像其他封建帝王一样，康熙也拥有众多的嫔妃。众多的嫔妃又给他带来了众多的子女，光皇子就有 35 个。众多的子女本来是皇族兴旺的标志，然而，这却是康熙的一大难题。
康熙十四年（1675），康熙立皇二子胤礽为太子。此时的胤礽还不到 2 岁，因他是中宫孝诚仁皇后所生，这才舍长立幼。随着胤礽年龄的增长，康熙派太子师傅对他专门培养，还经常带他外出巡行，一心想把他培养成一个很有作为的君主。胤礽勤学上进，能文能武，但他从小养成了骄纵任性的性格，特别是他的不仁不孝常常使康熙大失所望。
康熙四十七年（1708），适逢康熙在去木兰围场秋猎的途中，突然当众宣布废掉太子胤礽。当时诸皇子逐渐长大，各自招揽门客，结交权贵，觊觎皇位。还在康熙四十二年（1703），亲附胤礽的元老重臣索额图就因结党妄行被幽禁。康熙认定胤礽品行不端，与索额图居心不良有关，不废掉他，难免“今日被鸠，明日遇害”，很可能重演隋文帝故事。说到这里，康熙声泪俱下，伤心欲绝。胤礽被废之后，他仍然愤懑不已，连续六昼夜不能安睡。
太子废掉了，事情并没有就此平息，诸皇子争当太子的欲望更加强烈了。这时，皇八子胤禝积极活动，授意大臣推举他为太子，受到康熙的斥责。胤禝迫不及待，惟恐康熙回心转意，复立胤礽，便想尽办法谋害胤礽。事情败露后，康熙极为震怒，拔出佩刀想杀死胤禝，幸而五子胤祺在旁边抱住康熙哀求网开一面，这场父子相残的悲剧总算没有发生。面对这骨肉相残的局面，历来被称为圣明的康熙也难以决断。他痛心地说：“等我百年之后，你们势必会将我丢在乾清宫内，只顾自己束甲相争去了。”遍读史书的康熙对历史上残酷的皇位之争自然是了如指掌，但手心手背都是肉，诸多皇子中究竟谁堪担当大任，康熙迟迟拿不定主意。
谋害胤礽的事件使康熙突然联想到当初废掉胤礽是由于听信了某些人的谗言。他对仓促废掉太子，不免有所后悔。康熙四十九年（1710）三月，康熙一方面觉得胤礽有了悔过的表现，另一方面也想就此断了诸子争立的念头，复立胤礽。
但是到了康熙五十一年（1712），胤礽因为“行为乖戾”、“大失人心”再一次被废，并且被永远禁锢在咸安宫里。
年近花甲的康熙身体状况大不如前，按理应对立储之事早做安排。但是，他再也不许朝臣议论立储之事。上书请奏这件事的大臣屡遭训斥，更有是者几乎被砍了头。时起时伏的皇储之争就像一个深不可测的漩涡，一大批宗室和朝臣卷人其中，给他们带来杀身之祸，即使是贵为天子的康熙也深陷其中，不能自拔。在立储这件事上，他先是反反复复，后来又闭口不提，始终没有找出解决的良策，不能不成为他一生的缺憾之事，同时也给后人留下一个难解之谜。
康熙六十一年（1722）十一月初七日，康熙帝走到了人生的尽头，寿六十有九。葬景陵，庙号“圣祖”，尊谥为“仁皇帝”。
究竟康熙为何要立襁褓之中的胤礽为太子？
传闻襁褓之中的胤礽被立为皇太子，有人说是孝庄太皇太后的提议，也有人说是康熙请求祖母而致，其原因有三：
其一是政治需要，也是立胤礽为皇太子的主要原因。康熙帝在位时，历经内忧外患之苦：宫廷内部，皇子众多，一个储君的位子凝聚着多少双眼晴，所以康熙帝内心极为不安，为了避免外戚的企盼，因此才将孤身一人的胤礽立为太子；而宫廷外部，由于军事形势的恶化，朝廷军队在南部和西部与叛军交战时接连受挫，为了应对这些挑战，康熙接受了熊赐履等汉族大臣的主张，全面采取汉化政策，加快了满族政权的汉化进程，立太子便是康熙沿袭明朝的一个重要制度。
其二是尽孝心。有人认为康熙“恪守懿旨”才决定立胤礽为皇太子，假如不立太子，被看作对祖上不孝；如果不消弭内战，安抚庶民，同样意味着不孝，因此，内战、孝敬太皇太后、培养皇太子这三件似乎互不相关的事情，在康熙帝心中搅成了一团。当时，康熙虽无时倾心于军国要务，但他还是抽时间亲自教皇太子读书、骑射等，同时还让大学士张英、李光地做太子的专职教师，又命令大学士熊赐履为太子讲授各种书籍，为培养胤礽花费了相当多的心思。
其三是感情上的因素。康熙喜爱胤礽的生母，但她却难产而死，因此有人认为康熙将自己对皇后的感情转移到了胤礽身上。决定立胤礽为皇太子，一方面可以断绝六宫谋位的念头，另一方面也寄托着康熙心中的愿望。在父皇所营造的良好学习条件之下，皇太子在较短的时间内就掌握了满汉两种文字，并且娴于骑射，
每当随康熙外出巡行的时候竟能与其“赓词斐然”。毫无疑问，康熙帝在很长的一段时期是很喜爱皇太子的，对即位人胤礽的培养，是康熙帝教育后代的重点，并与预立太子的政治目的密不可分。
康熙皇帝在废皇太子胤礽时曾就说过他“未卜今日被鸩，明日遇害”，好像他的生命是在危急环境中，随时都有遇害的可能。康熙五十六年，皇帝又谈到梁武帝台城之祸与隋文帝见害于逆子炀帝之一，感慨万千地说《尚书·洪范》篇中所谓的“五福”以“考终命列于第五者，诚以其难得故也”，这似乎就在暗示他未必能善终。因此在他死后，有传闻称：“圣祖皇帝在畅春园病重，皇上（指雍正）派人送了一碗人参汤，不知何故，圣祖皇帝就崩了驾，皇上就登基了。”这一传说就是暗示雍正皇帝以人参汤害死他父亲康熙的。由于康熙晚年多次提到可能被人毒害，这一传闻在当时以及日后很为人所重视，不少人对此还深信不疑。
康熙到底是怎么死的呢？据清朝官书里说：在康熙六十一年（1722）十月二十一日，皇帝去了皇家狩猎场南苑打猎。十一月初七日因身体备感不适，回到他在北京城郊的畅春园宫中休养。这月冬至要举行南郊祭天大典，他觉得自己不能亲自主持，乃命令皇四子胤禛即后来的雍正皇帝代表他去祭祀。胤稹遵命前往斋所准备祭典，每天也派侍卫或太监到畅春园问安，每次康熙都说“朕体稍愈”，大家以为皇帝生病不严重。未料到十三日凌晨，皇帝病情突然转剧，立即命令胤稹从斋所赶来畅春园，其他皇子皆比胤禛先到了皇帝病榻旁边，康熙告诉大家：
“皇四子胤稹人品贵重，深肖朕躬，必能克承大统，兴旺帝业。”胤稹到当天上午十点左右才赶到畅春园，曾三次进入寝宫问安。晚上八点左右皇帝终因病重不治，逝世于畅春园。
康熙末年，由于废储后未立皇太子，皇子们大家结党斗争。康熙死后，这场继承斗争愈演愈烈。皇八子胤禝等后来被处分下狱，其门下太监、侍卫被充军的人很多，这些人在充军途中，散遍雍正以人参汤毒死皇帝的事，因而康熙被毒死的传闻就在民间广为流传。
康熙到底是不是被一碗人参汤毒死的呢？这件事的可能性不大，因为按照清官定制，皇帝在进膳、进药之前，必须先由亲近太监或侍卫先试食、试饮，以免食物有毒。康熙很早就担心有人会毒害他，必定会有所防范。再说康熙一直反对人参进补，尤其他认为“北人与参不合”，因此他不会喝人参汤的。传说只是胤
祀等门下人散发的谣言而已。
康熙晚年的身体，确是不太好的。根据可靠史料的记载，他自康熙四十七年初废皇太子之后，就大病了一场，不少大臣从邸抄中得知了这一消息，都纷纷上奏向皇帝请安，祈愿他早日康复。皇帝在大臣们的奏折上也常常批些字反映他当时健康情形的文字。比如川陕总督齐世武在该年十一月十七日上了恭请万安折，皇帝这样批道：“自尔去后，朕体渐弱，心跳加增甚重……目下想是无妨，只是虚弱。”十二月十日直隶巡抚赵弘燮也上疏请安，御批是：“朕体虽然比前安好，气血不能全复，甚弱。”次年正月，皇帝虽然对闽浙总督梁鼐批道：“朕大安了，还瘦弱些。”但是他已下令要内务府官员向全国地方官征集西洋葡萄酒来京，由于这是“大补之物”，皇帝竟“每日进葡萄酒几次”，并且还“甚觉有益”了。
很明显皇帝的病体不是葡萄酒能医好的，到康熙五十年底，天坛大祭时，他已不能亲自主持，后来他勉强“亲诣行礼”，但无奈地说出：“朕今年已六十，行礼时两旁少为扶助亦可。”体力不支，此处亦可证明。
康熙五十四年冬天，皇帝亲口说他“此番出巡，朕以右手病，不能写字，用左手执笔批旨”。第二年正月，手臂毛病更为严重，他曾对赵弘燮说：“朕偶然风吹，所以左手连臂，少有违和，故用汤泉洗浴，身不入水，近来深得效验。”
康熙五十六年初夏他去了热河避暑山庄，五月底大学士嵩祝写了一份奏折向皇帝请安，康熙所给的批语则充分说明了他的心态。他说：“在宫中时身体不甚好，原以为勉强来口外水好之处，大概可以健康矣。至今朕体未见甚好，行走需人搀扶。甚虚弱，何言万安，一安亦无。”这年十月间他向大臣坦陈：“朕近月精神渐不如前，凡事易忘。向有怔忡之疾，每一举发，愈觉晕迷。”同年十二月，皇太后病逝，他心情更加糟糕，也影响到了病情。他告别皇太后的遗体时，都是“乘软舆，脚背浮肿，不能转移，用手帕缠裹，才能转动”的。
康熙五十七年正月，皇帝曾两次在大臣的奏折上批写了与他身体息息相关的文字。其一是说：“不幸身罹大忧，肢体不能动履，已寝卧五旬矣。”另一个是：
“朕体自去年春夏之交不安，留心调养渐愈，面色渐丰……自热河来京，心中沉闷，身体有疾，又值皇太后大事，总无暇调治，以致身体甚是不安者七十余日……今已年高，病虽渐愈，手尚作颤，不能即时复旧。”由此可知皇帝在过去一年之中，一直与病魔抗争，健康状况不是很好。同年二月，他的病况更为严重，二月
中旬他说：“若谓朕安，则羸弱已极，仅存皮骨，未觉全复，足痛虽较前稍愈，步履犹艰。”同月底的一份大臣上奏他又写道：“朕体稍早起，手颤头摇，观瞻不雅。或遇心跳之时，容颜顿改，骤见之人。必致妄生猜疑。”康熙皇帝一直非常讲究体面，现在病得“手颤头摇”、“容颜顿改”，必然会令他伤心至极。其后我们看到的文献记录不多，但乃有“走路还需人扶掖”或是“气血渐衰，精神渐减，办事总觉疲惫，写字手亦渐颤，仍力求事事精详，则力有不能”，可见康熙的身体的确大不如前了。而从他的病情与文字描写出的状况看，大抵是与心脑血管的疾病有关，可能还有中风。康熙六十年四月官书中又记载他身体“违和”，五月在避暑山庄着了凉，病情进一步加重，“以致面色稍减，或稍行动，或多言语，便不胜倦之”，他的体力大为减弱，呈现了体弱多病的情况。
尽管康熙六十一年去了热河木兰行围，但他已不能骑马，而是乘坐四人抬的肩舆。后来回京不久又去南苑狩猎，其时气候已转冷，难免有“偶患风寒”的事发生。外国传教士说他“寒颤”、“发高烧”，显然是重感冒引起了并发症，在那时医学尚不发达的中国宫廷，皇帝终于病逝了。
康熙这位闻名中外能文善武的杰出君主，死于康熙六十一年十一月十三日，享年六十九岁。他年轻时身强力壮，“能挽十五力弓，发十三握箭”，“天禀甚壮，从未知有疾病”。不过到他五十五岁废皇太子以后，身心交瘁，健康受到很大的影响，尤其到他死前的四五年间，情况日益糟糕，手抖、脚肿、摇头、脸麻、头晕、心跳，诸病缠身，终致死亡。人参汤毒害之说可能纯属传闻。
从康熙五十六年口述的遗诏中，不难发现康熙很有自知之明，其自我总结和评价基本符合实际，并无特别浮夸之词；对诸子及臣下提出的希望和要求，针对性极强。由于他认真总结过去，对自己认识准确，因而在最后几年的坎坷境遇中，仍然保持着清醒的头脑，克服困难，继续前进。在他暮年的保守倾向中，不会存在某些进取和革新精神，从而为他那忧郁的晚年增添了新的光采。
康熙去世后，他的后代子孙、忠实臣仆，把他当作圣人无止境地赞美、讴歌。
康熙六十一年（1722）十一月十四日，也就是康熙死后第二天，雍正上尊谥：合天弘运文武睿哲恭俭宽裕孝敬诚信功德大成仁皇帝。庙号：圣祖。雍正在《圣祖仁皇帝实录序》中曾这样写道：
备道德之崇广，集皇王之大成，经纶宇宙，彪炳帝纪，巍巍乎，荡荡乎，自
羲轩（伏羲、轩辕，泛指传说中的三皇、五帝）至今，未有如我皇考圣祖仁皇帝之盛者也。
称赞其功业“与天无极”，万世不忘。晚清曾国藩，将康熙列入“自古英哲非常之君”，并进而与文王并列。谓：
若汉之武帝，唐之文皇，宋之仁宗，元之世祖，其时皆异材勃起，俊彦云屯，焜耀简编。然考其风流所被，率不过数十年而止。惟周之文王，及我圣祖仁皇帝，乃阅数百载而风流未沫。周自后禝十五世集大成于文王，而成康以洎东周，多士济济，皆若秉文王之德。我朝六祖一宗，集大成于康熙，而雍乾以后，英贤辈出，皆若沐圣祖之教。
在这里，雍正不仅肯定了康熙承前启后的历史地位，更特别强调了他的深远影响。
资产阶级革命派在推翻清政府的革命活动中，如同对待清代其他帝王一样，采取“一笔抹杀”的态度，视康熙为十足的专制暴君，罪大恶极，无一可取之处，比秦始皇和法国路易十四是有过之而无不及。这是政治斗争的需要，可以理解，但不可效法，因为这种做法有如把康熙捧为圣人一样，与事实不符，不是科学的态度。
外国学者也很注重康熙。白晋的《康熙皇帝》、西本白川的《康熙大帝》、后藤末雄的《康熙大帝与路易十四》等，对康熙历史功过进行了讴歌与评说。白晋的《康熙皇帝》译成中文后总计 4 万多字，全书洋溢着赞美之词，如同一首歌功颂德的长诗。说康熙是在法国以外“连做梦也未曾见过的伟大人物”，是人类文明史上，“统治天下的帝王当中最为圣明的君主”。书中对康熙的雄才大略和远见卓识进行了深刻的披露。白晋与康熙有较密切的往来，他凭耳闻目睹、切身感受写下了《康熙皇帝》。读其书，可知其对康熙的折服。
建国以来，我国马克思主义史学界，在对待康熙的评价问题上，仍有某些不一致之处。但大多数学者对康熙帝在历史上的作用持肯定态度，并指出了他的局限所在。刘大年在《论康熙》一文中指出：“康熙在国内和对国外的斗争都为中国历史留下了值得重视的篇页。在国内，康熙统治期间，中国发展成为一个疆域辽阔，民族众多，相当坚强统一的封建国家。封建的经济文化在这个条件下，发展到了一个新的顶点”；“对国外，康熙统治期间，中国最为繁荣，屹立于亚洲东
部，这使正在把触角伸向中国的西方早期殖民势力受到遏制，并且对于亚洲邻近国家抵制西方侵略势力也有其影响。”所以，康熙统治时期中国历史车轮是向前进的，康熙的统治是富有进步意义的。
诸多论著都在肯定康熙的前提下，对其晚年保守和吏治偏宽有所批评。
人们在评论康熙时，通常会拿康熙与法国国王路易十四相比，或与俄国彼得大帝相比。这种比较的方法，是史学研究的一个重要方法，早为史学家所采用，也被政治家所肯定。比较的目的是为了鉴别，以便更加准确地把握问题。相比较的人物可以是相同的，可以是相反的，也可以是异同兼而有之的。基于此，以康熙和彼得大帝做一比较，力求正确评价康熙的一生。
俄国彼得大帝，也就是彼得一世（1672～1725），10 岁时与他的兄长伊凡五世同时继承王位，为第二沙皇，由其姐姐索菲亚摄政。彼得大帝青年时代就表现出非凡的天才。17 岁时，因索菲亚企图自立为沙皇，故废黜索菲亚摄政，自己则牢牢掌握实权。后伊凡五世病故，彼得一世成为惟一的君主，1721 年称皇帝。
彼得大帝在位期间，实行了一系列的改革（包括政治、经济、文化等方面）使沙皇俄国的经济在很短的时期内得到速度的恢复和发展，使沙皇俄国在欧洲日益张大起来。康熙登基和掌握实权时间比彼得足足早了 20 年。