国有资本经营预算的执行和监督是国有资本经营预算管理工作的重要内容。无论预算编制工作如何科学、合理，都必须通过规范、严格的执行付诸实施；要严格履行收入入库、支出拨付以及预算调整等步骤。财政部门和国资部门应当明确分工，加强配合，共同做好国有资本经营预算的执行，负责汇总和处理国有资本经营预算执行信息并向相关部门以及公众实现公开。包括预算执行在内，国有资本经营预算实施的各个环节、程序都需要有严格的制度性监督作为保障。从广义上来说，国有资本经营预算作为政府财政活动的重要组成，需要接受多个主体、多个层次的监督，如人大监督、审计监督、财政部门监督、国资部门监督以及公众监督等等。其中，人大机关、财政部门以及国资部门对国有资本经营预算实现监督的性质、职责以及路径各有不同和侧重，而审计部门实现的监督则属于职业监督，是国有资本经营预算中最为专业性的监督。
国有资本经营预算履行审批程序后，即进入执行阶段。预算执行是整个预算工作程序的重要环节，一般来说，应当包括收入入库、支出拨付以及预算调整等步骤。和公共财政预算有所不同的是，国有资本经营预算执行不单单是针对预算资金入库后的管理，而是在收入入库之前还有比较复杂的工作要做。在本书前面的章节中，也从不同角度具体谈到了很多和国有资本经营预算执行相关的问题，而本节则主要是从部门分工的必要性和各自应付责任的角度来考察如何执行国有资本经营预算。
一、国有资本经营预算执行的基本要求
国有资本经营预算执行中的责任单位的选择必须应当满足以下要求：
1.保证国有资本经营预算收入入库的及时和足额
国有资本经营收入上缴到国有资本经营预算收入账户，并不是一个简单的资金划拨程序。在预算执行的过程中，最关键的问题是怎样保证预算收入的及时、足额上缴。这个问题不能很好解决，国有资本经营预算就成了“无源之水、无本之木”。而与此对应的则是国有资本经营预算收入具有非强制性、存在诸多不确定性的特点，因此必须有专门的责任部门负责此项工作，做好对企业征缴基数的监督和督促企业及时足额上缴收入。
2.保证政府预算资金收支管理的统一性
保证执行国有资本经营预算，核心工作是围绕国有资本经营预算资金收支结算管理进行，对此，同样要坚持政府预算资金收支管理的统一。在建设公共财政的大背景下，政府预算制度必须具有“统一性”的特征，即政府所有的收支必须全部纳入政府预算统一进行管理。政府预算制度的统一性实际上反映着市场通过政府预算对整个政府活动进行全面监督和控制的要求。无论是发达国家还是发展中国家，只要建立了公共财政体制，都将绝大部分的政府收支纳入政府预算进行统一的管理，基本上做到了预算管理的统一性。而且这种统一性是实实在在的、全面的统一，既要求预算编制的统一，也要求预算执行、审批和监督的统一。因此，按照这一基本思路，国有资本经营预算资金管理的责任部门必须和公共财政预算资金的责任部门是统一的。
3.保证国有资本经营预算资金管理中的“收支两条线”
“收支两条线”的基本涵义是对收入、支出分别进行核定的资金管理。在更深层面上，“收支两条线”要达到的目的仍然是权力的制衡和分散。为此，从“收支两条线”还可以引出国有资本经营预算执行中有关资金管理的一系列制衡色彩的机制，如“收缴分离”、“票款分离”等等（详见第8章 ）。
4.保证国有资本经营预算资金管理的规范安全及其有效性
设置和选择国有资本经营预算资金管理的相关制度安排，首先必须满足国有资本经营预算资金管理的规范、安全及有效性，相应地就要加强制度安排中的约束和规范。例如在收缴管理中要明确国有资本经营预算收入的收缴部门、国有资本经营预算的账户设置、收入上缴账户的方式和程序、收入收缴的监督等等；在支付管理中要规范支付流程、支付方式、结余资金管理等等。而这些制度安排反映到部门分工中，关键问题就是要体现出权力制衡和互相监督的主导思想。
5.保证国有资本经营预算执行的严肃和规范
预算执行的严肃和规范首先表现为必须严格按照批复的预算进行收支活动。其次，要认识到预算执行中不可避免地要进行修改和调整，如何强化这些方面的管理并使其通过合理的部门分工得到相应的保障，也是在部门分工中需要考虑的。特别是对于国有资本经营预算这样的新生事物，在强化预算、淡化决算这个大前提下，如何掌握预算中的弹性空间，相应资金管理形式和决策程序如何设置，还需进一步探讨和完善。
二、财政部门在国有资本经营预算执行中的主要职责
很显然，仅就保证政府预算体系统一性这一原因，就足以让财政部门成为国有资本经营预算执行的责任部门。更何况，在多年的预算管理改革中，财政部门在财政资金收支结算管理方面、在深化非税收入收缴改革方面有着良好的经验和基础。具体来说，财政部门在国有资本经营预算执行中要做好以下工作：
1.制定国有资本经营预算执行的法规条例
为保证政府预算体系的统一性，在国有资本经营预算执行方面，财政部门应当首先是有关国有资本经营预算执行规则的制定者。国有资本经营预算执行需要一系列的制度条例加以规范，包括国有资本经营预算资金的收入入库程序、账户管理办法、支出拨付的程序及办法都需要明确。财政部门应当是这些条例、办法等规则的制定者。当然，在制定中也要充分考虑可行性，事先做好和预算单位和资金使用单位的协调与沟通。
2.国有资本经营预算资金的收支结算管理
对此，详见第8章 的论述。财政部门要负责设置和管理国有资本经营预算资金收支账户，尽早使各级国有资本经营预算资金纳入到国库管理体系；实现财政收支的规范管理，收入不能随意退库，支出保证事前监督，并按照批复的预算及时核拨用款单位所需要的资金。
3.充分调度并发挥财政内部监督的积极效应
在我国财政体制内部，设置有相对健全的内部监督机构以及相应的财政监督机制。在国有资本经营预算执行中，同样要发挥这些机构及其机制的积极效应。在中央层面，既有中央级次的监察机构，又有遍布全国主要省市的财政专员办公机构，这些都是加强对国有资本经营预算资金收支监督的有利条件。由于很多中央企业的主营业务分布在全国各地，因此要重点发挥好各地专员办的监督核查作用。
4.规范国有资本经营预算执行中的修改和调整
国有资本经营预算执行中不可避免地要遇到各种原因所造成的修改和调整，对此，财政部门首先要尽可能降低调整的次数；其次，在遇到调整时，要及时向人大机关报送调整方案。在预算执行过程中遇到预算收入超收或短收情况时，政府应该提出追加或追减预算的调整计划，经相应的人大机关的批准，然后调整年度预算。
5.主导国有资本经营预算支出绩效评价
国有资本经营预算作为一种资源配置活动，其重要目标是要达到效率的最大化。因此，完成国有资本经营预算支出的绩效评价才是国有资本经营预算执行的终端环节。鉴于我国财政支出绩效评价工作还刚刚起步，国有资本经营预算绩效评价及其管理可能还要有一个循序渐进、由简及难的过程。财政部门作为政府预算体系的组织单位，应当主导国有资本经营预算支出的绩效评价工作。
三、国资部门在国有资本经营预算执行中的主要职责
国资部门在国有资本经营预算执行中同样是一个重要的责任部门。这一部门参与国有资本经营预算执行，是国有资本经营预算独立性的客观要求，也是国有资本经营收入具有特殊性的客观要求。
1.监督国有资本经营预算收入的收缴工作
国有资本经营预算执行的主要重点和难点之一是国有资本经营预算收入的收缴工作。这项工作，向下联系的是国有企业经营管理，向上则关乎国有资本经营预算的目标定位能否实现。之所以称其为重点和难点，根本原因在于国有资本经营预算收入的非强制性特征。这种非强制性决定了国有资本经营收入指标的确定和执行都是一种管理性约束和激励性约束，无法实现强制执行。偷税漏税用法律手段加以制裁是天经地义的事情，但是，国有资本经营预算收入的瞒报和漏报既难以核定，也无法通过法律手段惩罚。此外，如何促使企业上缴收入的最大化同样是一个难题。在上缴标准既定的情况下，企业的经营效益好坏决定了上缴收入的多少，无论是哪种类型的企业，企业经营效益最大化了，才有可能上缴更多的国有资本经营收入，因此国有企业上缴国有资本经营预算收入实际上和企业经营业绩的考评和激励机制息息相关。三是如何监督国有资本收入及时、足额上缴预算。以年度为单位，怎样才能保证企业按月、按季及时、足额向国有资本经营预算上缴收入，而不是拖缴和欠缴，同样是个难题。特别是在很长一段时期里，我国企业利润分配体制的特点是除个别企业以外，国有企业暂不向国家上交利润，企业的国有产权处置收入也主要由国有企业按规定自行支配使用。这种情况下，要改变企业的习惯性思维，无疑更加大了企业自觉上缴收入的难度。面对这些难题，首先要明确必须设置一个专门负责国有资本经营预算收入收缴的监督责任部门；其次，该部门必须非常熟悉了解企业的经营情况。无疑国资部门最适合从事这项工作。
2.负责出具国有资本经营预算收缴的票据
这一职责实际上是监缴职能的延伸，但却是反映权力分散与制衡机制的重要步骤，因此要作为国资部门的职责单独强调。在国有资本经营预算资金管理的“收缴分离”、“票款分离”中（详见第8章 ），国资部门除负责收入的监缴外，还应当负责出具国有资本经营预算票据（或称缴款书）。国有资本经营预算收入的缴款单位上缴多少收入、是否上缴需要有票据作为相应依据并进行企业财务处理，代理商业银行要根据票据来收取款项并划入国有资本经营预算收入账户，执收单位也要依靠验收票据来确认缴款单位的缴款事实。财政部门是政府资金票据管理的惟一管理机关，而“票”、“款”分离中，国有资本经营预算的票据管理纳入财政票据管理体系后，财政部门按照管理权限负责票据的印制、发放、核销、检查及其他监督管理工作，国资部门是国有资本经营预算收入的执收和监缴单位并负责向缴款单位出具票据。国资部门从财政部门领取票据后，按照不同缴款单位的实际情况填写相关内容并提供给缴款单位，而后由缴款单位自行到代理商业银行持票据缴款。
3.对国有资本经营预算执行中的调整提出意见和建议
国资部门在负责监缴国有资本经营预算收入的过程中，有责任根据实际情况对国有资本经营预算的收入执行提出修改意见。同时，也有权力根据国有资本经营预算收入的执行情况，同意和反对国有资本经营预算支出执行中的调整和变更。
4.向国有资本经营预算信息通道及时反馈国有资本经营预算执行信息在国有资本经营预算信息通道内，国有资本经营预算的执行信息是重要内容之一。国资部门所反馈和报送的应当是实时的企业缴纳信息和经营信息，供国有资本经营预算信息通道协调机构进行汇总和发布。