1951年的春戒期间，发生了震惊全国的“云门事变”。3月，寺中在开戒期间，一日，地方干部及民兵百余人包围了云门寺，将老和尚拘禁于方丈室，将百余僧侣分别囚于禅堂及法堂，干部大事搜索，上自瓦盖，下及地砖，搜了两日，未搜到金银财物，乃殴打众僧，亦无所获，最后数大汉以木棒铁棍殴打老和尚，逼其交出金银财物，打得老和尚五窍流血，肋骨断折。老和尚深入禅定，苦乐俱捐，多次殴打始终不死，干部们不敢再打。直到5月间“云门事变”传到韶州，大鉴寺僧人通知海内外同门，联合营救。后来北京方面电令地方政府严查，云门之围始解。
1952年春，北京政府电粤，派员护送老和尚入京。7月抵京，李济深、陈铭枢、叶遐庵、赵朴初等迎老和尚于火车站，驻锡于广化寺。中国佛教协会成立，要推举老和尚任会长，老和尚坚辞，挂了个名誉会长的名。10月到上海主持了一场祝愿年，老和尚以化缘已尽，住世无益，于是年10月13日（农历已亥年九月十二日）示寂。世寿120岁，僧腊101年。他一生中有许多神奇的感应，如猛虎皈依、双鹅听经、龙王求戒、枯梅开花等等。
老和尚是中国近代禅宗的代表人物，他一身兼祧禅宗五家法脉。他于鼓山接传曹洞宗，兼嗣临济宗，中兴云门宗，扶持法眼宗，延续沩仰宗。他解行相应，宗说兼通，定慧圆通。参禅之余，也著书立说，曾著有《楞严经玄要》《法华经略疏》
《遗教经注释》《圆觉经玄义》及《心经解》等，俱已散佚无存。他平常教导弟子，多以诗偈代禅机，著有诗偈数百首，教导弟子们注重行持，勿尚空谈。后来为人辑为《虚云和尚法汇》，及《虚云和尚禅七开示录》行世。
“云门事变”的次年，老和尚赴北京之前，曾自书一联，记述其生平，联曰：
坐阅五帝四朝不觉沧桑几度，受尽九磨十难了知世事无常。
圆寂
1959年初，虚云大师自感身体日渐衰弱，应继安排有关事务，主持岑学吕宽贤重新编辑的《云居山志》刊印流通，并亲自为之撰序。虚云大师对真如禅寺诸职事作了交待。最后，谆谆告诫自己的侍者，今后如有把茅盖头或应住四方，须坚持保守此一领大衣，但如何能够永久保持呢，只有一字曰“戒”，并留下将自己的骨灰撒入水中，与水族结缘的遗嘱后，于农历9月13日在云居茅蓬内圆寂，世寿120岁，僧腊101年。
主张的思想
在百余年的弘法生涯中，虚云大师于潜心禅修之中。对佛法理论，尤其是禅宗修持多有创发，先后完成《楞琚经玄要》
《法华经略疏》《遗教经注释》《图觉经玄义》《心经解》等近十种著述。一生为四众弟子讲经说法开示次数难以统计。综观这些论述以及虚云大师近百年的修持实践，可以看到他对中国佛教特别是禅宗宗门的弘传所做出的巨大贡献，以及从中所体现的禅学思想特色。
（一）佛教不是迷信，佛教能促进国际大同。虚云大师认为宗教的实质是引导人心趋于至善，因此可以产生移风易俗、辅政安民的效果。虚云大师曾指出：“世界无论何教，总是导人为善，为治心之法，如佛则济度众生，使众生脱苦。儒则重伦常，使人各尽本分，本无异致。所不同者，儒则重世间法，佛则于世间法外，更有出世间法，深浅不同耳。”虚云大师赞同孙中山先生所强调的，“佛教乃救世之仁，佛学是哲学之会上有些人将佛教视为消极的、迷信的错误观点，虚云大师予以驳斥。指出这是“未明佛教者之言。”他认为从实际看“佛法不坏世间相。”怎么是消极？而且佛法“步步引人背迷合觉。”更进一步说，佛法要求广大弟子“一面自修，一面化他。”因此“其积极与正信”在诸多宗教中“恐无有出其上”。所以，片面地将佛教指斥为消极的、迷信的是没有道理的。虚云大师认为，正如孙中山先生所指出的，佛教在中国的传播“有裨益于中国之学术思想”，“佛教为今日之周旋国际，趋进大同之惟一大教。”
（二）戒律是佛法之根本。虚云大师在其一生中，戒行精严，定慧圆相，他中兴祖庭，屡次整肃僧纪，都是从严守戒律入手的。在鼓山创办佛学院，于南华创办戒律学院，设佛学研究苑于云居山，以培育僧材，庄严戒德。虚云大师一生于讲经说法之中，反复强调戒律是佛法的根本。“戒为德本，能生慧行，成就万行。”因此，“修学者，必须依佛戒，戒为无上菩提本。”“学佛不论修何等法门，总以持戒为本。”对于修行者说来，“持戒律如行路有资粮。”这是因为“因戒才可以生定，因定才可以发慧。”若不持戒而修行，则“无有则处”而制度，即使是到了生命的最后时刻。虚云大师仍嘱咐身边侍者，要使佛教保持兴旺，保守这一领大衣，“只有一个字，曰‘戒’”。虚云大师不仅严持戒律，而且十分重视如法传戒。
（三）提倡“楞严”思想。《楞严经》是唐以后中国佛教各宗依之立说的一部重要经典。虚云大师在此经方面造诣很深。早在清光绪二十年（1897年）就曾应道明和尚之请在焦山助讲《楞严经》，此后多次登坛宣讲此经，也曾为此经作汪写疏，而且在平常讲开示和答问中都以“楞严”思想为核心，勉励学佛者深入《楞严经》，“从闻思修，入三摩地。”
（四）禅学思想很有特点。虚云大师在其一生中，百余年如一日，潜心于禅，行亦禅坐亦禅，自行化世，至老不移。虚云大师恒以《楞严经》为圭旨，在自己禅修的实践基础上，对参禅的目的、方法、禅病对治等方面形成了独具特色的理论观点。虚云大师认为，参禅目的在于明心见性，也就是要去掉自己的污染，显现自性的光明，彻见自己的本来面目。同时参禅是修学佛法的一种法门，也是办道的一种方法。诚如古德所教诲的，“佛法大海，信为能入”，“信为道源功德母。”虚云大师强调“无论什么人，尤其是用功办道的人，先要深信因子，参禅办道就应该发长远心、坚固心、勇猛心、惭愧心。只有这样方能恒久如一，做到“万缘放下，一念不生。”也只有这样，才能断除妄想，坚定信心，“不随妄想习气境界转，‘假使热铁轮于我头上旋，终不以此苦，退失菩提心。’”这样才能悟道了生死。他认为，只有“放下一切，专心向道，这才算是本色禅和”。
（五）主张禅净合一。虚云大师是当代禅宗泰斗，以一身而承嗣五家宗派，深入禅境，久有体悟，但对其他宗派法门不分彼此，同样尊重，尤其是对净士宗，虚云大师更是主张禅净合一，“参禅念佛等法门，本来都是释迦老子亲口所说。道本无二，不过以众生夙因和根器各不同，为应病与药计，便方便说了许多法门来摄化群机。”他认为中国佛教到后来诸宗派的出现，乃是诸位祖师“不过按当世所趋来对机说法而已。”尽管各宗派修持方式或有不同。但“哪一门都是入道妙门。”而且法法本来可以互通，圆融无碍的。
虚云和尚指出从修行实践看，念佛念到一心不乱，何尝不是参禅；参禅参到能所双忘，何尝不是念实相伸缩。他一再强调禅乃净中之禅，净乃禅中之净。禅与净，可以相辅而行，象”。他严肃指出这些人实际上“违背了佛祖分宗别的深意，且无意中犯了毁谤佛法，危害佛门的重罪”，“是一件极可悲的事”。
虚云大师虽是坚守禅门，造诣精深，对于念佛法门不但毫无偏见，而且倍加赞扬，经常劝人老实念佛。当年在广东昭关南华寺重建禅堂之后，又别立念佛堂，以方便学人习修净土。由此可见虚云大师的“禅净合一”观点是得到了广泛实践的，也是产生了深远影响的。
嘉言录
1.人命无常，朝存夕亡，如石火电光。
2.美女在前，则以为一枝花，其实，迷魂鬼子就是她。
3.善用心者，心田不长无明草，处处常开智慧花。
4.三界轮回淫为本，六道往返爱为基。可见有淫就有生死，断淫就断生死。
5.时光长短，唯心所造。一切苦乐，随境所迁。
6.时间是刹那刹那地过，刹那刹那地催人老。
7.有智不在年高，无智空长百岁。
8.古人说：“勿待老来方学道，孤坟多是少年人。”
9.禅是静虑，要在静中思虑好歹，择善而从。
10.精进勇猛，有大愿力，难的会变为易。疏散放逸，悠悠忽忽，易的也变为难。
11.有憎爱心，就有烦恼；憎心一起，道心就退。
12.生命可置之度外，因果不可昧于毫厘。
14.坐禅要晓得调养身心。若不善调养，小则害病，大则着魔。
15.用功的人要善于调和身心，务使心平气和，无挂无碍，无我无人，行住坐卧，妙合玄机。
16.中下根人，常被境风所转。境风有八：利、衰、毁、誉、称、讥、苦、乐。行人遇着利风，便生贪着；遇着衰风，便生愁懊；遇着毁风，便生嗔恚；遇着誉风，便生欢喜；遇着称风，居之不疑；遇着讥风，因羞成怒；遇着苦风，丧其所守；遇着乐风，流连忘返。如是八风飘鼓，心逐境迁，生死到来，如何抵敌？
17.凡当参学，要有三样好；第一要有一对好眼睛，第二要有一双好耳朵，第三要有一副好肚皮。
好眼睛就是金刚正眼，凡见一切事物，能分是非，辨邪正，识好歹，别圣凡。