队居中，以便调度，其他七队，分列左右，由各总兵官统率：此外，尚有八十余艘船只分为两大队，以为后援。
分拨已定，施琅亲率舟师浩浩荡荡直进娘妈宫。
刘国轩听到外堑山顶嘹望炮连发，立即下命各处炮船、赶缯船、大小各船齐起帆楗，发炮呐喊，从娘妈宫前疾出兵迎战，西屿两岸铳炮齐发，两军对阵，炮火矢石交攻，如雨点般地散落下来，烟焰蔽天，咫尺莫辨。清军总兵朱天贵冒险冲入，被炮击中，穿肠死亡。清将林贤遥见朱天贵人亡船溃，忙指挥船队冲腙入援，刘国轩急命邱辉、江胜等率十余只船，环围攻击，一时火箭、药罐、矢石炮火浑如雨点，林贤率众兵环敌力战，不料左臂贯甲，连伤三箭，其他将士伤之惨重，矢石、药炮都用尽了。在这危急之际，清中营游击许英等六船从外围攻入，林贤奋起博击，内外夹攻，接连击沉郑船两艘，郑水师溃散，林贤立命船队奋力攻杀。
刘国轩见清水师攻势凶猛，不得不决一死战。于是马上重新组织各镇战船、烦船、赶缯船、鸟船、双帆船和踞艉船一齐出击。清总兵吴英立即令领旗黄登、副领旗汤明居船头，自己在尾楼督战。不料汤明身中数箭，吴英自己的右耳也被鹿铳的火气伤裂，战船忽被水流冲击搁浅，而后，船只乘着微风逐浪移流。这时，郑将邱辉、江胜等率众船追攻，锋势甚锐。施琅窥测战势，暗想，最后决战的时刻已经来临。他马上挥令左右各股战船，一并而上，顿时，炮如雨下，烟焰蔽天，郑将江胜被清水师团团围住，部属死伤过半，江胜眼见势危，难以脱遁，恐遭擒辱，一时情急，毅然将斗头烦船两边齐发，船只随着炮声，立时沉入海中。郑兵节节败退。施琅立即利用其优势兵力，船令舟师以五船合围敌方一船的办法，把郑船各个分割。于是郑船全部陷入被动挨打的火燎困境；有的被火罐所烧，有的被炮击沉，郑水师伤亡惨重。在一片慌乱中，郑将邱辉冒着死亡的危险往采接应，并放炮乱击，并督率左右抛掷火桶、火箭、矢石，拼死抵抗。邱辉的左右足被击伤，却毫不退缩，忍痛拼搏，终因势穷力竭，自己毅然将火种抛向官舱，药桶齐发，被火焚死。这时，施琅督促大军飞速追击。
刘国轩眼见郑舟师已伤亡惨重，如继续死拚，将会全部覆灭，他环视四周，力图乘隙突围。无奈清水师船集如叶，各条海港几乎已被清军塞满，毫无逃脱之隙。在这危亡的紧急关头，刘国轩忽然瞥见吼门一港，无船堵截，他急命黄良骥、洪邦柱等率残存战船，飞速向吼门驶去，顺流而退。将至吼门，刘国轩要航公杨福继续往前直驶，杨福说：“吼门是死地，这里礁线甚多，从来没有船只驶过”。
刘国轩自觉已濒临绝境，再无别路可行，他便下令舵公从吼门行退，这时浪潮突起，风顺无碍，刘国轩坐船领先，余船尾随，顺着风潮，飞速地脱逃台湾。施琅见刘国轩逃遁，传令快哨追擒。清水师因港路不熟，追赶不上，只得回师。
此时，天已将晚，施琅只好一面鸣金收军，并拨小船将沿海跳水未曾溺死的郑兵捞救起来；一面打旗招抗残存郑兵。这时，守在娘妈宫炮城的郑军将士，因孤立无援，各个出城投降，施琅即放杉板下海，差官收降。另外分遣官员各持令箭往诸岛受抚，于是澎湖三十六岛相继归顺，施琅全悉令剃发。凡归降镇将赏以袍帽，兵士给以银米，出示安民。
澎湖之战，基本上摧毁了郑氏统治集团的军事力量。鉴于此，总督姚启圣即奏请立刻攻取台湾。他认为：“澎湖一战，郑军惨败，所有精锐，尽行斩溺，所
有船只，尽行焚毁，郑军几乎全军覆没，故应乘胜直捣台湾，事不宜迟，倘若让‘海贼’将台湾隘口收拾坚固，恐日后骤难攻克也”。
施琅仍坚持出征前提出的作战方案。他认为台湾本应乘胜进剿，但攻克自澎湖一成后，大小战舰损破甚多，需要修理制造，新附投诚兵众未便遽用，而征兵名额也不足，也须移咨总督选调精壮陆师官兵前来补用，尤其是“台湾港道迂回，南风狂涌，深浅莫辨”，似应少待八月或十月乘顺北风进剿，方为万全。同时，施琅更考虑到澎湖为台湾咽喉重地既他当即分拨船兵在八罩、将军澳、南大屿、龙门港、吼门与吉贝屿等岛，倍加巡嘹，以抑其吭。这样，“残孽败遁之余”，眼见清军“逼临门庭”，就会“不战自溃，内谋自应”，乘敌危亡之际，“急令招徕”，实现和平方式解决台湾问题。如不成，继之以军事征剿。康熙皇帝接到姚、施的澎湖捷报之后，就诏令户部、兵部：“不拘何项钱粮，尽见在者，准其动用，毋致贻误”。为鼓励将士，抚恤兵丁，康熙皇帝还给进征台湾的官员兵丁按照进剿云贵事例，“从优加级赏赉”。但他又考虑到以兵力攻取台湾，“将士劳瘁，人民伤残”，他同意施琅的意见，特发诏令招降郑克塽。
经过澎湖海战，台湾的军事力量已基本被摧毁。继而施琅又实行优待俘虏与体恤人民政策，他严禁乱杀战俘，下令戮一降卒抵死，对受伤的降卒，给以米粥酒肉，另派大夫为他们敷药包扎，并遣送部分战俘回归台湾，让他们去同自己的父母妻子团聚，施琅还特地召见遣返的战俘说：朝廷是不得已而用兵的，你们既已投诚，所有罪行就统统赦免了。你们回去后，定要告诉台湾人民，务必速速来降，少缓，“则为澎湖之续矣！”由于施琅妥善地“安插投诚，抚绥地方，人民乐业，鸡犬不惊，台湾兵民闻风俱各解体。”
而此时，郑氏政权内部就降与守的问题展开了一场激烈的论争。作为台湾的最高军事指挥官并左右着台湾政局的关键性人物刘国轩，“自澎湖战败，心胆俱裂”，更鉴于清兵“逼临门庭”，台湾兵民“群情汹汹，魂魄俱夺”，“众心摇动”，此时正处于危亡之际，他认为台湾惟有投降才是惟一出路，于是，他力排异论，“首创降议”。
建威中镇黄良骥认为澎湖失守，台湾势危，主张取吕宋为基业。中书舍人郑德潇当即呈上吕宋地图，也陈述吕宋可取事宜，他们的建议很快得郑克塽、冯锡范两人的赞同。刘国轩则竭力反对说：“今澎湖已失，人心怀疑，苟辎重在船，
如若兵弁利其所有而反目，后果不堪设想”。郑、冯二人只得放弃前议。接着冯锡范提出“分兵死守”。刘国轩则予以驳斥，他明确指出：“众志瓦解，守亦实难，不如举全地版图以降，量清朝恩宽，必先赦宥。”他又竭力劝导郑克塽说：“人心风鹤，守则有变，士卒疮痍，战则难料，当请降”。
正在郑氏集团关于降与守的争议未定之时，施琅便已派遣原刘国轩部属曾蜚前来招抚。刘国轩要郑克塽命礼官郑平英等到澎湖军前请降，郑克塽考虑“民心已散，谁与死守？浮海而逃，又无生路”，惟有投降了。刘国轩又要郑克塽立刻调郑明等登岸，拨兵监守郑氏子孙，严防他们漏脱遗祸。
康熙二十二年（1683）闰六月初八日，郑克塽差礼官郑平英、宾客司林维荣带了降表和给施琅的信，刘国轩派朱绍熙、曾蜚同行，到澎湖见施琅。郑方要求“剃发称臣，仍居台湾，永为朝廷屏翰”。施琅果断地加以拒绝，郑重声明：“若果真心投诚，必须刘国轩、冯锡范等亲来澎湖军前面降，将人民土地悉入版图”，所有投诚官兵，“遵旨削发移人内地，一概尊听朝廷安辑”。如若不从，“立即督军进征”。总督姚启圣也立即转奏请颁赦招抚。
康熙皇帝得到台湾愿意归降的奏报，马上下了一道诏谕给郑克塽、刘国轩和冯锡范等。诏谕称：“尔等倾心投诚，率所属军民官兵悉行登岸，此前抗违之罪，尽行赦免，仍不计前嫌从优叙用，加恩安插，务令得所。倘仍怀疑，犹豫迁延，大兵一至，难免锋镝之危，倾灭身家，噬脐莫及。”又上谕差谴料理台湾兵饷的工部侍郎苏拜、郎中明格里说：“若郑氏来归，即令登岸，善为安插，务俾得所，勿使余众仍留原地，此事关系甚大。”
同年七月十五日，郑克塽差兵官冯锡硅、工官陈梦炜及刘国轩遣胞弟刘国昌，冯锡范遣胞弟冯锡韩，同曾蜚、朱绍熙赉送降表文稿再次到澎湖施琅军前缴纳。
他们恳请施琅“发给告示，张谕削发，俾得遵依”。第二天，施琅遣侍卫吴启爵、笔帖式常在同冯锡硅、陈梦炜、曾蜚、朱绍熙带安插告示前往台湾晓谕。吴启爵等一到达台湾，郑克塽率刘国轩、冯锡范等文武官员齐集海埏迎接。随后立即将安民告示在各处张挂。郑克塽令全体兵民遵旨剃发。
然刘国轩却担心台湾新附，人怀危疑，担心出现动乱。于是，他一面差红旗官巡缉密布提防；一面遣曾蜚等去澎湖催促施琅速来台湾弹压。随后，施琅就部署部分兵船留守澎湖，自己于八月十一日统率舟师向台湾进发，十三日抵达台湾。
而此时的郑克塽遣礼官郑斌率领父老，乘坐小船，出鹿耳门迎接，他自己亲率刘国轩、冯锡范等一批文武官员齐集海边恭迎。清师跟随郑船徐徐进入鹿耳门。郑克塽、刘国轩、冯锡范等文武官员于十八日全部剃发，清廷按清制逐一分发给他们不同等级的袍、褂、外套、靴帽等。随后，施琅命广贴《谕台湾安民告示》，劝抚台湾地方官员、百姓、土番人等，“各宜乐业，无事惊心，收成在迩，务农毋荒，贸易如常，垄登有禁，官兵违犯，法在必行，人民安上，事勿自缓”。随后，又施琅亲至延平王郑成功庙告祭，历数郑氏开发台湾功绩。
台湾回归，施琅遣吴启爵驰京报捷。康熙皇帝授施琅为靖海将军，晋封靖海侯，世袭罔替，其所属官员再各加一级，兵丁再赏一次，以示特加优渥之意。
康熙二十二年（1683）郑克塽、刘国轩、冯锡范等奉命至紫禁城，康熙皇帝授郑克塽公衔，刘国轩、冯锡范伯衔，俱隶上三旗，并令工部拨给其房屋土地。
其余郑氏文武官员并明裔等一律于附近各省安插垦荒。郑兵四万余人愿入伍归农听便。
台湾归降后，摆在康熙皇帝面前的一个突出问题，——台湾或弃或留，亟须作出决断。
当日，不少朝廷官员、封疆大吏都认为台湾“孤悬海外，易薮贼，欲弃之，专守澎湖”主张“迁其人、弃其地”。
就此关键时刻，福建总督姚启圣、靖海将军施琅、都察院左都御吏赵士麟、侍郎苏拜、大学士李爵等挺身而出，坚决反对弃台的荒谬主张，尤其是施琅的真知灼见，对康熙皇帝的决策很有影响。
施琅经过亲自调查后，对台湾的弃留问题看的很广泛。他于同年十二月二十二日上疏，具体深入地剖析了台湾的势况，阐明了“弃之必酿成大祸，留之诚永固边圉”的意见。
赵士麟、苏拜、李爵等奏称：“据施琅奏所称，台湾有地数千里，人民十万，则其地甚要。弃之，必为外国所踞，奸宄之徒，窜匿其中，亦未可料。臣等以为守之便”。
康熙皇帝听取了各方面的意见建议，最后明确谕示：“台湾弃取所关甚大，镇守之官三年一易，亦非至当之策，若徙人民，又恐失所，弃而不守，尤为不可”。
他又命大学士会同议政王大臣、九卿、科道等“再行确议具奏”。不久之后，大
学士朋珠回奏：“议政工大臣等认为，上谕极为妥当。提臣施琅目击彼处情形，请守已得之地，则设兵守之为宜”。
于是，台湾充立一府三县。置巡道一员分辖，隶属于福建省。抚曰台湾，附郭为台湾县，南为风山县，北为诸罗县，由台厦兵备管置分辖。同时台湾设总兵官一员，副将一员，兵八千，分为水陆八营。澎湖设副将一员，兵二千，分为二营，每营都各设游守千把等官。康熙皇帝任命参领杨文魁为第一任福建台湾总兵，在杨文魁即将上任陛辞时，康熙特地面谕：台湾远在海隅，新经底定，彼处新附兵丁，以及土人黑人种类不一，尔到任之后，务期抚辑有方，“宜用威者慑之以威，宜用恩者怀之以恩，意总在兵民两便，使海外晏安”。他还严肃告诫杨文魁：
“台湾以海洋为利薮，海舶商贩必多，尔须严饬，不得因以为利，致生事端”。
而后，文武各官陆续就任，编户籍，定赋税，通商贾，兴学校，至此，台湾正式隶属于清朝中央政权的行政管辖统治之下。
台湾设治，始于宋、元，但皆编在澎湖之地。康熙统治期间在台湾本岛建立的府县，是以郑氏政权建立的府县为基础。顺治十八年时，郑成功从荷兰人手中收复台湾之后，曾设立过承天一府及天兴、万年二县。郑经时又改为东宁府，升二县为州，设南、北路及澎湖三安抚司。统一后，康熙二十三年四月十四日，康熙帝批准差往福建料理钱粮侍郎苏拜会同福建总督、巡抚的奏疏，改东宁府为台湾府，于南路设风山县，于北路设诸罗县，于府治设台湾县，澎湖归府直接管辖，使台湾地方政权的建置逐渐完备。台湾府县的文职官员，准福建督抚于本省现任官内拣选，奏请康熙皇帝批准调补，三年任满，工作称职，即予优升。
经“督抚会疏交荐”，康熙帝批准，台湾第一任知府由原任泉州府知府、汉军镶白旗人蒋毓英调补担任。他赴任之后发现，“见井里萧条，哀鸿未复。躬历郊原，披荆斩棘，经界三县封域。相土定赋，罢不急之役。安抚土番，招集流亡，咨询疾苦，进父老子弟，教以尽孝悌之义。振兴文教，捐俸创立义学，延师课督”，在政治、经济、文教等方面，均有所建树。他三年任满之后，升按察司副使，管理台湾府事，实是连任三年。蒋毓英所建台湾府县政权组织完全与内地相吻合。
台湾府衙署建在东安坊，大门向南开，改变了原来台湾官舍民居向西开大门的习惯，这就是把台湾衙署采取和内地一样制度的象征。
政治上的统一，为台湾的经济开发提供了基本必要的条件。康熙皇帝采纳兴
化总兵吴英的建议，在驻台士兵中试行屯戍法，“半为镇守，半为屯田”。屯田者，“每兵给田三十亩，牛一头，课耕种，农隙操练”，使“兵有恒产，饷可省半”。
自其后，福建沿海福、兴、漳、泉四府之民大量流入台湾，垦殖荒土。康熙末年，据兰鼎元记述：“前此台湾，止府治百余里，风山、诸罗、皆毒恶瘴地，令其邑者，尚且不敢至；今则南尽郎娇，北穷淡水、鸡笼以上千五百里，人民趋若骛矣。
前此大山之麓，人莫敢近，以为野蕃嗜杀之地；今则群人深山，杂耕蕃地，虽杀不畏。渐廓渐远，虽厉禁不能使止也”。据统计，康熙二十三年（1684），全台湾耕地面积为一万八千四百五十三甲；康熙四十九年（1710）增至三万零一百零九甲。二十余年间，增长百分之五十。
耕地猛增，其原因除了内地农民大批迁入台湾外，还由于清朝政府采取了类似内地的“更名田”制度，有些官田被改为民田，这大大激发了农民开垦新耕地的积极性。赋役制度也相应进行了一系列改革。把原来“就田征谷，计口输钱”
的办法，改成和内地一样的一条鞭税制，把田地分成上、中、下三等级，“履亩定税”，按等征收。原来对高山族不分男女一律征丁税一石，统一后便免去妇女丁税。这就是台湾第一任知府所推行的“相士定赋，罢不急之役”。
紧随土地的开发，粮食产量也逐年增长，“不但本郡足食，并可资赡内地。
居民只知逐利，肩贩舟载，不尽不休”。因私有土地的增多，还推动了甘蔗种植和制糖业的发展，台湾刚统一时，共有榨糖的“蔗车”七十五张；九年之后（康熙三十二年），新增蔗车二十四张。到乾隆初年，糖年产量达六十余万篓，合一亿七八百万斤，销往内地苏、杭等城市。为适应经济发展的需求，康熙二十八年（1689）四月，康熙皇帝特命台湾府开炉铸币。当时此府一级本并无铸币权，允其鼓铸，是考虑到其特殊情况和重要地位。
台湾统一于清朝之后，文化教育事业比郑氏统治时也有很大发展。蒋毓英于康熙二十三年建成台湾学府，其后又建“社学”三所，在他离任那年又建立一所“书院”，供学者讲学。康熙帝“准福建台湾乡试，另编字号，额中一名”。当年取中台湾籍的第一位举人是康熙二十六年丁卯榜的风山县学生苏峨。同年七月，康熙皇帝又采纳了福建巡抚张仲举的建议，在台湾郡县设立学校，定“府学量设廪增各二十名，县学各十名，俟人才渐盛，仍照直隶各省补充名额。”台湾籍第一名进士是康熙三十三年甲戌榜的举人陈梦球。第一任的台湾知府蒋毓英还主持
了第一部《台湾府志》的起草工作，至三十三年由福建台厦道高拱乾最后完成。
台湾建置，派驻重兵，实行与内地大体相同的兵设政策，使边防力量大大增强，并在一定程度上促进了台湾经济文化的快速发展。但是，因为封建统治者的根本目的在于巩固统治，所以政策中也有其消极局限的一面。如禁民渡台、禁入番地等。康熙二十二年（1683）刚刚统一时，清政府就规定：流寓台湾无妻室产业之民，应逐回内地，交原籍管束；不准任何人偷渡，偷渡者及引诱偷渡之人，俱严加惩治，失察官员亦分别议处；往台湾者不得携眷，已在台湾者不得再搬眷至台湾。为了加强海上控制，康熙二十四年（1685）又规定：一切船只只能经由安平与厦门实行单口对渡，两处口岸各设海防守，加强稽察。康熙晚年实行禁海，控制更加严格。对于已经移居台湾的人民，清政府又立石于番民之界，禁止他们进入高山族居住区，以防接触与其，萌生动乱。从某种意义上说，台湾经济、文化的发展，很大程度是在偷渡者冒极大危险冲破封禁之后才取得的。
顺治十八年，清廷实行大规模迁海，本是权宜之计。但从康熙八年起，却在地方督抚强烈要求下，局部地区逐步复原，其后出于与郑战争需要，时紧时松，但还是未彻底恢复。台湾问题解决后，为使原内迁的居民恢复田产、安居乐业，沿海各省展界开海势在必行。
施琅率兵刚进住台湾，姚启圣即于八月十七日上疏朝廷，要求恢复沿海各省迁界“不惟上可以增国课，下可以遂民生，并可以收渔盐之利于无穷。”因台湾问题还没有最后处理完毕，故未准行。在此两月之后，两广总督吴兴祚再次上疏，要求“广州七府沿海地亩，请招民垦种”。康熙皇帝见时机已成熟，立即批准。
他于二十二年（1683）十月十九日谕大学士等说：“前因海寇未靖，故令迁界。
今若展界，令民耕种采捕，甚有益于沿海之民也。其浙、闽地方亦有此等事。尔衙门所贮本章，关系海岛事宜甚多，此等事万不可稽迟，著遣大臣一员，前往展立界限。应于何处起止，何处设兵防守，要详细商议确定，勿误来春耕种之期”。
紧接着，派吏部侍郎（不久升为工部尚书）杜臻、内阁学士席柱，前往勘福建、广东海界：工部侍郎金世鉴、副都御史雅思哈，前往勘江南、浙江海界。行前康熙叮嘱：“迁移百姓，事关紧要，当察明原产，应给还原主。尔等会同总督、巡抚安插，务使兵民得所，须廉洁白持，勿似之前差往人员所行鄙琐”。
杜臻、席柱于十一月动身，翌年五月竣事。他们先到达广东，“自钦州防城
始，遵海以东而北，历府七、州三、县二十九、卫七、所十七、巡检司十六、台城堡寨二十一，还民地二万八千一百九十二顷，复业丁口三万一千三百。”然后又到达福建，“自福宁州（治所在霞浦县）西分水关始，遵海以北，历府四、州一、县二十四、卫四、所五、巡检司三、关城镇寨五十五，还民地二万一千一十八顷，复业丁口四万八百。”两省沿海居民全都得以复业。江南、浙江等省展界复业，“同时毕事”。如果说顺治年间的迁界曾严重破坏了东南沿海的经济，那么康熙年间的展界政策又促进了这些地区经济的恢复和发展。
康熙皇帝深知，人民要求展界，目的不仅在于恢复原来的田产，而且还在于恢复出海捕鱼，发展海外贸易等正常的经济交易活动。所以，正如过去迁界同时严申海禁一样，展界也必须同时考虑开放海禁，允许贸易。闽广展界事竣，杜臻以母丧回故里，席柱回京复命，奏报两省沿海居民“得还故土，保有室家，各安生业，仰戴皇仁”的盛况，但却未提及海上贸易之事，于是康熙皇帝就问席柱“百姓乐于沿海居住，原因海上可以贸易、捕鱼。尔等明知其故，前此何以不议准行？”
席柱回答说：“海上贸易自明季以来还未曾开，故议不准行。”康熙皇帝又问：“先因海寇，故海禁不开为是，今海氛廓清，更何所待！”席柱回答说：“据彼处总督、巡抚云：‘台湾、金门、厦门等处，虽设官兵防守，但系新得之地，应俟一、二年后，相其机宜，然后再开’。”康熙听后严斥说：“边疆大臣当以国计民生为念。
以前虽严海禁，其私自贸易者，又何尝断绝？凡议海上贸易不行者，皆总督、巡抚自图射利故也”。席柱称是。
浙江是要求开放海禁最为积极的。展界之后，工部侍郎金世鉴立即在康熙二十三年（1684）四月十六日上疏要求：“浙江沿海地方，请渝照山东等处现行之例，听百姓以装载五百石以下船只，往海上贸易捕鱼。预行禀明该地方官必须登记姓名，取具保结，给发印票，船头烙号。其出入，需令防守海口官员验明印票，点明人数。至收税之处，交与该道，计货之贵贱，定税之轻重，按季造册报部”。
对此康熙表示赞同，命其照准施行，允许人民载货出洋贸易。
其实康熙皇帝鼓励开海贸易，也是想适当征收商税，充闽粤兵饷，以减轻内地各省人民负担，但他又反对税额过分苛重和征收范围过分琐碎。他于同年九月初一日谕大学士等：“向令开海贸易，谓于闽粤边海民生有益。若此二省民用充阜，财货流通，冬省俱有俾益。且出海贸易非贫民之所能也，富商大贾懋迁有无，
薄征其税不致累民，可充闽粤兵饷，以免腹里省分转输协济之劳。腹里省分晚钱粮有余，小民又获安养，故令共允许开海贸易。今若照奉差郎中伊尔格图所奏，给与各关定例款项，于桥道渡口等处概行收税，何以异于原无税课之地，反增设一关科敛乎？此事必会扰害生民，尔等传谕九卿詹事科道会议具奏”。随即议准：
“福建广东新设差关，止将海上出入船载贸易货物“征税”，收其海口内，桥津地方贸易车船等物，停其抽分，并将各关征税则例给发监督，酌量增减定例”。
同年，江苏、浙江亦设海关，派差征收商税。康熙皇帝一再戒谕海税官员，断不可“任意加征，以致病商累民”，应“从公征收，无滥无苛”。甚至亲自下诏：
“采捕鱼虾船只，及民间日用之物，并糊口贸易，俱免其税收”。康熙皇帝又以海外平定，台湾、澎湖俱设官兵驻扎，直隶、山东、江苏、浙江、福建、广东各省先定海禁处分之例，除私贩硝磺、军器照例处分外，其他尽行禁止，即全面废除海禁，大力鼓励出海贸易。
展界开海及轻税政策，大力地促进了我国东南沿海地区贸易及中外贸易的迅速发展。施琅在康熙二十四年（1685）三月奏疏中称到：“海禁既展，沿海内外多造船只，飘洋贸易，捕采纷纷，往来难以计算”。据史料记载厦门当时贸易实况是：“北至宁波、上海、天津、锦州，南至粤东，对渡台湾，一岁往来数次。
至吕宋、苏禄、实力、噶喇巴，冬去夏回，一年一次。”此外，尤其中国赴日本船舶数量迅猛增长，据统计：康熙二十三年（1684），即展界开海当年，为二十四艘，二十四年（1685），增至八十五艘，二十五年（1688）又上升为一百零二艘，二十六年（1687），是一百一十五艘，二十七年（1688），为一百九十四艘。
四年之间，增长七倍之多。沿海人民生活逐步得以改善，史载：“自康熙中年开禁以来，沿海之民生活始有起色，其船由海关给执照稽出入，南北遄行，四时获利。百余载来，共沐清晏承平之泽”。
当然，“解除海禁”之后，仍存在种种限制，如出海船只的大小和装载货物的品种、数量、及航行路线都有明确的规定。而且关卡林立、手续繁杂，官吏百般梗阻、从中勒索。康熙晚年又重新严审了海禁。因而，此时的开海贸易仍有很大的局限性。