！燕去堂空甲第荒，最伤心是大功坊。
犹传立马钟山日，开国威仪动万方。
——过南京诗
！于右任创办的第四份报纸是《民立报》。这份报纸在辛亥革命前，是同盟会中部总会在上海的言论机关和行动的组织者。武昌起义后，它又成为组织上海民军起义的机关，连陈英士在上海的活动也接受于右任的指导。当时，各省宣布光复的通电、通告，无不通过《民立报》转发，凡属革命党人的重要消息，均由《民立报》刊登。如孙中山自美经欧返国的行踪，首先在《民立报》上刊布。孙中山抵沪后，首次出门拜访的客人，就是《民立报》的于右任；孙中山还亲自为《民立报》写了中英文题词，中文的赠词为“戮力同心”，英文的赠词为“Unity is our watch word”（团结是我们的口号），并手书“博爱”二字留赠于右任。后来南京临时政府成立，论功行赏，对《民立报》还颁发了“旌义状”。可见《民立报》在辛亥革命中实际上起了革命党机关报的作用，这是以前的《神州》、《民呼》和《民吁》等报所不能比拟的。
《民吁日报》被封时，于右任一度去日本，后应恩师马相伯先生之召，回复旦公学任教。是时，上海报纸虽有几十家，但慑于当道和租界当局的淫威，舆论界复陷于“大陆沉沉亦可怜，众生无语哭苍天”（《示谈善吾》）的境地。这时，湖南、湖北、江西、安徽、江苏等省相继出现“抢米风潮”。广西、广东、云南、浙江、江苏、安徽、河南、直隶等省先后爆发抗捐抗税斗争，“官逼民反”、“绅逼民变”的情况到处皆是，革命的形势继续高涨，各种矛盾空前激化，“山雨欲来风满楼”。陕西民间盛传这样的歌谣：“不用掐，不用算，宣统不过二年半。”全国正处在革命的前夜。
在这样的形势下，于右任感到有必要再创办一张报纸鼓吹革命，未来的这张报纸，既要参加革命运动的实践，又要有一个响亮的名字。从“民呼”改名为“民吁”，从字面上看，似乎有点消极的意味，现在革命大潮风起云涌，奔腾澎湃，立宪运动也搞得如火如荼，尽管清王朝还在做垂死的挣扎，但绝大多数国民的民族意识正在觉醒，在列强环伺中谋求自立。于右任考虑，给将要创办的这份报纸取名“民立”——“民呼”、“民吁”、“民立”，这个“三民”，既显露了它们的精神、主旨一脉相承，又与革命领袖孙中山的“三民主义”名称相吻合，岂不也是擎我同盟会之大纛。因此，他决定报名为《民立报》。
《民立报》的创办，较之于右任过去创办的三张报纸要困难得多，因为《民吁》被封时，会审公廨的判决词言明所有机器，不准作印刷报纸之用。因此，再想用《民呼》过盘为《民吁》那种移花接木的办法，已经行不通了。正为这事愁虑之际，上海南市商会会长沈缦云来到于的寓所相访。沈是上海信成银行的协理，在上海金融界很有地位，他对革命党人一向积极支持，听说于右任创办《民立报》缺乏资金，出于对于右任的仰慕，虽和于素不相识，却主动提出愿以巨资相助。于右任有了几次被上海道和租界当局逼得几乎走投无路的前车之鉴，又有过被报界同业围攻的体验，在上海这样复杂多变的环境里，一位素不相识的人愿出巨资援手，是需要当面问清楚对方有什么条件的。沈缦云爽朗地回答：“唯一的条件，是必要时让我继续支持你。”他当场指定王步瀛与于右任保持联系。资金问题解决了。
至于馆址，在英租界的“报业街”（望平街，今山东路一带）办报已不可能了，近在咫尺的法租界，向来没有报纸，不如把馆址设在法租界，利用租界当局之间的矛盾，或许能够站住脚跟。于是，于右任在法租界三茅阁桥附近租下一幢三层楼的洋房，把编辑、印刷和发行三个部门都集中在一起，管理起来也比较方便。《民立报》原定《民吁》被封一周年的纪念日出版，后因革命形势发展迅速，提前了一个多月，在九月初九重阳节问世。它除继续发扬《民呼》、《民吁》两报的精神与特色外，更注意报道国际局势，特派章行严为驻英记者。整个报纸版面分为五大部类：一、论说部；二、批评部；三、纪事部；四、杂录部；五、图画部。网罗了著名的革命报人主笔政，如：宋教仁、张季鸾、吕志伊、范鸿仙、徐血儿、邵力子、叶楚伧、杨千里、马君武、朱宗良、景耀月、王无生、康宝忠、吴忠信、陈英士、钱病鹤、杜但宇等或为编辑，或为记者，人才济济，阵容强大，成为仁人志士荟萃之所，也成为革命党人的联络指挥机构。同盟会会员来往日本、南洋、香港、广州及汉口等地，多以《民立报》为联络中心，或用《民立报》的记者名义为掩护，从事革命工作。
《民立报》仍用“民”字打头作报告，虽不像《民呼》、《民吁》那样一看便知是同一家报纸的改头换面，但还是向读者暗示了它和《民呼》、《民吁》之间的血缘关系，所以后来人们把于右任主办的三个“民”字打头的报纸称为“竖三民”。它第一天的“发刊词”，即出自社长兼总主笔于右任之手。因为报纸在重阳节这天创刊，他即景生情，把《民立报》比作“植立于风霜之表”，“经秋而弥茂”的“晚节黄花”，祝愿它能像菊花那样不怕冷风霜雪的侵袭，凌寒自开，“使吾国民之义声，驰于列国”。
这篇发刊词，被著名新闻记者戈公振选入他在上世纪二十年代所著《中国报学史》，戈誉之为新旧文学合流交汇的代表作。兹将全文转录于下，读者可以从此文中一睹于右任当年的文采：
秋深矣！鸣蝉寂矣！草木渐摇落矣！万籁无声，时闻寒蛩，似断似续，如诉如泣矣！此佳节乎？而有心人当之顿生无穷之感。悲天欤？悯人欤？噫！如此乾坤，吾何独为此佳节贺，吾亦悲悯中人也！而孰意万卉将零之时，独有植立于风霜之表，经秋而弥茂者，此何物？吾爱其色，吾慕其香，吾特敬其有超出凡卉之气概。此花耶？此名花耶？此岂非世人之所谓晚节黄花也耶？噫嘻！噫嘻！晚节黄花！噫嘻！噫嘻！晚节黄花！“兰有秀兮菊有芳，怀佳人兮不能忘。”当物而思，其思深矣。香草美人，今昔不远。当此名花照耀东大陆之际，而更有其色其香其气概坚于彼、寿于彼、璀璨于彼者，是何物？非国香乎？万花环绕，民立现矣！是为民立发祥之日，是为民立出世之瑞。
“纷吾既有此内美兮，又重之以修能。”此非古人之所自命也耶？民立之际此时会，此佳节之中而产民立，天之厚民立，民立敢不自重？大凡一杰物之出现此社会，与此社会即有际地蟠天之关系，否则新事业无异乎陈死人。倘其适宜于此社会也，虽百劫而不磨，而其精光浩气，时来时往于两大之间，时隐时现于吾人耳目之表，待时而生，自足风靡乎一世，而社会宝爱之，而国家更须珍惜之。夫然后始能自立于四面楚歌之中，以造福于国民。是以有独立之民族，始有独立之国家；有独立之国家，始能发生独立之言论。再推而言之，有独立之言论，始产生独立之民族，有独立之民族，始能卫其独立之国家。言论也，民族也，国家也，相依为命，此伤则彼亏，彼倾则此不能独立者也。呜呼！岂不重欤？
秋高马肥，记者当整顿全神以为国民效驰驱：使吾国民之义声，驰于列国；使吾国民之愁声，达于政府；使吾国民之亲爱声，相接相近于散漫之同胞，而团体日固；使吾国民之叹息声，日消日灭于恐慌之市面，而实业日昌；并修吾先圣先贤，闻人钷子自立之学说，以提倡吾国民自立之精神；搜吾军事实业、辟地殖民、英雄豪杰独立之历史，以培植吾国民独立之思想。重以世界之知识，世界之实业，世界之学理，以补助吾国民进立于世界之眼光。此是记者之所深赖，而愿为同胞尽力驰驱于无已者也。虽然，未已也。
内忧外患，相逼而来，东海愁云，侵及满洲原野，歃血之约，恐又使马首欲东者，转而西图。斯亡国民之臭名，岂独戴高帽子之含无穷之痛乎？嗟嗟！将不远矣。迎秋一叶，已先零矣，恐此后切切凄凄之声难断也。本馆同人之生此时，自痛其智之仅能知此，自信其政见之亦足以济此，所补助于国民者，则此后对外当如何有一定之方针，对内当如何有一定之改革，对经济恐慌当如何有一定之补救法，对人心卑下当如何有一定之救济法，容他日分析言之。是不敢以讹言乱国事，不敢以浮言伤国交，不敢以妄言愚弄国民，所自期者，力求为正确之言论机关而已，力虽不逮，不敢不勉。夫前数年吾国之言论界，其气魄之雄健何如，其精神之发越何如，而今日者，则何如？或者曰：此皆冥顽不仁之政府所致也。而又何言？记者曰：吾思此，吾欲哭。吾哭此，吾欲吊。吾吊此，吾欲作招魂篇。吾特名之曰：“骚心”。夫《离骚》者，非爱国者之所作乎？其生也，谁知之？其死也，谁怜之？而其忠爱之心，则自信之。记者读而泣，泣而又读，则请诵其辞于同胞之前曰：“余固知謇謇之为患兮，忍而不能舍也。”
这篇发刊词，气势雄健，思想邃密，在过了近百年的今天读来，如闻其馨，如见其人。他提出的“有独立之言论，始产生独立之民族”的论点，切中要害，入木三分，使“有心人当之顿生无穷之感！”
这篇发刊词不仅立论精当，文采璀璨，气势如虹，文中几个段落，均以《离骚》中的警句为引语，并取笔名曰“骚心”，既表达了他对屈原的崇敬，也显示他勇于抨击时政、仗义执言、不畏强暴的精神。
于右任青年时代因诗贾祸，办报时期以文名世，时有“先生一支笔，胜过十万毛瑟枪”之誉。中年以后，书法与诗齐名，晚岁以草书闻名遐迩。世人多知于右任的书法与诗，很少知其文。于右任早期的文章，存世极少，故笔者将于先生早期的代表作《民立报》“发刊词”转录于此，以飨读者。
于右任广延才俊，组成一个适应性很强的报社班子，它既有文字编辑，又有美术编辑，还有文笔流畅、头脑清醒的记者，有的驻外记者精通两国以上的外文，经理、庶务也都是管理方面的长才。有这样一套好的班子，才能实现鼓吹革命、推翻清廷的任务，并为夺取政权准备了干部。如果说，1906年《民报》与保皇派的论战为辛亥革命做了思想准备，那么《民立报》为革命政府储备了一批干部，这也是事实。后来南京临时政府的九个部中，有四个部的次长都来自《民立报》。此外，司法局长宋教仁，沪军都督陈其美，首都警察厅长吴忠信等人，也都是《民立报》的成员。
《民立报》非常重视国际新闻的报道，它在巴黎、伦敦、柏林、日内瓦、罗马、纽约、旧金山、东京、新加坡等地都派有驻外记者（多聘留学生兼任）。有一次，电报局送来一批从欧洲发来的新闻电报的通知单，一算电报费就达六百元（银元）之多，以当时报社的经济情况而言，几篇报道要付这么大的巨额电报费，颇感吃力，但为了满足读者的要求，多方筹措，终于付款取回了电稿。由于《民立报》不惜代价搞好国际新闻报道，故当时上海有一些报纸，还向《民立报》购买国际新闻的电稿。
于右任过去所办的《神州》、《民呼》、《民吁》三报，以揭露清政府的黑暗为主，如对陕西吏治的腐败，揭露特多，批评尤烈。后来对清廷炮制的“预备立宪”，也不断揭露，说这种“立宪”不过是“朝三暮四之手段”。《民立报》除继续揭露清廷的腐败外，对革命的宣传，为过去三报所不曾有。如用大量篇幅报道孙中山在国外的活动和演说，标题赫然为“中国革命党首领孙逸仙”。3月29日广州起义爆发后，《民立报》二三个月连续报道党人的英雄事迹。于右任还著文号召人们起来推翻清廷，“与其束手以就天人之僇，何如冒万死以求一生之为幸乎”。
《民立报》还有一个作用，就是利用报社与社会的广泛联系，把报社作为同盟会中部总会的联络和指挥机构。例如：陕西党人在辛亥革命前，派张奚若到上海或日本购买军火，张奚若到达上海后，首先与《民立报》联系。当年亲自参加过上海光复一役的张承槱也说：“本党同志以上海为东南重镇，策动光复，不乏其人。但主干首脑，均聚集于民立报馆”，“不分日夜，均有各种各色及各地方之党人，往来洽商。余之识陈英士、黄克强、宋遯初、范鸿仙诸先生，均在报馆内。其识吴怀九、沈缦云、王金发、叶惠钧、王一亭诸人，皆由先生（指于右任）直接或间接介绍。”上海光复前夕的许多重要会议，也多假《民立报》馆举行。
《民立报》日出对开四大张，版面的容量很大，除大量增加新闻报道外，还辟有“美国通信”、“英伦通信”等专栏，由当时在英国留学的，曾在《神州日报》执笔政的杨笃生作为“特订通信员”（特约通讯员）。杨本是写通讯报道的高手，于右任说他“初专力词章，诗词骈体文，皆卓然名家，然为散文体所掩”，为“湘中二杨”（另一杨为杨度）之一。他写的通讯，夹叙夹议，情感洋溢，旁征博引，引人入胜，很受读者的欢迎。
《民立报》的第八版是副刊版，有小说、戏曲、诗词、随笔、丛谈等，柳亚子、景耀月、宋教仁、邵力子、叶楚伧等南社诗人的作品，最初都发表在这个副刊上。副刊还设有“剧评专栏”，由郑正秋执笔，也是一个受到读者欢迎的栏目。
《民立报》创刊后，及时地报道了3月29日的广州起义，6月19日刺杀广东水师提督李准（即镇压广州起义的刽子手）的消息，以及7月15日以后四川的铁路风潮，10月10日的武昌起义等。上海市民为早些知道这些事件的详细消息，每天抢购《民立报》，报社两部新式的对开平版机“昼夜印机不停”，尚不能满足读者的需要。故从10月21日起，报纸调整售价，它的《启事》说：“自战争起，每日电报有用六七百元者，因不得已而加报价”，每份由原来的二分六厘，增为三分八厘，而外地“得其一纸辄费小洋数角不惜也”。最高时达到一枚银元买一份报纸。
每当清晨，报社门前熙熙攘攘，数以百计的读者及报贩翘首企盼，等候《民立报》的出版。它的影响，不仅在上海，远至内地各省及南洋。例如：宁调元在给友人的信中曾说：“盖此报出现，弟读之诚不忍释手，海内外三年来无此痛快，无此敢言之新闻纸。”青年时代的毛泽东也爱读《民立报》，对其有深刻的印象。1936年，美国著名记者斯诺访问延安时，毛泽东与他做了长时间的谈话，其中就曾提到《民立报》：
在长沙，我第一次看到报纸——《民立报》，那是一份民族革命的报纸，刊载着一个名叫黄兴的湖南人领导的广州反清起义和七十二烈士殉难的消息。我深受这篇报道的感动，发现《民立报》充满了激动人心的材料。这份报纸是于右任主编的，他后来成为国民党的一个有名的领导人。
《民立报》出版之时，正是革命运动蓬勃发展之际，各地革命党人纷纷行动起来，迎接革命的总爆发。3月29日广州起义失败后，革命党人再接再厉，在上海成立了同盟会中部总会，《民立报》的宋教仁、范光启、吕志伊等人亦参加。于右任因曾被会审公廨判定逐出租界，为避免给租界以借口，影响这个组织的活动，故未出席在湖州公学举行的成立大会，但以后的重要活动他都参与了，并提供《民立报》馆作为中部总会的联络机构。中部总会的成员们积极准备在长江流域一带伺机举事。
10月10日，武昌起义爆发，此后的十多天内，湖北、湖南、陕西、江西、山西和云南等省亦相继光复。未几，革命军受挫，武汉三镇形势顿趋紧张，汉阳旋亦失守。据参加上海光复一役的张承槱说，上海许多革命青年，纷纷“组织敢死队，赴武汉投效”，“且有各处学生，不时至民立报馆觅见革命党人投效”，“但人数众多，需旅费甚巨”，“乃请示先生（指于右任，下同）”，先生立即批示云：如果有相当力量，何必舍近图远，即在上海起事，助陈英士先生为武汉响应，为东南首倡，不愈于千里赴援乎？乃约陈英士先生商议，决定改变计划，放弃赴武汉企图，如是竭力运动上海军警，不数日得多方面引线，……均向余输诚。……其时吾辈党人，在上海租界一举一动，深恐引起国际交涉，致陷于不利，先生与陈英士先生深谋远虑，注意及此，谋之于退休之老外交家伍廷芳，说以大义，出而担任我革命军外交事宜。
部署既妥，始敢毅然决然在上海举义，及于11月3日下午由九亩地集合发难，义旗一举，在江南制造局血战数小时，余负重伤，其他同赴战地者，死伤数十人。英士先生被拘制造局内，几遭不测，先生电话告知张楚宝家属营救，始克脱。吾辈党人前仆后继，鏖战达一昼夜之久，次日即完全光复。”所以，上海的光复，于右任组织策划之功，亦不在陈英士之下。
各省光复后，开始商议建立中央临时政府，湖北都督黎元洪联络了一些省的代表要在武汉开会商讨，上海都督陈英士和江苏都督程德全等人则要求在上海开会商讨，实际上是为了权力的分配问题相互争议不休。后来他们虽然就开会的地点达成了协议，但又为了选举谁当临时大总统的问题争执不下。在这种情况下，《民立报》率先著文欢迎为推翻清政府苦斗了二十多年的孙中山回国主持政局。
武昌起义爆发时，孙中山正在美国进行筹募革命经费等活动，他从报纸上获悉武昌起义的消息，非常兴奋和激动，取道伦敦、巴黎，从法国的马赛港乘船归国，并两次致电《民立报》，把他的行踪告诉报社。其中11月17日的一封电报，是谈的关于总统选举的问题，电文说：
民立报民国军政府鉴：文已循途东归，……今闻有上海会议之组织。总统自当推选黎君，闻黎君有请推袁之说，合宜亦善。总之，随宜推定，但求早巩固国基。满清时代权利势力之争，我人必久厌薄，此后社会，当以工商实业为竞点，为新中国开一新局面。至于政权，皆以服务视之为要领。
孙中山的这一电报，表明他归国不是为了总统的职务，而是要发展工商实业，为新中国服务。《民立报》在刊登孙中山的这封电报时还加了编者按语，按语说：“孙君不以总统自居，自系谦让美德。唯现在共和国第一总统，必以国民公意选举。他日议会成立，当必有极正当之选举法及极合宜之选举心理也。”此后，《民立报》即撰写了一些介绍孙中山创建民国的事迹，还写了一些拥护孙中山为临时大总统的评论，以引起全国人民的注意。
十一月初六（12月25日），孙中山在海外为创立民国经历了16年的艰苦奋斗之后回到了上海。这时正值临时政府准备成立的前夕，由于孙中山为革命做出了巨大的贡献，在革命党人和全国人民心中享有崇高的威望，许多团体都纷纷致电云集在南京的各省代表团，要求选举孙中山为临时大总统，《民立报》还发表了评论，说这是“兆众一志，全体欢迎”的大事。十一月初十（12月29日），各省代表在南京开会，在已独立的17省中，以16票的绝对多数选举孙中山为中国的第一任临时大总统。12月31日，黄兴自南京来电，敦请孙中山赴南京就职，电报是托于右任转呈的：
民立报于君右任鉴：今日由参议会决议，以明日为中华民国元年正月一日，请孙大总统来宁，发表临时政府之组织。
黄兴叩文
于右任当即前往法租界宝昌路408号孙中山寓所，商谈明日赴南京的启程准备工作，至深夜始返。凌晨，又赶往报社安排一切，然后再赴孙中山寓所准备启程。由于这一段时间工作特别紧张繁忙，没有时间理发刮胡子，他开始蓄须。
元月1日这一天，上海天气晴和，9时许，孙中山与胡汉民、陈少白、于右任、陈英士以及日本友人山田良政等乘双马彩车赴上海北站，沿途五色旗飘扬，街头站立相送的上海市民众多，争睹大总统的丰采，道路为之阻塞。孙中山身着黄呢军服，外穿大衣，头戴军帽，步入车站，频频向欢送的人群和军队招手致意。火车经过苏州、无锡、常州和镇江等各大站时，到车站迎送的代表数以千计，“共和国万岁”的口号声，响彻云霄。下午5时，火车抵达南京下关。是时，已决定设总统府于旧两江总督署，于是，孙中山一行再转乘小火车入城，在督署站下车，由军乐队奏乐前导，乘彩绸马车入总统府，黄兴、徐绍桢等人迎迓于府前。于右任始终随侍在孙中山身旁。
晚上10时，在江苏省谘议局举行临时大总统就职典礼，孙中山发表了《临时大总统就职宣言》，宣告中华民国成立，并提出当前的任务是：“尽扫专制之流毒，确定共和，以达革命宗旨，完国民之志愿。”确定内政方针是：“民族之统一”，“军上之统一”，“军政之统一”，“内治之统一”，“财政之统一”，在全国奠定中华民国的牢固基础。对外方针是：“满清时代辱国之举措，及排外之心理，务一洗而去之。持平和主义，与我友邦益增睦谊，将使中国见重于国际社会，且将使世界渐趋于大同。”接着，通电各省废除阴历，改用阳历，以五色旗为国旗，并以临时大总统就职之日1912年1月1日作为民国纪元的开始。
次日，黄兴等人在总统府根据孙中山的意见拟定政府人选名单，恰好于右任推门而入，黄兴一把拉住他，欣然地说：“你来得好极了，先生（当时革命党人对孙中山的称呼）要我拟内阁名单，正要找你商量。”黄兴这话并非客套，因为那时《民立报》成了革命党人与国内贤硕会聚之所，人事方面，于右任也比较熟悉。当时，胡汉民、宋教仁都在座，黄兴把他们拟就的初步名单递给于右任看，只见名单上开列的各部人选是：
陆军总长 黄兴 次长 蒋作宾
海军总长 黄钟瑛 次长 汤芗铭
司法总长 伍廷芳 次长 吕志伊
财政总长 陈锦涛 次长 王鸿猷
外交总长 王宠 惠次长 魏宸组
内务总长 程德全 次长 居正
教育总长 蔡元培 次长 景耀月
实业总长 张謇 次长 马君武
交通总长 汤寿潜 次长 于右任
于右任一边看名单，黄兴则在一边向他解释：“这份名单，黄钟瑛、伍廷芳、陈锦涛、王宠惠、蔡元培和我自己担任总长，都是先生提名的。其余三位：程德全、张謇、汤寿潜，则是革命的同情者，请他们出来，并非为了对于同情者的答谢，而是寓着选贤与能，天下为公的精神。”
于右任看了名单，感到《民立报》的同事在政府中占的名额太多了，就把这一意见向黄兴提出：“各部次长中，民立报的同仁就占了四席（实业部次长马君武，司法部次长吕志伊，教育部次长景耀月，交通部次长于右任）。此外，遯初（宋教仁，任法制局长），英士（陈其美，时任沪军都督），礼卿（吴忠信，时任首都警察厅长）等人俱已从政，所占的份额，未免太多了。”
黄兴解释说：“九个部的总长，只有孑民（蔡元培），亮畴（王宠惠）和我是同盟会的老同志，其余六位，全都是同情革命的，有的还是在武昌起义后才表示支持革命，他们到底就不就任部长的职务，很难预料，所以这六个部的次长也就格外重要，全请同盟会员担任。只有铸新（汤芗铭）是我提出来的。”
于右任接着说：“武昌是首义之地，自10月10日起义，便独撑大局，厥功至伟，湖北方面的人士，似乎也应该延揽一二位入阁。”
黄兴一听这个问题，脸上立刻显出不高兴的神色，愤然地说：“最近，孙武衔黎元洪之命而来，飞扬浮迹，英士很讨厌他，我也曾想提名孙武，却遭到英士第一个反对。”
于右任深知，武昌首义之前，湖北革命运动的策划人，以“三武”并称，“三武”者，蒋翊武、张振武和孙武。而现在内阁中一个也未安排，未免失当。既然黄兴等人不考虑这一建议，只好谈自己入阁的事。于是，他恳切地对黄兴说：“最好我不要参加入阁，这不是我推卸责任，实在是辛亥革命以后，民立报同仁从政的越来越多，报社执笔乏人，业务尤须加以整顿。其他同仁的进退，我不敢置一喙，但我个人还是想办我的民立报去。”
然而，黄兴却振振有词地说：“请你出任交通部次长，那是先生的意思。”一听说是孙中山的意见，于右任只好遵命了。
1月3日，中华民国临时政府宣告成立，各省代表会议通过了孙中山提出的各部总长、次长的任命名单。任命胡汉民为总统府秘书长。代表会议还选举黎元洪为临时副总统。稍后，各省代表会议改组为临时参议院，推举林森为议长。
从元月3日起，于右任担任了临时政府的交通部次长，由于部长汤寿潜迟迟未到任，他实际上是代理部长。这时，他才34岁。由于部务繁忙，他辞去了《民立报》总主笔的职务，请章士钊代理，但仍主持报馆的业务。
当时交通部下辖四个司：路政司、邮政司、电政司和航政司，主管道路、铁路、航路、邮信、电报、船舶及运输，以及造船事务等。在南京临时政府存在的三个月里，由于政府管辖的范围仅限于东南一隅，加上财政困难，谈不上有多大的建树，但沪宁线通行夜车却是从他开始的。在他当次长前，沪宁线的火车只限于白天行驶，一到晚上全线停驶。所以沪宁两地相距虽不过三百公里，但往返一次却要费时两日。临时政府成立后，政府官员及来往旅客陡增。因此，交通部经过调查并做好准备工作后，从2月24日起，每天午夜12时沪宁两地对开列车一次。午夜对开车月耗一万五千元，如售票收入不足，概由交通部补贴。这是于右任当部长的一项德政，多年来一直为人们所称道。
此外，根据他几年办报的体验，知道电报价格不减低，报纸很难成为“消息总汇”，于是，他又制定减收新闻纸邮电费用。至于整顿电信局和通令保护招商局轮船的决定，因临时政府很快结束，未能贯彻下去，只徒具两纸空文。
4月1日，孙中山辞去了临时大总统的职务，于右任也卸去了交通部次长之职，回到《民立报》，仍专心致志于办报。
这时，在革命队伍中，倡言“革命军起，革命党消”者有之，主张“毁党建党”者有之，革命党人又一次处于分化与重新组合的过程中。《民立报》在这种情况下，持论比较稳健平和。于右任此时工作远较过去为空闲，曾打算趁此空闲之机赴欧洲考察新闻业务。他将朝思暮想的伯母房太夫人迎养于上海法租界打铁浜家中，工作之余承欢娱亲，让伯母颐养天年。三年后，伯母因思念杨府村房氏诸兄弟甚切，仍返回泾阳故里。
孙中山辞去临时大总统后，以在野之身，开始周游各省，进行国家建设的宣传活动。8月24日抵达北京，次日出席了在北京虎坊桥湖广会馆召开的同盟会正式改组为国民党的成立大会。
辛亥革命后，同盟会很快趋向涣散，并发生了分裂，处于各自为政的状态。孙中山辞去临时大总统后，就不大过问同盟会的活动，宋教仁成为负实际责任的主要领导者。他一心想通过议会选举，取得多数议席，组成责任内阁，故将同盟会与四个小党派合并，改组成为国民党，滥收党员，把许多官僚、政客，甚至过去与革命为敌的立宪派分子都拉进国民党。孙中山虽然对同盟会改组为国民党不满意，但为顾全大局，还是出席了国民党的成立大会，被大家推选为理事长。黄兴、宋教仁、王宠惠等人为理事，胡汉民、于右任等29人为参议，还有名誉参事7人和各部干事三百余人，其中不少人都是封建官僚和投机政客。孙中山不愿过问党事，不久，即委托宋教仁为代理理事长。
稍后，北京举行了第一次国会选举，国民党在参议院和众议院取得的议席占了大多数，成为国会中的第一大党，按照《临时约法》的规定，应由国民党及其领袖负责组成责任内阁。袁世凯对此深为嫉恨。最初，袁以重金收买宋教仁，宋不为所动，径赴长沙、武汉、上海、南京等城市进行宣传，为成立“政党内阁”制造舆论。袁见收买不成，授意赵秉钧、洪述祖，密遣特务武士英赴沪，伺机对宋教仁下毒手。但表面上则故作姿态，电邀宋教仁入京，共商国是。宋教仁不疑其中有诈，欣然同意北上。
1913年3月20日10时，宋教仁和前来送行的黄兴、廖仲恺、于右任等走出上海北站贵宾休息室，准备上车。当他们走到检票口时，响起了三声低沉的枪声。只见宋教仁摇晃了一下，便倒在检票处的一张铁椅子上。他虽中弹，但神志清醒，非常镇静地告诉送行的人们：“我中枪了！”于右任等人七手八脚地扶着他觅车送医院抢救，凶手武士英则安然逃逸。
宋教仁被送到附近的铁路医院进行抢救，因伤势过重，流血甚多，曾几度昏迷。后来请了一位在兵舰上工作的外科医生，第二日的下午为他动手术取子弹。为慎重起见，于右任特地赶到手术现场守候，以防不测。经过手术，子弹从腰间取出，但因击中要害，伤口又已感染，伤势反而恶化。宋教仁知道自己已经没有再生的希望，便把老友于右任叫到病榻前，以三事相嘱：一、将其书籍赠南京图书馆；二、请友人抚恤其家，善待其母；三、嘱同志们勿生悲观，宜奋力国事。宋教仁不知刺杀他的主谋人正是临时大总统袁世凯，所以在弥留之际，还请黄兴代笔，给袁世凯拍发了一封电报。此后即昏迷不醒，于22日晨逝世，年仅32岁。
宋教仁遇害后，葬于上海闸北。于右任对挚友的惨遭杀害，极其悲愤，特撰写《宋教仁先生石像赞》的悼词，刻石于宋教仁墓前，其词曰：
先生之死，天下惜之。先生之行，天下知之。吾又何记！为直笔乎？直笔人戮。为曲笔乎？曲笔天诛。呜呼！九原之泪，天下之血，老友之笔，贼人之铁。勒之空山，期之良史，铭诸心肝，质诸天地。
宋墓建成后，于右任又一次来到老友墓前，写下《题宋墓前曰：呜呼！宋教仁先生之墓》律诗一首，以纪其事：
当时诅楚祀巫咸，此日怀殷吊比干。
片石争传终古恨，大书留与后人看。
杀身翻道名成易，谋国全求世谅难。
如斗余杭渔父篆，坟前和泪为君刊。
此外，于右任还口述《宋渔父先生遗事》一文，回忆他与宋交往的经过。这篇文章记叙了民国初年政坛某些鲜为人知的逸闻，以及宋教仁的生活轶事，笔者节录于下。文中“先生”即指宋教仁，“记者”系于右任自称。
记者创办民呼报时，欲求为文者。时康君宝忠自东京归，记者即求康君于同盟会本部中荐一能文之士，康君以宋教仁对。时正间岛问题交涉最困难之际，康君曰：君试一读间岛问题之小册子，即可知宋君之学问与识度矣！
当间岛问题发生后，交涉者一无把握。宋先生自日本走高丽，搜求高丽之古迹遗失。抵辽沈，又得国中及日本之史迹，足以为此案之佐证者。复亲历间岛，考求其地望事实，归而著间岛问题。书成，日本东京之有名学者，均欲求先生以此书出版权归诸日本，先生不允。时袁督北洋，得此书电召先生归国，先生因在日经营事多，不欲以政治上一鳞一爪，急等表见，故以书付袁，而卒未归。后间岛交涉，因获此书为辅佐，得未失败，袁甚德之，电驻日使酬先生以金二千元，先生不受，驻日使固强之，先生随散之留东之困乏者。且谓吾著此书，为中国一块土，非为个人之赚几文钱也。
庚戌（1910年）冬，先生自东京至上海，与谭君价人、刘君成禺偕来，先顾记者寓所，相见即作深谈。时中国外交正亟，先生言其关系，与准备之策，旁及报社之宗旨趋向，暨其进行之方，扺掌而谈，记者心折。今日我报之有此成绩者，先生实规其先畴。记者乃力请先生任编撰，先生言上海危难，恐不能久居。记者曰：行止艰难，我与君等耳，然必欲为周密之布置。时民立报赁屋于山东路，遂另觅一编纂之室，于法界三茅阁之桥畔，今兹民立报之舍宇，犹因宋先生而始终经营也。……后民立报火，同人竞为诗文以自吊，有云：“桃园渔父真逃世，一炬居然避祖龙。”盖指先生也。当时上海人士，无有知先生姓名者，同社中称先生为桃先生，外来之函件，亦以桃先生目之，居之久，稍稍出外，人初但知为民立报之渔父，此时之困厄坚忍，报馆与先生直相依为命。社中经费既绌，罗掘数十元，为先生偿旅馆费。
先生尤长于地理学，当在日本时欧人黑口博士，在西藏探险，发见一河流，地理专家之名聚震一时，至日本，大受日本学者之欢迎，惊为创获。后先生指出其发现之河流，本为中国水道提纲所载，一时欢迎之声遂寂然。
片马交涉起，中国报纸多愤激之词，顾于片马之地位，辄无精审之考求，均以野人山为界，盖误于坊间地图之略而不载也。先生陈书披图，考以历史，证明片马为中国固有之地名，自绘详图，备列地望，山脉河流，不差累黍。此图出，全国震动，上海之外国报纸，移译转载，而此交涉，至今尚未了结，先生有知，能无痛乎。上海集会结社，斯时最盛，然率为一哄之势，广场演说，群相鼓掌，而其实不根于学理，不合于事实，故恒无结果。当时国界维持会，初张其帜，记者乃介绍先生出席演说。至西园者前后两次，每一登坛，听者鼓舞，此为先生在上海登坛之始。其时上海之学人政客，列席者甚众多，就记者问先生名籍，先生于签名簿，亦大书宋渔父，上海人士之称宋先生者，亦自此始也。上海自抵制俄约，抵制美禁以来，凡开会之事，鲜克有终，无可奈何，则归宿于抵制、抵制。自国界维持会后，方知国民有尽力政事之途，故上海一般学者政客之神经，无非因先生之来，而始唤起其作用者也。
中俄界约事起，举国皇皇，政府外交，亦全无依据，先生发愤，著二百年来之俄患篇，将新旧条约，逐一研求，而处置交涉纲要，亦极和平妥协，条分缕析，累数万言。……
当此交涉正剧之际，政府守秘密，而外国报纸，喧传俄人要求增戍于撒拉时美，及置领事库尔札，西报地名之译音，与我国之地理辞书，切音相悬，举国报纸，莫能指其地者，先生复引史证图，指明撒拉时美为承化寺，而库尔札为伊犁附近之宁远城，俗称为金顶寺者也。一时读者翕然称服，惊先生之博学，无与抗衡矣。按承化寺在阿尔泰山额尔齐斯河畔，是边境要害，长庚入伊犁时，曾有折奏条陈在额尔齐斯河畔当驻重兵，述其地位之形势甚详，亦五千余言，而卒未能提出其地为承化寺，先生既考证详确，著承化寺说，读本报者，亦当能记忆之也。
广州之役，未发以前，黄克强、谭人凤诸君屡函电促先生粤行。先生适在上海有所谋，记者留之，深冀先生在沪，遥为粤援，且将以建设大任属之先生也，故尼之益坚。记者且云以大义言，何敢阻君，以私交言，则甚不愿君行也。先生曰：“无恐，事成，为四万万同胞造幸福，不成，则送我一颗头颅已矣。”随含泪而别。行时，仅手携一皮箧，无敢送行。有询者，则以入汉对。先生去后，本报文字，犹有渔父名者，乃方君潜及记者所为，盖恐渔父之名骤遁，易启人疑，因而侦先生之行踪也。
及广州之役失败，社中得电告者甚多，伤亡烈士，至数十人。一夕得警电，记者译电码得一宋玉琳之宋字，私忖必先生也，两手骤木，至不能译其下文，哽咽在喉，不敢惊呼。时在侧者，虽皆同社之人，而不敢告其故。后十余日，不得先生噩耗，殆谓先生真死矣，斯时之悲恸，而无可告诉者。
忽一日，先生提行箧而归，又携一巨箱至馆，相见惊喜，殆如隔世。先生遂备述出险情形，及广州事败之因果。且曰：“此次虽失败，然得许多之经验，足以为他日之预备者。”自是恒郁郁不乐，惟葬身于书籍中。一日，记者见先生方理书箱，中有手写之巨册三，噫！凡文告约法，及中央制度，地方政治机关之设施，纲举目张，累累备载，盖先生于广州之役，事前所手草者。记者惊谓此危险物也。先生曰：此不可弃，吾将涂乙标题，而存其擘画可耳。先生十数年来，潜心建设事业，其所主张者悉在此三巨册中。
先生自此，忧愤溢膺，欢笑之颜色，不可多得。忧愁之中，复若有深思湛虑，呈其惨淡经营之色，自晨至昃，无片刻暇豫。某日，忽先生有喜色，冁然独笑，记者异而叩之。先生曰：吾于葡萄牙历史之剧，悉心参考，吾于革命事业若有机窍之为吾获也。遂时时为葡国革命之时机经历，著为论说、批评，以诏同志。其为言曰：一、革命之时宜神速而短（不可久事战争）；一、革命之地宜集中而狭（宜于中央）；一、革命之力宜借重旧政府之所恃者为己用（用政府军队）；此三事皆革命成功之原则也。呜呼！观于武昌起义以后种种历史，国人但惊为响应神速，而不知皆先生之擘画于先也。
当时英国报纸，有论东方时局者，倡为中国革命必启列强干预之说。记者亦读日本外交时报，见前驻华公使伊集院氏之论著，谓中国若有革命事业，日本亦将干涉云云。记者即就先生研究，先生毅然曰：“是无恐，近今世界思潮之趋势，列国交际之态度，与失败政治改革之真理，吾筹之熟矣。我国民果真能革命者，列强方助成之不暇，万无乘机干涉之理，只要大家忠心赤胆往前做去，一切危疑恫吓之词皆浮障也；适足堕人志气，吾当力排异议”。当时记者颇服先生之坚忍卓绝，迨观于去年南北媾和之际，列国无不竭诚将助，益足见先生之识见远矣。
辛亥六七月间，先生在上海与英士、鸿仙、谭人凤、杨谱笙诸君组织革命机关，时井勿幕君在陕运动军队，颇有把握，派人走鄂，走沪，为之接洽。并由柏君小愚，先捐银五千元，派人走日本，购置枪械；柏君已允为上海机关部捐银五千元。时正四川全省糜烂，柏君营业俱在川，不能得现款，记者乃为之设法筹借，顾约期不至，延期四五日后仅得二千元。时先生适病，忽一夕得武昌电，谓事败露，焦急万状。次夕又得电，则武昌得手，清吏脱逃之报告也，译竟而先生跃起，病亦霍然愈矣。遂电约克强至沪，共图南京，克强至，与先生同走武昌，出入枪林弹雨之中，由汉南渡时，在摆江驳船中亲见一大炮开花弹，自其顶上掠江而过也。抵武昌，即从事组织，手订鄂州约法，军书旁午，无可就商，遂东归亟图南京。
先生东下，重至社中，主张组织临时政府。时约法之稿，已邮递到沪，记者读约法竟，私以中华民国第一次之政府，出现世界，必力求其完备。而各省代表之在鄂议决者，多不满人意，遂于发刊之前，商之先生，又请先生加案语于下，谓此系草案，他日临时政府成立时，当以公意修订之。迨此案语之出，论者不稔为记者意也，于是反对先生之声大起。适章太炎又在神州报宣传“钝初有总理之才云云”。一时误会者愈多，至疑先生之主张，为意属个人之私者。故先生当时时代，虽有精锐之眼光，而不能运其敏活之手腕，殆以此也。然其朝夕勤劬，补助立法，从事于建设者，未尝稍懈也。
先生在南京时，记者每至，辄居其寓，行李不俱，入夜往往同宿一榻，谈笑歌呼，庄谐杂出，往往鸡鸣向晨，犹刺刺作深谈，所言者，半为政府组织，半为政府组织。至今回想，可忆者仅十之二三耳，真负我故人矣。
一日休暇，记者就先生案，握笔漫涂，写近诗为戏，有断句云：“雨花台下伤心泪，白骨青磷旧党人”，先生逼视之，辄怃然曰：生者不暇哀，而君顾有闲涕泪，以哀死者乎。闻其言者，心骨为惊，记者亦为之不怡。宋先生以临时政府成立入京，记者后至，在京一月余，无日不见先生。先生劳苦万状，恒日未遑进食，顾性矫洁，不愿居城内，独寄宿于西直门外之农事试验场，即俗所称三贝子花园者，同居者唯其书记数人，恬静自憙。而京城反对者之报纸，顾造为蜚语，谓先生将纳名妓苏映雪于簉。先生平生绝无嗜好，凡识先生者，皆能知之，见此记载，无不失笑，盖先生初未尝与苏映雪一觌面也。因群请先生驰函辨正，先生曰：是奚足诬我者，置不与较。此虽小节，而先生之光明磊落不屑与群小争短长者，又可见矣。先生长农林时，对于国务计划，当诠次于传记。其对于农林一部之计划，记者得时闻其绪论，顾人事琐杂，遗忘殆半，今检先生遗稿，其手写之条目犹有存者，设施未竞，遽戕其生，虽零篇断简，何忍使其湮没也。
宋教仁与于右任私交最好，宋遽然遇害，于右任责无旁贷地为好友料理丧事，在悲痛之际，撰此长文，让世人知宋之人格与品性。1914年5月5日，于右任来到宋曾居住过的三贝子花园，旧地重游，人逝屋空，抚摸宋教仁手植的松树，回忆昔日的亲密交往，百感交集，情不自禁，写下了《吊宋渔父》诗二首：
一
忍泪看天哽不言，行吟失计入名园。
美人香草俱零落，独立斜阳吊屈原。
二
佳节凄凉愁里过，杂花婀娜雨中鲜。
栖栖老友今头白，手抚遗松一泫然。
“宋案”发生后，袁世凯阴谋家的面目大暴露，全国震惊，对袁口诛笔伐。而袁更变本加厉，倒行逆施，于4月26日以盐税和海关税担保，向英、法、德、日、俄五国银行团签订了2500万英镑的“善后”大借款协定。这个协定的签订，未经法定手段，袁利用大批借款，准备扩充军队，对国民党用兵，镇压革命。
《民立报》率先转发了英国路透社的电报，揭露了大借款的内幕，一时舆论哗然。6月，袁悍然下令将国民党籍的江西都督李烈钧、广东都督胡汉民、安徽都督柏文蔚免职，并派兵南下进攻革命党人。7月，孙中山领导的、以讨伐袁世凯为目标的“二次革命”爆发，但未及两月，就失败了。9月4日，《民立报》被迫停刊，它一共发行了1036号，时间将近三年，是于右任所办的四份报纸中，时间最长、影响最大的一份。就在此时，袁世凯以北京总检察厅的名义，通缉孙中山及“二次革命”的重要分子，于右任也在被通缉者之列，只好第三次赴日暂避，结束了他长达七年的报人生涯。
于右任对《民立报》怀有深厚的情感，他曾写了《民立七哀诗》，怀念亡故的社友杨笃生、王毓仁、范光启、宋教仁、徐血儿和陈英士，连出款资助过报社的沈缦云也未曾忘却。每当人们同于右任谈起办报的经历时，总会勾起他对在《民立报》工作往事的回忆。抗战期间，《新华日报》记者陆诒在重庆访问他时，他大谈《民立报》的特色，并勉励报人办好报纸必须做到“苟日新，又日新”。1949年，几位青年记者在广州与于右任邂逅相遇，他又语重心长地告诫他们：“做一个记者，坐监挨打都是家常便饭，不过记者要有新闻道德，保持新闻道德才有公正的舆论和是非。”他还说：“新闻道德与新闻自由是相辅相成，没有新闻道德的记者，把新闻自由随便玩弄，其流弊与祸害，固不堪言。而辛苦奋斗所得之新闻自由，终不易保持。所以新闻自由今后能否保持与扩大，全恃新闻记者的新闻道德”。