太平洋战争打响后，日本陆军相继占领了新加坡、香港、菲律宾等地，1942年5月，又占领了缅甸。翌年8月，日本政府假惺惺地宣布承认缅甸“独立”，并在仰光设立日本驻缅甸大使馆。
事实上，日本侵略军从占领东南亚及太平洋地域的第一天起，就露出凶残和贪婪面目，疯狂掠夺这里的资源，残酷镇压和屠杀当地民众，妄图以血与火维持殖民统治秩序。其中，有被称作“巴丹死亡行军”的虐待英美战俘的恶举；有在新加坡、马来西亚等地疯狂“大检举”、“大逮捕”，屠杀无辜平民的暴行；特别是从1942年11月到1943年10月间，占领军为了修筑泰缅铁路，强迫数10万英美军战俘和劳工在极端恶劣的环境下服苦役，先后有1～2万名战俘和25万名劳工悲惨死去……这一切都是木村担任陆军省次长期间日本军队在各地犯下的战争罪行，除陆军大臣负有责任外，木村也难辞其咎。
1944年7月，东条内阁被迫总辞职后，木村兵太郎出任缅甸派遣军总司令，木村上任以后，对日本军队的残虐行为继续采取放纵的态度，甚至强征30余万名印度尼西亚壮丁充当“兵补”，驱赶他们到缅甸和新几内亚作战，其中有90%的人悲惨地死在热带丛林中，也给缅甸人民造成了极大的伤害，木村负有不可推卸的罪责。
当时，随着日本海军联合舰队的崩溃，日军在东南亚各个战场也呈现出不可挽救的颓势。木村拼命组织军队固守阵地，力图扭转败局。1943年10月，中美和英印联军开始反攻缅甸，木村指挥的3个师团损失惨重，不得不收缩兵力，节节败退。到1945年初，中美和英印联军逼近仰光，木村面临着岌岌可危的态势。1945年4月23日，木村丢下部属和军队，只率几名随从乘侦察机仓皇逃出仰光，日本在缅甸等地的殖民统治宣布崩溃。
日本宣布无条件投降后，美国占领当局以木村参与和策划对美、英发动的侵略战争而将其列为A级战犯嫌疑人。
1948年11月12日，被远东国际军事法庭判定犯有“共同谋议侵略战争罪”（反和平罪），对中国的侵略战争罪，对美国的侵略战争罪，对英国的侵略战争罪，对荷兰的侵略战争罪，以及“违反国际法的战争犯罪”（包括授权、命令、允许违法行为，无视违法行为的责任）等共计7项罪名，被判处绞刑（被判处无期徒刑以下的战犯多为6项以下罪名）。
当时，日本辩护方称，木村不过是陆军次长，地位低微，不应视为主要战犯。
但起诉方指出，木村是陆军省仅次于陆军大臣的人物，实际上承担陆军大臣的职责，他不仅赞同陆军大臣的政策，而且是具体推行这一政策的实际首脑，包括他任职期间日军违反战争法规的行为，他都负有决定性的责任。