《自然哲学的数学原理》这部巨著的问世，将艾萨克推向了英国科学界的顶峰。此书是第一次科学革命的集大成之作，到现在它也一直被认为是古往今来最伟大的科学著作，它的内容丰富，包括物理学、数学、天文学和哲学，更为重要的是，它对它所包含的每一个领域都产生了重大的影响。称艾萨克·牛顿为自然科学的集大成者，绝没有半点名不副实的成分。
鉴于他对科学界的卓越贡献，公元1689年，艾萨克当选为国会中的大学代表。
不过，在科学领域取得重大成就的艾萨克，开始对炼金术和神学产生了巨大的兴趣，或许这与他从小受牧师舅舅的影响有关。尽管如此，这些“课余活动”也没有阻碍艾萨克在科学的道路上越走越远。后来，艾萨克又出版了他关于光这方面的研究书籍——《光学》。
公元1703年，艾萨克开始出任英国皇家学会主席。艾萨克在这个职位上工作了二十四年，而英国科学也开始了由艾萨克·牛顿主导的时代。
在担任皇家学会主席的同时，艾萨克大概是因为需要金钱的缘故，还担任了皇家造币厂的厂长。这个职位不但使得他开始过上了稳定的伦敦生活，还给他提供了二千英镑的薪水，不过艾萨克本身的生活，还是非常朴素、简单。
1705年，鉴于艾萨克·牛顿在科学领域做出的卓越贡献，英国女王授予了他“爵士”的称号。他也是英国第一位获此殊荣的科学家。
然而，顶着无数荣誉的艾萨克还是没能抵挡住岁月的脚步。年老体衰的他饱受疾病的困扰和折磨。1727年3月4日，艾萨克的病痛又一次发作，这次他没能战胜疾病。3月20日，上帝将这个伟大的灵魂召回了天堂。
艾萨克·牛顿的葬礼在著名的西敏斯特教堂举行，葬礼当天，教堂内外人流如云，大家都来悼念这位伟大的科学家。
西敏斯特教堂：又译威斯敏斯特教堂，本义是西部修道院的意思，因为这座教堂所在的位置在当时伦敦的西部。后来，此地也因教堂而命名为威斯敏斯特市，现在是组成伦敦市中心的两个市级区之一。
威斯敏斯特教堂在英国享有至高无上的地位，它是英国王室的专属礼拜堂，1066年以来几乎所有英国国王的加冕典礼、王室婚礼，王室的一切重大仪式都在这里举行。在公元16世纪——公元18世纪，威斯敏斯特是与牛津、剑桥齐名的学术中心，英文版的《圣经》就是在这里翻译完成的。教堂墓地中埋葬着英国历代国王和历史上各个领域中最杰出的伟人，因此威斯敏斯特教堂也被称为“荣誉的塔尖”。公元1987年，威斯敏斯特教堂被列入世界文化遗产。
在西敏斯特的墓地，刻有艾萨克肖像的纪念碑上刻有这样的墓志铭：
艾萨克·牛顿爵士
安葬在这里。
他以超乎常人的智力，
第一个证明了行星的运动与形状，
彗星轨道与海洋的潮汐。
他孜孜不倦地研究光线的各种不同的折射角，
颜色所产生的种种性质。
对于自然，历史和《圣经》，他是一个勤勉敏锐而忠实的诠释者。
他以自己的哲学证明了上帝的庄严，
并在他的举止中表现了福音的纯朴。
让人类欢呼曾经存在过这样一位伟大的人类之光。
晨曦若现，迷雾将散，当年在乌尔索普村看着流水发呆的小男孩，已经回归天堂。这个依靠勤奋与努力以及独特的天赋走上科学巅峰的基督徒，终于安睡在了上帝的怀抱。虽然他的灵魂已暂停了对科学的探索和研究，但是，他留下的光辉，将永远照耀在自然科学领域的道路上，为后继者点燃一盏永远不灭的科学之光！