1935年，郑正秋因病去世，张石川陷入到深深的痛苦中，但他似乎还没完全体会到，时代的阴云已经逐渐笼罩在整个中国上空，就连一向灯红酒绿的大上海，也不能幸免。1937年7月7日，抗日战争爆发，举国哗然。年底，上海失守，沪江边上闪烁的星光，被战火映得失却了颜色，而原本以娱乐为导向的沪上文艺界，也随之全身一紧，迅速地投入到抗战的汪洋大海中，颠颠簸簸。1937年，注定是明星影片公司的流年，这个中国电影界传奇式的影片公司，在这一年遭受到前所未有的重创，明星公司在枫林桥的总厂址被日军占领，成了日军驻南市部队的司令部。明星公司毁于一旦。张石川也悲，也戚，也哀，也叹，但在动荡时代，他却无能为力，明星公司这艘影坛的泰坦尼克号，旦夕沉没，成为历史的记忆。
张石川作为明星公司的元老和幸存者，带着残存的设备，帮一些小公司拍片，继续追求着电影的梦想。他入行太深。曾经他也只是个对电影有那么点兴趣的商人，可现在，经历了最最繁华的时代，张石川是曾经沧海，只愿意以此为生。日军的侵扰，像一个从天而降的怪兽，嘶吼着扰乱了张石川最后的清梦。为了拍片，他加入了国华影片公司，拍了不少古装片和时装片。1941年，上海沦陷后，上海文艺界被敌伪渗透，沉醉在一片白色、粉色的氛围中，不少文艺工作者被拉下水，成为敌伪粉饰太平的装饰。张石川是商人，在政治上不敏感，别人一拉一撺掇，半推半就，他便参加了伪“中联”（也就是后来的伪“华影”），担任高职，风光一时，却留下一生污点。
抗战胜利后，风头逆转，张石川被指控为汉奸。消息传到张石川耳朵里，他又惊又惧，严重刺激之下，多重慢性病复发，好不惨淡。好在张石川的小女儿张敏玉正与时任上海市副市长的吴绍澎恋爱，几经疏通，附逆事件才不了了之。张石川走关系摘掉了“汉奸”的帽子，但他却如惊弓之鸟，精神上受到打击。1946年之后，曾经叱咤风云的张导经常卧床不起。但他从未失却对电影的热情，1948年，大同影业公司请他出山拍《乱世的女性》，拍完之后，张石川再也无力手执导筒。1950年，张石川迁居苏州，而后又返回上海，缠绵病榻三年，于1953年6月告别了人世。