他带着队伍走了40多里山路，人困马乏，正躺在林子里休息。他背靠一棵大树，盘着腿，正在擦他的弟弟明治天皇御赐的菊花军刀。这把刀刀柄上镶嵌的黄金做的象征日本皇室的菊花图案在秋日的阳光下闪烁着耀眼的光芒。他就是率军在台湾行进的明治天皇的哥哥——能久亲王。他为什么能率军在台湾畅通无阻地行进呢？因为台湾被割让给了日本。
得知朝廷割让台湾的消息后，台湾志士徐骧说：“朝廷没实力保卫我们的台湾，能够保卫台湾的只有我台民，众志成城，山可移，海可干，但愿我们的鲜血与我们的台湾一起流干，但愿我们的头颅与我们的台湾一起玉碎！”《申报》说：“君可欺，而我民不可欺。官可玩，而我民不可玩。”5月25日徐骧等台湾人士成立“台湾民主国”，推台湾巡抚唐景崧为“总统”。刘永福制定《“台湾民主国”宪法》如下：一、“总统”和“副总统”各一名，“总统”为国家元首。二、“议院”为立法机关。三、行政机关为内部、外部、军部。四、蓝地黄色虎为国旗，国徽与此相同。五、年号“永清”（永远不忘大清之意）。六、“首都”台北。但这个“国家”只存在了7天就结束了。
本来唐景崧在台北的弹药库存放4万斤炸药、280多万颗毛瑟枪子弹、数千颗炮弹，可是他拒绝发给刘永福等守台将领。6月4日，贪生怕死的唐景崧见日寇压境，慌忙逃窜，逃亡时被士兵识破后扣押，留下5万买路钱才逃走。
就在唐景崧逃走前的6月2日，李鸿章之子李经方与日本台湾总督桦山资纪在船上办理交割手续。桦山资纪问他为什么不上岸，他说：“如果台湾人民知道我是李鸿章的儿子，是我父亲在割让台湾的条约上签的字，他们会在岸上把我杀了。”6月4日海军大臣桦山资纪率近卫师团在澳底登陆，台湾这片土地他20年没踏过了。20年前他作为“台湾探险队”的领导者之一参加了琅峤之役，那次经考察他选定澳底作为日后侵台登陆点，今天他把昔日的理想变成了现实。6月7日，桦山资纪进入台北，唐景崧的弹药库全都被他收进了腰包，以中国人的弹药打中国人，保台的局势由此更加危急。
在此提一下，清军在日军打台北时非但不抵抗，反而去抢有100万饷银的台湾巡抚衙门，抢劫时自相残杀。此时在衙门旁的卖山芋的陈法的山芋车被清兵撞翻，陈法急了，于是冒着日军的炮火快步登上城墙，放下竹梯，引日军入城以发泄自己的不满。这就是台北失守的真相！
6月中旬，桦山资纪率军南下，刘永福率军抵御，他说：“台湾人民有钱出钱，无钱出米，无米出力。”因此募集了一些战争资源得以备战。当日军来时，“炮声在山谷里轰鸣，向山顶望去，炮弹爆炸，火光闪闪，黑烟笼罩山头，我军发射的山炮和野炮弹弹命中日军，火焰冲天”，最终将日军大佐以下官兵击毙多人，日军被打退。6月下旬日军再次来犯，守军因粮械不济，被迫后撤，22日新竹陷落。6月25日，日本两艘战舰向安平进攻，被刘永福用炮击退，7月中旬中国军队反攻新竹，因无援军而退。
下面我该解决本章开始的一个问题：丘逢甲是不战而逃还是战败内渡？丘逢甲在《马关条约》签订前得知朝廷有割台之意，就血书“拒倭守土”四字，台北告急时他率军援救，行至半路日军已陷新竹，他在此苦战20日，最终失败，不久他内渡。因此他是战败内渡，不是不战而逃。
7月4日桦山资纪致书刘永福，劝其投降，劝降书译成白话节选如下：“自从去年开战以来，我军连战连胜，贵国遣使议和，双方已经签订条约，贵国的台湾和澎湖列岛已经割让给我国了。我办理交接手续之后，在台北建立总督府，安抚百姓，做了不少工作，听说阁下现在尚割据台南准备兵戈。现在中日战争大局已定，您以孤立无援的军队防守在边境的危城，即便不是智者的人都知道，大势不可为。阁下雄才大略，精通国际公法，然而却违反大清国皇帝的圣旨，只是学愚顽所为，窃以为阁下不应该这么做。阁下如果现在放弃打算进行的军事行动，与人民安居乐业，那么我当以大将之礼送您回大陆，您麾下的士卒我也会以礼相待。顺逆的道理，希望阁下好好考虑。”还别说，桦山资纪还够客气。
刘永福一看劝降书，想虽然我肯定不会投降，但是既然你那么客气，我也跟你客气客气。刘永福复信道：“中日两国同为亚洲国家，应该讲信修睦，不想贵国却侵犯我国疆域。中国的雄狮在忠义的大旗下是能战的，只是由于李鸿章的错误才导致战局不利。自古以来，国家想强大，必须先施恩布泽，才可以得民心，感动天意，这样国家才能兴盛。现在台北爆发瘟疫，贵国有许多士兵病故（确实如此），台北的人民也不归附你们。天灾的流行就证明了天意是不愿让你们占领台湾的，但阁下仍不及时醒悟，这让我很困惑呀。我奉命驻守台湾，从道义上讲就应该与台湾共存亡，您在信中说我违反大清国皇帝圣旨，这是您没太明白这个道理。将在外君命有所不受，况且台南百姓遮道攀辕，涕泣请命，因此我不敢不效死，就算不这样，我又怎么忍心看着百姓沦为亡国奴？因此我整军备战，以保卫疆土。台南虽然是边远地区，但是我的部下有几十个营，都是久经沙场的敢死之士，此外还有义民数万支持，粮饷充足，军械精良。故而窃以为上天不亡台湾，妇孺都知道这个道理。阁下是贵国的大将，有雄才大略，超乎寻常，何不上体天心，下揆度民意，撤回军队，归还我台北。如此，不止我台湾百姓对您感恩戴德，永世难忘，而阁下的大义也会昭然千古。”
桦山资纪一看，想我不能白来，就这样我就把台北还给你，回国我怎么交代？我还不得剖腹自杀，为了日本皇军的荣誉，那咱就开打吧！
8月中旬，日军由新竹南下，以死了1000多人为代价攻克苗栗、大甲溪，黑旗军吴彭年部及义军徐骧、吴汤兴部退守彰化。日军在汉奸带路下绕道抄袭彰化。8月27日，日军猛扑八卦山，守军奋勇抗击。次日在义军援助下与敌肉搏，吴彭年见八卦山已竖日旗，便勒马回救，率军300增援，日军开炮轰击，黑旗军伤亡甚众，吴彭年身中数弹，面对山上如雨的子弹奋勇向前，最终壮烈殉国。虽有吴彭年等人的英勇鏖战，但因力量悬殊，八卦山最终陷落。随后日军与我军在彰化展开巷战，吴汤兴战死，日军克彰化，徐骧退往台南。
日军拿下彰化后，到了9月，刘永福的处境更加不妙。清政府免去了刘永福的一切官职，并禁止大陆人民参与保台。刘永福派人去大陆筹集保台经费，结果筹集的钱都被清政府扣留。刘永福一看断了外援，就想内部的办法，好不容易募集8000两白银用于抗日，结果在运送途中竟被汉奸和土匪抢走。至此一心抗敌的刘永福更加艰难，但他非但没认输，反而取得了更大的战果。
10月下旬日军以海军攻台南，牵制刘永福，陆军直逼嘉义。直逼嘉义的是明治天皇的哥哥能久亲王中将率领的近卫师团，另外还有一个旅，共3万人。而嘉义守军仅有徐骧一部，徐骧采用诱敌深入的战术，把日军向嘉义城下雷区引，于是有了篇头的一幕。
半夜，日军来到城下，踩响了地雷，在惊天动地的巨响中，日军被炸得血肉横飞，能久亲王被炸成重伤，不久死了。死前他赋诗道：“近代荆蛮百事辛，难堪恶水与炎尘。去京半岁君休矣，忽作白头黑面人。”反映了这个日本侵略头目精神世界的另一个侧面。第二天，恼羞成怒的日军调来大批军队猛攻嘉义，从清晨打到正午，日军才得到这座充满仇恨的空城，徐骧率残部向南转移，准备与日军作最后决战。日军记载“敌兵（黑旗军）的一个决死防线，一步也不退，终有70人以身殉职，这是华兵中绝不可见的勇兵”。
此时日军已占领除台南外的整个台湾岛，刘永福在无兵无粮无钱的情况下不得已通过英国驻台南领事向日军求和。日军让刘永福到日军旗舰牧野号上商谈受降事宜，刘永福将往，被部下阻止，未去。10月13日（一说10月10日）徐骧在苗文溪的激战中不幸中弹，然后跳起大呼：“大丈夫为国而死，死而无愧！”壮烈牺牲。
10月17日，日军攻安平炮台，刘永福亲自发炮，杀敌数十人，但台南这座孤城是守不住的。刘永福最终于19日乘英国商船（《清史稿》称坐德国船回来）撤回大陆，台南陷落。至此台湾保卫战结束，日军共伤亡3万多人。
世人都对刘永福的保台壮举大加赞赏，也流露出对他失败的惋惜。杨文萃在《闻刘渊亭（刘永福）台南内渡》中说：“龙骧莫制虎牙威，待旦将军独枕戈。欲为危时撑大局，肯输壮志屈公麾。贺兰忍陷睢阳郡，艺祖终忍大渡河。毕竟天亡非战罪，几回击楫泪滂沱。”
得知台湾沦陷后最郁闷的就是台湾首任巡抚刘铭传，因为他在台湾的一切心血都便宜了日本人，不久他就去世了，临终时大呼：“还我台湾！”
在刘永福离开台湾后，日军虽占领整个岛屿，但台湾人民的抗日斗争从来没有停止过。日军为了占领台湾付出了巨大代价，日军记载：“无论何时，只要我军一出现，附近村民便立刻变成我们的敌人，每个人，甚至年轻妇女都拿起武器来，一面呼喊着，一面投入战斗。我们的对手非常顽强，丝毫不怕死，他们隐蔽在村舍里，当一所房子被火炮摧毁，他们就镇静地转移到另一所房子，等有机会就发动进攻。”直到1945年台湾光复，台湾人民因抗日而殉国者达65万之多。